<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU041231.10	1	TATACGACCTTTGGAAGCCGCAGCATAAATAAGAGATTGTGATGGTGTTC	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967305.12	99078	TATACGACCTTTGGAAGCCGCAGCATAAATAAGAGATTGTGATGGTGTTC	99127

CU041231.10	51	CATTTAAAAAAAATCAATCTCATTTCAACTTTCATTTCTTCCATTTTCTG	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967305.12	99128	CATTTAAAAAAAATCAATCTCATTTCAACTTTCATTTCTTCCATTTTCTG	99177

CU041231.10	101	ATAAATCGTTATTTCTCAGAAAAACTAGTAACCCAAGAACTGGAATATTG	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967305.12	99178	ATAAATCGTTATTTCTCAGAAAAACTAGTAACCCAAGAACTGGAATATTG	99227

CU041231.10	151	GTTAAAGGAAAAAAAAAAGGTTTCTATGAGTATTAAGCATCATATTATGG	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967305.12	99228	GTTAAAGGAAAAAAAAAAGGTTTCTATGAGTATTAAGCATCATATTATGG	99277

CU041231.10	201	TTTGAATTTAAAGACTAGCAGTGTTTTTTGCGGTCATATTTTATAAGTTG	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967305.12	99278	TTTGAATTTAAAGACTAGCAGTGTTTTTTGCGGTCATATTTTATAAGTTG	99327

CU041231.10	251	GTTTAATTATTTTGTCTTACATGAATTTGCTGGGGTGAATGTTTTTCCAG	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967305.12	99328	GTTTAATTATTTTGTCTTACATGAATTTGCTGGGGTGAATGTTTTTCCAG	99377

CU041231.10	301	TCGCTAATATCTACTCAGTCAAGACTTGTCATTACATCATCAGAAGGTTC	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967305.12	99378	TCGCTAATATCTACTCAGTCAAGACTTGTCATTACATCATCAGAAGGTTC	99427

CU041231.10	351	CCCATCTACTGACAGTGTGCTTAGCTCAGACGCAATTTGTGTGGAAGTTC	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967305.12	99428	CCCATCTACTGACAGTGTGCTTAGCTCAGACGCAATTTGTGTGGAAGTTC	99477

CU041231.10	401	CAACTGATGATATTCGAGTAGGAGATTCGGTGTTGGTGTTGCCTGGAGAA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967305.12	99478	CAACTGATGATATTCGAGTAGGAGATTCGGTGTTGGTGTTGCCTGGAGAA	99527

CU041231.10	451	ACTATCCCTATAGATGTGAGCCTTTCAGACTGTTGGTGAAACTCTGTTTA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967305.12	99528	ACTATCCCTATAGATGTGAGCCTTTCAGACTGTTGGTGAAACTCTGTTTA	99577

CU041231.10	501	TGTTAATTTATTTAAAGCTATATGTGTGGTACCTGAAATAAGGTTTAAAC	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967305.12	99578	TGTTAATTTATTTAAAGCTATATGTGTGGTACCTGAAATAAGGTTTAAAC	99627

CU041231.10	551	TTTAAATGCATCTGAAGTACCTACAGTGGGCTCAATCTTCCACCGGTGAC	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967305.12	99628	TTTAAATGCATCTGAAGTACCTACAGTGGGCTCAATCTTCCACCGGTGAC	99677

CU041231.10	601	CTATAATATTAGCATTGCCTTAGAAAACAGTAATGCAAACGTTTAACTTT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967305.12	99678	CTATAATATTAGCATTGCCTTAGAAAACAGTAATGCAAACGTTTAACTTT	99727

CU041231.10	651	GAACATGAGGCATCCCATCATGATTTAAGATGGAATAAATGATGAATCTT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967305.12	99728	GAACATGAGGCATCCCATCATGATTTAAGATGGAATAAATGATGAATCTT	99777

CU041231.10	701	GTTGGTTCACACGGTATTGCTCGCTAACATTATAAACATCTGGACAGGGA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967305.12	99778	GTTGGTTCACACGGTATTGCTCGCTAACATTATAAACATCTGGACAGGGA	99827

CU041231.10	751	AGGGTCATTGCAGGAAGAAGCGTTGTGGACGAATCCATGCTTACAGGAGA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967305.12	99828	AGGGTCATTGCAGGAAGAAGCGTTGTGGACGAATCCATGCTTACAGGAGA	99877

CU041231.10	801	ATCACTTCCTGTTTTTAAGGAGGAAGGCCTTACAGTTTCAGCAGGAACTA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967305.12	99878	ATCACTTCCTGTTTTTAAGGAGGAAGGCCTTACAGTTTCAGCAGGAACTA	99927

CU041231.10	851	TAAACTGGGTATGACTTTGAAATCAATATTGAATTTTATGCTGTCTCACT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967305.12	99928	TAAACTGGGTATGACTTTGAAATCAATATTGAATTTTATGCTGTCTCACT	99977

CU041231.10	901	AAATTTACAGGTGGTGCACATCTGACATTTTGATTTTTGTCCCTTTGACC	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967305.12	99978	AAATTTACAGGTGGTGCACATCTGACATTTTGATTTTTGTCCCTTTGACC	100027

CU041231.10	951	GGGAAGGCAATCATTAATCTATTTCATTTGCCAACAAATTTCTATTTCAG	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967305.12	100028	GGGAAGGCAATCATTAATCTATTTCATTTGCCAACAAATTTCTATTTCAG	100077

CU041231.10	1001	GATGGTCCCTTAAGGATTGAATCTTCTTCGACTGGCTCCAACACAATGAT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967305.12	100078	GATGGTCCCTTAAGGATTGAATCTTCTTCGACTGGCTCCAACACAATGAT	100127

CU041231.10	1051	ATCCAAGATTGTACGCATGGTTAGTATCCCATCTTCTGTAATGGCTTAGC	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967305.12	100128	ATCCAAGATTGTACGCATGGTTAGTATCCCATCTTCTGTAATGGCTTAGC	100177

CU041231.10	1101	AACCAACCGTAAATTAAGAAGGCTGGCAACAAGAGAAATAAGGATGGAAC	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967305.12	100178	AACCAACCGTAAATTAAGAAGGCTGGCAACAAGAGAAATAAGGATGGAAC	100227

CU041231.10	1151	CAAGAAATCAACTTATCCCAAGTTAGTTAGGACTTGTTAGTTAAGAGCAG	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967305.12	100228	CAAGAAATCAACTTATCCCAAGTTAGTTAGGACTTGTTAGTTAAGAGCAG	100277

CU041231.10	1201	ACCTTTAAAGTTATTAGAGTAGTTAATTAGTTAGGTTGTTATAAATAGAG	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967305.12	100278	ACCTTTAAAGTTATTAGAGTAGTTAATTAGTTAGGTTGTTATAAATAGAG	100327

CU041231.10	1251	GCCTGGAGGTAGATGGAGGCATGATGGCCTTTTCGGAAATAGGTTGCCAT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967305.12	100328	GCCTGGAGGTAGATGGAGGCATGATGGCCTTTTCGGAAATAGGTTGCCAT	100377

CU041231.10	1301	TTACCACCCTTCCAAACTGCAGCAGTGTGAATACCAATGGCCACTCAACA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967305.12	100378	TTACCACCCTTCCAAACTGCAGCAGTGTGAATACCAATGGCCACTCAACA	100427

CU041231.10	1351	AATAAGTAACAAAAGGAGGTCCTCGAAATAGAGGTTGGAAGCGCCAATTC	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967305.12	100428	AATAAGTAACAAAAGGAGGTCCTCGAAATAGAGGTTGGAAGCGCCAATTC	100477

CU041231.10	1401	AAATACACACTTAGTTGGTCAGTCAGTTTAGGGTGGGAGAGACCAGTCTC	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967305.12	100478	AAATACACACTTAGTTGGTCAGTCAGTTTAGGGTGGGAGAGACCAGTCTC	100527

CU041231.10	1451	CAATTTCCGGGGAAGAAATCATTGTATTTTAATCTTGCTCCCCCTAACTT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967305.12	100528	CAATTTCCGGGGAAGAAATCATTGTATTTTAATCTTGCTCCCCCTAACTT	100577

CU041231.10	1501	CGGATACCCCTGGTCCATTGTTAGAGAAGGATGTTCAAATAAATTTCCTA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967305.12	100578	CGGATACCCCTGGTCCATTGTTAGAGAAGGATGTTCAAATAAATTTCCTA	100627

CU041231.10	1551	ATTTTCATTCTGTTGATCTCTATGTTCTCAACTAACATTTTTCAGGATTG	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967305.12	100628	ATTTTCATTCTGTTGATCTCTATGTTCTCAACTAACATTTTTCAGGATTG	100677

CU041231.10	1601	TGATGATTATGTTGATATTTTGAGACATGAAAATCAAACATTTGTAAAGT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967305.12	100678	TGATGATTATGTTGATATTTTGAGACATGAAAATCAAACATTTGTAAAGT	100727

CU041231.10	1651	TTCTACAATATTACAGCATTATCTGGTGAAATATAGGTCGAGGATGCTCA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967305.12	100728	TTCTACAATATTACAGCATTATCTGGTGAAATATAGGTCGAGGATGCTCA	100777

CU041231.10	1701	ATCGCGTGAAGCACCTGTACAAAGGCTTGCAGATTCAATAGCAGGGCCAT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967305.12	100778	ATCGCGTGAAGCACCTGTACAAAGGCTTGCAGATTCAATAGCAGGGCCAT	100827

CU041231.10	1751	TTGTATTTAGCATAATGGCTCTGTCAGCAGCAACATTTGCATTTTGGTAA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967305.12	100828	TTGTATTTAGCATAATGGCTCTGTCAGCAGCAACATTTGCATTTTGGTAA	100877

CU041231.10	1801	GCACTTATATTTACATACAAATTGTTTTAGCTGATCTGGTTATGATTTTT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967305.12	100878	GCACTTATATTTACATACAAATTGTTTTAGCTGATCTGGTTATGATTTTT	100927

CU041231.10	1851	TAAAGTTGGTCCCAAATGCTGTTGTTTATTTGATATACCCCTAGCTAATA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967305.12	100928	TAAAGTTGGTCCCAAATGCTGTTGTTTATTTGATATACCCCTAGCTAATA	100977

CU041231.10	1901	CTAATTTACTATGACATTATTGATGTAATCCAACTTACGTAGCCCCGCCA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967305.12	100978	CTAATTTACTATGACATTATTGATGTAATCCAACTTACGTAGCCCCGCCA	101027

CU041231.10	1951	CTTGAAATGACAATTAGCTGTGTCCCATGCCTATGTTAGTGGCCAAGCTT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967305.12	101028	CTTGAAATGACAATTAGCTGTGTCCCATGCCTATGTTAGTGGCCAAGCTT	101077

Overview

Query
CU041231.10 - 44499 bps
Hit
CT967305.12 - 101077 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
110019502000120001990781010771
Short-link