<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU074337.8	1	TATGTAGTGGATTGTTCATCTCCTATATATCCTATGTGAAAGTAGGTCAA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990488.10	115226	TATGTAGTGGATTGTTCATCTCCTATATATCCTATGTGAAAGTAGGTCAA	115275

CU074337.8	51	CTGACCGTTTATATTTGATCGTAAGTTTTGTATAGATTCTTTTTAACATT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990488.10	115276	CTGACCGTTTATATTTGATCGTAAGTTTTGTATAGATTCTTTTTAACATT	115325

CU074337.8	101	TTAAATTATCAATTATTGTGACTTATAGTACTTTTTACATAGTTTACAAA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990488.10	115326	TTAAATTATCAATTATTGTGACTTATAGTACTTTTTACATAGTTTACAAA	115375

CU074337.8	151	TATATAATTTGACAACAACCTAATTTGATCCTCCATCCTATTAATAGAAA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990488.10	115376	TATATAATTTGACAACAACCTAATTTGATCCTCCATCCTATTAATAGAAA	115425

CU074337.8	201	TAAAGGGATCTCACCAATAGAAATAAAGGTTTTTCTATTATGAATTAATA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990488.10	115426	TAAAGGGATCTCACCAATAGAAATAAAGGTTTTTCTATTATGAATTAATA	115475

CU074337.8	251	AAAAGTTCATGTGATAAAACATAGTATTTCCACTTAGTTTTAGCGAATCA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990488.10	115476	AAAAGTTCATGTGATAAAACATAGTATTTCCACTTAGTTTTAGCGAATCA	115525

CU074337.8	301	TATGCCAATAAGTTGATATCAACATACGAATCGCTTATGAAATGATTTCT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990488.10	115526	TATGCCAATAAGTTGATATCAACATACGAATCGCTTATGAAATGATTTCT	115575

CU074337.8	351	TGCAAATTTATAAGAATTATTTTAAATAAAATTGAGTTTTTTTGTACCTA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990488.10	115576	TGCAAATTTATAAGAATTATTTTAAATAAAATTGAGTTTTTTTGTACCTA	115625

CU074337.8	401	ACAATAATTTTAAGTCAAGTGGCTGCTTTTTTCCCTATTATTTGTTATAT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990488.10	115626	ACAATAATTTTAAGTCAAGTGGCTGCTTTTTTCCCTATTATTTGTTATAT	115675

CU074337.8	451	TAGAACAACATTTTAAATAAATCGCAACAAATGAAAATTACCAACAACAA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990488.10	115676	TAGAACAACATTTTAAATAAATCGCAACAAATGAAAATTACCAACAACAA	115725

CU074337.8	501	AAAAATCTTGTGTACTTTACTTCATTGAGTGGTTTGCTGATATGAATATT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990488.10	115726	AAAAATCTTGTGTACTTTACTTCATTGAGTGGTTTGCTGATATGAATATT	115775

CU074337.8	551	TTTTATATTAATATATTGATGAGTAAAATTATTCATTTTTTGATATCGAT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990488.10	115776	TTTTATATTAATATATTGATGAGTAAAATTATTCATTTTTTGATATCGAT	115825

CU074337.8	601	ATTCTGGTGAGAAAATTCATTCTATCCTTAAAAATATATTCCTTTAGCCT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990488.10	115826	ATTCTGGTGAGAAAATTCATTCTATCCTTAAAAATATATTCCTTTAGCCT	115875

CU074337.8	651	TGGATGCTCGAGGAAAATAATAATTTCCTTAAAGACACTGTGTATTCAGT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990488.10	115876	TGGATGCTCGAGGAAAATAATAATTTCCTTAAAGACACTGTGTATTCAGT	115925

CU074337.8	701	AGATTCGATTTTCTTCTTTTCATTAATAATGTTTCTGTTAATTGTTACAT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990488.10	115926	AGATTCGATTTTCTTCTTTTCATTAATAATGTTTCTGTTAATTGTTACAT	115975

CU074337.8	751	TTTTTTTCTTTATTGGTTTTGATTTCATATTTTGAAAACATGCTTTAAAC	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990488.10	115976	TTTTTTTCTTTATTGGTTTTGATTTCATATTTTGAAAACATGCTTTAAAC	116025

CU074337.8	801	TTTGTTGTAACTTATTTCTTCAAGATTGTTGTTATAAGGATTTTAGTAAT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990488.10	116026	TTTGTTGTAACTTATTTCTTCAAGATTGTTGTTATAAGGATTTTAGTAAT	116075

CU074337.8	851	ACATGATTCATAAATAAAGATATTAAAATTTTCCATAACTTCTCATACTA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990488.10	116076	ACATGATTCATAAATAAAGATATTAAAATTTTCCATAACTTCTCATACTA	116125

CU074337.8	901	CAAAGTAAAAACAAATATAAATAACGTCAACCTCAATTCATACATACTTA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990488.10	116126	CAAAGTAAAAACAAATATAAATAACGTCAACCTCAATTCATACATACTTA	116175

CU074337.8	951	TTTTTCATGTCAAAATTACATTACACACACACTTATGTTGATAATTTGTA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990488.10	116176	TTTTTCATGTCAAAATTACATTACACACACACTTATGTTGATAATTTGTA	116225

CU074337.8	1001	CATTAACATCTTAGAAAGTTGAAATTAAAGAAGTTCATCGGAAAGCCACC	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990488.10	116226	CATTAACATCTTAGAAAGTTGAAATTAAAGAAGTTCATCGGAAAGCCACC	116275

CU074337.8	1051	TATCAACCATATGCAGTCATTATTGAGGCTTGTATTCAGGAGGTGTATGA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990488.10	116276	TATCAACCATATGCAGTCATTATTGAGGCTTGTATTCAGGAGGTGTATGA	116325

CU074337.8	1101	CCCGCACCCTAAGTAAATCAATTAAAATGCAAATGCAATCAGGGGTGGAT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990488.10	116326	CCCGCACCCTAAGTAAATCAATTAAAATGCAAATGCAATCAGGGGTGGAT	116375

CU074337.8	1151	CTAGACGCCCGAGTACAGATTCAGTCATATCCAATTATAACTTTTGCTCA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990488.10	116376	CTAGACGCCCGAGTACAGATTCAGTCATATCCAATTATAACTTTTGCTCA	116425

CU074337.8	1201	AATAGTGTATTAGTATTAATAAGTTTTACTTTCTCCGTCTCATTTTATGT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990488.10	116426	AATAGTGTATTAGTATTAATAAGTTTTACTTTCTCCGTCTCATTTTATGT	116475

CU074337.8	1251	GGGAACATTTGACCAGGCACGAAATTTAAGAAATAATGAAGACTTTTAAA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990488.10	116476	GGGAACATTTGACCAGGCACGAAATTTAAGAAATAATGAAGACTTTTAAA	116525

CU074337.8	1301	TGTTTATCAAATTGCCCTTCAAAAAATAAACTCACTTTTCTCTCTCCTCA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990488.10	116526	TGTTTATCAAATTGCCCTTCAAAAAATAAACTCACTTTTCTCTCTCCTCA	116575

CU074337.8	1351	TAAATATATTATAGTACTATGTTTAAAATTAAGTGGGACCAACAAAGGTA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990488.10	116576	TAAATATATTATAGTACTATGTTTAAAATTAAGTGGGACCAACAAAGGTA	116625

CU074337.8	1401	AAAGAGAAATTATACCTTTAAATATTTATCATATAAGAAAATGTGACTTT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990488.10	116626	AAAGAGAAATTATACCTTTAAATATTTATCATATAAGAAAATGTGACTTT	116675

CU074337.8	1451	CTTTTTGGAATTGACCAAAAAGGATAGCGTCACATAAAATGGGACGAATG	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990488.10	116676	CTTTTTGGAATTGACCAAAAAGGATAGCGTCACATAAAATGGGACGAATG	116725

CU074337.8	1501	GAGTATTAAATATGTACATATATTAAGTTTGAAACTCAATTAATAACATT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990488.10	116726	GAGTATTAAATATGTACATATATTAAGTTTGAAACTCAATTAATAACATT	116775

CU074337.8	1551	TGAAATCATCGTTAATAGTGGTTTAGGATTGTTGCAATAGGGAATAGTGG	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990488.10	116776	TGAAATCATCGTTAATAGTGGTTTAGGATTGTTGCAATAGGGAATAGTGG	116825

CU074337.8	1601	TCACCTTAAGAGTTGCATATGTCAACTCATAATCATTTTGTAAATACTTC	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990488.10	116826	TCACCTTAAGAGTTGCATATGTCAACTCATAATCATTTTGTAAATACTTC	116875

CU074337.8	1651	ACCTTGTATCTACATAAACAAAGTAGTATTTATTAGAAAAAGTATTGGTA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990488.10	116876	ACCTTGTATCTACATAAACAAAGTAGTATTTATTAGAAAAAGTATTGGTA	116925

CU074337.8	1701	CATGTGAGTTTAAGAAAAAGACTATGTTGCTCCGACTCTTCAACAATATC	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990488.10	116926	CATGTGAGTTTAAGAAAAAGACTATGTTGCTCCGACTCTTCAACAATATC	116975

CU074337.8	1751	ATCATCAGATGTGTGTGTCCGACACACTTATGTAACAACATTATTGAAGA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990488.10	116976	ATCATCAGATGTGTGTGTCCGACACACTTATGTAACAACATTATTGAAGA	117025

CU074337.8	1801	GTCGGAGCAATATAAAAAAAAGGAACCAACCCTGCAACTTGATCTTGAAC	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990488.10	117026	GTCGGAGCAATATAAAAAAAAGGAACCAACCCTGCAACTTGATCTTGAAC	117075

CU074337.8	1851	AAACCGCGGCTCCCAATCATCTACAATTTGCAATTTCAAAGAGTCTATCC	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990488.10	117076	AAACCGCGGCTCCCAATCATCTACAATTTGCAATTTCAAAGAGTCTATCC	117125

CU074337.8	1901	ATTCTTCAGTGCTCAAATGAGAAATAAGCATGTCATGGTCACCATATTGG	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990488.10	117126	ATTCTTCAGTGCTCAAATGAGAAATAAGCATGTCATGGTCACCATATTGG	117175

CU074337.8	1951	TTATATCAATTAATAGAAGGATAATTACCATATTATAAAAGAGTAAGCTT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT990488.10	117176	TTATATCAATTAATAGAAGGATAATTACCATATTATAAAAGAGTAAGCTT	117225

Overview

Query
CU074337.8 - 128234 bps
Hit
CT990488.10 - 117225 bps
Total alignments
20
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100185320001200011152261172251
287.6662110951573116825-195249963501
390.32549781531573123883-1952491034841
484.5260212834217043452-195249965271
586.794728737539976271195251960981
689.27462872511119931192431953111026231
779.275191911119197121107195311972451
884.5450311084140242509-196146972451
984.435697282622013501-1962561035191
1092.226689321500515936-196322972461
1192.934698607676581826561965531026181
1290.194616968335284047196553972451
1385.5459912062268123886-11024001035541
1484.5193920534140243454-11024011044141
1584.8405873753997627111024051032331
1693.587689992195822956-11034211044161
1792.556789331500515937-11034901044151
1883.9633276911313911390711036711044181
1990.13465702765777727811037181044161
2090.24466700833488404711037181044141
Short-link