<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CT963096.1	1	GAATTCCAAACGCCAAAAGGAGAAAGTAGAGCCAGGTGGCTTCAAGAACA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990573.1	130097	GAATTCCAAACGCCAAAAGGAGAAAGTAGAGCCAGGTGGCTTCAAGAACA	130146

CT963096.1	51	ATCGCTAAAAGTTGTCTTTAGAGCTGAGTTCTGGGCAGAGGAGCCACCAT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990573.1	130147	ATCGCTAAAAGTTGTCTTTAGAGCTGAGTTCTGGGCAGAGGAGCCACCAT	130196

CT963096.1	101	ACACCAGGCCAGTACCCTTCCTGCAGTGGCCCAGCAAGACCCAAGACAAG	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990573.1	130197	ACACCAGGCCAGTACCCTTCCTGCAGTGGCCCAGCAAGACCCAAGACAAG	130246

CT963096.1	151	CTTGGGCATGAAGGGCCTCTCTATATGCTACTCTGGGAGCCTAAGTGGCT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990573.1	130247	CTTGGGCATGAAGGGCCTCTCTATATGCTACTCTGGGAGCCTAAGTGGCT	130296

CT963096.1	201	AGAAAGGATGCAGAGCCCAGAAGAACAAGCTAAGACCACCCTGTGCCCTG	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990573.1	130297	AGAAAGGATGCAGAGCCCAGAAGAACAAGCTAAGACCACCCTGTGCCCTG	130346

CT963096.1	251	CCCTCAAGGCAAGAAGCATGGCAGGCAATCTCCCCAGGCTCCTTGTGCAA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990573.1	130347	CCCTCAAGGCAAGAAGCATGGCAGGCAATCTCCCCAGGCTCCTTGTGCAA	130396

CT963096.1	301	CACATCCAGTGGACAGCAGCATGTTCCACTTCACAGCTAGGTAAGCAGAG	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990573.1	130397	CACATCCAGTGGACAGCAGCATGTTCCACTTCACAGCTAGGTAAGCAGAG	130446

CT963096.1	351	GCAACAAGGAGCATGCATGGCCACGTGCAGTCCCACCTCACAGGGCAACC	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990573.1	130447	GCAACAAGGAGCATGCATGGCCACGTGCAGTCCCACCTCACAGGGCAACC	130496

CT963096.1	401	CCTGACCCCCAAGCTTTGCTAGACAGATTAGCCAGCAAACACTGTGGCCA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990573.1	130497	CCTGACCCCCAAGCTTTGCTAGACAGATTAGCCAGCAAACACTGTGGCCA	130546

CT963096.1	451	GCTACCAAGATCCAGGATAGAGCATAAATGAAGTACAGACATCCCACTGG	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990573.1	130547	GCTACCAAGATCCAGGATAGAGCATAAATGAAGTACAGACATCCCACTGG	130596

CT963096.1	501	CCAACTCCCCCACAGGTCCTTCTGTTGCCAGGTTGGCATCTGATGGCTCT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990573.1	130597	CCAACTCCCCCACAGGTCCTTCTGTTGCCAGGTTGGCATCTGATGGCTCT	130646

CT963096.1	551	TTGTTGGGTATCAAACATTTTTAAGATAGCCCCTGAAAGTGGCCTATGAA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990573.1	130647	TTGTTGGGTATCAAACATTTTTAAGATAGCCCCTGAAAGTGGCCTATGAA	130696

CT963096.1	601	TGTCCCCCAAAGGCTATCCTCTCACAATCCTACAGAAGGTCCTGAGCTCA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990573.1	130697	TGTCCCCCAAAGGCTATCCTCTCACAATCCTACAGAAGGTCCTGAGCTCA	130746

CT963096.1	651	CCAGCAAGGATTCCCCAGGTTAAATATGTTCCAGACCTTGAACCCAAGCC	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990573.1	130747	CCAGCAAGGATTCCCCAGGTTAAATATGTTCCAGACCTTGAACCCAAGCC	130796

CT963096.1	701	CTGGTATTCCCACCTCAATCCAAGTTGGCTTAGGCAATCTGGTCTGAACA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990573.1	130797	CTGGTATTCCCACCTCAATCCAAGTTGGCTTAGGCAATCTGGTCTGAACA	130846

CT963096.1	751	AGGCCAGAAAAGCTTAAGAACTCAGCCACAACTTACTGTTCCTCACCCAT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990573.1	130847	AGGCCAGAAAAGCTTAAGAACTCAGCCACAACTTACTGTTCCTCACCCAT	130896

CT963096.1	801	GACAGCCAGGGCAAGCAAGAGATTCTATTTATGGGTAGCTAGACAAGCTA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990573.1	130897	GACAGCCAGGGCAAGCAAGAGATTCTATTTATGGGTAGCTAGACAAGCTA	130946

CT963096.1	851	GGAAGATCCTATGGATGGCCAAGAAGACCCAGAAGGGTCCTACACATGAC	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990573.1	130947	GGAAGATCCTATGGATGGCCAAGAAGACCCAGAAGGGTCCTACACATGAC	130996

CT963096.1	901	CATGAAATCCAGGCAAACTCTGAGGCGACTGGAGAGTTGAAGGAGTGGGC	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990573.1	130997	CATGAAATCCAGGCAAACTCTGAGGCGACTGGAGAGTTGAAGGAGTGGGC	131046

CT963096.1	951	ACATTCAAAGGAGCCCTTGCACTGTTTGCTGTCTTCAAAGGCCTGTCAAG	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990573.1	131047	ACATTCAAAGGAGCCCTTGCACTGTTTGCTGTCTTCAAAGGCCTGTCAAG	131096

CT963096.1	1001	GTGACAGTGGCACAGTGAGGTCCTAGACTCTAGACACTCTTAAGACTCTA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990573.1	131097	GTGACAGTGGCACAGTGAGGTCCTAGACTCTAGACACTCTTAAGACTCTA	131146

CT963096.1	1051	GCCCATATCCTGCCCCTAGCAACTTGGCCAATACGATATCTTTGAAGCCA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990573.1	131147	GCCCATATCCTGCCCCTAGCAACTTGGCCAATACGATATCTTTGAAGCCA	131196

CT963096.1	1101	CACAGACTCCTCCAAACCCCAGTTGATTCAAGTGGGATCCATGGGGTCAT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990573.1	131197	CACAGACTCCTCCAAACCCCAGTTGATTCAAGTGGGATCCATGGGGTCAT	131246

CT963096.1	1151	TGTGAGCTTGGGAAATGTCCAGGGAAGCTTCAGGGACACCCTTGATTAGC	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990573.1	131247	TGTGAGCTTGGGAAATGTCCAGGGAAGCTTCAGGGACACCCTTGATTAGC	131296

CT963096.1	1201	ACACACAGGCTTGATAGACCCTGTGGCAGCTGTCCCATAGGAGGTTTCAA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990573.1	131297	ACACACAGGCTTGATAGACCCTGTGGCAGCTGTCCCATAGGAGGTTTCAA	131346

CT963096.1	1251	ACAGCCCCACCCCCACCCCAAGAACTCTCCTTAAGGACTCTATCCACTAG	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990573.1	131347	ACAGCCCCACCCCCACCCCAAGAACTCTCCTTAAGGACTCTATCCACTAG	131396

CT963096.1	1301	CAAATGAGATGTGTCCACAGGTGCTCAATTGTGGGTTAGTAAACATTCAT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990573.1	131397	CAAATGAGATGTGTCCACAGGTGCTCAATTGTGGGTTAGTAAACATTCAT	131446

CT963096.1	1351	GAAGCCATCCATCTCCATGAGCCAACTGATGCTTTTCTCCTGCCTACTCA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990573.1	131447	GAAGCCATCCATCTCCATGAGCCAACTGATGCTTTTCTCCTGCCTACTCA	131496

CT963096.1	1401	GATTAGCTGTGTGTTTAAAGTTGCATGAAGCTAGACCAAGACTAGCCTCA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990573.1	131497	GATTAGCTGTGTGTTTAAAGTTGCATGAAGCTAGACCAAGACTAGCCTCA	131546

CT963096.1	1451	GACAACCCTCCTTTGGTACAGAACTCACCAAGGCCTTGGACCGGTCATGG	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990573.1	131547	GACAACCCTCCTTTGGTACAGAACTCACCAAGGCCTTGGACCGGTCATGG	131596

CT963096.1	1501	ACTCTGGCTTCACCTGCCAGGATCAACCTAGCTTTAGCTTCCACCCCCTG	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990573.1	131597	ACTCTGGCTTCACCTGCCAGGATCAACCTAGCTTTAGCTTCCACCCCCTG	131646

CT963096.1	1551	TACTCTTAAGCCCTGGCTTCAGTTTCCCCATGTGAGCCTTCCAGCCTGGA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990573.1	131647	TACTCTTAAGCCCTGGCTTCAGTTTCCCCATGTGAGCCTTCCAGCCTGGA	131696

CT963096.1	1601	TAATCCTATCCAGCCCTTTCAGACTACAAACAAGTATTAGGACAGAGAAG	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990573.1	131697	TAATCCTATCCAGCCCTTTCAGACTACAAACAAGTATTAGGACAGAGAAG	131746

CT963096.1	1651	CCAGTACAGAAAGCATCAATAGCCTACCTGGGACACAGACTTCACTCACG	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990573.1	131747	CCAGTACAGAAAGCATCAATAGCCTACCTGGGACACAGACTTCACTCACG	131796

CT963096.1	1701	ACACACACTTGTCCAGGAAGATGGGATCCATTCCCTGCCTGCCTCTTGTC	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990573.1	131797	ACACACACTTGTCCAGGAAGATGGGATCCATTCCCTGCCTGCCTCTTGTC	131846

CT963096.1	1751	CTCAGGGCTCTAGTCACCCAGGTTTTGAGGCCAGCGGTCAGCAATTGGCT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990573.1	131847	CTCAGGGCTCTAGTCACCCAGGTTTTGAGGCCAGCGGTCAGCAATTGGCT	131896

CT963096.1	1801	GAGTCATCCCATGGTTTTCCCTAAAGCAGCTTTGCAGGTTTGACAATATG	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990573.1	131897	GAGTCATCCCATGGTTTTCCCTAAAGCAGCTTTGCAGGTTTGACAATATG	131946

CT963096.1	1851	ACGTCAGCTGTCAGAACCTCTGGCTCCACCCCTGCATCACAGGCATTCCC	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990573.1	131947	ACGTCAGCTGTCAGAACCTCTGGCTCCACCCCTGCATCACAGGCATTCCC	131996

CT963096.1	1901	TTTACACTAGTTCCCAATATAGACATGAGGAAGACCCCTGATGTACTGAC	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990573.1	131997	TTTACACTAGTTCCCAATATAGACATGAGGAAGACCCCTGATGTACTGAC	132046

CT963096.1	1951	AGAGCATGCTGGAGGAACCATCCCAGGTGCTCAGCAGCTGAGGTCCTCTC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990573.1	132047	AGAGCATGCTGGAGGAACCATCCCAGGTGCTCAGCAGCTGAGGTCCTCTC	132096

Overview

Query
CT963096.1 - 164625 bps
Hit
CT990573.1 - 132096 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link