<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 450 bps

Full alignment

CU468273.1	1	TTCACAAACTATTTCTCTAAGTACCCTAAAGCTTTAGAAGTGTTTCTAGG	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990572.1	172621	TTCACAAACTATTTCTCTAAGTACCCTAAAGCTTTAGAAGTGTTTCTAGG	172670

CU468273.1	51	GCTGGAGAGATGGCAGGTAAGAGCATATGGAGTCCAGGCAGAGCAGTACA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990572.1	172671	GCTGGAGAGATGGCAGGTAAGAGCATATGGAGTCCAGGCAGAGCAGTACA	172720

CU468273.1	101	CATCGTTATCCAAGCACTCGGGAGGCAAAGAAAGGTGGATCTCTGTGAGT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990572.1	172721	CATCGTTATCCAAGCACTCGGGAGGCAAAGAAAGGTGGATCTCTGTGAGT	172770

CU468273.1	151	TCCAGGATAGTCAGGGCTTGTCTTAAAACAACAAGACCATAACTCCCAAA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990572.1	172771	TCCAGGATAGTCAGGGCTTGTCTTAAAACAACAAGACCATAACTCCCAAA	172820

CU468273.1	201	AAACAAACATATGCTGTTCTTACAGAAGGCCAGAGTTTGGTTCCCAGCAA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990572.1	172821	AAACAAACATATGCTGTTCTTACAGAAGGCCAGAGTTTGGTTCCCAGCAA	172870

CU468273.1	251	CCATGCAAGAGGCTCACTGTCACCTGTAACTGCAGTTCATGAGAATCTGA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990572.1	172871	CCATGCAAGAGGCTCACTGTCACCTGTAACTGCAGTTCATGAGAATCTGA	172920

CU468273.1	301	TGTCATCTCTGGCCTTCTCAGGAATTGCAGACAAAAGTGACATACTTAAC	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990572.1	172921	TGTCATCTCTGGCCTTCTCAGGAATTGCAGACAAAAGTGACATACTTAAC	172970

CU468273.1	351	AACCCTTTAGGAAACACTTATACAAATAAGCAAAAGCAAATACTAAAATA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990572.1	172971	AACCCTTTAGGAAACACTTATACAAATAAGCAAAAGCAAATACTAAAATA	173020

CU468273.1	401	AATAAATAAATAAACAAATAAATAAAATCTAATTTTGTTTGATCTTTTAT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
CT990572.1	173021	AATAAATAAATAAACAAATAAATAAAATCTAATTTTGTTTGGTCTTTTAT	173070

CU468273.1	451	TACTCAAAGCCTCAAGTAATTGTAAAGAAATAACTGGTTTTACTTTATTT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990572.1	173071	TACTCAAAGCCTCAAGTAATTGTAAAGAAATAACTGGTTTTACTTTATTT	173120

CU468273.1	501	TATTGTAGTACTGAGGATTAAACCCAGGGCTCACTCTGGGCACTAATTAA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990572.1	173121	TATTGTAGTACTGAGGATTAAACCCAGGGCTCACTCTGGGCACTAATTAA	173170

CU468273.1	551	TTAGCAATGTGCTATATTTCTAGCTCTGCAACAGATGATTTTAAAGTTGG	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990572.1	173171	TTAGCAATGTGCTATATTTCTAGCTCTGCAACAGATGATTTTAAAGTTGG	173220

CU468273.1	601	TTTTTGTTTTTTTTGTTTTTGTTTTTCGAGACAGGGTTTTTTTGTGTAGC	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990572.1	173221	TTTTTGTTTTTTTTGTTTTTGTTTTTCGAGACAGGGTTTTTTTGTGTAGC	173270

CU468273.1	651	CCTGGCTGTCCTGGAACTCACTTTGTAGATCAGGCTGGCCTCGAACTCAG	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990572.1	173271	CCTGGCTGTCCTGGAACTCACTTTGTAGATCAGGCTGGCCTCGAACTCAG	173320

CU468273.1	701	AAATCCACCTGCCTCTGCCTCTGCCTCCTGAGTGCTGAGTGTGTGTGCCA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990572.1	173321	AAATCCACCTGCCTCTGCCTCTGCCTCCTGAGTGCTGAGTGTGTGTGCCA	173370

CU468273.1	751	CCATTGGCGCAACAGATGATTTTAAAGATTAATGTTTGTGTTTATGAGTG	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990572.1	173371	CCATTGGCGCAACAGATGATTTTAAAGATTAATGTTTGTGTTTATGAGTG	173420

CU468273.1	801	TATGCCTGCTTGAATGCATATACACCATGTATGTGCAGTGATTGAGGAGG	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990572.1	173421	TATGCCTGCTTGAATGCATATACACCATGTATGTGCAGTGATTGAGGAGG	173470

CU468273.1	851	CCAGAAGAGAACAGCAGAATCCTGGGACTAGAATTACAAACGTGTAGGTG	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990572.1	173471	CCAGAAGAGAACAGCAGAATCCTGGGACTAGAATTACAAACGTGTAGGTG	173520

CU468273.1	901	CTGGGAACTGAGTCCTATTCCTCTACAAGAATAGCCAGTACTTAATGCCC	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990572.1	173521	CTGGGAACTGAGTCCTATTCCTCTACAAGAATAGCCAGTACTTAATGCCC	173570

CU468273.1	951	TCCAGACACTGATACATGCAACATGAAACAGAGGCAAATAACAAAACAAA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990572.1	173571	TCCAGACACTGATACATGCAACATGAAACAGAGGCAAATAACAAAACAAA	173620

CU468273.1	1001	ACAGCAACAACAAAAAACCCCAAGAAACAAAAAAACAAAAGCCAAAACCA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990572.1	173621	ACAGCAACAACAAAAAACCCCAAGAAACAAAAAAACAAAAGCCAAAACCA	173670

CU468273.1	1051	TAAAAACCCCAAACTTTATGTGGAGATCATTGATCACATAGGGGATTGAA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990572.1	173671	TAAAAACCCCAAACTTTATGTGGAGATCATTGATCACATAGGGGATTGAA	173720

CU468273.1	1101	AGATCATGTGTGGAACCATGATATCACACAAGCTAATAGAGCCTATAAAT	1150
			|||||||||||||||||||            |||||||||||||||||||
CT990572.1	173721	AGATCATGTGTGGAACCAT------------GCTAATAGAGCCTATAAAT	173758

CU468273.1	1151	GAATAGGTGATTCACTATTTACCATCATCATGTCTCACTTTTCTCATCTG	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990572.1	173759	GAATAGGTGATTCACTATTTACCATCATCATGTCTCACTTTTCTCATCTG	173808

CU468273.1	1201	TAAAATGGGGATAGTAATATACTTACTATTTAGGGTTGTGAAATTAAATA	1250
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
CT990572.1	173809	TAAAATGGGGATAGTAATATACTTACTATTTAGGGTGGTGAAATTAAATA	173858

CU468273.1	1251	ATGCATATAGAACAGTTCATATGTTCCCAGGACGTTCTATCTCCTCCCCA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990572.1	173859	ATGCATATAGAACAGTTCATATGTTCCCAGGACGTTCTATCTCCTCCCCA	173908

CU468273.1	1301	CTTCCTTCTCTGAGTAACCTACCTTGACTGATACCCAAACACTGGGAAGG	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990572.1	173909	CTTCCTTCTCTGAGTAACCTACCTTGACTGATACCCAAACACTGGGAAGG	173958

CU468273.1	1351	AGCTCAAACTAAGCACACAAATCAACTGAGCTCTTTAACAAAAAAACAAA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990572.1	173959	AGCTCAAACTAAGCACACAAATCAACTGAGCTCTTTAACAAAAAAACAAA	174008

CU468273.1	1401	CAAAAAACTATTGAGCACTGAGGCTCACTTCTTTATATTTGCATCTCTAT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990572.1	174009	CAAAAAACTATTGAGCACTGAGGCTCACTTCTTTATATTTGCATCTCTAT	174058

CU468273.1	1451	GGTACATACTCTGGTAAAAAATTCTCCACAGCATCAACCCTTAGGGCCCA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990572.1	174059	GGTACATACTCTGGTAAAAAATTCTCCACAGCATCAACCCTTAGGGCCCA	174108

CU468273.1	1501	TCTATACATTCGTGGGAGCCATCCTCATTCATACTTACCACTGTGCTCTG	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990572.1	174109	TCTATACATTCGTGGGAGCCATCCTCATTCATACTTACCACTGTGCTCTG	174158

CU468273.1	1551	ATCTCATAGCTCGTCAGTGTTGTCCAGCCTTCAGCAGGAGTCTGGTTCAT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990572.1	174159	ATCTCATAGCTCGTCAGTGTTGTCCAGCCTTCAGCAGGAGTCTGGTTCAT	174208

CU468273.1	1601	AGATAGGATATCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTATATATATATATATATA	1650
			||||||||| ||||||||||||||||||||||        | | | | | 
CT990572.1	174209	AGATAGGATCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTC--------TCTCTCTCTC	174250

CU468273.1	1651	TATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATCTGTGTG	1700
			| | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | ||||||
CT990572.1	174251	TCTCTCTCTCTCTCTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG	174300

CU468273.1	1701	TGTATCTGTCTGTCTATCATCTATCTATGTATCTATCTATGTATC--TCT	1748
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||
CT990572.1	174301	TGTATCTGTCTGTCTATCATCTATCTATGTATCTATCTATGTATCTATCT	174350

CU468273.1	1749	ATGTATCTATCTATGTATCTATCTATGTATCTATCTATGTATCTATCTAT	1798
			|||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||    |||||||
CT990572.1	174351	ATGTATCTATCTATGTATCTATCTATCTATGTATCTATG----TATCTAT	174396

CU468273.1	1799	CTATGTATCTATGTATCTATCCATGTATCTATCTGTCTGTCTATCTATCT	1848
			| |||||||||| | ||| ||    ||||||||| ||| |||||||||||
CT990572.1	174397	CCATGTATCTATCTGTCTGTC----TATCTATCTATCTATCTATCTATCT	174442

CU468273.1	1849	ATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTCTTTCT	1898
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990572.1	174443	ATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTCTTTCT	174492

CU468273.1	1899	GGTGGTCTCTGCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTA	1948
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990572.1	174493	GGTGGTCTCTGCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTA	174542

CU468273.1	1949	TCTATCTATCTCTTTCTGGTATTCTCTGCCCATTTAATTCTGTCAGGAAT	1998
			||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||
CT990572.1	174543	TCTATCTATCTCTTTCTGGTGGTCTCTGCCCATTTAATTCTGTCAGGAAT	174592

CU468273.1	1999	TC	2000
			||
CT990572.1	174593	TC	174594

Compact alignment

skip 400 bps 100% identity alignment

CU468273.1	401	AATAAATAAATAAACAAATAAATAAAATCTAATTTTGTTTGATCTTTTAT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
CT990572.1	173021	AATAAATAAATAAACAAATAAATAAAATCTAATTTTGTTTGGTCTTTTAT	173070

skip 650 bps 100% identity alignment

CU468273.1	1101	AGATCATGTGTGGAACCATGATATCACACAAGCTAATAGAGCCTATAAAT	1150
			|||||||||||||||||||            |||||||||||||||||||
CT990572.1	173721	AGATCATGTGTGGAACCAT------------GCTAATAGAGCCTATAAAT	173758

skip 50 bps 100% identity alignment

CU468273.1	1201	TAAAATGGGGATAGTAATATACTTACTATTTAGGGTTGTGAAATTAAATA	1250
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
CT990572.1	173809	TAAAATGGGGATAGTAATATACTTACTATTTAGGGTGGTGAAATTAAATA	173858

skip 350 bps 100% identity alignment

CU468273.1	1601	AGATAGGATATCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTATATATATATATATATA	1650
			||||||||| ||||||||||||||||||||||        | | | | | 
CT990572.1	174209	AGATAGGATCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTC--------TCTCTCTCTC	174250

CU468273.1	1651	TATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATCTGTGTG	1700
			| | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | | ||||||
CT990572.1	174251	TCTCTCTCTCTCTCTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG	174300

CU468273.1	1701	TGTATCTGTCTGTCTATCATCTATCTATGTATCTATCTATGTATC--TCT	1748
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||
CT990572.1	174301	TGTATCTGTCTGTCTATCATCTATCTATGTATCTATCTATGTATCTATCT	174350

CU468273.1	1749	ATGTATCTATCTATGTATCTATCTATGTATCTATCTATGTATCTATCTAT	1798
			|||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||    |||||||
CT990572.1	174351	ATGTATCTATCTATGTATCTATCTATCTATGTATCTATG----TATCTAT	174396

CU468273.1	1799	CTATGTATCTATGTATCTATCCATGTATCTATCTGTCTGTCTATCTATCT	1848
			| |||||||||| | ||| ||    ||||||||| ||| |||||||||||
CT990572.1	174397	CCATGTATCTATCTGTCTGTC----TATCTATCTATCTATCTATCTATCT	174442

skip 100 bps 100% identity alignment

CU468273.1	1949	TCTATCTATCTCTTTCTGGTATTCTCTGCCCATTTAATTCTGTCAGGAAT	1998
			||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||
CT990572.1	174543	TCTATCTATCTCTTTCTGGTGGTCTCTGCCCATTTAATTCTGTCAGGAAT	174592

skip 2 bps 100% identity alignment

Overview

Query
CU468273.1 - 99645 bps
Hit
CT990572.1 - 174594 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
197.9716020001200011726211745941
Short-link