<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU179635.4	1	AAAGAACACACTTACAAGCATGAATGATAAAAATAATGAACAAATAAATT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT971488.3	73867	AAAGAACACACTTACAAGCATGAATGATAAAAATAATGAACAAATAAATT	73916

CU179635.4	51	CTAGCGTTTGACTAAAGAAAAATAAAATCAATAAAAAATTCTTTTACTAT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT971488.3	73917	CTAGCGTTTGACTAAAGAAAAATAAAATCAATAAAAAATTCTTTTACTAT	73966

CU179635.4	101	TGATTTTAAAATTTTAAGGATTTTATGAATTTCATAAAATTTTAAGGGAC	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT971488.3	73967	TGATTTTAAAATTTTAAGGATTTTATGAATTTCATAAAATTTTAAGGGAC	74016

CU179635.4	151	TAAAAAACACTAACACATTATTCTCAATACACATTTTTTATTTGTTAAAA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT971488.3	74017	TAAAAAACACTAACACATTATTCTCAATACACATTTTTTATTTGTTAAAA	74066

CU179635.4	201	ATGTTATTCCCACAAAATTCAATTGTACATATTTAAAATTATGTCAGCCC	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT971488.3	74067	ATGTTATTCCCACAAAATTCAATTGTACATATTTAAAATTATGTCAGCCC	74116

CU179635.4	251	TTACAAATCTTTCAAAAAAAAAAAAAATTGTGTCGGCCCTCATTTTGTGT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT971488.3	74117	TTACAAATCTTTCAAAAAAAAAAAAAATTGTGTCGGCCCTCATTTTGTGT	74166

CU179635.4	301	TTGAAATTAGAAAAGTCATTTGAGTTTTTCTAAGAGGGTGTATTGGATTA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT971488.3	74167	TTGAAATTAGAAAAGTCATTTGAGTTTTTCTAAGAGGGTGTATTGGATTA	74216

CU179635.4	351	GGATTTTAAAGGATAATTTTTGCTTAAAGAAGTCTCAAAGATTTTGTAGG	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT971488.3	74217	GGATTTTAAAGGATAATTTTTGCTTAAAGAAGTCTCAAAGATTTTGTAGG	74266

CU179635.4	401	ATTTAAATGACTATCATGATTTTAAAAAAATATCAGGATTTTCAATTTGG	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT971488.3	74267	ATTTAAATGACTATCATGATTTTAAAAAAATATCAGGATTTTCAATTTGG	74316

CU179635.4	451	ATCTTAATGGATTTACATCATAAGATTTTAATGGATTTTATGGATTTATA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT971488.3	74317	ATCTTAATGGATTTACATCATAAGATTTTAATGGATTTTATGGATTTATA	74366

CU179635.4	501	AGATTTCAAAAGATTTTTATGAATTTTAAGGTTTCTCATTGAAAATAGAT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT971488.3	74367	AGATTTCAAAAGATTTTTATGAATTTTAAGGTTTCTCATTGAAAATAGAT	74416

CU179635.4	551	GATTAGAACATACTCTCTATCATAATATTCTCAATACAATCTTTTTATTT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT971488.3	74417	GATTAGAACATACTCTCTATCATAATATTCTCAATACAATCTTTTTATTT	74466

CU179635.4	601	TTTTTATGAGAGAGAGGGAGAGAGGGGGATGAGAGAGAGAGAGAGAGAGG	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT971488.3	74467	TTTTTATGAGAGAGAGGGAGAGAGGGGGATGAGAGAGAGAGAGAGAGAGG	74516

CU179635.4	651	AGAGGGGGAGGGGGAGAGAGAGAAGGGAGAAGAAAGAGATGGTAACTTTT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT971488.3	74517	AGAGGGGGAGGGGGAGAGAGAGAAGGGAGAAGAAAGAGATGGTAACTTTT	74566

CU179635.4	701	AAAAGAAAAACAATCCCAAGAAATCTCATCTTTTCATGAAAGACTTTTTC	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT971488.3	74567	AAAAGAAAAACAATCCCAAGAAATCTCATCTTTTCATGAAAGACTTTTTC	74616

CU179635.4	751	TTGTTAAAATTACATTACAAAATCCGTCAAAATCTAATTTATTAAACAAT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT971488.3	74617	TTGTTAAAATTACATTACAAAATCCGTCAAAATCTAATTTATTAAACAAT	74666

CU179635.4	801	TCTTCGAAATTTGAATGATTTTGAATATCACGAGACTTTTTTTAAGTGAT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT971488.3	74667	TCTTCGAAATTTGAATGATTTTGAATATCACGAGACTTTTTTTAAGTGAT	74716

CU179635.4	851	GAAAAATCTTGATTGTTTTTTTAAGTTGCAAAAAGTCTTGATTGAATACC	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT971488.3	74717	GAAAAATCTTGATTGTTTTTTTAAGTTGCAAAAAGTCTTGATTGAATACC	74766

CU179635.4	901	ACAAAACTTTTTCATAATTAAAAAGTCTTTTAAAATCCCATAGAATCCTA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT971488.3	74767	ACAAAACTTTTTCATAATTAAAAAGTCTTTTAAAATCCCATAGAATCCTA	74816

CU179635.4	951	ATCCAATACATCCCCTAATTATGTGTGTTAAAATATGTATTTGATTAAAT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT971488.3	74817	ATCCAATACATCCCCTAATTATGTGTGTTAAAATATGTATTTGATTAAAT	74866

CU179635.4	1001	TAAATTAATTAATTGCGTTTTATAAAAGGTAATTTTTTTTTTTTTTTGAA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT971488.3	74867	TAAATTAATTAATTGCGTTTTATAAAAGGTAATTTTTTTTTTTTTTTGAA	74916

CU179635.4	1051	AGATGATTGTAAATAGATTTTGTTTTTCTTATAATTTTCGAGAGAATATG	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT971488.3	74917	AGATGATTGTAAATAGATTTTGTTTTTCTTATAATTTTCGAGAGAATATG	74966

CU179635.4	1101	TTTTTCAAAGGTTTTCTATGGTCAATGAACTAATATTGATCAATCAAACA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT971488.3	74967	TTTTTCAAAGGTTTTCTATGGTCAATGAACTAATATTGATCAATCAAACA	75016

CU179635.4	1151	AAGGTTTTCCATGGTCAATGAACTAATGTTGATCAATCAATTTAGTGTAT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT971488.3	75017	AAGGTTTTCCATGGTCAATGAACTAATGTTGATCAATCAATTTAGTGTAT	75066

CU179635.4	1201	CATAGTATTGTGTCTGAATGCCCTTTGCCGTGTGCTTGGAACAGTCAAAT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT971488.3	75067	CATAGTATTGTGTCTGAATGCCCTTTGCCGTGTGCTTGGAACAGTCAAAT	75116

CU179635.4	1251	CACGCTTAAAAAAAAAGGGTTAAAGTGCACTTTTTCCCCCTTAAGTTTGA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT971488.3	75117	CACGCTTAAAAAAAAAGGGTTAAAGTGCACTTTTTCCCCCTTAAGTTTGA	75166

CU179635.4	1301	AAAAGTTGCAATTTTAGTCCCCTATGTAAAGAAATGACAAATTTGGCCCT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT971488.3	75167	AAAAGTTGCAATTTTAGTCCCCTATGTAAAGAAATGACAAATTTGGCCCT	75216

CU179635.4	1351	CTATAAATTAGTCCCTTTGCAATTTTCATCATTTTGACCGATTTTGACAG	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT971488.3	75217	CTATAAATTAGTCCCTTTGCAATTTTCATCATTTTGACCGATTTTGACAG	75266

CU179635.4	1401	GTCAACGCTTGCATGGCATGCCACGCGTGTAATTATTTATTAAAAAAAAA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT971488.3	75267	GTCAACGCTTGCATGGCATGCCACGCGTGTAATTATTTATTAAAAAAAAA	75316

CU179635.4	1451	AAGAAAAAAGCCACCCATATTATTTGTTGAATTAAAAAAAATAAAAAATA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT971488.3	75317	AAGAAAAAAGCCACCCATATTATTTGTTGAATTAAAAAAAATAAAAAATA	75366

CU179635.4	1501	AAAGATGGCACGTTAAGTGTTGTCCCTCACTTCTCTCTACCTCTTCCTTC	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT971488.3	75367	AAAGATGGCACGTTAAGTGTTGTCCCTCACTTCTCTCTACCTCTTCCTTC	75416

CU179635.4	1551	ATCATCTCATTGTTCTTTCTTCTTCTCCCTTGTGTAACCACCACCACCGG	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT971488.3	75417	ATCATCTCATTGTTCTTTCTTCTTCTCCCTTGTGTAACCACCACCACCGG	75466

CU179635.4	1601	TCAACTCCTACCAACATCTAACCTCTTCCGGCAACATTTAGCAAAAATAC	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT971488.3	75467	TCAACTCCTACCAACATCTAACCTCTTCCGGCAACATTTAGCAAAAATAC	75516

CU179635.4	1651	TTGTTCAAAAAAAAAAACATTTAGCAAAAATAACTACATATTCATCATCC	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT971488.3	75517	TTGTTCAAAAAAAAAAACATTTAGCAAAAATAACTACATATTCATCATCC	75566

CU179635.4	1701	TCTTGATCTCATCTATCTTTCTATCAAAGCCAACTATTAAGAGGAGTTAA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT971488.3	75567	TCTTGATCTCATCTATCTTTCTATCAAAGCCAACTATTAAGAGGAGTTAA	75616

CU179635.4	1751	TTTTAAAAATGGGTCATTTTCTTAAAAGCGTTTTCCGGCTATGACCACCA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT971488.3	75617	TTTTAAAAATGGGTCATTTTCTTAAAAGCGTTTTCCGGCTATGACCACCA	75666

CU179635.4	1801	CAAACTTTCCGGCCACCACCACCACCAAAAAATGTGCAGTTTCACCACTG	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT971488.3	75667	CAAACTTTCCGGCCACCACCACCACCAAAAAATGTGCAGTTTCACCACTG	75716

CU179635.4	1851	ATTCTTTGTAAGGTTGTTGGTGTTAAATTTATGCCTTTTTGAATTCTTCT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT971488.3	75717	ATTCTTTGTAAGGTTGTTGGTGTTAAATTTATGCCTTTTTGAATTCTTCT	75766

CU179635.4	1901	CAAATCTTTTTCCTACTACAAACTTGTGAAATTCAAAGGAATTAGATAGT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT971488.3	75767	CAAATCTTTTTCCTACTACAAACTTGTGAAATTCAAAGGAATTAGATAGT	75816

CU179635.4	1951	TGTGGAGTTGACAGCACACCTTTGATTATTTCTGTTTTGGAAACAAGCTT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT971488.3	75817	TGTGGAGTTGACAGCACACCTTTGATTATTTCTGTTTTGGAAACAAGCTT	75866

Overview

Query
CU179635.4 - 72735 bps
Hit
CT971488.3 - 75866 bps
Total alignments
4
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001868200012000173867758661
297.9244482802828075154259543061
390.55681276199362119154538546631
496.4331566227162326154827548821
Short-link