<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU012055.18	1	TATGTTTGATACTTTGCACACAAAGTGTTTGACAAAATGCCAAAATGAGA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967314.8	29120	TATGTTTGATACTTTGCACACAAAGTGTTTGACAAAATGCCAAAATGAGA	29169

CU012055.18	51	ATTGCATTTATTATTTAGTTAGTTTATGTAGTTATAGATAATTGTAGTTT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967314.8	29170	ATTGCATTTATTATTTAGTTAGTTTATGTAGTTATAGATAATTGTAGTTT	29219

CU012055.18	101	CTCAGAATGATGTTAACATTATGTTGAAGTTGAATGTGGTTTTGAATGGT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967314.8	29220	CTCAGAATGATGTTAACATTATGTTGAAGTTGAATGTGGTTTTGAATGGT	29269

CU012055.18	151	ATTTATCTTATATTGTGAATGTTTTTTAGATTGTGATGTGAATGATGTTT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967314.8	29270	ATTTATCTTATATTGTGAATGTTTTTTAGATTGTGATGTGAATGATGTTT	29319

CU012055.18	201	AGATTTTATGTTAATTTTCTTTGTTCAACGATGTTAATTTTTTAAAATTT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967314.8	29320	AGATTTTATGTTAATTTTCTTTGTTCAACGATGTTAATTTTTTAAAATTT	29369

CU012055.18	251	TGTGCAGATATGTCTGATCCGGAGCAAGGGCAGCAGATTGACCCATCTAG	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967314.8	29370	TGTGCAGATATGTCTGATCCGGAGCAAGGGCAGCAGATTGACCCATCTAG	29419

CU012055.18	301	GATGATATCTAATAGACTTGCTATGACTAATAGCGCTAGGCGGGCAAGGC	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967314.8	29420	GATGATATCTAATAGACTTGCTATGACTAATAGCGCTAGGCGGGCAAGGC	29469

CU012055.18	351	AAAACGCACATATCCCAAAGAGGGGAAGAGGTAAAGGTCGGATGGGGGAT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967314.8	29470	AAAACGCACATATCCCAAAGAGGGGAAGAGGTAAAGGTCGGATGGGGGAT	29519

CU012055.18	401	GGTGCAGTGAGTTCTCAGACTACACAGCCTACACAATCACAAAAAGTAGG	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967314.8	29520	GGTGCAGTGAGTTCTCAGACTACACAGCCTACACAATCACAAAAAGTAGG	29569

CU012055.18	451	CCAACCTAGAGTGATTAAACCGAAAAGTAGGCCAACCTAGTCTATTTTTA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967314.8	29570	CCAACCTAGAGTGATTAAACCGAAAAGTAGGCCAACCTAGTCTATTTTTA	29619

CU012055.18	501	ACATAATCACTCCTTACTTGTAAAGTTAAAGAGTAATAATATACATAATT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967314.8	29620	ACATAATCACTCCTTACTTGTAAAGTTAAAGAGTAATAATATACATAATT	29669

CU012055.18	551	ATCTAGAGTTAAACCTATGTTAGCAAGAGCATCTGTACAACCATTGCCCT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967314.8	29670	ATCTAGAGTTAAACCTATGTTAGCAAGAGCATCTGTACAACCATTGCCCT	29719

CU012055.18	601	CCCTAAAGATGTGAGAAACTATGAAAATCATGGATGAAGTAATGCTAATA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967314.8	29720	CCCTAAAGATGTGAGAAACTATGAAAATCATGGATGAAGTAATGCTAATA	29769

CU012055.18	651	CAGTTGCTCCTCTGTTTCTAAGTTGCCAAGGAACAATGTCCTAAGACTTG	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967314.8	29770	CAGTTGCTCCTCTGTTTCTAAGTTGCCAAGGAACAATGTCCTAAGACTTG	29819

CU012055.18	701	AAAGCTTGAACCACTAGCATGGAATCATTTTCTAGCCAGAAATTTCTCCA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967314.8	29820	AAAGCTTGAACCACTAGCATGGAATCATTTTCTAGCCAGAAATTTCTCCA	29869

CU012055.18	751	GTTTTTTGAAATAGCTAGTAAACTCAATGGATCTCATGGTCCCAATGAGT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967314.8	29870	GTTTTTTGAAATAGCTAGTAAACTCAATGGATCTCATGGTCCCAATGAGT	29919

CU012055.18	801	TCAACAAAAAGAGAGTTACCATTGTGTAAACCTTCTGCAAAGCATCCATA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967314.8	29920	TCAACAAAAAGAGAGTTACCATTGTGTAAACCTTCTGCAAAGCATCCATA	29969

CU012055.18	851	AATTGACCTTTAGAGTTCCTAAAGATTGCTCCACAAGCAGCCTTCCCTGC	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967314.8	29970	AATTGACCTTTAGAGTTCCTAAAGATTGCTCCACAAGCAGCCTTCCCTGC	30019

CU012055.18	901	AGCCAAAGCTCCATCACAATTACCTTTAATCTAGTTAGAAATTAGGGGAC	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967314.8	30020	AGCCAAAGCTCCATCACAATTACCTTTAATCTAGTTAGAAATTAGGGGAC	30069

CU012055.18	951	TCTAGATAACCTCCTTAACAAGAAGCAACTTTGGAGGATGTATTGAAACA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967314.8	30070	TCTAGATAACCTCCTTAACAAGAAGCAACTTTGGAGGATGTATTGAAACA	30119

CU012055.18	1001	TTAAAAGCCTTTAGAATATAAAATTATTTGATTGAAGAACTAGCTGCCAG	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967314.8	30120	TTAAAAGCCTTTAGAATATAAAATTATTTGATTGAAGAACTAGCTGCCAG	30169

CU012055.18	1051	TTTTGAGTTACTTGCAGACAAAGAAACAACAACAATAATTTGAGATATGG	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967314.8	30170	TTTTGAGTTACTTGCAGACAAAGAAACAACAACAATAATTTGAGATATGG	30219

CU012055.18	1101	CACTTTTAATAAACCAAATTACACTCAAACACAATAAACCAAATTTTTGT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967314.8	30220	CACTTTTAATAAACCAAATTACACTCAAACACAATAAACCAAATTTTTGT	30269

CU012055.18	1151	TTATATTGATTGGTTTACGGTTTTAATTTGAATAAGGTTTGAATTTATAA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967314.8	30270	TTATATTGATTGGTTTACGGTTTTAATTTGAATAAGGTTTGAATTTATAA	30319

CU012055.18	1201	AAAAATAATAATAATAAATAAATAAAAAATAGGGTTTGAATGAACACCTC	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967314.8	30320	AAAAATAATAATAATAAATAAATAAAAAATAGGGTTTGAATGAACACCTC	30369

CU012055.18	1251	TAGTCACCTCTAAAAACTTGGGTAATAAAAGAAAAAATTTCTACAACGAA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967314.8	30370	TAGTCACCTCTAAAAACTTGGGTAATAAAAGAAAAAATTTCTACAACGAA	30419

CU012055.18	1301	ATTATAAGTTTTTTTGTTTAAAATTGTCCTTATTTGAATAAAATGATCCC	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967314.8	30420	ATTATAAGTTTTTTTGTTTAAAATTGTCCTTATTTGAATAAAATGATCCC	30469

CU012055.18	1351	TTTCATACCATAATTTAAAACAATTTTAATAAACAAGAGACCAAATTAAA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967314.8	30470	TTTCATACCATAATTTAAAACAATTTTAATAAACAAGAGACCAAATTAAA	30519

CU012055.18	1401	ACATAAAACAAAGATTTATTTTCGAGGGGAATTATAAAATAAAGTATGTG	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967314.8	30520	ACATAAAACAAAGATTTATTTTCGAGGGGAATTATAAAATAAAGTATGTG	30569

CU012055.18	1451	AATAATCCTAAAAAAAATAAGATAAGTGAAAAAATACATAACTTATATAT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967314.8	30570	AATAATCCTAAAAAAAATAAGATAAGTGAAAAAATACATAACTTATATAT	30619

CU012055.18	1501	TATAGTCTATAATTTCTTTTTTACTCTAATACATAATATTTTTAGACACA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967314.8	30620	TATAGTCTATAATTTCTTTTTTACTCTAATACATAATATTTTTAGACACA	30669

CU012055.18	1551	TTTTTTTTACAGGTTTACGGAATAAACATTATAATCACTATTAATACATT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967314.8	30670	TTTTTTTTACAGGTTTACGGAATAAACATTATAATCACTATTAATACATT	30719

CU012055.18	1601	TGTATTAAATTACTGAATCTTTCACAATTTATTCATATAAATAAATACAT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967314.8	30720	TGTATTAAATTACTGAATCTTTCACAATTTATTCATATAAATAAATACAT	30769

CU012055.18	1651	TTAATTGAAGTGTTAAAAATTACATCATAATTAATCAAGAAAATCACAGT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967314.8	30770	TTAATTGAAGTGTTAAAAATTACATCATAATTAATCAAGAAAATCACAGT	30819

CU012055.18	1701	TGCTAAATCACTAAACAATACTACGACATTATCTGCTTCAAATCAGGTGT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967314.8	30820	TGCTAAATCACTAAACAATACTACGACATTATCTGCTTCAAATCAGGTGT	30869

CU012055.18	1751	CTTGTCCTCGTGAACTTAGCTCAAACCCTGACCACCACAAAAAAATAAAT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967314.8	30870	CTTGTCCTCGTGAACTTAGCTCAAACCCTGACCACCACAAAAAAATAAAT	30919

CU012055.18	1801	AAATAAATAAATCAGGCGTCTCTATTGATGGGTGCAGCATATCTGAATTC	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967314.8	30920	AAATAAATAAATCAGGCGTCTCTATTGATGGGTGCAGCATATCTGAATTC	30969

CU012055.18	1851	TTTATCCAAATTATTGGGATAGGTCGTCCTATTTAAAAGTCATGGGAGTA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967314.8	30970	TTTATCCAAATTATTGGGATAGGTCGTCCTATTTAAAAGTCATGGGAGTA	31019

CU012055.18	1901	TACTTTGTAACTCTTTTTGTGTTGTACTTTTGAAACAAACCATACTCTGA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967314.8	31020	TACTTTGTAACTCTTTTTGTGTTGTACTTTTGAAACAAACCATACTCTGA	31069

CU012055.18	1951	TTATGAAATTCAAGTAGGAAGTTCTGGATCACCAAAAACACCATAAGCTT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967314.8	31070	TTATGAAATTCAAGTAGGAAGTTCTGGATCACCAAAAACACCATAAGCTT	31119

Overview

Query
CU012055.18 - 37334 bps
Hit
CT967314.8 - 31119 bps
Total alignments
12
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001883200012000129120311191
287.3322844648795324123994244271
383.51449853385435124526246221
4100305564136467-124930249841
5100336057315790124931249901
6100356157305790-124933249931
7100305464136466124939249921
896.97486611341199127406274711
988.51408613701455127628277141
1087.512328914641752127694279731
1190.0413722421462369128168283981
1291.2511317624422617128395285771
Short-link