<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU104691.12	1	CTTATTCTATCTATAGATAGTCCTTAATTCCTTTTCCATTTCCCTCTGTT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990637.2	112153	CTTATTCTATCTATAGATAGTCCTTAATTCCTTTTCCATTTCCCTCTGTT	112202

CU104691.12	51	TTTACTTTTGTTGCATTGAGGGTGTATTTTCCTATCTTCTTCCTTGTATT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990637.2	112203	TTTACTTTTGTTGCATTGAGGGTGTATTTTCCTATCTTCTTCCTTGTATT	112252

CU104691.12	101	CTTTTTTTAAAATAGAAGGGTGGGGTGGGGGGTGATTGGGGTTAGACCGA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990637.2	112253	CTTTTTTTAAAATAGAAGGGTGGGGTGGGGGGTGATTGGGGTTAGACCGA	112302

CU104691.12	151	CACTTATAGGGGTTATCACACTGATACCACATTTAAGTTCTATGTTCATA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990637.2	112303	CACTTATAGGGGTTATCACACTGATACCACATTTAAGTTCTATGTTCATA	112352

CU104691.12	201	TAAATTATGTTACTAAGCCTAGTATACAACTTCACTGCTAAGTTATGTTT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990637.2	112353	TAAATTATGTTACTAAGCCTAGTATACAACTTCACTGCTAAGTTATGTTT	112402

CU104691.12	251	TGTGCAGAACCGAGTTGAGATGGAGAGAGTCAGGAGGGAGTTTCTTTGCA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990637.2	112403	TGTGCAGAACCGAGTTGAGATGGAGAGAGTCAGGAGGGAGTTTCTTTGCA	112452

CU104691.12	301	ATTCTTCACAAGCACTAAAGATGGAGAGCACTTTTGATGCTACTAATGAG	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990637.2	112453	ATTCTTCACAAGCACTAAAGATGGAGAGCACTTTTGATGCTACTAATGAG	112502

CU104691.12	351	AGGGAATGTAGTGTGTGTTTTTTTGATCTACACCTGTCCGCAGCCGGCTG	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990637.2	112503	AGGGAATGTAGTGTGTGTTTTTTTGATCTACACCTGTCCGCAGCCGGCTG	112552

CU104691.12	401	TCACAATTGTTCGCCCGACAAATATGCATGCTTGAACCATGCAAAACAAC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990637.2	112553	TCACAATTGTTCGCCCGACAAATATGCATGCTTGAACCATGCAAAACAAC	112602

CU104691.12	451	TGTGTACTTGTTCCTGGGGTGCCAAATTTTTCCTCTTCCGTTATGACATC	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990637.2	112603	TGTGTACTTGTTCCTGGGGTGCCAAATTTTTCCTCTTCCGTTATGACATC	112652

CU104691.12	501	AATGAATTAAATGTACTAGTTGATGCTTTAGAAGGGAAATTGAGTGCAAT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990637.2	112653	AATGAATTAAATGTACTAGTTGATGCTTTAGAAGGGAAATTGAGTGCAAT	112702

CU104691.12	551	TTATCGATGGGCAAGACAAGATCTTGGATTAGCTTTGAGTTCTTATGTAA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990637.2	112703	TTATCGATGGGCAAGACAAGATCTTGGATTAGCTTTGAGTTCTTATGTAA	112752

CU104691.12	601	ATAAAGAGCGGCAAGTTGCAGGGATTGCTGGTAAATTATCTCTTAAACCT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990637.2	112753	ATAAAGAGCGGCAAGTTGCAGGGATTGCTGGTAAATTATCTCTTAAACCT	112802

CU104691.12	651	GAGGAATCAGTGCTAAAAGAGGCAAGTGCAGGACCCTCTATAGCTTCCGT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990637.2	112803	GAGGAATCAGTGCTAAAAGAGGCAAGTGCAGGACCCTCTATAGCTTCCGT	112852

CU104691.12	701	GAAAAAGGAAAAAGATGATGGAACTTCAGCACTCTTGATGAAGGCCAGCA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990637.2	112853	GAAAAAGGAAAAAGATGATGGAACTTCAGCACTCTTGATGAAGGCCAGCA	112902

CU104691.12	751	GCAGTGCTTTTTCACCGCATAAAGATAAACTATCCAGGGAGCCATTAGCT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990637.2	112903	GCAGTGCTTTTTCACCGCATAAAGATAAACTATCCAGGGAGCCATTAGCT	112952

CU104691.12	801	TCAGAATCAATCAAGGCGTCCTCTATGCCTGACAATGCTTCTCATGGAAT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990637.2	112953	TCAGAATCAATCAAGGCGTCCTCTATGCCTGACAATGCTTCTCATGGAAT	113002

CU104691.12	851	TGAGGGGGCACAGAATGGCTTCCAGGGCAGAAGTGAATCCTTAAAGGTGG	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990637.2	113003	TGAGGGGGCACAGAATGGCTTCCAGGGCAGAAGTGAATCCTTAAAGGTGG	113052

CU104691.12	901	GTCCTGTTTATAGAACTCCAGTTACTCAGCTGTCCGTTGAGGGTGGCTTG	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990637.2	113053	GTCCTGTTTATAGAACTCCAGTTACTCAGCTGTCCGTTGAGGGTGGCTTG	113102

CU104691.12	951	TGTCATAAGAAATTATCAACAGATAAACGTGAAGTGAAGGGAACTTCAAG	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990637.2	113103	TGTCATAAGAAATTATCAACAGATAAACGTGAAGTGAAGGGAACTTCAAG	113152

CU104691.12	1001	TCTTAATGATGTTGTGATCCTGCTCAGTGATGATGAGGGAGATGAGATGG	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990637.2	113153	TCTTAATGATGTTGTGATCCTGCTCAGTGATGATGAGGGAGATGAGATGG	113202

CU104691.12	1051	ACAATTCAATTCCTTCAAAAGATACGGCGGGAAAGCAGACAGTGAACATG	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990637.2	113203	ACAATTCAATTCCTTCAAAAGATACGGCGGGAAAGCAGACAGTGAACATG	113252

CU104691.12	1101	GGTAACAATGATAAACCTGTCCCAACAACATCAATCGATAGTGCAAGAGT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990637.2	113253	GGTAACAATGATAAACCTGTCCCAACAACATCAATCGATAGTGCAAGAGT	113302

CU104691.12	1151	CACTAAAGATGGAATTAATTGTTCACCTAGTTCAGAGAGCATGAAAGTTG	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990637.2	113303	CACTAAAGATGGAATTAATTGTTCACCTAGTTCAGAGAGCATGAAAGTTG	113352

CU104691.12	1201	AGGATAATTCAAAAGATGAAATACATCGTGGACCTAATCAAGATACTCAT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990637.2	113353	AGGATAATTCAAAAGATGAAATACATCGTGGACCTAATCAAGATACTCAT	113402

CU104691.12	1251	TCTTTCATTGGAGGTTCGTCTGTAAATATGGATATTGATAGACATGCCCA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990637.2	113403	TCTTTCATTGGAGGTTCGTCTGTAAATATGGATATTGATAGACATGCCCA	113452

CU104691.12	1301	AGCCCCTCAGGTTGCAGATACTTGTCCTCAGTCCCGTCAACCATTCGACT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990637.2	113453	AGCCCCTCAGGTTGCAGATACTTGTCCTCAGTCCCGTCAACCATTCGACT	113502

CU104691.12	1351	GTAAACCAAATAAAGAAGGTAGCCAGAATAAGACCATGGAGTGTGCACAA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990637.2	113503	GTAAACCAAATAAAGAAGGTAGCCAGAATAAGACCATGGAGTGTGCACAA	113552

CU104691.12	1401	CCTTTATCAGGTGACTCTCCCGTCTCTCAAAACAATTTGGACAGAGGTTT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990637.2	113553	CCTTTATCAGGTGACTCTCCCGTCTCTCAAAACAATTTGGACAGAGGTTT	113602

CU104691.12	1451	TCGCCAGAAAGGTCCTCGGATTGCAAAAGTGGTGAGGAGACTCGCTTGTA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990637.2	113603	TCGCCAGAAAGGTCCTCGGATTGCAAAAGTGGTGAGGAGACTCGCTTGTA	113652

CU104691.12	1501	ATGTGGAACCTCTGGATTATGGAGTTATCCAGCCTGGGAAGTTATGGTGT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990637.2	113653	ATGTGGAACCTCTGGATTATGGAGTTATCCAGCCTGGGAAGTTATGGTGT	113702

CU104691.12	1551	GACAACCGGGTTATTTATCCCAAGGGTATAATACATGTGAAATAATTGTA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990637.2	113703	GACAACCGGGTTATTTATCCCAAGGGTATAATACATGTGAAATAATTGTA	113752

CU104691.12	1601	TTATTTTTACTCTTACTCTTGGAAGTGATGATAGACAACTTTGTTCTTTT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990637.2	113753	TTATTTTTACTCTTACTCTTGGAAGTGATGATAGACAACTTTGTTCTTTT	113802

CU104691.12	1651	GTTAAATGCAGGATTCAGGAGCCGGGTCAGATACATTGATGTTTTAGATC	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990637.2	113803	GTTAAATGCAGGATTCAGGAGCCGGGTCAGATACATTGATGTTTTAGATC	113852

CU104691.12	1701	CAACAAATATGTCTCACTATATTTCTGAAGTTATAGATGCAGGACGAGAT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990637.2	113853	CAACAAATATGTCTCACTATATTTCTGAAGTTATAGATGCAGGACGAGAT	113902

CU104691.12	1751	GGCCCACTGTTTATGGTATTGGATATTCTGTTTGAATGGAGCTATTTGTC	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990637.2	113903	GGCCCACTGTTTATGGTATTGGATATTCTGTTTGAATGGAGCTATTTGTC	113952

CU104691.12	1801	AGATTTTGATTTTTGTGTGTACCTGTGGTATTTTAATTCTTATTTTGTGA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990637.2	113953	AGATTTTGATTTTTGTGTGTACCTGTGGTATTTTAATTCTTATTTTGTGA	114002

CU104691.12	1851	TATTGTGGTGCACTTAATTCTGCCGCAGTTCCTTTCTTGTCTCCTCTGCT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990637.2	114003	TATTGTGGTGCACTTAATTCTGCCGCAGTTCCTTTCTTGTCTCCTCTGCT	114052

CU104691.12	1901	TTAAGTTTTCCATGTAGAGTTGAGGCACACTTTATTTTCTTGTTAGTTTG	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990637.2	114053	TTAAGTTTTCCATGTAGAGTTGAGGCACACTTTATTTTCTTGTTAGTTTG	114102

CU104691.12	1951	ATAACATGTCTATTAAACATTTATCATCAAGGGGTTTCTCCATGAAGCTT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990637.2	114103	ATAACATGTCTATTAAACATTTATCATCAAGGGGTTTCTCCATGAAGCTT	114152

Overview

Query
CU104691.12 - 81572 bps
Hit
CT990637.2 - 114152 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100196520001200011121531141521
Short-link