<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CT476825.1	1	AAGCTTAAAAGGGCTTTGTTGAAATTTCTAAGAAAATTAGAATTTAAAGA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990624.4	123041	AAGCTTAAAAGGGCTTTGTTGAAATTTCTAAGAAAATTAGAATTTAAAGA	123090

CT476825.1	51	TAACTTCATTTTTAACACAATATTTTTTTTTGATGGGATATGAGTATGTA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990624.4	123091	TAACTTCATTTTTAACACAATATTTTTTTTTGATGGGATATGAGTATGTA	123140

CT476825.1	101	TATCGATTTTTTTTCATGTGTGAATTTTATTAAGGAACTATTTTGAATCG	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990624.4	123141	TATCGATTTTTTTTCATGTGTGAATTTTATTAAGGAACTATTTTGAATCG	123190

CT476825.1	151	TTTACAGAAGGTAGTTCATTTAAATATGACTCTAGAATCTAACAAAAATC	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990624.4	123191	TTTACAGAAGGTAGTTCATTTAAATATGACTCTAGAATCTAACAAAAATC	123240

CT476825.1	201	AAGTCATCTAAGAATAAAATGAAAACATGAACTACAAATAGTATTAGATA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990624.4	123241	AAGTCATCTAAGAATAAAATGAAAACATGAACTACAAATAGTATTAGATA	123290

CT476825.1	251	AAGAAAACAAAGATGGTGAATAGAAAGTACTTACGCCTTGCTAACTCATT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990624.4	123291	AAGAAAACAAAGATGGTGAATAGAAAGTACTTACGCCTTGCTAACTCATT	123340

CT476825.1	301	GATTTGATTTTGTAAAAATCTATGGAGATGATTCAAGGTGAAAATGAATT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990624.4	123341	GATTTGATTTTGTAAAAATCTATGGAGATGATTCAAGGTGAAAATGAATT	123390

CT476825.1	351	TTGTCATCGTCAAAGACGTTCTACTCTTCAGTTATATGAGATCTCTTTAT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990624.4	123391	TTGTCATCGTCAAAGACGTTCTACTCTTCAGTTATATGAGATCTCTTTAT	123440

CT476825.1	401	CACAGCCGTTGCAGATGGAAGACATAGAGTATGATGTGATATGTCTAGTA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990624.4	123441	CACAGCCGTTGCAGATGGAAGACATAGAGTATGATGTGATATGTCTAGTA	123490

CT476825.1	451	GAACAAAACTTTTTGTATAAAATAAAAATAGGACTCTAAGGTTTCTTGAA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990624.4	123491	GAACAAAACTTTTTGTATAAAATAAAAATAGGACTCTAAGGTTTCTTGAA	123540

CT476825.1	501	GATTCTGCTAACTTTGCTAAAAAGGACTTTTTCAAAACTAAATATGCAAA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990624.4	123541	GATTCTGCTAACTTTGCTAAAAAGGACTTTTTCAAAACTAAATATGCAAA	123590

CT476825.1	551	CTAGCTCCAAATCATAATTTATTGGTTCAAAGAACACCATTTATCATTTA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990624.4	123591	CTAGCTCCAAATCATAATTTATTGGTTCAAAGAACACCATTTATCATTTA	123640

CT476825.1	601	AAATTAAACAATTGTATATCTTTATACGTAGGTCTTCAATAATGTTAAAT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990624.4	123641	AAATTAAACAATTGTATATCTTTATACGTAGGTCTTCAATAATGTTAAAT	123690

CT476825.1	651	ATTTTCCACCATCGAAACGATAAAAGACTAGCATCTCAGCCTCGAAGTCT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990624.4	123691	ATTTTCCACCATCGAAACGATAAAAGACTAGCATCTCAGCCTCGAAGTCT	123740

CT476825.1	701	TAAATTGCAAAGTAGTTTTTCCATCTTCAAAGTTTAAATTACACGATTAA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990624.4	123741	TAAATTGCAAAGTAGTTTTTCCATCTTCAAAGTTTAAATTACACGATTAA	123790

CT476825.1	751	AAATAAAAATAAATAAATTTATTCCCTTCCAATATCTCGATTTTTCATCT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990624.4	123791	AAATAAAAATAAATAAATTTATTCCCTTCCAATATCTCGATTTTTCATCT	123840

CT476825.1	801	TCAGACCCCCTTCTTCACTAAAAATTAGGTCATTCATCAAGTAATTACTC	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990624.4	123841	TCAGACCCCCTTCTTCACTAAAAATTAGGTCATTCATCAAGTAATTACTC	123890

CT476825.1	851	TCCAATCATAAAAGAATTTTCGAGTTCATCTATTATATTATTGTTAGTTC	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990624.4	123891	TCCAATCATAAAAGAATTTTCGAGTTCATCTATTATATTATTGTTAGTTC	123940

CT476825.1	901	TCAACCATTATTATTAAATTCTTGAGTCATGGGTAGAGGGGTAGTACCCT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990624.4	123941	TCAACCATTATTATTAAATTCTTGAGTCATGGGTAGAGGGGTAGTACCCT	123990

CT476825.1	951	ACAGATTACAAGAGACACGAGTAGTAGATTACTTTGTTATCCTTAAAAAA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990624.4	123991	ACAGATTACAAGAGACACGAGTAGTAGATTACTTTGTTATCCTTAAAAAA	124040

CT476825.1	1001	GAGTTCCCTCGTTGTTTACTTTTTGTTCTTGGTCACAAACATAGGTTGAA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990624.4	124041	GAGTTCCCTCGTTGTTTACTTTTTGTTCTTGGTCACAAACATAGGTTGAA	124090

CT476825.1	1051	CTACACAGTGGAATAGAGAAATGATTGTTTATATATTATGCCCCCTTCTT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990624.4	124091	CTACACAGTGGAATAGAGAAATGATTGTTTATATATTATGCCCCCTTCTT	124140

CT476825.1	1101	AGCTAGGTCGTAAGTCACTTGATTCTCTACTCGATATCTATAGTTATTCC	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990624.4	124141	AGCTAGGTCGTAAGTCACTTGATTCTCTACTCGATATCTATAGTTATTCC	124190

CT476825.1	1151	ATCAATTTTGATATTAAAAATCATATTTTTGAGGTTGACAACTATCATTC	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990624.4	124191	ATCAATTTTGATATTAAAAATCATATTTTTGAGGTTGACAACTATCATTC	124240

CT476825.1	1201	TTTTCTGAGTAAACTAGAAAATTCTTTTTATCGTTATCAAAACTCGAGTT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990624.4	124241	TTTTCTGAGTAAACTAGAAAATTCTTTTTATCGTTATCAAAACTCGAGTT	124290

CT476825.1	1251	ATATGAATCATTGATTTAGGCGTGAAGATCCCTACTATAATTCTTATATG	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990624.4	124291	ATATGAATCATTGATTTAGGCGTGAAGATCCCTACTATAATTCTTATATG	124340

CT476825.1	1301	TTATCATGTATGTCACTTGATTCTCTACTCAATATAAACTCTAGCTAGAG	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990624.4	124341	TTATCATGTATGTCACTTGATTCTCTACTCAATATAAACTCTAGCTAGAG	124390

CT476825.1	1351	GGTTCCTTAGCAGGAAGAGTAGTGCCCTCCAATCATTTAAGATGTTAGAT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990624.4	124391	GGTTCCTTAGCAGGAAGAGTAGTGCCCTCCAATCATTTAAGATGTTAGAT	124440

CT476825.1	1401	AGAGCAGGACAATCATTTTGTAAATAATTTGTAATTTACATACAATGTAT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990624.4	124441	AGAGCAGGACAATCATTTTGTAAATAATTTGTAATTTACATACAATGTAT	124490

CT476825.1	1451	ATTAATATATAGTTGCATCAACATATTTTGTAGTGCAATTTTAGCCCCTA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990624.4	124491	ATTAATATATAGTTGCATCAACATATTTTGTAGTGCAATTTTAGCCCCTA	124540

CT476825.1	1501	TGATACGCCACATAGCTGGTTTGGATCATTAGCTTTGAATATTCCCCATG	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990624.4	124541	TGATACGCCACATAGCTGGTTTGGATCATTAGCTTTGAATATTCCCCATG	124590

CT476825.1	1551	AAACTATCATTGTAGCTTTGAAGATATTCCCTATGATACTATCAATCAAA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990624.4	124591	AAACTATCATTGTAGCTTTGAAGATATTCCCTATGATACTATCAATCAAA	124640

CT476825.1	1601	CTCTAACAACCCTAAAAATGGATAAGATAAGTAATGCTTCATGTGTCTAG	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990624.4	124641	CTCTAACAACCCTAAAAATGGATAAGATAAGTAATGCTTCATGTGTCTAG	124690

CT476825.1	1651	AACTCCTATAGTTATACCAGGGTTCACACGGATTGATGCGCGTAGAACCA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990624.4	124691	AACTCCTATAGTTATACCAGGGTTCACACGGATTGATGCGCGTAGAACCA	124740

CT476825.1	1701	GACCTCGGAACCCTTGGTACAGCCAAGCCAACTAACTTCAGGAATTAGTT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990624.4	124741	GACCTCGGAACCCTTGGTACAGCCAAGCCAACTAACTTCAGGAATTAGTT	124790

CT476825.1	1751	GAACTTGGAAAGGTTGAGTCCAACCATATAGGGCTCTCAAATACGAAAAT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990624.4	124791	GAACTTGGAAAGGTTGAGTCCAACCATATAGGGCTCTCAAATACGAAAAT	124840

CT476825.1	1801	TTATTAGAATGAGTTTTTATCATACATAAAAAGGATAAATCATAGTTTTG	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990624.4	124841	TTATTAGAATGAGTTTTTATCATACATAAAAAGGATAAATCATAGTTTTG	124890

CT476825.1	1851	AAGGGTCTAATGGTCCTTTTCAAGGCGAAAGGTAGTATCGTATTTACCCT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990624.4	124891	AAGGGTCTAATGGTCCTTTTCAAGGCGAAAGGTAGTATCGTATTTACCCT	124940

CT476825.1	1901	AGATATATAATTAATTATTAAAATAATAAGATGGAGGGGCTTTTTGGGGA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990624.4	124941	AGATATATAATTAATTATTAAAATAATAAGATGGAGGGGCTTTTTGGGGA	124990

CT476825.1	1951	GAGAGGACCGAAAATGGGCTCTTGAAGTAAAGTCTTGCTCCACCCGGGTT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990624.4	124991	GAGAGGACCGAAAATGGGCTCTTGAAGTAAAGTCTTGCTCCACCCGGGTT	125040

Overview

Query
CT476825.1 - 160432 bps
Hit
CT990624.4 - 125040 bps
Total alignments
20
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100189520001200011230411250401
282.16177456394143961340638481
3855801060141338142397-122629236881
490.5314262007158424160430122629246351
588.0110861750139562141311-123679254281
684.719161789137431139219-125428271931
784.118501855156244158098127089288881
892.66113154157120157273128034281831
9966477157120157196128109281831
1079.43171553135813136365-128187287401
1181.1858117194855250270-141118428011
1279.291665331097011502142792433221
1383.6374817172494526661-150425521281
1498.4643651550815572-152883529471
1597.873147133321133367-152896529421
1680.992898641712117984155973568351
1710040542443824491158562586151
1884.692044272623526661-188040884701
1982.3541810652513626200-188473895251
2083.41062451308155211115301117761
Short-link