<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CT971491.3	1	CCCTGTGTTGAGCTCTTCAAGCGGTGGAACTAGGAGGCCCTCATCATCAG	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967317.6	124667	CCCTGTGTTGAGCTCTTCAAGCGGTGGAACTAGGAGGCCCTCATCATCAG	124716

CT971491.3	51	GGGGTCCCGGATCACGACCTGCATCTTCTAGTGGACGCCCTTCAACTCCT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967317.6	124717	GGGGTCCCGGATCACGACCTGCATCTTCTAGTGGACGCCCTTCAACTCCT	124766

CT971491.3	101	ACCGGACGCCCTTCATTGACCACAGCTTCAAAACCATCAAGATCTTCAAC	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967317.6	124767	ACCGGACGCCCTTCATTGACCACAGCTTCAAAACCATCAAGATCTTCAAC	124816

CT971491.3	151	ACCTACTCGGAATTCAATACCTTCAACTAGAAACGTGGTTGCTACATCAA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967317.6	124817	ACCTACTCGGAATTCAATACCTTCAACTAGAAACGTGGTTGCTACATCAA	124866

CT971491.3	201	AGACCACAATGTCCACAACCAAGCCCATCAGTACGGTTTCTACCACTAAG	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967317.6	124867	AGACCACAATGTCCACAACCAAGCCCATCAGTACGGTTTCTACCACTAAG	124916

CT971491.3	251	CCTTCAACTTCTTCCACGAGGAGCACCGCCCCTGCTGCAAAACCAGCAAC	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967317.6	124917	CCTTCAACTTCTTCCACGAGGAGCACCGCCCCTGCTGCAAAACCAGCAAC	124966

CT971491.3	301	TCAATCAAGATCCTCTACACCGTTGTCAAGATCGACTGCAAGATCTTCAA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967317.6	124967	TCAATCAAGATCCTCTACACCGTTGTCAAGATCGACTGCAAGATCTTCAA	125016

CT971491.3	351	CACCAACTAGCAGACCTACTTTACCGCCTTCCAGGTCCACATCAAGAGCA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967317.6	125017	CACCAACTAGCAGACCTACTTTACCGCCTTCCAGGTCCACATCAAGAGCA	125066

CT971491.3	401	TCTACTCCAACTCGGCGACCATCTATACCATCAAATGAGCTCAATATATC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967317.6	125067	TCTACTCCAACTCGGCGACCATCTATACCATCAAATGAGCTCAATATATC	125116

CT971491.3	451	TTCTTCTTCAGTTAAGATTTCTTCGAGCCCCAAGCCAACTACTGTGTCAT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967317.6	125117	TTCTTCTTCAGTTAAGATTTCTTCGAGCCCCAAGCCAACTACTGTGTCAT	125166

CT971491.3	501	CAAGGCAACCAACTCCTGTGAAAGCAAGGCAGCCAACTCCTGTGACAGCA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967317.6	125167	CAAGGCAACCAACTCCTGTGAAAGCAAGGCAGCCAACTCCTGTGACAGCA	125216

CT971491.3	551	AGGCAGCCAACTCCTACGACAATAAGGCAGCCAACTCCTACGAAAACAAG	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967317.6	125217	AGGCAGCCAACTCCTACGACAATAAGGCAGCCAACTCCTACGAAAACAAG	125266

CT971491.3	601	ACAGCAAACTCCAGTGACCTCTAGACAGCCGCAAGTGCCATCATGTGGCA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967317.6	125267	ACAGCAAACTCCAGTGACCTCTAGACAGCCGCAAGTGCCATCATGTGGCA	125316

CT971491.3	651	CATCACCAACTGTGAAGTCAAGAACATGGAAGCCGTCTGAGATGCCAGGG	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967317.6	125317	CATCACCAACTGTGAAGTCAAGAACATGGAAGCCGTCTGAGATGCCAGGG	125366

CT971491.3	701	TTTTCACTTGATGCTCCACCTAATTTGAGGACAACATTACCTGATAGGCC	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967317.6	125367	TTTTCACTTGATGCTCCACCTAATTTGAGGACAACATTACCTGATAGGCC	125416

CT971491.3	751	ACTGTCAGCGACTAGGGGCAGGCCTGGAGCTCCCACTTCTCGGTCTTCAT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967317.6	125417	ACTGTCAGCGACTAGGGGCAGGCCTGGAGCTCCCACTTCTCGGTCTTCAT	125466

CT971491.3	801	CTGTTGAGCCTTCTTTTAGTGGAAGACCTAAGCGACAATCATGCTCTCCT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967317.6	125467	CTGTTGAGCCTTCTTTTAGTGGAAGACCTAAGCGACAATCATGCTCTCCT	125516

CT971491.3	851	TCAAGAGGACGGTCTTCCAATGGCACTGCTCATATAAGTGGAAACTCAAT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967317.6	125517	TCAAGAGGACGGTCTTCCAATGGCACTGCTCATATAAGTGGAAACTCAAT	125566

CT971491.3	901	GCCTGCAGTTAGCCGTGGGCGCTCTAAAGTGAATGACAATGTTAGTCCTG	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967317.6	125567	GCCTGCAGTTAGCCGTGGGCGCTCTAAAGTGAATGACAATGTTAGTCCTG	125616

CT971491.3	951	GTATGATGGGCACAAAAATGGTTGAAAGGGTTATAAACATGCGAAAACTA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967317.6	125617	GTATGATGGGCACAAAAATGGTTGAAAGGGTTATAAACATGCGAAAACTA	125666

CT971491.3	1001	GCACCACCAATGATGGATAACAAAAACTCTCCTCGTAGTAATCTGTCTGG	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967317.6	125667	GCACCACCAATGATGGATAACAAAAACTCTCCTCGTAGTAATCTGTCTGG	125716

CT971491.3	1051	CAAGTCATCTTCATCTCCGGATAGCACAGGGTTTGGAAGAACTCTCTCAA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967317.6	125717	CAAGTCATCTTCATCTCCGGATAGCACAGGGTTTGGAAGAACTCTCTCAA	125766

CT971491.3	1101	AGAAGTCCTTGGATATGGCTATTCGGCATATGGTACACCTATTTTCTACA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967317.6	125767	AGAAGTCCTTGGATATGGCTATTCGGCATATGGTACACCTATTTTCTACA	125816

CT971491.3	1151	TTCTGTATATTTTTTTTCTGTCAGATTAAGAAAATCTTATAATGTCAAAC	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967317.6	125817	TTCTGTATATTTTTTTTCTGTCAGATTAAGAAAATCTTATAATGTCAAAC	125866

CT971491.3	1201	CTGCATACAAATCACCACTGTTTTTATATAAAAATGAATGGAATCCCATA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967317.6	125867	CTGCATACAAATCACCACTGTTTTTATATAAAAATGAATGGAATCCCATA	125916

CT971491.3	1251	TTCGCTAATTACCTTTTTAGATGCACAATGTCTCAAGAATGACCAAATTT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967317.6	125917	TTCGCTAATTACCTTTTTAGATGCACAATGTCTCAAGAATGACCAAATTT	125966

CT971491.3	1301	AGATCCTTAACTATTTCTCTCCTATCTCATTGTAATTGTCATGTTTGAAA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967317.6	125967	AGATCCTTAACTATTTCTCTCCTATCTCATTGTAATTGTCATGTTTGAAA	126016

CT971491.3	1351	CATTTGTGTCAAATTATGCACTTTAGAATGCCTATATAACATTTATCAAC	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967317.6	126017	CATTTGTGTCAAATTATGCACTTTAGAATGCCTATATAACATTTATCAAC	126066

CT971491.3	1401	ATTTTCCAGTAATATCTTCATTTCATTGAATAGTCTACTTGACTATTTCA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967317.6	126067	ATTTTCCAGTAATATCTTCATTTCATTGAATAGTCTACTTGACTATTTCA	126116

CT971491.3	1451	ATGCTACTCCTTTCACCTGCAGAGAATTTTAGTCTTCTCATATTATTTTA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967317.6	126117	ATGCTACTCCTTTCACCTGCAGAGAATTTTAGTCTTCTCATATTATTTTA	126166

CT971491.3	1501	CTCTAAAATGACACTATGAAAACAATTTTATTTAATTATGGAATTGGTTA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967317.6	126167	CTCTAAAATGACACTATGAAAACAATTTTATTTAATTATGGAATTGGTTA	126216

CT971491.3	1551	ACTTAAACTGATAAGATCTGATTAACTTATAGTTCTTTTCTAATCATTTT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967317.6	126217	ACTTAAACTGATAAGATCTGATTAACTTATAGTTCTTTTCTAATCATTTT	126266

CT971491.3	1601	TGTTTGTTTCTCTTTGAACAGGATATAAGGAGAACCATTCCAGGTAACTT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967317.6	126267	TGTTTGTTTCTCTTTGAACAGGATATAAGGAGAACCATTCCAGGTAACTT	126316

CT971491.3	1651	AAGGCCATTGATGACAAATATTCCGGCATCTTCTATGTATAGTGTGAGGT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967317.6	126317	AAGGCCATTGATGACAAATATTCCGGCATCTTCTATGTATAGTGTGAGGT	126366

CT971491.3	1701	CTGGATCTCATCGTGGTCGAACAATAAGTGTATCGGGCTCTCCTCACGCA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967317.6	126367	CTGGATCTCATCGTGGTCGAACAATAAGTGTATCGGGCTCTCCTCACGCA	126416

CT971491.3	1751	ACAAGCAGTAATGCTAGTTCTGAAATGAGTGTAAACCAAAATGGTCTTTG	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967317.6	126417	ACAAGCAGTAATGCTAGTTCTGAAATGAGTGTAAACCAAAATGGTCTTTG	126466

CT971491.3	1801	TTTAGATAGTAGTGAGATAGATGATGAAGTTGGCAGTGAGAGATGTGTTC	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967317.6	126467	TTTAGATAGTAGTGAGATAGATGATGAAGTTGGCAGTGAGAGATGTGTTC	126516

CT971491.3	1851	AATCTCCTGCCAGTGTTAGGGGGAGGTAAACTTTTCACACTTAGGCAAAC	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967317.6	126517	AATCTCCTGCCAGTGTTAGGGGGAGGTAAACTTTTCACACTTAGGCAAAC	126566

CT971491.3	1901	CCTGCATATATATTTGATTAGCACCAATGTTCTTATCCTGGATTTCAGCC	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967317.6	126567	CCTGCATATATATTTGATTAGCACCAATGTTCTTATCCTGGATTTCAGCC	126616

CT971491.3	1951	ATTGCGGATTTGCATATGGAGCTAACCATGCTTGTATTGATGTAAAGCTT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967317.6	126617	ATTGCGGATTTGCATATGGAGCTAACCATGCTTGTATTGATGTAAAGCTT	126666

Overview

Query
CT971491.3 - 12122 bps
Hit
CT967317.6 - 126666 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100197520001200011246671266661
Short-link