<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CT737281.12	1	GATCCAGCATTGCCGTGAGCTGTGGTGTTAGTCGCAGATGTGGCTCAGAT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT971577.8	178586	GATCCAGCATTGCCGTGAGCTGTGGTGTTAGTCGCAGATGTGGCTCAGAT	178635

CT737281.12	51	CTGGTATTGCTTTGGCTGTGGCATGGGCCAGCACCTGCAGCTCCATTTCA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT971577.8	178636	CTGGTATTGCTTTGGCTGTGGCATGGGCCAGCACCTGCAGCTCCATTTCA	178685

CT737281.12	101	GCCCCTAGCCTGGGAACTTTTGCATGCCACACCTGCAGCCCTAAGATAGA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT971577.8	178686	GCCCCTAGCCTGGGAACTTTTGCATGCCACACCTGCAGCCCTAAGATAGA	178735

CT737281.12	151	TAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGAATATTGAGTA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT971577.8	178736	TAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGAATATTGAGTA	178785

CT737281.12	201	GAATTCTGTGTGCTATACAGTAGGCCCCTGTTGGCCAATCATTCCATGCA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT971577.8	178786	GAATTCTGTGTGCTATACAGTAGGCCCCTGTTGGCCAATCATTCCATGCA	178835

CT737281.12	251	TCTCAGTGTGCATATGCCAACCCCAACCCCCCACATCCCTCTTCTTATCC	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT971577.8	178836	TCTCAGTGTGCATATGCCAACCCCAACCCCCCACATCCCTCTTCTTATCC	178885

CT737281.12	301	TCTCACTCATCACCTGGGTCTACTTCCTAATCCCTGTGGGAAGTTTTGCC	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT971577.8	178886	TCTCACTCATCACCTGGGTCTACTTCCTAATCCCTGTGGGAAGTTTTGCC	178935

CT737281.12	351	AGAAGTCTTACCTCAGTCTCTCACACAGTTACATTTGGGATGGAGCTGGA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT971577.8	178936	AGAAGTCTTACCTCAGTCTCTCACACAGTTACATTTGGGATGGAGCTGGA	178985

CT737281.12	401	ATATTATGGAAAGGCTGAGATTCTGATATTTGTTTCCTTTCCTCTCAGCT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT971577.8	178986	ATATTATGGAAAGGCTGAGATTCTGATATTTGTTTCCTTTCCTCTCAGCT	179035

CT737281.12	451	CTGCCATGGAAAGGCAACTCCATTTCATAAGCATACAAACCCTAAAGCAG	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT971577.8	179036	CTGCCATGGAAAGGCAACTCCATTTCATAAGCATACAAACCCTAAAGCAG	179085

CT737281.12	501	CACGTGCAGAGCAAAATGCCGGTTGATACCTCCTTTCAGAATCTTACACT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT971577.8	179086	CACGTGCAGAGCAAAATGCCGGTTGATACCTCCTTTCAGAATCTTACACT	179135

CT737281.12	551	GTGATACGCCTGACTGGGGGCAAATGTTGACAGGCACACAAACAACTGTA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT971577.8	179136	GTGATACGCCTGACTGGGGGCAAATGTTGACAGGCACACAAACAACTGTA	179185

CT737281.12	601	ATGTCAAGCTGATGGTAGCAGGAAAGGCTTATTAACGAAAGATTTTTTAA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT971577.8	179186	ATGTCAAGCTGATGGTAGCAGGAAAGGCTTATTAACGAAAGATTTTTTAA	179235

CT737281.12	651	GCACTGAGATGAAGCTGGAAAGATAAAGAATGATGCCTTTAAAAGCTTGA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT971577.8	179236	GCACTGAGATGAAGCTGGAAAGATAAAGAATGATGCCTTTAAAAGCTTGA	179285

CT737281.12	701	AAGATCTGAAATTGAGAACTGAAGAGTAGAGGTGGACAGGAGAGAGGTGG	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT971577.8	179286	AAGATCTGAAATTGAGAACTGAAGAGTAGAGGTGGACAGGAGAGAGGTGG	179335

CT737281.12	751	CATCCTTGCTGAAAACACAGCCTGAATAAAGGTCCAGGGACTGAAGGTGA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT971577.8	179336	CATCCTTGCTGAAAACACAGCCTGAATAAAGGTCCAGGGACTGAAGGTGA	179385

CT737281.12	801	AAACGAGGATTAGATAACCTAGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT971577.8	179386	AAACGAGGATTAGATAACCTAGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT	179435

CT737281.12	851	GCTTCTTAGGGCTGCTCCCATGGCATGTGGAGGTTCCCAGGCTAGGGGTC	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT971577.8	179436	GCTTCTTAGGGCTGCTCCCATGGCATGTGGAGGTTCCCAGGCTAGGGGTC	179485

CT737281.12	901	AAAATGGATCTATAGCTGCTGGCCTACGCCACAACCACAGCAATTCAGGA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT971577.8	179486	AAAATGGATCTATAGCTGCTGGCCTACGCCACAACCACAGCAATTCAGGA	179535

CT737281.12	951	TCCAAGCTGAGTCTGCGACCTACACCACAGTTCATGGCAACACCGGATCC	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT971577.8	179536	TCCAAGCTGAGTCTGCGACCTACACCACAGTTCATGGCAACACCGGATCC	179585

CT737281.12	1001	TTAACCCACTGAGAGAGGCCAGTGATTGAACCTGCATCCTCATGGATGCT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT971577.8	179586	TTAACCCACTGAGAGAGGCCAGTGATTGAACCTGCATCCTCATGGATGCT	179635

CT737281.12	1051	AGTCAGATTTGTTTCCACTGAGCACGATGGGAACTCCAAGATATCACAGT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT971577.8	179636	AGTCAGATTTGTTTCCACTGAGCACGATGGGAACTCCAAGATATCACAGT	179685

CT737281.12	1101	ATTCTGAAGAGGCTGTCGGGAGAGATACATCTGGGGTAATAAAGGGACCC	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT971577.8	179686	ATTCTGAAGAGGCTGTCGGGAGAGATACATCTGGGGTAATAAAGGGACCC	179735

CT737281.12	1151	CTAGAGACGAGGTGAGAAGGGGAGCATGGAAGAACACAGAGGAAGTTTCT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT971577.8	179736	CTAGAGACGAGGTGAGAAGGGGAGCATGGAAGAACACAGAGGAAGTTTCT	179785

CT737281.12	1201	TATTTGCCTCTCTCCCTTCACAGGTGCTATCCCACTTCAAGAATTTCAGA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT971577.8	179786	TATTTGCCTCTCTCCCTTCACAGGTGCTATCCCACTTCAAGAATTTCAGA	179835

CT737281.12	1251	AAACTGATGACTCTCCAGCATCTGATCATTTGTTCCCTCTGACTCCAGGC	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT971577.8	179836	AAACTGATGACTCTCCAGCATCTGATCATTTGTTCCCTCTGACTCCAGGC	179885

CT737281.12	1301	CCTGTTCCTATTACTCCCTCTGACCACATTGCTCTTCATCCAGAACACAG	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT971577.8	179886	CCTGTTCCTATTACTCCCTCTGACCACATTGCTCTTCATCCAGAACACAG	179935

CT737281.12	1351	TTCTCCAGACCTTCCTAAACCTACAGAAATCTATAAGCCAAAACACCAAT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT971577.8	179936	TTCTCCAGACCTTCCTAAACCTACAGAAATCTATAAGCCAAAACACCAAT	179985

CT737281.12	1401	ATAATACTACACACCATTCTAAGCTGAATCACCAGGCTGTAGGTAACTCC	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT971577.8	179986	ATAATACTACACACCATTCTAAGCTGAATCACCAGGCTGTAGGTAACTCC	180035

CT737281.12	1451	AAAAGCTCTACAATACATCAAACAGCTCCTCTCATTTCTGAACAAAACCC	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT971577.8	180036	AAAAGCTCTACAATACATCAAACAGCTCCTCTCATTTCTGAACAAAACCC	180085

CT737281.12	1501	CAGCCATCAAGAAAAAGACCTGATTATTCGGAATGAACGCAGTGTCAAAA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT971577.8	180086	CAGCCATCAAGAAAAAGACCTGATTATTCGGAATGAACGCAGTGTCAAAA	180135

CT737281.12	1551	ATAATGACACCAATAAAAAAGATGAGGACTTAGTACCCAAGCTTTCAACC	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT971577.8	180136	ATAATGACACCAATAAAAAAGATGAGGACTTAGTACCCAAGCTTTCAACC	180185

CT737281.12	1601	TCAGCACCCAAGAAACAGACGACTTGTCCCAAGAGCAAAGCAACCAGGTC	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT971577.8	180186	TCAGCACCCAAGAAACAGACGACTTGTCCCAAGAGCAAAGCAACCAGGTC	180235

CT737281.12	1651	ATCAGTAAAAAGTAACCCAACTAAAACTACAACACCAAGCACCACCCCAC	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT971577.8	180236	ATCAGTAAAAAGTAACCCAACTAAAACTACAACACCAAGCACCACCCCAC	180285

CT737281.12	1701	AAGGAACCACAGAAAAGATCACACAGAAGCCAGAAAAAACTACTGAACAA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT971577.8	180286	AAGGAACCACAGAAAAGATCACACAGAAGCCAGAAAAAACTACTGAACAA	180335

CT737281.12	1751	AAAACAAGGACGACATCGGATCAAGAGAGGACCATAGGAGCCTCTGCAAA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT971577.8	180336	AAAACAAGGACGACATCGGATCAAGAGAGGACCATAGGAGCCTCTGCAAA	180385

CT737281.12	1801	GTCCACAGGTCATGGAGAAAAGGCCACACCAGGCCAGGAGAGGACACCTG	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT971577.8	180386	GTCCACAGGTCATGGAGAAAAGGCCACACCAGGCCAGGAGAGGACACCTG	180435

CT737281.12	1851	GAGCCCCAGATAAGCCCACAGGTCCTGAAGGAAAGACCACATCAGTCCAC	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT971577.8	180436	GAGCCCCAGATAAGCCCACAGGTCCTGAAGGAAAGACCACATCAGTCCAC	180485

CT737281.12	1901	AAGAAGACAACTGAAACCCCAGAAATGCCCACGGGACATGGAGGAAAGAC	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT971577.8	180486	AAGAAGACAACTGAAACCCCAGAAATGCCCACGGGACATGGAGGAAAGAC	180535

CT737281.12	1951	CACATCATGCTCCAAGAAGACAACTGGAGCTCCAGAAAAGCCCACGGGAC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT971577.8	180536	CACATCATGCTCCAAGAAGACAACTGGAGCTCCAGAAAAGCCCACGGGAC	180585

Overview

Query
CT737281.12 - 189049 bps
Hit
CT971577.8 - 180585 bps
Total alignments
29
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100198120001200011785861805851
293.542312921490361493271197822711
395.66251297151693151989113095133931
492.2221294128162128455-113099133931
595.24248295117811118105113099133921
693.752282953032030614-113109133961
794.53227274127619127892113120133931
894.16220272149036149307113120133931
992.48228303117803118105-113533138381
1094.55225275127617127891-113533138071
1194.19233291151698151988-113533138241
1294.09232288151701151988-156784570711
1394.75239287151703151989164850651351
1493.24228300117808118107169992702871
1593.88232291151698151988169992702851
1695.04220262127634127895170028702891
1785.77264507127965128471-178569790741
1894.32240296117810118105178584788821
1995.25244292151698151989178589788831
2084.342304584507045527178608790541
2195.082222645465654919-178619788821
2295.47226265127628127892178619788831
2393.223029512816012845411043551046481
2494.2226276127617127892-11043571046321
2594.48238292151698151989-11043571046461
2692.98222292303233061411043571046411
2794.48240290117816118105-11043581046471
2893.8221274546565492911043581046311
2991.567691106166854167959-11391051402061
Short-link