<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CT573026.5	1	AAGCTTTCCATGAAGTTGGTTGAGTTTCCCCAACATTTTAATATCAAATC	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967304.5	87947	AAGCTTTCCATGAAGTTGGTTGAGTTTCCCCAACATTTTAATATCAAATC	87996

CT573026.5	51	CACGCTGCTCTCCCACAACAAAATCAGTCAGCATCTCAAGATTGTTTAAC	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967304.5	87997	CACGCTGCTCTCCCACAACAAAATCAGTCAGCATCTCAAGATTGTTTAAC	88046

CT573026.5	101	CGTTCTATCTTTGTTGGCATCTTCTTAATATGAGTGCCTGTCAGATTAAG	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967304.5	88047	CGTTCTATCTTTGTTGGCATCTTCTTAATATGAGTGCCTGTCAGATTAAG	88096

CT573026.5	151	ATGACGTAAACTGATGAGCTTGCAAAAATCTGTTGGAAGTTCAAGCAATT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967304.5	88097	ATGACGTAAACTGATGAGCTTGCAAAAATCTGTTGGAAGTTCAAGCAATT	88146

CT573026.5	201	TGAAACATTCTTCCAATAAGAGTGTCTGTAAATTATACAACATACAAATG	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967304.5	88147	TGAAACATTCTTCCAATAAGAGTGTCTGTAAATTATACAACATACAAATG	88196

CT573026.5	251	GAATTAGGTAAGCTTGCAATCTCAGTGTGCGAAAGGTCCAGATAGCGCAG	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967304.5	88197	GAATTAGGTAAGCTTGCAATCTCAGTGTGCGAAAGGTCCAGATAGCGCAG	88246

CT573026.5	301	AAGCTTTAAATTTCTTATCCCATCATCTAGCAGTAAGAGGTTGCAACCAG	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967304.5	88247	AAGCTTTAAATTTCTTATCCCATCATCTAGCAGTAAGAGGTTGCAACCAG	88296

CT573026.5	351	AGAAGGACAACATCCGCAAAAGTTTTACTCTTGAAAACAAATTATGTTGC	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967304.5	88297	AGAAGGACAACATCCGCAAAAGTTTTACTCTTGAAAACAAATTATGTTGC	88346

CT573026.5	401	ACAACGGTGCTTATCTTAAAGCGGTGGGGACCATAGCCCTGTGCGTCTAC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967304.5	88347	ACAACGGTGCTTATCTTAAAGCGGTGGGGACCATAGCCCTGTGCGTCTAC	88396

CT573026.5	451	TATCAAACTGCGTAGTCCATTACATCTATGAAGATACTCTAGTTTTCTAT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967304.5	88397	TATCAAACTGCGTAGTCCATTACATCTATGAAGATACTCTAGTTTTCTAT	88446

CT573026.5	501	CACCATCTTCAAAATCAAGGCAGCACCAAATGTGGCGCGCCCGAGGTTTG	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967304.5	88447	CACCATCTTCAAAATCAAGGCAGCACCAAATGTGGCGCGCCCGAGGTTTG	88496

CT573026.5	551	TGATATTCCTCAAGTAGAAAGGGCTGTTTTCCTGCCATTGATTTCGCTAA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967304.5	88497	TGATATTCCTCAAGTAGAAAGGGCTGTTTTCCTGCCATTGATTTCGCTAA	88546

CT573026.5	601	ATCATTGACAAGATCATGCATGACGAAGTAGTATTTGTCAGCCCATAATG	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967304.5	88547	ATCATTGACAAGATCATGCATGACGAAGTAGTATTTGTCAGCCCATAATG	88596

CT573026.5	651	GCATAATTACTGATTGTTGGAAAAAAGATATTGACACCAAATGATTGAAG	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967304.5	88597	GCATAATTACTGATTGTTGGAAAAAAGATATTGACACCAAATGATTGAAG	88646

CT573026.5	701	AATTCATTACCTAACTCTTGTTCGCTTTTGTCTCTTTTGTGACACTTCAA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967304.5	88647	AATTCATTACCTAACTCTTGTTCGCTTTTGTCTCTTTTGTGACACTTCAA	88696

CT573026.5	751	CAAACCTTCTGCCATCCAAAGTTTAATTAGTTCACCCTTCTCAAGCTCAT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967304.5	88697	CAAACCTTCTGCCATCCAAAGTTTAATTAGTTCACCCTTCTCAAGCTCAT	88746

CT573026.5	801	AGCCCTTGGGAAATATAGAACAATAAGCAAAACAACGCTTCAGATTGGAA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967304.5	88747	AGCCCTTGGGAAATATAGAACAATAAGCAAAACAACGCTTCAGATTGGAA	88796

CT573026.5	851	GGGAGGATAAGGTAACTCAATCTCAGTAACAAGTTAATGTAGATTTCACC	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967304.5	88797	GGGAGGATAAGGTAACTCAATCTCAGTAACAAGTTAATGTAGATTTCACC	88846

CT573026.5	901	CTCGGGTAAACGCCACAAATCAGTCTCCAATACCTTAATCCATTCAGATT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967304.5	88847	CTCGGGTAAACGCCACAAATCAGTCTCCAATACCTTAATCCATTCAGATT	88896

CT573026.5	951	CAGAGAATTTTTTTAGCAAGAGATTCCCCAATGTTTTCAGTGCTAAAGGC	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967304.5	88897	CAGAGAATTTTTTTAGCAAGAGATTCCCCAATGTTTTCAGTGCTAAAGGC	88946

CT573026.5	1001	AACCCCCCACACTTTTCTACTATTTTCTTGCCTATCAATTCAAGATTTGG	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967304.5	88947	AACCCCCCACACTTTTCTACTATTTTCTTGCCTATCAATTCAAGATTTGG	88996

CT573026.5	1051	ATATTCAAATACATTCCTACCTTGAAAAGCATATCTCACAAATAAACTCC	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967304.5	88997	ATATTCAAATACATTCCTACCTTGAAAAGCATATCTCACAAATAAACTCC	89046

CT573026.5	1101	AAGAATCACTCTCCTCCAATTGCTTTAAGTGTATTAGCCGGGTGGATCTC	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967304.5	89047	AAGAATCACTCTCCTCCAATTGCTTTAAGTGTATTAGCCGGGTGGATCTC	89096

CT573026.5	1151	ATGATTGATGCTACTTCCTTGTCATGTGTTGTCACAATCATCTTACTTCC	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967304.5	89097	ATGATTGATGCTACTTCCTTGTCATGTGTTGTCACAATCATCTTACTTCC	89146

CT573026.5	1201	TGAAGATCCACATTTCAAAAGAATTTGTAACTCCTCCCACGTATTCTCGT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967304.5	89147	TGAAGATCCACATTTCAAAAGAATTTGTAACTCCTCCCACGTATTCTCGT	89196

CT573026.5	1251	CTATTTTGCACACACCATCTAGAACAAGCAAATATTTCTTGCCCGTTAGC	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967304.5	89197	CTATTTTGCACACACCATCTAGAACAAGCAAATATTTCTTGCCCGTTAGC	89246

CT573026.5	1301	AACTGCAGAAATTGATGTTGGAGTATTTCAAAGTCTTCACTATTGTCTGT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967304.5	89247	AACTGCAGAAATTGATGTTGGAGTATTTCAAAGTCTTCACTATTGTCTGT	89296

CT573026.5	1351	TGAAATATGAAATGAGCTAAGATTTAATCCGGTGGGACTAACAAGATTAA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967304.5	89297	TGAAATATGAAATGAGCTAAGATTTAATCCGGTGGGACTAACAAGATTAA	89346

CT573026.5	1401	AAGATTCTGGAACATTCACCCAAGCTTTAAGTTCAAAATGCTCCGTGATC	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967304.5	89347	AAGATTCTGGAACATTCACCCAAGCTTTAAGTTCAAAATGCTCCGTGATC	89396

CT573026.5	1451	ATGTCGTCATTGTAAACAAGCTGGGCGAGAGTTGTCTTACCCATCCCCAT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967304.5	89397	ATGTCGTCATTGTAAACAAGCTGGGCGAGAGTTGTCTTACCCATCCCCAT	89446

CT573026.5	1501	CAGACCCACTATACTAATTATGGGTGCAAGGTTGTCACTGTGAATGTCAG	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967304.5	89447	CAGACCCACTATACTAATTATGGGTGCAAGGTTGTCACTGTGAATGTCAG	89496

CT573026.5	1551	AAAGTAAAAATTTAATTAATTCCTCTTTCTCATGCTCTCTACCATTCATG	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967304.5	89497	AAAGTAAAAATTTAATTAATTCCTCTTTCTCATGCTCTCTACCATTCATG	89546

CT573026.5	1601	ACAGATTCATCTATCAAAGATTTAGTTCTAAATTTTCTTAACAATTTCTG	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967304.5	89547	ACAGATTCATCTATCAAAGATTTAGTTCTAAATTTTCTTAACAATTTCTG	89596

CT573026.5	1651	ACTGACTCTAACTCGATAACGACCGCTAGTTATATCTTTAAGTCCTAATA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967304.5	89597	ACTGACTCTAACTCGATAACGACCGCTAGTTATATCTTTAAGTCCTAATA	89646

CT573026.5	1701	ATTCCTTTTTAAGTGTAAGTTGGTGCATCTCCATCAACAATACTTCCATC	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967304.5	89647	ATTCCTTTTTAAGTGTAAGTTGGTGCATCTCCATCAACAATACTTCCATC	89696

CT573026.5	1751	CTATATTGACATTGATTAATAAAACCTGAAAGAATGCGTTGTATCTTGCC	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967304.5	89697	CTATATTGACATTGATTAATAAAACCTGAAAGAATGCGTTGTATCTTGCC	89746

CT573026.5	1801	CATTTGTTGTGCGTCAGTCGCAATCACATCCAATAGTTGATCTAATTCGT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967304.5	89747	CATTTGTTGTGCGTCAGTCGCAATCACATCCAATAGTTGATCTAATTCGT	89796

CT573026.5	1851	ATACATAATGTTTGAGCGAAACTAGCCAACTCTTTATTCGTGGGACTCGG	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967304.5	89797	ATACATAATGTTTGAGCGAAACTAGCCAACTCTTTATTCGTGGGACTCGG	89846

CT573026.5	1901	TACTGCTTCATCTCTGCGTCATCCAGCACTTCATATAACAAATCCAGTGT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967304.5	89847	TACTGCTTCATCTCTGCGTCATCCAGCACTTCATATAACAAATCCAGTGT	89896

CT573026.5	1951	GTTTTCAAATCTTGTTATCTGCCTTTTTTTGAAGTCTGTTGAAGCTAACC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967304.5	89897	GTTTTCAAATCTTGTTATCTGCCTTTTTTTGAAGTCTGTTGAAGCTAACC	89946

Overview

Query
CT573026.5 - 109386 bps
Hit
CT967304.5 - 89946 bps
Total alignments
21
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001951200012000187947899461
274.2520310656543866502-144569456361
374.933717181748819205-144715464231
474.2228216123450036111-144818464231
575.38582686489565162-145924461911
682.221754146419464607-146470468741
794.3759716083060900-147109471791
886.3156510486325764304-147445484811
974.831649081621717124-147447483521
1074.341258203331734136-147447482571
1189.435428226006960890-147524483461
1294.2954706318363252-148276483451
1387.475519131662317535-156737576461
1489.546139213362734547-156737576541
1589.453154811591816398-157651581241
1684.331613183309333410-157651579691
1787.9207533911582019210186194895721
1884.3163332773291836194186292895411
1974.581548316005760887186585874181
2074.4631216846339565078186591882771
2176.53541963634836543189710899051
Short-link