<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  CT009545.5	96467	AAGCTTCGGTGTTGAATTAATATTATATATTTCATTCATAACTTTGAAAG	96418
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT963092.7	40427	AAGCTTCGGTGTTGAATTAATATTATATATTTCATTCATAACTTTGAAAG	40476

C  CT009545.5	96417	TTTTTGTTCTTAATTAACACAGAAAACACTTGGTTGAGGCATAAACAAAG	96368
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT963092.7	40477	TTTTTGTTCTTAATTAACACAGAAAACACTTGGTTGAGGCATAAACAAAG	40526

C  CT009545.5	96367	TTAATTAAGAAATTCCAATGATTCCTCTGAAGGATCGTTGTTGATGGCAA	96318
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT963092.7	40527	TTAATTAAGAAATTCCAATGATTCCTCTGAAGGATCGTTGTTGATGGCAA	40576

C  CT009545.5	96317	ACAATACACACCATGTCATCATTGATATAGCAACAACTTCTGAAACAACC	96268
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT963092.7	40577	ACAATACACACCATGTCATCATTGATATAGCAACAACTTCTGAAACAACC	40626

C  CT009545.5	96267	ACCCTTCCTCGTCATCAATTACATGATGTTGATGATGATGGTAGATTGCA	96218
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT963092.7	40627	ACCCTTCCTCGTCATCAATTACATGATGTTGATGATGATGGTAGATTGCA	40676

C  CT009545.5	96217	TGTTTCACTTCAAACTTCAAATCATTCATCGTCGCCACGACGAGGAGGAG	96168
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT963092.7	40677	TGTTTCACTTCAAACTTCAAATCATTCATCGTCGCCACGACGAGGAGGAG	40726

C  CT009545.5	96167	GAGGAGGAGGGCGGAATAGTAGAAGCCCATTGAATTCAGGGTTTTGGATT	96118
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT963092.7	40727	GAGGAGGAGGGCGGAATAGTAGAAGCCCATTGAATTCAGGGTTTTGGATT	40776

C  CT009545.5	96117	TCTTTTGAATTTATTTTCACATTATCTCAAATTATTGCTTCTGTTATTGT	96068
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT963092.7	40777	TCTTTTGAATTTATTTTCACATTATCTCAAATTATTGCTTCTGTTATTGT	40826

C  CT009545.5	96067	TCTTATTTCATCAAGAGATGAGCATCCACGTGCTCCATTATTCGCTTGGA	96018
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT963092.7	40827	TCTTATTTCATCAAGAGATGAGCATCCACGTGCTCCATTATTCGCTTGGA	40876

C  CT009545.5	96017	TAGTTGGTTATGCTTCCGGTTGTGTTGTTTCCATTCCTTTGCTCCTTTGG	95968
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT963092.7	40877	TAGTTGGTTATGCTTCCGGTTGTGTTGTTTCCATTCCTTTGCTCCTTTGG	40926

C  CT009545.5	95967	CGATATTTTGTTAGAGACCAAAATTCATCTCAAACCAATTCCAGGACTGA	95918
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT963092.7	40927	CGATATTTTGTTAGAGACCAAAATTCATCTCAAACCAATTCCAGGACTGA	40976

C  CT009545.5	95917	TGATCCTTCTGGGACACTTCTTTCTAATTCAACCGCAATTCATGGCGAAG	95868
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT963092.7	40977	TGATCCTTCTGGGACACTTCTTTCTAATTCAACCGCAATTCATGGCGAAG	41026

C  CT009545.5	95867	ATGATGTTCCTGTTGTTGCTGTCGCTTCCTCCAGAAATAGCCGAGCTTCG	95818
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT963092.7	41027	ATGATGTTCCTGTTGTTGCTGTCGCTTCCTCCAGAAATAGCCGAGCTTCG	41076

C  CT009545.5	95817	TCACGGTCGATGAGTGGAAGGTATAGCATTATCGTTGTTGTTCTTTGGCC	95768
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT963092.7	41077	TCACGGTCGATGAGTGGAAGGTATAGCATTATCGTTGTTGTTCTTTGGCC	41126

C  CT009545.5	95767	TTGTTTGGTTAAACAAATCAATTAGGCGCTTATGTGTCAGTCAAACTATT	95718
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT963092.7	41127	TTGTTTGGTTAAACAAATCAATTAGGCGCTTATGTGTCAGTCAAACTATT	41176

C  CT009545.5	95717	TTCATAAGTTATAAGTTGATTTGACAAGCTATCCTAATATGTTTACGCAA	95668
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT963092.7	41177	TTCATAAGTTATAAGTTGATTTGACAAGCTATCCTAATATGTTTACGCAA	41226

C  CT009545.5	95667	ATAAGATGAAAAACTTCATGGATATGTCGTAAGTTGTTTCAATTAGCTCT	95618
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT963092.7	41227	ATAAGATGAAAAACTTCATGGATATGTCGTAAGTTGTTTCAATTAGCTCT	41276

C  CT009545.5	95617	CATAAACAAACTTTTAAATTTTATGTCAGTAGATAAACCTAAATAAGTTA	95568
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT963092.7	41277	CATAAACAAACTTTTAAATTTTATGTCAGTAGATAAACCTAAATAAGTTA	41326

C  CT009545.5	95567	ATTCAAATGGACTAGCACTTGTTGTTTTCTATAATCTTAAAATCATATAC	95518
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT963092.7	41327	ATTCAAATGGACTAGCACTTGTTGTTTTCTATAATCTTAAAATCATATAC	41376

C  CT009545.5	95517	TCTCTCTGTCCCAAATTATACAATATTTTGGGCATTTCACACGTATTAAA	95468
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT963092.7	41377	TCTCTCTGTCCCAAATTATACAATATTTTGGGCATTTCACACGTATTAAA	41426

C  CT009545.5	95467	AAATGTAATTAAGAATAAGGTCCACAATGTTGTTTTGCATCACATCTATG	95418
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT963092.7	41427	AAATGTAATTAAGAATAAGGTCCACAATGTTGTTTTGCATCACATCTATG	41476

C  CT009545.5	95417	CATATTGCATAAATTTAGAAGATGAGACTTTTTGTGTAGTTGTGTAGTAA	95368
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT963092.7	41477	CATATTGCATAAATTTAGAAGATGAGACTTTTTGTGTAGTTGTGTAGTAA	41526

C  CT009545.5	95367	GGCAATTCTTGACCATATATAATATAATCAGAGCCCGGAAAGTTAAAGAG	95318
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT963092.7	41527	GGCAATTCTTGACCATATATAATATAATCAGAGCCCGGAAAGTTAAAGAG	41576

C  CT009545.5	95317	ACTTAATAATCCATATGAAGGAAAAATTTAAGATAGTTTGTTGAATTTCC	95268
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT963092.7	41577	ACTTAATAATCCATATGAAGGAAAAATTTAAGATAGTTTGTTGAATTTCC	41626

C  CT009545.5	95267	CTATTTGATTTTTTCTTCTGACAATTTAGTCTTCAATCACTATTATATGC	95218
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT963092.7	41627	CTATTTGATTTTTTCTTCTGACAATTTAGTCTTCAATCACTATTATATGC	41676

C  CT009545.5	95217	GTTTGTAAGAAGTTTATTAAGTCTCTAAGCTCTCTCCTACCTTCGTTTAA	95168
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT963092.7	41677	GTTTGTAAGAAGTTTATTAAGTCTCTAAGCTCTCTCCTACCTTCGTTTAA	41726

C  CT009545.5	95167	GCAGACCAAAGCTACTCATGGAATACTTCAAAACCACCTTAGATTTATTT	95118
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT963092.7	41727	GCAGACCAAAGCTACTCATGGAATACTTCAAAACCACCTTAGATTTATTT	41776

C  CT009545.5	95117	TTTGCAATATGGTTTGTTATTGGAAATGTGTGGATTTTTGGAGGACATGC	95068
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT963092.7	41777	TTTGCAATATGGTTTGTTATTGGAAATGTGTGGATTTTTGGAGGACATGC	41826

C  CT009545.5	95067	ATCCGCCAACGATGCTCCTAATTTGTATCGGTATGTATAGCCTTTCAGGA	95018
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT963092.7	41827	ATCCGCCAACGATGCTCCTAATTTGTATCGGTATGTATAGCCTTTCAGGA	41876

C  CT009545.5	95017	AGTCTTTATATTTGATATTATTATAAATTTGTGCATTATTACATCTGCTT	94968
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT963092.7	41877	AGTCTTTATATTTGATATTATTATAAATTTGTGCATTATTACATCTGCTT	41926

C  CT009545.5	94967	CCTTTTTGTTTTACAGGTTATGTATAGTGTTTCTTACTTTCAGTTGTATC	94918
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT963092.7	41927	CCTTTTTGTTTTACAGGTTATGTATAGTGTTTCTTACTTTCAGTTGTATC	41976

C  CT009545.5	94917	GGTTACGCAATGCCCTTCATTCTATGCTTAACAATATGTTGTTGCCTTCC	94868
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT963092.7	41977	GGTTACGCAATGCCCTTCATTCTATGCTTAACAATATGTTGTTGCCTTCC	42026

C  CT009545.5	94867	TTGTATAATATCAACCCTTGGGGTCACAGAGGATTTGACACAAACCCGAG	94818
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT963092.7	42027	TTGTATAATATCAACCCTTGGGGTCACAGAGGATTTGACACAAACCCGAG	42076

C  CT009545.5	94817	GCGCAACCTCTGAATCTATTAATGCTTTACCAACTCACATATTCAAAACG	94768
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT963092.7	42077	GCGCAACCTCTGAATCTATTAATGCTTTACCAACTCACATATTCAAAACG	42126

C  CT009545.5	94767	ATGAAAAGTAAAAGCAATGATGAATCTGATAACATTCCAGTTGTTATTGA	94718
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT963092.7	42127	ATGAAAAGTAAAAGCAATGATGAATCTGATAACATTCCAGTTGTTATTGA	42176

C  CT009545.5	94717	AGGTGGAATCGTGGCTGAAGGAACTGAAAAGGAACGCATGATCTCTGGAG	94668
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT963092.7	42177	AGGTGGAATCGTGGCTGAAGGAACTGAAAAGGAACGCATGATCTCTGGAG	42226

C  CT009545.5	94667	AAGATGCTGTAAGTACAAACTATATTTATTTATTCATAATACACGAGTAA	94618
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT963092.7	42227	AAGATGCTGTAAGTACAAACTATATTTATTTATTCATAATACACGAGTAA	42276

C  CT009545.5	94617	ACATGACATTTATGCTAGCTCTTTAAATACATTGGTAGGTAGGAACCTTT	94568
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT963092.7	42277	ACATGACATTTATGCTAGCTCTTTAAATACATTGGTAGGTAGGAACCTTT	42326

C  CT009545.5	94567	ATTTGAAAATTGATCTTAAGATAATTTTTATCATATATGTCTACTTTTTA	94518
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT963092.7	42327	ATTTGAAAATTGATCTTAAGATAATTTTTATCATATATGTCTACTTTTTA	42376

C  CT009545.5	94517	GGCGGTAAACTTTCATTTGATGTTGATAATGTTGTTGCGATCAACTTTTG	94468
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT963092.7	42377	GGCGGTAAACTTTCATTTGATGTTGATAATGTTGTTGCGATCAACTTTTG	42426

Overview

Query
CT009545.5 - 96467 bps
Hit
CT963092.7 - 42426 bps
Total alignments
2
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100191920009446896467-140427424261
280.971023442790328246137372377231
Short-link