<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CT990636.5	1	GATCCTGGAGGAGCTGCTGACAATCATCTCAAGTGGGTTGATGAGAAAAC	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990634.3	123946	GATCCTGGAGGAGCTGCTGACAATCATCTCAAGTGGGTTGATGAGAAAAC	123995

CT990636.5	51	ATCTGCGGAGATTGCAGGTCCGCGGGCAGGTCGCCCACAGCTCGCAAAGG	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990634.3	123996	ATCTGCGGAGATTGCAGGTCCGCGGGCAGGTCGCCCACAGCTCGCAAAGG	124045

CT990636.5	101	AAAAGTAGAAGTGGTGTCAGGAGCTCCATCTGCTGGGGGACTCTGGGCTC	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990634.3	124046	AAAAGTAGAAGTGGTGTCAGGAGCTCCATCTGCTGGGGGACTCTGGGCTC	124095

CT990636.5	151	ATTGGCTCTGGGCCCTGGCCACAGATCCTCTGGCTGTGCTGCCAACGGTT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990634.3	124096	ATTGGCTCTGGGCCCTGGCCACAGATCCTCTGGCTGTGCTGCCAACGGTT	124145

CT990636.5	201	TCAGAGCCTTGGAGAATAGGGACCCAGTGGGGATAGAAGATAGGGCAGAG	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990634.3	124146	TCAGAGCCTTGGAGAATAGGGACCCAGTGGGGATAGAAGATAGGGCAGAG	124195

CT990636.5	251	GGAAAGGAGCTTGGGTGGAGCTGTGGGTTCCGGCCTGTGGCTGTGTGCTC	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990634.3	124196	GGAAAGGAGCTTGGGTGGAGCTGTGGGTTCCGGCCTGTGGCTGTGTGCTC	124245

CT990636.5	301	ACCCAGAGAACAGGAGCAGCTGGAGGAGAAGCTGGTGCAGTGGCAGCCCA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990634.3	124246	ACCCAGAGAACAGGAGCAGCTGGAGGAGAAGCTGGTGCAGTGGCAGCCCA	124295

CT990636.5	351	GCGGGCCAGAAAGAGAGCTGGTCCAGACAGGGTCTACAGTGCCACTGCTG	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990634.3	124296	GCGGGCCAGAAAGAGAGCTGGTCCAGACAGGGTCTACAGTGCCACTGCTG	124345

CT990636.5	401	CTGCCTCGGCCACTGTTGTGCTTACTGCTTCTTAGGGCAGAAAGCAAGGG	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990634.3	124346	CTGCCTCGGCCACTGTTGTGCTTACTGCTTCTTAGGGCAGAAAGCAAGGG	124395

CT990636.5	451	CACTGTGCTGACCCACCTGTGCATGAGAGCAGCAGGGGGATGGCCCCGAG	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990634.3	124396	CACTGTGCTGACCCACCTGTGCATGAGAGCAGCAGGGGGATGGCCCCGAG	124445

CT990636.5	501	ACACACCAGGAATCCATGGTTTGATTTATGGTGGTGAATTCTGGAAGAGG	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990634.3	124446	ACACACCAGGAATCCATGGTTTGATTTATGGTGGTGAATTCTGGAAGAGG	124495

CT990636.5	551	TAAGGCTGTTGATCCAGGTGGGACCCAGGTCTGCTCTGAAAAACAAGGGC	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990634.3	124496	TAAGGCTGTTGATCCAGGTGGGACCCAGGTCTGCTCTGAAAAACAAGGGC	124545

CT990636.5	601	TTTAACTTCAAAGATAAGAGTCAAATCAAAAGTCCCCTCCAGTGGCTATT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990634.3	124546	TTTAACTTCAAAGATAAGAGTCAAATCAAAAGTCCCCTCCAGTGGCTATT	124595

CT990636.5	651	TTACATCAAAAGCCAGCCACACAGAGGTGCAAAAATTCTGCCAAGGTCCC	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990634.3	124596	TTACATCAAAAGCCAGCCACACAGAGGTGCAAAAATTCTGCCAAGGTCCC	124645

CT990636.5	701	TTCTTAATTTCTATTGAAAGATTATGGGTCTTTGACCTAACTTCAGTCCA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990634.3	124646	TTCTTAATTTCTATTGAAAGATTATGGGTCTTTGACCTAACTTCAGTCCA	124695

CT990636.5	751	GTGGTCCAAAGTCAAACTTAGGGGGGGGGGGGTCGTTACAGTCTGTCCTA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990634.3	124696	GTGGTCCAAAGTCAAACTTAGGGGGGGGGGGGTCGTTACAGTCTGTCCTA	124745

CT990636.5	801	TCGTCCAATATCACTGAAAACACAAAACAGACACAAAACAGACACAAAAC	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990634.3	124746	TCGTCCAATATCACTGAAAACACAAAACAGACACAAAACAGACACAAAAC	124795

CT990636.5	851	ACACACACACACACACACACACACACACACTGACAAATGCCCAAAAACGG	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990634.3	124796	ACACACACACACACACACACACACACACACTGACAAATGCCCAAAAACGG	124845

CT990636.5	901	ACACAGAAAACACACACTGACAAATGCCTGTATTCTAATGGACAAACAAA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990634.3	124846	ACACAGAAAACACACACTGACAAATGCCTGTATTCTAATGGACAAACAAA	124895

CT990636.5	951	AGCAACACAGAAATGCAAAATGTCGGGAAGTGTGTAAGTCCTCCAATCTA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990634.3	124896	AGCAACACAGAAATGCAAAATGTCGGGAAGTGTGTAAGTCCTCCAATCTA	124945

CT990636.5	1001	GGAAGACTACCAACTCTTCACTCCCCATCCCAGACGGACTCCTGGAATCC	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990634.3	124946	GGAAGACTACCAACTCTTCACTCCCCATCCCAGACGGACTCCTGGAATCC	124995

CT990636.5	1051	TTCCTCTTGCTCTGGGGCGACCCTCAGAGTGGGCAGCCGGTGATTCCAGC	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990634.3	124996	TTCCTCTTGCTCTGGGGCGACCCTCAGAGTGGGCAGCCGGTGATTCCAGC	125045

CT990636.5	1101	ACATCTGCTGTTCACACTCCTTGCCTCATTGTGAGTCGAGGGTGTCCATT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990634.3	125046	ACATCTGCTGTTCACACTCCTTGCCTCATTGTGAGTCGAGGGTGTCCATT	125095

CT990636.5	1151	TCTCACGAAACTTAGCGGCTGCAAATTTCAGCACTGAACCTCGCTGGCTC	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990634.3	125096	TCTCACGAAACTTAGCGGCTGCAAATTTCAGCACTGAACCTCGCTGGCTC	125145

CT990636.5	1201	ACAGAAATATTCTTAGACAAGAAATCTCACCTCCAAGTGGATCTTCGGAG	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990634.3	125146	ACAGAAATATTCTTAGACAAGAAATCTCACCTCCAAGTGGATCTTCGGAG	125195

CT990636.5	1251	ACATGGGTGGTTGCGCCAATCCCAGGATGGGCTCCCAGTGAAAGACCTCA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990634.3	125196	ACATGGGTGGTTGCGCCAATCCCAGGATGGGCTCCCAGTGAAAGACCTCA	125245

CT990636.5	1301	AGAGGAACCCCTCCCTCAAGCCTTGGGATAATAGTGGACCCTCAAGAACT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990634.3	125246	AGAGGAACCCCTCCCTCAAGCCTTGGGATAATAGTGGACCCTCAAGAACT	125295

CT990636.5	1351	CACGAGAGACCAAACTTGATGCAAACCACATGAGGGTTTATTCGGGGAAA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990634.3	125296	CACGAGAGACCAAACTTGATGCAAACCACATGAGGGTTTATTCGGGGAAA	125345

CT990636.5	1401	GCCAGAGCTCTGGGGATGACGCATGTCCCATGCAGGGATAGAGGAGTTGT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990634.3	125346	GCCAGAGCTCTGGGGATGACGCATGTCCCATGCAGGGATAGAGGAGTTGT	125395

CT990636.5	1451	CCCCAAGGGGAAAGGGTCCCAGTTTTTATAGACCCTCAGGGGGGAAAGGA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990634.3	125396	CCCCAAGGGGAAAGGGTCCCAGTTTTTATAGACCCTCAGGGGGGAAAGGA	125445

CT990636.5	1501	GAAGGGGGAGTAGGGGATTTCCAGATCTAAATAATGTCTATTCTCAAGAA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990634.3	125446	GAAGGGGGAGTAGGGGATTTCCAGATCTAAATAATGTCTATTCTCAAGAA	125495

CT990636.5	1551	ATGGGTATGGGAGGGGTACAAGGAAAAAGTCTGATCCAGGTACAGCAACT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990634.3	125496	ATGGGTATGGGAGGGGTACAAGGAAAAAGTCTGATCCAGGTACAGCAACT	125545

CT990636.5	1601	CCAGATTAGCCCCAGCTGTGGTTGCTGGGGAGATTTTCCGACTCTATCAC	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990634.3	125546	CCAGATTAGCCCCAGCTGTGGTTGCTGGGGAGATTTTCCGACTCTATCAC	125595

CT990636.5	1651	AGCAACCAATATCACAAAACCTGGCAGTGAGCTGCAGCAGTGGGCACACA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990634.3	125596	AGCAACCAATATCACAAAACCTGGCAGTGAGCTGCAGCAGTGGGCACACA	125645

CT990636.5	1701	CCTGGGTTCAAGGAACGGTCAGAACATTGGCAGACACATAGTTTCTAGGA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990634.3	125646	CCTGGGTTCAAGGAACGGTCAGAACATTGGCAGACACATAGTTTCTAGGA	125695

CT990636.5	1751	GTGGACAGAGCACTGTGCACCTCTATTTTTCTAAATCAGTGAAGCTAGTT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990634.3	125696	GTGGACAGAGCACTGTGCACCTCTATTTTTCTAAATCAGTGAAGCTAGTT	125745

CT990636.5	1801	CTGCTAACAATGAAATCTATTTTGCCAATTTCAGGGCTTCTGTGACGTTT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990634.3	125746	CTGCTAACAATGAAATCTATTTTGCCAATTTCAGGGCTTCTGTGACGTTT	125795

CT990636.5	1851	TACATTCTGTCAGGATCTTTTAGTCCCATGGTACTGATATCTCCAATATA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990634.3	125796	TACATTCTGTCAGGATCTTTTAGTCCCATGGTACTGATATCTCCAATATA	125845

CT990636.5	1901	CCGGGGTGTTCCACTCCAATGAGGCTTTACCAATAGCCTCTCATAGGCTC	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990634.3	125846	CCGGGGTGTTCCACTCCAATGAGGCTTTACCAATAGCCTCTCATAGGCTC	125895

CT990636.5	1951	TCTTCCTGGTGACAAGCATCACATCCTTTGCATGACCCCTTCAGTCCTGG	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990634.3	125896	TCTTCCTGGTGACAAGCATCACATCCTTTGCATGACCCCTTCAGTCCTGG	125945

Overview

Query
CT990636.5 - 140877 bps
Hit
CT990634.3 - 125945 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link