<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CT573421.5	1	AAGCTTTGACTTTTAGGAAAAAGAGGAAAACTAACGGTGAGCCTTTGGCT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967303.6	53324	AAGCTTTGACTTTTAGGAAAAAGAGGAAAACTAACGGTGAGCCTTTGGCT	53373

CT573421.5	51	TTTAGAAAGTATGTGTTAAGACTATCCATGTAATGTAATATTACTAATGT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967303.6	53374	TTTAGAAAGTATGTGTTAAGACTATCCATGTAATGTAATATTACTAATGT	53423

CT573421.5	101	CTATGTTATACATGTGAATGAATGAAAGCAGGAACATCAATTTGTGTGCT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967303.6	53424	CTATGTTATACATGTGAATGAATGAAAGCAGGAACATCAATTTGTGTGCT	53473

CT573421.5	151	TCAAGTTTTCATGTTTTTAAGTTGTATTTCTTTTTGTATCAATAACATGA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967303.6	53474	TCAAGTTTTCATGTTTTTAAGTTGTATTTCTTTTTGTATCAATAACATGA	53523

CT573421.5	201	TATATTTTTCAAATAAAAATATTAAAATAGAACACAAAATAAAGCTAAGA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967303.6	53524	TATATTTTTCAAATAAAAATATTAAAATAGAACACAAAATAAAGCTAAGA	53573

CT573421.5	251	AGTTGCAAAAGTAGTTTTTTCTTAAACAACTTAATTCATTCAATAAAGCC	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967303.6	53574	AGTTGCAAAAGTAGTTTTTTCTTAAACAACTTAATTCATTCAATAAAGCC	53623

CT573421.5	301	TAGCACAAGGAGTACAAAAGGCTAGAGATTACAAACAAATCAAAACAAAC	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967303.6	53624	TAGCACAAGGAGTACAAAAGGCTAGAGATTACAAACAAATCAAAACAAAC	53673

CT573421.5	351	AAGCCTCCACGCACCGATGAAAACAAACACCAGGAGGCACCAAAGGCCGA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967303.6	53674	AAGCCTCCACGCACCGATGAAAACAAACACCAGGAGGCACCAAAGGCCGA	53723

CT573421.5	401	AACAGGGAAAACAAAACCAAACATAAACAAAAGGCCTATGGCTAAACAAC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967303.6	53724	AACAGGGAAAACAAAACCAAACATAAACAAAAGGCCTATGGCTAAACAAC	53773

CT573421.5	451	AGAACAACAAAAAGCCAATCATCACCGGAACAACCAATCATGCAGACTCT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967303.6	53774	AGAACAACAAAAAGCCAATCATCACCGGAACAACCAATCATGCAGACTCT	53823

CT573421.5	501	CATGTCGTGACTGCAGAAAACCAGACAACAGTTCAAACTAAAAACATCGT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967303.6	53824	CATGTCGTGACTGCAGAAAACCAGACAACAGTTCAAACTAAAAACATCGT	53873

CT573421.5	551	AACGACAATGTAATCTTGGCTTTTGATGGCTGGATCATTCAACAGTTCAA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967303.6	53874	AACGACAATGTAATCTTGGCTTTTGATGGCTGGATCATTCAACAGTTCAA	53923

CT573421.5	601	ACCAATGATGATTGTGTTGATTTTCATATCCTACAAAGAGAGGTAAAGAG	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967303.6	53924	ACCAATGATGATTGTGTTGATTTTCATATCCTACAAAGAGAGGTAAAGAG	53973

CT573421.5	651	GTTGTATTCCCGCATAGTAAAAAACCAACATGTTGTATTTCCATCAATAA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967303.6	53974	GTTGTATTCCCGCATAGTAAAAAACCAACATGTTGTATTTCCATCAATAA	54023

CT573421.5	701	GAAAACTTCAAACCAACACCTGTAATAGGTCAGAACAAGCAACATTATGG	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967303.6	54024	GAAAACTTCAAACCAACACCTGTAATAGGTCAGAACAAGCAACATTATGG	54073

CT573421.5	751	TTTATGACATGAGAAAAATAAGGAGCCTGAAAAGAATACATACTTAATAA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967303.6	54074	TTTATGACATGAGAAAAATAAGGAGCCTGAAAAGAATACATACTTAATAA	54123

CT573421.5	801	GTTATGTTCATGATATAAAAGTTCAAATAAATATAAAACACACCAAATTC	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967303.6	54124	GTTATGTTCATGATATAAAAGTTCAAATAAATATAAAACACACCAAATTC	54173

CT573421.5	851	TGTTATGAAATTAATTTTAAATAAAAATAAAACAACATCAAAATCTATAT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967303.6	54174	TGTTATGAAATTAATTTTAAATAAAAATAAAACAACATCAAAATCTATAT	54223

CT573421.5	901	TTGAACCTTGTTTACTTCACCAAGATGATCTTAATTTGGATTGAAGGGAG	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967303.6	54224	TTGAACCTTGTTTACTTCACCAAGATGATCTTAATTTGGATTGAAGGGAG	54273

CT573421.5	951	CTACAATATTCACACTACCATTTTCACCGATCCAGACACAATTCTGCTCC	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967303.6	54274	CTACAATATTCACACTACCATTTTCACCGATCCAGACACAATTCTGCTCC	54323

CT573421.5	1001	TGCTAAAATATTTACATAAAAAACATGAATGCTTAGTATGCAATGTAATA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967303.6	54324	TGCTAAAATATTTACATAAAAAACATGAATGCTTAGTATGCAATGTAATA	54373

CT573421.5	1051	TCAGGTACATTTTAAAATAAAAGTATGAGATCATCTATAATACGAATTAT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967303.6	54374	TCAGGTACATTTTAAAATAAAAGTATGAGATCATCTATAATACGAATTAT	54423

CT573421.5	1101	CAAAGAGAAATAGACAAAACAATAAATCTTATATCTGCACCAAATTTACC	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967303.6	54424	CAAAGAGAAATAGACAAAACAATAAATCTTATATCTGCACCAAATTTACC	54473

CT573421.5	1151	AAACTAGTATATTCTTTGTTTACTTGAATGCTTTCTTGCGTGCCAATTCC	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967303.6	54474	AAACTAGTATATTCTTTGTTTACTTGAATGCTTTCTTGCGTGCCAATTCC	54523

CT573421.5	1201	ATCACCAAGTTAGAGATATGTAAAACACTTGATGTTCAATTTCTTTACCT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967303.6	54524	ATCACCAAGTTAGAGATATGTAAAACACTTGATGTTCAATTTCTTTACCT	54573

CT573421.5	1251	CTAGATGTGCATGGACCCTGCCATAAAAAAACTTAAATTAGACATCTCAA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967303.6	54574	CTAGATGTGCATGGACCCTGCCATAAAAAAACTTAAATTAGACATCTCAA	54623

CT573421.5	1301	CTATTATATCTATAATATCAATAAATACTATAAATTTCATACTCACCTCT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967303.6	54624	CTATTATATCTATAATATCAATAAATACTATAAATTTCATACTCACCTCT	54673

CT573421.5	1351	TCTTGACTTTGAACTTTTTTGGTAGGTTTTTTTAGTTTTCTTTTTGTGCA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967303.6	54674	TCTTGACTTTGAACTTTTTTGGTAGGTTTTTTTAGTTTTCTTTTTGTGCA	54723

CT573421.5	1401	AGCTTTTTCATATGTACCCTTTTTCATATATCTATTATATACATGAAATT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967303.6	54724	AGCTTTTTCATATGTACCCTTTTTCATATATCTATTATATACATGAAATT	54773

CT573421.5	1451	TGTGTAAAATATCATGTATTTTGAACTTATGACATCAAAAAGTAAAAAGG	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967303.6	54774	TGTGTAAAATATCATGTATTTTGAACTTATGACATCAAAAAGTAAAAAGG	54823

CT573421.5	1501	AGTGGAATTTACATATGTACCCTTTGTAGCATATGGCACACTATTATGGC	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967303.6	54824	AGTGGAATTTACATATGTACCCTTTGTAGCATATGGCACACTATTATGGC	54873

CT573421.5	1551	CATTACTAAGCTTCACAGCTCAGCTCACCTACTGAAACTACACAACATTC	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967303.6	54874	CATTACTAAGCTTCACAGCTCAGCTCACCTACTGAAACTACACAACATTC	54923

CT573421.5	1601	ACACACATCGTTTGTACCGTCCACTCAGTAACAACATTCTCACACTCCGG	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967303.6	54924	ACACACATCGTTTGTACCGTCCACTCAGTAACAACATTCTCACACTCCGG	54973

CT573421.5	1651	AGCTTCCAAAGTACTAACAAACACAACGCATTTTAAAAACTCAAAACCAT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967303.6	54974	AGCTTCCAAAGTACTAACAAACACAACGCATTTTAAAAACTCAAAACCAT	55023

CT573421.5	1701	TCTCTCTTCTCTTCATTTCATTTCATTTCCTCTGGCTTCTTCCATTTTCT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967303.6	55024	TCTCTCTTCTCTTCATTTCATTTCATTTCCTCTGGCTTCTTCCATTTTCT	55073

CT573421.5	1751	CTTTCAAAACAGCAATGGCTTCTCTTACCGGATCCAATTGCGTCGCTCTC	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967303.6	55074	CTTTCAAAACAGCAATGGCTTCTCTTACCGGATCCAATTGCGTCGCTCTC	55123

CT573421.5	1801	CGTTCCGCCACTTTCGCCGCCACCGGTAACCGTAAAATCACTCAGATCCG	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967303.6	55124	CGTTCCGCCACTTTCGCCGCCACCGGTAACCGTAAAATCACTCAGATCCG	55173

CT573421.5	1851	CCATTACTCTCCACTTCTCAATCATCCCCGTCTGGTTTCCGGTCTTCACT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967303.6	55174	CCATTACTCTCCACTTCTCAATCATCCCCGTCTGGTTTCCGGTCTTCACT	55223

CT573421.5	1901	CTAGATCCAACACTTCGTTTAACTCCACCGGTACTCTTACTCAAATTTTC	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967303.6	55224	CTAGATCCAACACTTCGTTTAACTCCACCGGTACTCTTACTCAAATTTTC	55273

CT573421.5	1951	ATTTAATTTTTTTTCCTTCATGAAATTCCTTTCAATTTCGCTAATTCGAG	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT967303.6	55274	ATTTAATTTTTTTTCCTTCATGAAATTCCTTTCAATTTCGCTAATTCGAG	55323

Overview

Query
CT573421.5 - 123669 bps
Hit
CT967303.6 - 55323 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001900200012000153324553231
Short-link