<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU306338.3	1	ATGTCAGAAAGTATTACAGGTCAATGAATCTTCCTGTGCTTCGGCCTCTT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU012050.16	63993	ATGTCAGAAAGTATTACAGGTCAATGAATCTTCCTGTGCTTCGGCCTCTT	64042

CU306338.3	51	CCCTCATTAGTGGAACTTATGAATTCCAGGAAACGTGCCAAGAGGGGAAT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU012050.16	64043	CCCTCATTAGTGGAACTTATGAATTCCAGGAAACGTGCCAAGAGGGGAAT	64092

CU306338.3	101	CAATCATTAATCTAACTTTTCAGCGGTTAACTTTGATTTACAATGCTGGG	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU012050.16	64093	CAATCATTAATCTAACTTTTCAGCGGTTAACTTTGATTTACAATGCTGGG	64142

CU306338.3	151	AAGTGGGAAATGCCCATGGATGGAGATTTTAAATGAATTTATTTCACTCT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU012050.16	64143	AAGTGGGAAATGCCCATGGATGGAGATTTTAAATGAATTTATTTCACTCT	64192

CU306338.3	201	GCTATTTCTGAAACTACTGTCTATGCTGCAATTGCAAGAATGCTTGGCAA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU012050.16	64193	GCTATTTCTGAAACTACTGTCTATGCTGCAATTGCAAGAATGCTTGGCAA	64242

CU306338.3	251	GAAGTAGCAAGGTGGGAGGGAAGAATTTGAAGCAGCTCTGTAAAATGTTG	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU012050.16	64243	GAAGTAGCAAGGTGGGAGGGAAGAATTTGAAGCAGCTCTGTAAAATGTTG	64292

CU306338.3	301	ACCATTCGTTACAGCAATAATGCGGTAATATTATCTTTTCTTTGATTAAG	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU012050.16	64293	ACCATTCGTTACAGCAATAATGCGGTAATATTATCTTTTCTTTGATTAAG	64342

CU306338.3	351	AGAATGAGATACATCAAAAGGTGCTCACTATTGAGTAATAAAATCTCATG	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU012050.16	64343	AGAATGAGATACATCAAAAGGTGCTCACTATTGAGTAATAAAATCTCATG	64392

CU306338.3	401	GGAGTTATGTATGATGTCCTATAGTCCCAATTGAAACCATTTTCTCTCTT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU012050.16	64393	GGAGTTATGTATGATGTCCTATAGTCCCAATTGAAACCATTTTCTCTCTT	64442

CU306338.3	451	AAAAGTATCACATAACATGTAAACGCAAGGTTGAGGCCCGAGACAAGGAG	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU012050.16	64443	AAAAGTATCACATAACATGTAAACGCAAGGTTGAGGCCCGAGACAAGGAG	64492

CU306338.3	501	GAGCAGAAGACAAGCTGAAAACTTCTGTGGTTGCATAAGTAGTTGTATCT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU012050.16	64493	GAGCAGAAGACAAGCTGAAAACTTCTGTGGTTGCATAAGTAGTTGTATCT	64542

CU306338.3	551	TTTATGTGTTATTGCATTTTTAATAGAAGAGAGAAATACAAAAACTATTT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU012050.16	64543	TTTATGTGTTATTGCATTTTTAATAGAAGAGAGAAATACAAAAACTATTT	64592

CU306338.3	601	ATATAATTTTAAATCAAACACAAAATAGCACACTTCACTTAAAAATTTGT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU012050.16	64593	ATATAATTTTAAATCAAACACAAAATAGCACACTTCACTTAAAAATTTGT	64642

CU306338.3	651	TAAAAATACTATCTAAATTATTTATATCAAAATGTTTTTATGAAAAGGTT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU012050.16	64643	TAAAAATACTATCTAAATTATTTATATCAAAATGTTTTTATGAAAAGGTT	64692

CU306338.3	701	ATACAAACATCATATTGGTTAACTTGAGCAAGATTGAGCATTCAATAAAA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU012050.16	64693	ATACAAACATCATATTGGTTAACTTGAGCAAGATTGAGCATTCAATAAAA	64742

CU306338.3	751	AAGAAAGTGAACCCAATGTTTTTTAAAATTGATTCGATCGTCGACCCAAT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU012050.16	64743	AAGAAAGTGAACCCAATGTTTTTTAAAATTGATTCGATCGTCGACCCAAT	64792

CU306338.3	801	TAGAGTGTTGGGTGAGGGTCATTTGGTGAACCGAAAGACTTGGTGTTGAT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU012050.16	64793	TAGAGTGTTGGGTGAGGGTCATTTGGTGAACCGAAAGACTTGGTGTTGAT	64842

CU306338.3	851	AATTTTCTTTTCTCAAAGTATTTCATAAAATACGTAGCTATTAGAGTTGT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU012050.16	64843	AATTTTCTTTTCTCAAAGTATTTCATAAAATACGTAGCTATTAGAGTTGT	64892

CU306338.3	901	TTCTTATTTGTCCCTAAACGAAGTTAAAGTTGAAATTGAAGATTTTAATT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU012050.16	64893	TTCTTATTTGTCCCTAAACGAAGTTAAAGTTGAAATTGAAGATTTTAATT	64942

CU306338.3	951	GATTTTTTGTAATTTTATAAGTATTGATCAATCCACATTATATATCATAT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU012050.16	64943	GATTTTTTGTAATTTTATAAGTATTGATCAATCCACATTATATATCATAT	64992

CU306338.3	1001	GATCATGTCACCATCTTTTAAAATATGTCAAATCATCAATAAAGAAAAAT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU012050.16	64993	GATCATGTCACCATCTTTTAAAATATGTCAAATCATCAATAAAGAAAAAT	65042

CU306338.3	1051	GATAGATGAATCAAAACTTCCTTAAAAAAAAAAAAAAGAAGATAGATGAA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU012050.16	65043	GATAGATGAATCAAAACTTCCTTAAAAAAAAAAAAAAGAAGATAGATGAA	65092

CU306338.3	1101	CCAAAATTGAATGATGTTAAAATACGATGATCAATTATGTAAATAAATTA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU012050.16	65093	CCAAAATTGAATGATGTTAAAATACGATGATCAATTATGTAAATAAATTA	65142

CU306338.3	1151	AAAAACTGCAACTAAATATAATTTTTTTATTGAATAATTAAATTTCAGCA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU012050.16	65143	AAAAACTGCAACTAAATATAATTTTTTTATTGAATAATTAAATTTCAGCA	65192

CU306338.3	1201	TTTTAAATACATTAAAACACCGGGTGAAAAATAATGGTACCAAACAGCGC	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU012050.16	65193	TTTTAAATACATTAAAACACCGGGTGAAAAATAATGGTACCAAACAGCGC	65242

CU306338.3	1251	GTGTGACGACAGAAACAGAACCAACGTCTTTTCTTCTTTTCCACTCACGG	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU012050.16	65243	GTGTGACGACAGAAACAGAACCAACGTCTTTTCTTCTTTTCCACTCACGG	65292

CU306338.3	1301	AAGAACCAACCACCACCACTACCAGAACCCTAACATCACAGTCACTTAAC	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU012050.16	65293	AAGAACCAACCACCACCACTACCAGAACCCTAACATCACAGTCACTTAAC	65342

CU306338.3	1351	ACGGTGGCACGGTTACCCACTCTTCCGTTTGAACTTGTGGAAGAAATCCT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU012050.16	65343	ACGGTGGCACGGTTACCCACTCTTCCGTTTGAACTTGTGGAAGAAATCCT	65392

CU306338.3	1401	GTGTAGATTACCGGTGAAGATACTCATGCAACTCCAATGCATCTGCAAGT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU012050.16	65393	GTGTAGATTACCGGTGAAGATACTCATGCAACTCCAATGCATCTGCAAGT	65442

CU306338.3	1451	CCTGGAAATCTCTTATCTCGAATGATCGTAAATTTGCAAAGAAGCACCTT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU012050.16	65443	CCTGGAAATCTCTTATCTCGAATGATCGTAAATTTGCAAAGAAGCACCTT	65492

CU306338.3	1501	CGCATGTCAAAGAGGGTAGCACTCATTGTAAGCAGTGTAAACGACTCAGG	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU012050.16	65493	CGCATGTCAAAGAGGGTAGCACTCATTGTAAGCAGTGTAAACGACTCAGG	65542

CU306338.3	1551	TGAACCACTTTTTTGGGATTCCTCAATTTCCTCTGTTTTCAGCAATGCAT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU012050.16	65543	TGAACCACTTTTTTGGGATTCCTCAATTTCCTCTGTTTTCAGCAATGCAT	65592

CU306338.3	1601	CCAACTCTAGCAGCGTCACACAGACTCAACTCATTTGCCCATTTTCCTTG	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU012050.16	65593	CCAACTCTAGCAGCGTCACACAGACTCAACTCATTTGCCCATTTTCCTTG	65642

CU306338.3	1651	ACTAAATATTTGGAAATTTGCTCATGCGACGGTATTCTCTGTTTCACCAT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU012050.16	65643	ACTAAATATTTGGAAATTTGCTCATGCGACGGTATTCTCTGTTTCACCAT	65692

CU306338.3	1701	TGCTAGACGTTCTTCTGTTTTGTGGAACCCTTCCATTATAAGATACAATA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU012050.16	65693	TGCTAGACGTTCTTCTGTTTTGTGGAACCCTTCCATTATAAGATACAATA	65742

CU306338.3	1751	TGTTGCCTCCTTTGGAAAATCCGGAGGAGAGTGACGGGAGTACTTATTTA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU012050.16	65743	TGTTGCCTCCTTTGGAAAATCCGGAGGAGAGTGACGGGAGTACTTATTTA	65792

CU306338.3	1801	TATAGCTTTGGGTATGATCATTTCAATGATGTTTATAAGGTTGTTGCTAT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU012050.16	65793	TATAGCTTTGGGTATGATCATTTCAATGATGTTTATAAGGTTGTTGCTAT	65842

CU306338.3	1851	TTCTCACATGACTTCCCATATTCTCGTCGCATTCCTGGACCAGGTGTATT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU012050.16	65843	TTCTCACATGACTTCCCATATTCTCGTCGCATTCCTGGACCAGGTGTATT	65892

CU306338.3	1901	TGTGAGTGGCACTGTTAATTGGTTGGCATTTTATGGTTTGAATAGTTCCT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU012050.16	65893	TGTGAGTGGCACTGTTAATTGGTTGGCATTTTATGGTTTGAATAGTTCCT	65942

CU306338.3	1951	CTTGTGCCATTGTTTCTCTTGATTTGGAGACGGAGTCTTATCAAAAGCTT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU012050.16	65943	CTTGTGCCATTGTTTCTCTTGATTTGGAGACGGAGTCTTATCAAAAGCTT	65992

Overview

Query
CU306338.3 - 3994 bps
Hit
CU012050.16 - 65992 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001931200012000163993659921
Short-link