<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2001 bps / non-identical: 50 bps

Full alignment

CT030177.6	1	AAGCTTTTTATCACATAACTCAAACCTTAACCTAATAACAAAAAGATGAA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963094.6	105717	AAGCTTTTTATCACATAACTCAAACCTTAACCTAATAACAAAAAGATGAA	105766

CT030177.6	51	AACATGTTATATTAAAAAACAGAATTAAAAAGTGGTTGATATATGAATAT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963094.6	105767	AACATGTTATATTAAAAAACAGAATTAAAAAGTGGTTGATATATGAATAT	105816

CT030177.6	101	AATAATTATTTAAAAATACAAACGACTGTGATTGGTTTGTTATTTTGACG	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963094.6	105817	AATAATTATTTAAAAATACAAACGACTGTGATTGGTTTGTTATTTTGACG	105866

CT030177.6	151	ACTGTGTGTTCCTATAGACTATTGGATTCACGGTGTCCGCTATAATGGCA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963094.6	105867	ACTGTGTGTTCCTATAGACTATTGGATTCACGGTGTCCGCTATAATGGCA	105916

CT030177.6	201	TGCAACAATTATGAATGGATGTCAATACCTATTGCTTGCTATAATAGCAC	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963094.6	105917	TGCAACAATTATGAATGGATGTCAATACCTATTGCTTGCTATAATAGCAC	105966

CT030177.6	251	GCAGCAATTATGAATGTGCGCTATACTTGACGCACAAAACAACATAAAAT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963094.6	105967	GCAGCAATTATGAATGTGCGCTATACTTGACGCACAAAACAACATAAAAT	106016

CT030177.6	301	ATCAACATAAGCAAAAATACCTATTGCTAAACTACGGAACTGGTGAAATA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963094.6	106017	ATCAACATAAGCAAAAATACCTATTGCTAAACTACGGAACTGGTGAAATA	106066

CT030177.6	351	ATAATAATAATAATAATAATAATAATAAAACAAAATAGGAATGGATGCCA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963094.6	106067	ATAATAATAATAATAATAATAATAATAAAACAAAATAGGAATGGATGCCA	106116

CT030177.6	401	CAACTCAATTATGAATTATGAATAAGAATGGAGAGAAGAACGGTACTGTT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963094.6	106117	CAACTCAATTATGAATTATGAATAAGAATGGAGAGAAGAACGGTACTGTT	106166

CT030177.6	451	GAATCAGAAAAAAAAAAAAGTATAGGTGTTAGTTCAAGGACATGAAACTC	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963094.6	106167	GAATCAGAAAAAAAAAAAAGTATAGGTGTTAGTTCAAGGACATGAAACTC	106216

CT030177.6	501	GTAGGTGTTTGTAATGGATGCCAGAAACAATAGTTCAAGGACCTGGAGAA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963094.6	106217	GTAGGTGTTTGTAATGGATGCCAGAAACAATAGTTCAAGGACCTGGAGAA	106266

CT030177.6	551	AAAGAAAACAATTAGTATACCCACTCGTAGCTGTTAGTTCCCTCTATATA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963094.6	106267	AAAGAAAACAATTAGTATACCCACTCGTAGCTGTTAGTTCCCTCTATATA	106316

CT030177.6	601	TATATAAATCTAAGCATAAGTATCAGAAACAATAGTATAGATGTTTGTCA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963094.6	106317	TATATAAATCTAAGCATAAGTATCAGAAACAATAGTATAGATGTTTGTCA	106366

CT030177.6	651	AACCTGAAGAAAGAAAAACTTAGATCAAGAAGGTTTGAGTTTCTGCTCAA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963094.6	106367	AACCTGAAGAAAGAAAAACTTAGATCAAGAAGGTTTGAGTTTCTGCTCAA	106416

CT030177.6	701	AATATGTGATTCGTGATTAACAAAATCTCCTTTATTTATAGCTTAAAAAA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963094.6	106417	AATATGTGATTCGTGATTAACAAAATCTCCTTTATTTATAGCTTAAAAAA	106466

CT030177.6	751	AACGAAGCCTTTTTTCCTCAATGAAAAAACTAATTGAATAATATGGTGCT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963094.6	106467	AACGAAGCCTTTTTTCCTCAATGAAAAAACTAATTGAATAATATGGTGCT	106516

CT030177.6	801	AAAAGATTAGATAGTAACTAATTGAAACTTCTTTTCCTAAAAAAAAGAAA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963094.6	106517	AAAAGATTAGATAGTAACTAATTGAAACTTCTTTTCCTAAAAAAAAGAAA	106566

CT030177.6	851	TAAAAACAAACGGAAGATTCAATGGATAGTATTGAAAGTATTATATATAG	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963094.6	106567	TAAAAACAAACGGAAGATTCAATGGATAGTATTGAAAGTATTATATATAG	106616

CT030177.6	901	TTTGTTGAGATGTTTTGGCTACATAAAATATTAGGAATTAAATTCAATAT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963094.6	106617	TTTGTTGAGATGTTTTGGCTACATAAAATATTAGGAATTAAATTCAATAT	106666

CT030177.6	951	AAAATTAAATAAAATATTTAGTGGATAAGATCAAAAGTTTGTTGAGATAT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963094.6	106667	AAAATTAAATAAAATATTTAGTGGATAAGATCAAAAGTTTGTTGAGATAT	106716

CT030177.6	1001	TTATGTCAAATAAAATATAAAAAAATAATAAAAATATTGTGAATAAACGT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963094.6	106717	TTATGTCAAATAAAATATAAAAAAATAATAAAAATATTGTGAATAAACGT	106766

CT030177.6	1051	GGAAGCGACATGTTGCATAAAAAACCTTACTTTATATATATACTATATAT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963094.6	106767	GGAAGCGACATGTTGCATAAAAAACCTTACTTTATATATATACTATATAT	106816

CT030177.6	1101	TGATTTGTGTGGGGTTCAGGTTGCCACATGTCAGATTTTATATGGGTGTA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963094.6	106817	TGATTTGTGTGGGGTTCAGGTTGCCACATGTCAGATTTTATATGGGTGTA	106866

CT030177.6	1151	AATTGTGTATTGCCACATGTAGTGGTACATGTATCACCACTCTTTATAGA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963094.6	106867	AATTGTGTATTGCCACATGTAGTGGTACATGTATCACCACTCTTTATAGA	106916

CT030177.6	1201	ATATCATTAGTTTAACATTACAAAAGGGTATAAAAGAATATAAATAAAAC	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963094.6	106917	ATATCATTAGTTTAACATTACAAAAGGGTATAAAAGAATATAAATAAAAC	106966

CT030177.6	1251	CTTATGGATTCTAAACAAACATGCATGCTTAGTAACATAGCCTAATAGTT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963094.6	106967	CTTATGGATTCTAAACAAACATGCATGCTTAGTAACATAGCCTAATAGTT	107016

CT030177.6	1301	TTATTACCCAACACCTCCCCTCAAACTCATGATACATCAACTAAAAACAG	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963094.6	107017	TTATTACCCAACACCTCCCCTCAAACTCATGATACATCAACTAAAAACAG	107066

CT030177.6	1351	TGAGTTTGTCAAACAAAAAACCAAACACATACTACTCCTTTTGTTCCTTT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963094.6	107067	TGAGTTTGTCAAACAAAAAACCAAACACATACTACTCCTTTTGTTCCTTT	107116

CT030177.6	1401	TTTAGTGTCATTTGACTACGGATTTAACATTCCTATTTAACTATCATTTT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963094.6	107117	TTTAGTGTCATTTGACTACGGATTTAACATTCCTATTTAACTATCATTTT	107166

CT030177.6	1451	TATATTTTAAGGTATAATTTATCAATTATACAATTTCTCAATTACTCTTA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963094.6	107167	TATATTTTAAGGTATAATTTATCAATTATACAATTTCTCAATTACTCTTA	107216

CT030177.6	1501	TCTTTTTCAATAAAACTAACAAATGTTCTCTATTTGAAAAACAAAAGTTT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963094.6	107217	TCTTTTTCAATAAAACTAACAAATGTTCTCTATTTGAAAAACAAAAGTTT	107266

CT030177.6	1551	TTTTTTTTTTTTATTTTCAAATTTAAACAAAATTTTGTTACCTTTAATAA	1600
			||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963094.6	107267	TTTTTTTTTTT-ATTTTCAAATTTAAACAAAATTTTGTTACCTTTAATAA	107315

CT030177.6	1601	TGGTTTCATGAATAGTTGAAATTCTATAAATAAGATGGATGTTAAAAATT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963094.6	107316	TGGTTTCATGAATAGTTGAAATTCTATAAATAAGATGGATGTTAAAAATT	107365

CT030177.6	1651	TCAAATGCAAAATAAAAAAATTAAAGAACAATAGAAAAAAAAATAAAAGA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963094.6	107366	TCAAATGCAAAATAAAAAAATTAAAGAACAATAGAAAAAAAAATAAAAGA	107415

CT030177.6	1701	CTCTATGAATGTTAAAAAAGAAGAGTGAGAGACTCATAGGAACTAAAAGA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963094.6	107416	CTCTATGAATGTTAAAAAAGAAGAGTGAGAGACTCATAGGAACTAAAAGA	107465

CT030177.6	1751	AGTAGAAGATGGATGAATGGTTGACAATTGTTTGTTATGGGAGAGATATA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963094.6	107466	AGTAGAAGATGGATGAATGGTTGACAATTGTTTGTTATGGGAGAGATATA	107515

CT030177.6	1801	TAGTATGTGCGAAAAAATATAAATTTGTTGAAAAAATGGATAATAACTAA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963094.6	107516	TAGTATGTGCGAAAAAATATAAATTTGTTGAAAAAATGGATAATAACTAA	107565

CT030177.6	1851	ATTTTGGTTGTTATGAGAGAAATATAACACGTTAAGTTTTTTGAAAAGAG	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963094.6	107566	ATTTTGGTTGTTATGAGAGAAATATAACACGTTAAGTTTTTTGAAAAGAG	107615

CT030177.6	1901	AAAGTGGTGTGTGCAAAAAAAAAGAAGATTTTATTAGTCAATTAAAATGA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963094.6	107616	AAAGTGGTGTGTGCAAAAAAAAAGAAGATTTTATTAGTCAATTAAAATGA	107665

CT030177.6	1951	GGGTATAATAAAAAGAAAGAAAAAAAGTTAAAAAATCTACTTCCTTAATT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963094.6	107666	GGGTATAATAAAAAGAAAGAAAAAAAGTTAAAAAATCTACTTCCTTAATT	107715

CT030177.6	2001	T	2001
			|
CT963094.6	107716	T	107716

Compact alignment

skip 1550 bps 100% identity alignment

CT030177.6	1551	TTTTTTTTTTTTATTTTCAAATTTAAACAAAATTTTGTTACCTTTAATAA	1600
			||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963094.6	107267	TTTTTTTTTTT-ATTTTCAAATTTAAACAAAATTTTGTTACCTTTAATAA	107315

skip 401 bps 100% identity alignment

Overview

Query
CT030177.6 - 126881 bps
Hit
CT963094.6 - 107716 bps
Total alignments
4
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2001 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
199.95181120011200111057171077161
289.32130232102285102516-175139753721
388.49731384578345920198521986591
482.9356122618876200811040351041571
Short-link