<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CT009521.5	1	AAGCTTATGGTCATTAAAGACCACAAAACTCATGGACAGTGTTAGGTCAA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU012051.7	95861	AAGCTTATGGTCATTAAAGACCACAAAACTCATGGACAGTGTTAGGTCAA	95910

CT009521.5	51	AGATCCACTGATTTTCTTAGAAACTTCCTGTTAGACTGTGGTTCTAGAAG	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU012051.7	95911	AGATCCACTGATTTTCTTAGAAACTTCCTGTTAGACTGTGGTTCTAGAAG	95960

CT009521.5	101	TCTGAGTCACCTTTATGTAACCTTAGATAGAATACTATGATGTCACTAAG	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU012051.7	95961	TCTGAGTCACCTTTATGTAACCTTAGATAGAATACTATGATGTCACTAAG	96010

CT009521.5	151	TTCAACCACTAAAGTCAGTTACAAATTAAGTGAAGGACTACTGATATGGG	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU012051.7	96011	TTCAACCACTAAAGTCAGTTACAAATTAAGTGAAGGACTACTGATATGGG	96060

CT009521.5	201	GAATGGATTGTCTCCAGTCCAATTTCCTCCTGTTTTCTCAGCAATCTGAG	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU012051.7	96061	GAATGGATTGTCTCCAGTCCAATTTCCTCCTGTTTTCTCAGCAATCTGAG	96110

CT009521.5	251	CCCTCCATTAACAAAAACACACATTTATATGCATTAGTTGATCTCGACCA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU012051.7	96111	CCCTCCATTAACAAAAACACACATTTATATGCATTAGTTGATCTCGACCA	96160

CT009521.5	301	TTGCTTTGACATTAGTCAATTACACCTTCAACAAATCATCTTTAAATAAT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU012051.7	96161	TTGCTTTGACATTAGTCAATTACACCTTCAACAAATCATCTTTAAATAAT	96210

CT009521.5	351	CTACGCCATTGATTTAAGATCAGACAACTATGAATAATAAATGCATCACA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU012051.7	96211	CTACGCCATTGATTTAAGATCAGACAACTATGAATAATAAATGCATCACA	96260

CT009521.5	401	CAATTGATGCGTGACATCCAAATCCTTATAGTCCTAGGTTCTAAGTGCTA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU012051.7	96261	CAATTGATGCGTGACATCCAAATCCTTATAGTCCTAGGTTCTAAGTGCTA	96310

CT009521.5	451	ACCCATAGTCTCATGCCACTTCGATCTCTAACATAGACCTAAATATATTG	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU012051.7	96311	ACCCATAGTCTCATGCCACTTCGATCTCTAACATAGACCTAAATATATTG	96360

CT009521.5	501	TGAAAATTGAGTCGTCCCACTCACATGTTTTGTGATTTAGTACTTTTTTT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU012051.7	96361	TGAAAATTGAGTCGTCCCACTCACATGTTTTGTGATTTAGTACTTTTTTT	96410

CT009521.5	551	TTATTATCAAATGTGATTGAGTACTTGATGGATATAAATGTGGAAAATGA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU012051.7	96411	TTATTATCAAATGTGATTGAGTACTTGATGGATATAAATGTGGAAAATGA	96460

CT009521.5	601	ATATTTTGACCATTTACTTATGACTCCCATTTAAGACGGCAATGACTTGT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU012051.7	96461	ATATTTTGACCATTTACTTATGACTCCCATTTAAGACGGCAATGACTTGT	96510

CT009521.5	651	GACTCAGAAATTCCACCAAGAAAAAGACAATTGACTTAATTTTCATATGA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU012051.7	96511	GACTCAGAAATTCCACCAAGAAAAAGACAATTGACTTAATTTTCATATGA	96560

CT009521.5	701	TAATATGGACCTCACTTCCCATTCTCTCCTACTAAAAACCACCATCACCT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU012051.7	96561	TAATATGGACCTCACTTCCCATTCTCTCCTACTAAAAACCACCATCACCT	96610

CT009521.5	751	TTCTTCTCTTTTCACTAGTCTCTAAAACCATGAGCTACTCAACCTTCCAA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU012051.7	96611	TTCTTCTCTTTTCACTAGTCTCTAAAACCATGAGCTACTCAACCTTCCAA	96660

CT009521.5	801	ACACACACTCCTGAAAATACTGATGAAGGAAGCAAAGAATTCAGTTTCTG	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU012051.7	96661	ACACACACTCCTGAAAATACTGATGAAGGAAGCAAAGAATTCAGTTTCTG	96710

CT009521.5	851	GACTTCACCAAATACCATCATAAAATCTTTAGAAAAATGTGATGGTCATG	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU012051.7	96711	GACTTCACCAAATACCATCATAAAATCTTTAGAAAAATGTGATGGTCATG	96760

CT009521.5	901	ATATTCAACTTCGAAGCAATGAAACACAAGAGCTCAATAACCATCATCAA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU012051.7	96761	ATATTCAACTTCGAAGCAATGAAACACAAGAGCTCAATAACCATCATCAA	96810

CT009521.5	951	TGTTCAATAGTTTCAGAACCTTCAAGAAGCAAAGATATTTTAGAAGGAAA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU012051.7	96811	TGTTCAATAGTTTCAGAACCTTCAAGAAGCAAAGATATTTTAGAAGGAAA	96860

CT009521.5	1001	GAAAGAACTTATGGAAATGATTCAAGACATGCCCGAGTCTAGCTATGAAC	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU012051.7	96861	GAAAGAACTTATGGAAATGATTCAAGACATGCCCGAGTCTAGCTATGAAC	96910

CT009521.5	1051	TCTCTTTTCAAGACATGGTTGTTGAGCAGCATCAAGTTCCAGAAACAGAA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU012051.7	96911	TCTCTTTTCAAGACATGGTTGTTGAGCAGCATCAAGTTCCAGAAACAGAA	96960

CT009521.5	1101	ACAGAACCAGTGTATAGTAAATTTCAACAACCTCAACAGAAAAAGCTGAA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU012051.7	96961	ACAGAACCAGTGTATAGTAAATTTCAACAACCTCAACAGAAAAAGCTGAA	97010

CT009521.5	1151	TAAGAATAAGAAGAAGAATAAGAAGGAAAACAAAAGCAATAGACATGGTA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU012051.7	97011	TAAGAATAAGAAGAAGAATAAGAAGGAAAACAAAAGCAATAGACATGGTA	97060

CT009521.5	1201	AAATGTTAAGAGTTGAAAGCATGGACAGTGAAACCTTCCTATTGAAGATG	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU012051.7	97061	AAATGTTAAGAGTTGAAAGCATGGACAGTGAAACCTTCCTATTGAAGATG	97110

CT009521.5	1251	TTCTTTCCAATTTCTTTTGATTGGATGAAGAAGACTACTAAAGTACAAAA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU012051.7	97111	TTCTTTCCAATTTCTTTTGATTGGATGAAGAAGACTACTAAAGTACAAAA	97160

CT009521.5	1301	TGGCTCTGAGGTAGAACAAAAAGATAAAGAATGGAGAATCAAAAGATTTT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU012051.7	97161	TGGCTCTGAGGTAGAACAAAAAGATAAAGAATGGAGAATCAAAAGATTTT	97210

CT009521.5	1351	TCAGTGAAGATAGACAAAATACTAGTAGTAGTAGCACTAGCAGAAGCAAC	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU012051.7	97211	TCAGTGAAGATAGACAAAATACTAGTAGTAGTAGCACTAGCAGAAGCAAC	97260

CT009521.5	1401	AGCAATGATAAAAGCAGGTACATATGATTATTTTTTTCCAGAAAATCTTT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU012051.7	97261	AGCAATGATAAAAGCAGGTACATATGATTATTTTTTTCCAGAAAATCTTT	97310

CT009521.5	1451	ATTAGATAACGATGATGGCTACTAAGTTACGAAGTAATGATATAGACACA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU012051.7	97311	ATTAGATAACGATGATGGCTACTAAGTTACGAAGTAATGATATAGACACA	97360

CT009521.5	1501	ACAATGACACGTTGACATTGATAATAATTTAAAACAATTAAATAATTTAA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU012051.7	97361	ACAATGACACGTTGACATTGATAATAATTTAAAACAATTAAATAATTTAA	97410

CT009521.5	1551	TGTAATATCATATGCCGGTGTTACACAATGGACAAACATTCAATGTGAAG	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU012051.7	97411	TGTAATATCATATGCCGGTGTTACACAATGGACAAACATTCAATGTGAAG	97460

CT009521.5	1601	CGTCGGTGGCATAATTTTTTTTTTATTGGAGTTGTTCAACTTAAGAAAAA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU012051.7	97461	CGTCGGTGGCATAATTTTTTTTTTATTGGAGTTGTTCAACTTAAGAAAAA	97510

CT009521.5	1651	CATCAAATAACTTGGAAATGAACATAATCTAAATGAAATTGTTTTCCAGC	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU012051.7	97511	CATCAAATAACTTGGAAATGAACATAATCTAAATGAAATTGTTTTCCAGC	97560

CT009521.5	1701	TATATACAAAATATACACTAATGATTTTGTATTTTATTCTTGTTTTTAGT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU012051.7	97561	TATATACAAAATATACACTAATGATTTTGTATTTTATTCTTGTTTTTAGT	97610

CT009521.5	1751	AGGTATGTTGATCGCAGCTTCTCACTTTCAGAAGGTTGCTTCCCATTCTT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU012051.7	97611	AGGTATGTTGATCGCAGCTTCTCACTTTCAGAAGGTTGCTTCCCATTCTT	97660

CT009521.5	1801	ATATGATATAAAAAGCAAAGTAAAGAAACTAGGAGGAGGATGGATTGCTT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU012051.7	97661	ATATGATATAAAAAGCAAAGTAAAGAAACTAGGAGGAGGATGGATTGCTT	97710

CT009521.5	1851	AAATTATGAATACTCTTGTTCTTTTGCCTGATGGAAATTCAGAATATGTA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU012051.7	97711	AAATTATGAATACTCTTGTTCTTTTGCCTGATGGAAATTCAGAATATGTA	97760

CT009521.5	1901	AAATAGAGGATTCAAGGCGTGAAGAATTGCAAAGGACACTTGAGTTATTC	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU012051.7	97761	AAATAGAGGATTCAAGGCGTGAAGAATTGCAAAGGACACTTGAGTTATTC	97810

CT009521.5	1951	TTGAATTCTTGGGTTTTGATTATAGTAGTGACATTCATTTTACATATTTG	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU012051.7	97811	TTGAATTCTTGGGTTTTGATTATAGTAGTGACATTCATTTTACATATTTG	97860

Overview

Query
CT009521.5 - 56728 bps
Hit
CU012051.7 - 97860 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001910200012000195861978601
Short-link