<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CT962508.5	1	AAGCTTTGTGTGGTTCCAACAAAATTGACAACGCAAACCTACCAGTTCCA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT971491.3	10123	AAGCTTTGTGTGGTTCCAACAAAATTGACAACGCAAACCTACCAGTTCCA	10172

CT962508.5	51	ACCATCAAGGGTGATAGACTATGCATCAAAATTGAACAAGCGAAGTATGA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT971491.3	10173	ACCATCAAGGGTGATAGACTATGCATCAAAATTGAACAAGCGAAGTATGA	10222

CT962508.5	101	AAAGGGTATCACTGATTGTCGGCGAAACCTTCGGGGTCGTTTGGTGTTAA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT971491.3	10223	AAAGGGTATCACTGATTGTCGGCGAAACCTTCGGGGTCGTTTGGTGTTAA	10272

CT962508.5	151	ACAAAAGGGATAAACCCTACACAGAACAAGAGATTTGAATATGAAATTAA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT971491.3	10273	ACAAAAGGGATAAACCCTACACAGAACAAGAGATTTGAATATGAAATTAA	10322

CT962508.5	201	CCAAGTTATGGCACACGTCAGGTAGGTGGAGATTGATGTCCCTTGAGTTT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT971491.3	10323	CCAAGTTATGGCACACGTCAGGTAGGTGGAGATTGATGTCCCTTGAGTTT	10372

CT962508.5	251	TTTTTTTTCCATTTCATTTTGATAATTATGATGACATGTGCATGGTGTGG	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT971491.3	10373	TTTTTTTTCCATTTCATTTTGATAATTATGATGACATGTGCATGGTGTGG	10422

CT962508.5	301	GCTAAGGAGACAGTCAATCTGGTACCATGGGTCCTTCGTCTCTCAAAATG	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT971491.3	10423	GCTAAGGAGACAGTCAATCTGGTACCATGGGTCCTTCGTCTCTCAAAATG	10472

CT962508.5	351	GACAAAGAATTCTAACTGGTATATGCAACAACATACTCATGCACGAGTTT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT971491.3	10473	GACAAAGAATTCTAACTGGTATATGCAACAACATACTCATGCACGAGTTT	10522

CT962508.5	401	GGGTTAAAATTATGGAATTGTCGCAGGAGTATTGGCGAGAGAAAACTTTG	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT971491.3	10523	GGGTTAAAATTATGGAATTGTCGCAGGAGTATTGGCGAGAGAAAACTTTG	10572

CT962508.5	451	CTTGACATAACAAGTGAGGTGGCACTCTGTTAACATTGGACGCTTCAACA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT971491.3	10573	CTTGACATAACAAGTGAGGTGGCACTCTGTTAACATTGGACGCTTCAACA	10622

CT962508.5	501	AAGAACCGTGTTTTTGGGCATTATGCACGTATTTTGGTGGATATGGATCT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT971491.3	10623	AAGAACCGTGTTTTTGGGCATTATGCACGTATTTTGGTGGATATGGATCT	10672

CT962508.5	551	ATCACAATGACTCTTTTATGAGATTACGTGGAAAGAGATGGTTACGCATT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT971491.3	10673	ATCACAATGACTCTTTTATGAGATTACGTGGAAAGAGATGGTTACGCATT	10722

CT962508.5	601	TGATGTTGAGGTTCAAAATTAAAAACTACCGATGTTCTGTCACCATTACA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT971491.3	10723	TGATGTTGAGGTTCAAAATTAAAAACTACCGATGTTCTGTCACCATTACA	10772

CT962508.5	651	ATCTCATCAGTCATACCGTGCATCCAAAGAAACCAATGGAAGCAATTGAT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT971491.3	10773	ATCTCATCAGTCATACCGTGCATCCAAAGAAACCAATGGAAGCAATTGAT	10822

CT962508.5	701	CAAGGAAAGCCAACAAATAACCAACTTGCTGCCACGAAAAAGGTAACACA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT971491.3	10823	CAAGGAAAGCCAACAAATAACCAACTTGCTGCCACGAAAAAGGTAACACA	10872

CT962508.5	751	ACAATATATACCTCGGTAGCTGTTTTTTTTTGCTAATCAATGCTTCAAGT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT971491.3	10873	ACAATATATACCTCGGTAGCTGTTTTTTTTTGCTAATCAATGCTTCAAGT	10922

CT962508.5	801	TCTAGCTTTGATCTTTTCTAATTAAAAAAAATCTAACCCTAATCTCGATG	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT971491.3	10923	TCTAGCTTTGATCTTTTCTAATTAAAAAAAATCTAACCCTAATCTCGATG	10972

CT962508.5	851	ATCATAACTCAATTGATAGAGATATTGCGATACATAAATAAGGAATTAAA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT971491.3	10973	ATCATAACTCAATTGATAGAGATATTGCGATACATAAATAAGGAATTAAA	11022

CT962508.5	901	CTACAATTTTATTTTATTTTTTTATTATAAAAAAGCAATAAATAACGCAC	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT971491.3	11023	CTACAATTTTATTTTATTTTTTTATTATAAAAAAGCAATAAATAACGCAC	11072

CT962508.5	951	TAGGCAAACAAACAAAGAACCATTACAATCATTCTTCAAAAAAATGTCAA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT971491.3	11073	TAGGCAAACAAACAAAGAACCATTACAATCATTCTTCAAAAAAATGTCAA	11122

CT962508.5	1001	ATAGAGGACTAACAAAATTAAAAGAAACAATTTCAAAAAATAAAATAAAA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT971491.3	11123	ATAGAGGACTAACAAAATTAAAAGAAACAATTTCAAAAAATAAAATAAAA	11172

CT962508.5	1051	TAAAAGAAACTACAAAGAAATCCTCAAGGTCCACTATGACCTTGATAAGT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT971491.3	11173	TAAAAGAAACTACAAAGAAATCCTCAAGGTCCACTATGACCTTGATAAGT	11222

CT962508.5	1101	TAAGAAATCCGCAAAACAATAACTTTGCGAAAACAATGAAAAAACTGATG	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT971491.3	11223	TAAGAAATCCGCAAAACAATAACTTTGCGAAAACAATGAAAAAACTGATG	11272

CT962508.5	1151	CATTCCAATCCGAGAGTTGAAGGAGGTTCAAAACCTCTTCAAGAAGAGGT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT971491.3	11273	CATTCCAATCCGAGAGTTGAAGGAGGTTCAAAACCTCTTCAAGAAGAGGT	11322

CT962508.5	1201	TTGAGATAGGAGATAGAGGTCAATCTTCTGGCGGTTCCCTTAAAAAAAAG	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT971491.3	11323	TTGAGATAGGAGATAGAGGTCAATCTTCTGGCGGTTCCCTTAAAAAAAAG	11372

CT962508.5	1251	AAGTTTACCCAATAGACTTGATAAAAAGTTCTTTTTGTGATAAAATCTTT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT971491.3	11373	AAGTTTACCCAATAGACTTGATAAAAAGTTCTTTTTGTGATAAAATCTTT	11422

CT962508.5	1301	GCTACTTGTTTTGGTATATGTTAAATGTTATATGGTACCATACCAATGTT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT971491.3	11423	GCTACTTGTTTTGGTATATGTTAAATGTTATATGGTACCATACCAATGTT	11472

CT962508.5	1351	AGTTAGGGACATCTTATGTGATCATCAATTGGTTACTGATTTTAGCCTCT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT971491.3	11473	AGTTAGGGACATCTTATGTGATCATCAATTGGTTACTGATTTTAGCCTCT	11522

CT962508.5	1401	TTTGTGGTATCCCAAACTTGACAGTGACACAATGAGAATGGACGGACACA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT971491.3	11523	TTTGTGGTATCCCAAACTTGACAGTGACACAATGAGAATGGACGGACACA	11572

CT962508.5	1451	CTTTGAAATGTATCAAACCTGTGCTTGGCCTTATCGAAGCTTGTTTTTAT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT971491.3	11573	CTTTGAAATGTATCAAACCTGTGCTTGGCCTTATCGAAGCTTGTTTTTAT	11622

CT962508.5	1501	TTTTCACATATATACCAACTTTATACTAAGTTATTCAATTATCCAAACAA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT971491.3	11623	TTTTCACATATATACCAACTTTATACTAAGTTATTCAATTATCCAAACAA	11672

CT962508.5	1551	AAAATACTGGTTATTCAGTTGATACCAACTCTAAATCATAACCAAAATCA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT971491.3	11673	AAAATACTGGTTATTCAGTTGATACCAACTCTAAATCATAACCAAAATCA	11722

CT962508.5	1601	ATTATGCCAACTTTGCATATCCGTTACATCCATGAGCAAACTAATTTGTT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT971491.3	11723	ATTATGCCAACTTTGCATATCCGTTACATCCATGAGCAAACTAATTTGTT	11772

CT962508.5	1651	CAAAATCATGGACTGTATCAAGCATATCAGCCATCAATTATTTAACACAT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT971491.3	11773	CAAAATCATGGACTGTATCAAGCATATCAGCCATCAATTATTTAACACAT	11822

CT962508.5	1701	CAGATGTAGCCATCAAGCAAACTAATTTATGGCAAAATTACAAAAATAAT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT971491.3	11823	CAGATGTAGCCATCAAGCAAACTAATTTATGGCAAAATTACAAAAATAAT	11872

CT962508.5	1751	TTATGCTAGTATTATAGTATACCACAAACCGATTCCACTTGCATCATAAC	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT971491.3	11873	TTATGCTAGTATTATAGTATACCACAAACCGATTCCACTTGCATCATAAC	11922

CT962508.5	1801	GTTTGTATAATAATCAATATGAATCATACCAATTTGGGACAAAACAATTT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT971491.3	11923	GTTTGTATAATAATCAATATGAATCATACCAATTTGGGACAAAACAATTT	11972

CT962508.5	1851	GGAGTTCTAGCATTCCTCCATCAAAATCTTTGTTAGTGTGGAGATTAATG	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT971491.3	11973	GGAGTTCTAGCATTCCTCCATCAAAATCTTTGTTAGTGTGGAGATTAATG	12022

CT962508.5	1901	CTAGGCTAGATAAATTGCCAACAGATGATAATATCATAATAAGAGGGTGC	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT971491.3	12023	CTAGGCTAGATAAATTGCCAACAGATGATAATATCATAATAAGAGGGTGC	12072

CT962508.5	1951	ACAAAATCTACTTTTTATTTATTTTTTGAATGTGCTTTTGCTCTCAACTC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT971491.3	12073	ACAAAATCTACTTTTTATTTATTTTTTGAATGTGCTTTTGCTCTCAACTC	12122

Overview

Query
CT962508.5 - 34641 bps
Hit
CT971491.3 - 12122 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001919200012000110123121221
Short-link