<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CT963078.4	1	AAGCTTATGCTCAACACCAGCTATTGCACTCCATCCATTATACCAAAATT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967315.8	76816	AAGCTTATGCTCAACACCAGCTATTGCACTCCATCCATTATACCAAAATT	76865

CT963078.4	51	TTAATGTTTGACTGAAAAAAGTAGGTCTGCACATGTTTTGAATCTCATCA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967315.8	76866	TTAATGTTTGACTGAAAAAAGTAGGTCTGCACATGTTTTGAATCTCATCA	76915

CT963078.4	101	TGCCCTTTTTATTGTCTATGATTACTTTAGAACATCTGATATACAAAAAT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967315.8	76916	TGCCCTTTTTATTGTCTATGATTACTTTAGAACATCTGATATACAAAAAT	76965

CT963078.4	151	TCACCTGCTGCCCTCTTATCTATTTCTTTATAACATGTTTTTGCAAGCAA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967315.8	76966	TCACCTGCTGCCCTCTTATCTATTTCTTTATAACATGTTTTTGCAAGCAA	77015

CT963078.4	201	ATATTTCAATGACAAAAAATTAATTCCTAAATGCAAGCATTTTCATGCTT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967315.8	77016	ATATTTCAATGACAAAAAATTAATTCCTAAATGCAAGCATTTTCATGCTT	77065

CT963078.4	251	CTGGTCTTTCAAATTGATGGTCGGAAACTGTATAGTTTAGTCTTATGCAA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967315.8	77066	CTGGTCTTTCAAATTGATGGTCGGAAACTGTATAGTTTAGTCTTATGCAA	77115

CT963078.4	301	GACATGTTTATCCAAACAGGCCCTATATCTACCGAGTTCACCCGTAAACG	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967315.8	77116	GACATGTTTATCCAAACAGGCCCTATATCTACCGAGTTCACCCGTAAACG	77165

CT963078.4	351	ACATCTGAGCCGTAACTCGGTCCCTTTCACATTTAGACATGCAAGTGGTG	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967315.8	77166	ACATCTGAGCCGTAACTCGGTCCCTTTCACATTTAGACATGCAAGTGGTG	77215

CT963078.4	401	TCAAATGCTCGCCGAGTCTCTCGGCTCTTGCAATCTCCGATTTTCCTTTC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967315.8	77216	TCAAATGCTCGCCGAGTCTCTCGGCTCTTGCAATCTCCGATTTTCCTTTC	77265

CT963078.4	451	ATCTCATCTTCGAAGCACCGAAGAACCGATTCTCTCTGGGCTCGCACAAT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967315.8	77266	ATCTCATCTTCGAAGCACCGAAGAACCGATTCTCTCTGGGCTCGCACAAT	77315

CT963078.4	501	ATTATTACCGGCAAGTGAAATCTGAACCTTCAATTTTCTTCGCGTCGAAG	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967315.8	77316	ATTATTACCGGCAAGTGAAATCTGAACCTTCAATTTTCTTCGCGTCGAAG	77365

CT963078.4	551	GCTTTTTACAGTTCTGGAGTTGATAATGTTGAAGGGACTCCATCAGGTTC	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967315.8	77366	GCTTTTTACAGTTCTGGAGTTGATAATGTTGAAGGGACTCCATCAGGTTC	77415

CT963078.4	601	TTCATTCAACTGTGAACCGCAAATTCCCTTTTCGAATTTCATTTTTCTGT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967315.8	77416	TTCATTCAACTGTGAACCGCAAATTCCCTTTTCGAATTTCATTTTTCTGT	77465

CT963078.4	651	TGTTTTATTGATTTGTATTGTTGAATTTTGAATGTAGATGCTGTGAAGAA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967315.8	77466	TGTTTTATTGATTTGTATTGTTGAATTTTGAATGTAGATGCTGTGAAGAA	77515

CT963078.4	701	TCTTTATGATAAGATGCTTGAGTCTGTAAATGTAAAACGATCCATGCCTC	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967315.8	77516	TCTTTATGATAAGATGCTTGAGTCTGTAAATGTAAAACGATCCATGCCTC	77565

CT963078.4	751	CAAATGCTTGGTTGTGGTCAATGATCGCTAGTTGTAAACACCATCACGAT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967315.8	77566	CAAATGCTTGGTTGTGGTCAATGATCGCTAGTTGTAAACACCATCACGAT	77615

CT963078.4	801	ATTAGTCTTCTCTTTGACATTTTGCGAAACCTTCGCAGATTTGTTAGTTT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967315.8	77616	ATTAGTCTTCTCTTTGACATTTTGCGAAACCTTCGCAGATTTGTTAGTTT	77665

CT963078.4	851	CTATTCTCTTCTCCTCTCACCTTTTTTTTTTTTTCTTCCAGTTATTATTA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967315.8	77666	CTATTCTCTTCTCCTCTCACCTTTTTTTTTTTTTCTTCCAGTTATTATTA	77715

CT963078.4	901	TTTTTTTATATTGATTCACTCTCTTTGCAATGATGATGAATTTAATCTGT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967315.8	77716	TTTTTTTATATTGATTCACTCTCTTTGCAATGATGATGAATTTAATCTGT	77765

CT963078.4	951	TTGATGAGCAGAGGTTGTCAAATCTTCGCATACATGACAATTTTAACTGC	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967315.8	77766	TTGATGAGCAGAGGTTGTCAAATCTTCGCATACATGACAATTTTAACTGC	77815

CT963078.4	1001	CACCTCTGTCGTGAAGTTACTAAGGCATGTGTTCATGCCGGAGCCCTTGA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967315.8	77816	CACCTCTGTCGTGAAGTTACTAAGGCATGTGTTCATGCCGGAGCCCTTGA	77865

CT963078.4	1051	TTTTGGTATGCTTTATTTGCGTGTCCGTTTTGTCTTTTATAAAGCTGTGC	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967315.8	77866	TTTTGGTATGCTTTATTTGCGTGTCCGTTTTGTCTTTTATAAAGCTGTGC	77915

CT963078.4	1101	TGTTCCATTTTTGAAATTTGAAGATGTGAAATGAAATTGAGGTTTTTTGG	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967315.8	77916	TGTTCCATTTTTGAAATTTGAAGATGTGAAATGAAATTGAGGTTTTTTGG	77965

CT963078.4	1151	CTTAAATGTGTGAGCAGGAAAGAAGGCTTTGTGGAAGCATAATGTCTATG	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967315.8	77966	CTTAAATGTGTGAGCAGGAAAGAAGGCTTTGTGGAAGCATAATGTCTATG	78015

CT963078.4	1201	GATTGGCACCGAGTGTTGCATCTGCACACCATTTACTGGTATTGTTAGAC	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967315.8	78016	GATTGGCACCGAGTGTTGCATCTGCACACCATTTACTGGTATTGTTAGAC	78065

CT963078.4	1251	ATACTAATGTCCTAATTTCTTTGATTCTGTCTCTTGTTTGCATTTGGTAA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967315.8	78066	ATACTAATGTCCTAATTTCTTTGATTCTGTCTCTTGTTTGCATTTGGTAA	78115

CT963078.4	1301	GCTATCGTCAATTTATTGCAGCTTTTTGCTAAGAACAACAATGATACTAA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967315.8	78116	GCTATCGTCAATTTATTGCAGCTTTTTGCTAAGAACAACAATGATACTAA	78165

CT963078.4	1351	ACTATTGGTGGAGGTAATGAAACTTTTGAAGAAGAATGATTTACCATTGC	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967315.8	78166	ACTATTGGTGGAGGTAATGAAACTTTTGAAGAAGAATGATTTACCATTGC	78215

CT963078.4	1401	AACCAGGCACGGCAGATATAGTTTTCAGGTATGTTATTATTTTAGCATTT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967315.8	78216	AACCAGGCACGGCAGATATAGTTTTCAGGTATGTTATTATTTTAGCATTT	78265

CT963078.4	1451	TCAATATTTGTTTCGCAATATGAAGAGTCTTTTTGAAAAAGTACTTTTTA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967315.8	78266	TCAATATTTGTTTCGCAATATGAAGAGTCTTTTTGAAAAAGTACTTTTTA	78315

CT963078.4	1501	AAATTTGAATATGATGTTTACCTCTTAAAGCAATTGCTTAATATTTAATT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967315.8	78316	AAATTTGAATATGATGTTTACCTCTTAAAGCAATTGCTTAATATTTAATT	78365

CT963078.4	1551	GATATAATTGATGTTCCCTCTGTTGCTGACTTCCATGCACTCATTTCAAA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967315.8	78366	GATATAATTGATGTTCCCTCTGTTGCTGACTTCCATGCACTCATTTCAAA	78415

CT963078.4	1601	TCCTGCTGTGTTTAGTCCCCCGAAACTCCTTTTGTTTTATGAAGGCAACT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967315.8	78416	TCCTGCTGTGTTTAGTCCCCCGAAACTCCTTTTGTTTTATGAAGGCAACT	78465

CT963078.4	1651	TGGTGCCTCTGTGTGTAAGGTTACAAGTCTACAATACAGTTAGTTTGCAT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967315.8	78466	TGGTGCCTCTGTGTGTAAGGTTACAAGTCTACAATACAGTTAGTTTGCAT	78515

CT963078.4	1701	GATTTTTTGAGCTTGCAAAATGCTGAGATGCATTGTAATATAACATGTAT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967315.8	78516	GATTTTTTGAGCTTGCAAAATGCTGAGATGCATTGTAATATAACATGTAT	78565

CT963078.4	1751	TTAGTACCTAAAGAACCACTTTTCGAAGCTAAAAGTGATGCAAATCAAGA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967315.8	78566	TTAGTACCTAAAGAACCACTTTTCGAAGCTAAAAGTGATGCAAATCAAGA	78615

CT963078.4	1801	GAAAAAATGAAGAATCTATCCTTTTTTTTATTCATCTAAAGGGTTATTTT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967315.8	78616	GAAAAAATGAAGAATCTATCCTTTTTTTTATTCATCTAAAGGGTTATTTT	78665

CT963078.4	1851	GGTATTGTCTAACAGACTAACACTGAACATAAATTATGATCCTCACTTTT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967315.8	78666	GGTATTGTCTAACAGACTAACACTGAACATAAATTATGATCCTCACTTTT	78715

CT963078.4	1901	TCTTTTTATGTTGCTTTCATTCTCTTCTTTATATGCTTCTGACCTGTTAC	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967315.8	78716	TCTTTTTATGTTGCTTTCATTCTCTTCTTTATATGCTTCTGACCTGTTAC	78765

CT963078.4	1951	CTGGGTCAATCATTTGCAGCATTTGTTACAATACAGATGAATGGGAGTTG	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967315.8	78766	CTGGGTCAATCATTTGCAGCATTTGTTACAATACAGATGAATGGGAGTTG	78815

Overview

Query
CT963078.4 - 125433 bps
Hit
CT967315.8 - 78815 bps
Total alignments
3
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001921200012000176816788151
286.912385062987730382125757262601
390.591792878866788953147788480741
Short-link