<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  CT010515.8	130617	AAGCTTTTGATAGTGTGGATTGACTATCACAATGTATGGATACTGGCGCC	130568
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT967318.5	120932	AAGCTTTTGATAGTGTGGATTGACTATCACAATGTATGGATACTGGCGCC	120981

C  CT010515.8	130567	ATTGGCTTTTGCCAAACTGGTATGTCATACAATAAATTTCTTAGCCATTC	130518
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT967318.5	120982	ATTGGCTTTTGCCAAACTGGTATGTCATACAATAAATTTCTTAGCCATTC	121031

C  CT010515.8	130517	TGCCTCTTTACTCCCTGCAGCCAATGCAATAAATTCTGCAGCCATGGTGG	130468
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT967318.5	121032	TGCCTCTTTACTCCCTGCAGCCAATGCAATAAATTCTGCAGCCATGGTGG	121081

C  CT010515.8	130467	AGTCGGCAATGCATGTTTGCTTCTTTGAACCCCAAGAAACTGCACCTCCA	130418
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT967318.5	121082	AGTCGGCAATGCATGTTTGCTTCTTTGAACCCCAAGAAACTGCACCTCCA	121131

C  CT010515.8	130417	CCAAGGTTGAAGATCCATCCACTTGTGGAAGCATGATCTTCAACATACGT	130368
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT967318.5	121132	CCAAGGTTGAAGATCCATCCACTTGTGGAAGCATGATCTTCAACATACGT	121181

C  CT010515.8	130367	TACCCAACTAGCATCTGTGTATCCTTCCAAAACAGAAGGGTCTCCACTAT	130318
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT967318.5	121182	TACCCAACTAGCATCTGTGTATCCTTCCAAAACAGAAGGGTCTCCACTAT	121231

C  CT010515.8	130317	ATGTTAAACAATAATTCATTGTTCCCTTTAAGTATTTTAATACTCTTTTC	130268
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT967318.5	121232	ATGTTAAACAATAATTCATTGTTCCCTTTAAGTATTTTAATACTCTTTTC	121281

C  CT010515.8	130267	ACAGCGTGCAAGTGTTCTTTACTTGGTTGCAAACTGACAGTTTGGTCAAA	130218
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT967318.5	121282	ACAGCGTGCAAGTGTTCTTTACTTGGTTGCAAACTGACAGTTTGGTCAAA	121331

C  CT010515.8	130217	TGGGGTAGAGATCGGTTTACAATCTAAATGATTGAATTTCTGAAGCACCT	130168
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT967318.5	121332	TGGGGTAGAGATCGGTTTACAATCTAAATGATTGAATTTCTGAAGCACCT	121381

C  CT010515.8	130167	TTTCTATGTAATGAGATTGGGATAAACCAATATGGTTACCATCTCTTATG	130118
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT967318.5	121382	TTTCTATGTAATGAGATTGGGATAAACCAATATGGTTACCATCTCTTATG	121431

C  CT010515.8	130117	ATTTTAATTCCTAAAATCACATCAGCTTCTCCTAAATCTTTCATATCAAA	130068
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT967318.5	121432	ATTTTAATTCCTAAAATCACATCAGCTTCTCCTAAATCTTTCATATCAAA	121481

C  CT010515.8	130067	ATTGTTGGATAAGAAAGCTTTAGTTTCTTCAACCTCATTTATACTTGTAC	130018
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT967318.5	121482	ATTGTTGGATAAGAAAGCTTTAGTTTCTTCAACCTCATTTATACTTGTAC	121531

C  CT010515.8	130017	CAAAGATCAACATGTCATCTACATATAAGCAAATCATGACACCTTTTCCA	129968
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT967318.5	121532	CAAAGATCAACATGTCATCTACATATAAGCAAATCATGACACCTTTTCCA	121581

C  CT010515.8	129967	TTTTGGAATTTACTGTAAATACACTTGTCAGATTCATTTATGATGTATCC	129918
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT967318.5	121582	TTTTGGAATTTACTGTAAATACACTTGTCAGATTCATTTATGATGTATCC	121631

C  CT010515.8	129917	GTTGGCTAACACAACTTGGTCAAACTTTTGGTGCCATTGTTTGGGTGCTT	129868
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT967318.5	121632	GTTGGCTAACACAACTTGGTCAAACTTTTGGTGCCATTGTTTGGGTGCTT	121681

C  CT010515.8	129867	GTTTCAACCCATATAAAGACTTAGTTAATTTACACACTTTATCTTCTTGA	129818
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT967318.5	121682	GTTTCAACCCATATAAAGACTTAGTTAATTTACACACTTTATCTTCTTGA	121731

C  CT010515.8	129817	CCTTTGATCACAAACCCTTCCGGTTGTTTTATATATACCTCTTCATCCAA	129768
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT967318.5	121732	CCTTTGATCACAAACCCTTCCGGTTGTTTTATATATACCTCTTCATCCAA	121781

C  CT010515.8	129767	CTCTCCATTTAGGAAAGCAGTTTTAACATCCATTTGATGGATTACAAACT	129718
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT967318.5	121782	CTCTCCATTTAGGAAAGCAGTTTTAACATCCATTTGATGGATTACAAACT	121831

C  CT010515.8	129717	TATGGATGGATGCCAGTGCAATTAGCATTCTGATTGATGCAATTCTTGCA	129668
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT967318.5	121832	TATGGATGGATGCCAGTGCAATTAGCATTCTGATTGATGCAATTCTTGCA	121881

C  CT010515.8	129667	ACAGGTGCATATGTATCAAAATAATCAAGGCCTTCTTTTTGCGTAAATCC	129618
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT967318.5	121882	ACAGGTGCATATGTATCAAAATAATCAAGGCCTTCTTTTTGCGTAAATCC	121931

C  CT010515.8	129617	TTTAGCAACTAGTCTAGCCTTGAATTTATCAATGGTACCATCCACTTTCA	129568
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT967318.5	121932	TTTAGCAACTAGTCTAGCCTTGAATTTATCAATGGTACCATCCACTTTCA	121981

C  CT010515.8	129567	TTTTCCTTTTAAAGATCCATTTACAGCCTATCGGTTTGGATCCGGGTGGG	129518
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT967318.5	121982	TTTTCCTTTTAAAGATCCATTTACAGCCTATCGGTTTGGATCCGGGTGGG	122031

C  CT010515.8	129517	AGATCTACCACTTTCCAAGTTTTATTACCCATAATTGAATCCATTTCTTC	129468
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT967318.5	122032	AGATCTACCACTTTCCAAGTTTTATTACCCATAATTGAATCCATTTCTTC	122081

C  CT010515.8	129467	TTGAATAGCTTCTTTCCAAAAAGCTGAATCTTGAGATTTTATAGCCTCTT	129418
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT967318.5	122082	TTGAATAGCTTCTTTCCAAAAAGCTGAATCTTGAGATTTTATAGCCTCTT	122131

C  CT010515.8	129417	CATATGTTACCGGATCACTCTCAAGGTTAAAGCAAATTGGTCCATAACTA	129368
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT967318.5	122132	CATATGTTACCGGATCACTCTCAAGGTTAAAGCAAATTGGTCCATAACTA	122181

C  CT010515.8	129367	TTTATGGATTTACCTGTTCCTTCTACAAGAAACATGAAGAAATCAGATCC	129318
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT967318.5	122182	TTTATGGATTTACCTGTTCCTTCTACAAGAAACATGAAGAAATCAGATCC	122231

C  CT010515.8	129317	AAAATCTTTCTCTTTCCGGATCCTCTTACTTCTTCTAAGTTCTGAACCAT	129268
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT967318.5	122232	AAAATCTTTCTCTTTCCGGATCCTCTTACTTCTTCTAAGTTCTGAACCAT	122281

C  CT010515.8	129267	CCAATGTATCTATATCAGATTCATTGTTTTCTAAATTTTGAACATTAGAA	129218
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT967318.5	122282	CCAATGTATCTATATCAGATTCATTGTTTTCTAAATTTTGAACATTAGAA	122331

C  CT010515.8	129217	TGAACAATATCCTTGGGATAAGAAATTGAGTTAAATCTATCTTCTTGAAA	129168
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT967318.5	122332	TGAACAATATCCTTGGGATAAGAAATTGAGTTAAATCTATCTTCTTGAAA	122381

C  CT010515.8	129167	AATTGCATCTCTTGACTCAATTACTGTATTAACAGAATATGAGTCATTCG	129118
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT967318.5	122382	AATTGCATCTCTTGACTCAATTACTGTATTAACAGAATATGAGTCATTCG	122431

C  CT010515.8	129117	ATTCAATAGTCAAGAATCTTTATGCTTTGCTATTTTCTGCATAGCCTAAA	129068
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT967318.5	122432	ATTCAATAGTCAAGAATCTTTATGCTTTGCTATTTTCTGCATAGCCTAAA	122481

C  CT010515.8	129067	AATACACATTCAATTCCTCTTTCACCCAATTTCTTTCTTTTTGGTTCAGG	129018
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT967318.5	122482	AATACACATTCAATTCCTCTTTCACCCAATTTCTTTCTTTTTGGTTCAGG	122531

C  CT010515.8	129017	CACTTTCACAATTGCTCTACAACCCCAAACTTTCAAATAATTAAGAGTAA	128968
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT967318.5	122532	CACTTTCACAATTGCTCTACAACCCCAAACTTTCAAATAATTAAGAGTAA	122581

C  CT010515.8	128967	GCTTTCTGATAGATTTGTTTAGCAAGTGTACTAAATACTATCGAAGTAGT	128918
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT967318.5	122582	GCTTTCTGATAGATTTGTTTAGCAAGTGTACTAAATACTATCGAAGTAGT	122631

C  CT010515.8	128917	AAAAATATCGTTCACATGAGGAATGTGTTAATCTCAATTTAGAAATAAAG	128868
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT967318.5	122632	AAAAATATCGTTCACATGAGGAATGTGTTAATCTCAATTTAGAAATAAAG	122681

C  CT010515.8	128867	TAAATATTTAGGATTTATAAATTATTTTGTTTGTAGATTTGATTTGATTG	128818
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT967318.5	122682	TAAATATTTAGGATTTATAAATTATTTTGTTTGTAGATTTGATTTGATTG	122731

C  CT010515.8	128817	CATAAAATTAAATAAACAGAAAATAAAGATAGTTTTGGAAAAGATAAAGA	128768
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT967318.5	122732	CATAAAATTAAATAAACAGAAAATAAAGATAGTTTTGGAAAAGATAAAGA	122781

C  CT010515.8	128767	GAGATGAGATTAGGTCTTTCGAATCATCTATGTTTCCCTAATTGGTATAC	128718
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT967318.5	122782	GAGATGAGATTAGGTCTTTCGAATCATCTATGTTTCCCTAATTGGTATAC	122831

C  CT010515.8	128717	TGCACCTATTCTTGTGAATGATTCTATAGTTCCATGATAGTTAACAAAAT	128668
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT967318.5	122832	TGCACCTATTCTTGTGAATGATTCTATAGTTCCATGATAGTTAACAAAAT	122881

C  CT010515.8	128667	AGTCCTAATCAATCCCTTGAGTTAGAATCCTCTTCTCAAACTACAGCCCC	128618
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT967318.5	122882	AGTCCTAATCAATCCCTTGAGTTAGAATCCTCTTCTCAAACTACAGCCCC	122931

Overview

Query
CT010515.8 - 130617 bps
Hit
CT967318.5 - 122931 bps
Total alignments
20
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
110019162000128618130617-11209321229311
295.332593211046810788-1533256521
388.6528449287209211-1684273341
490.1643169276918382-1803087201
585.64250536112501113036131708322361
683.7815841362326644-135701361191
795.171241458213382277-142547426911
891.232133366219862533155175555161
990.771181926262062811155175553691
1091.272303856214962533155684560721
1191.951402346257862811155691559261
1288.841222316258162811156412566441
1392.212544026330763708157430578271
1493.751872696339763665157633579041
1587.851893926282063211157694580801
1689.6913722237193940-11126931129151
1774.955322984188992188211137871167761
1882.365201191119780120970-11137941149721
1985.31852168211682-11148931166011
2098.59590641125054125694-11195441201851
Short-link