<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CT030243.8	1	AAGCTTTTTCCACAATGTGCCAATATTAGGGCGAGTAACGAGATTGTTGT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963076.3	17299	AAGCTTTTTCCACAATGTGCCAATATTAGGGCGAGTAACGAGATTGTTGT	17348

CT030243.8	51	TACTGTTCCAATCTAATACGTCTCTAAATGTTGCGCCTCTTATGCACACC	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963076.3	17349	TACTGTTCCAATCTAATACGTCTCTAAATGTTGCGCCTCTTATGCACACC	17398

CT030243.8	101	TTCTTTGACGACATTGTTCCTTGTAACTGTTTCATGGTTAGGGTTCTAAA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963076.3	17399	TTCTTTGACGACATTGTTCCTTGTAACTGTTTCATGGTTAGGGTTCTAAA	17448

CT030243.8	151	GATTGTTATGTTTTGGCATTTTTAAAGAGAATGGGAGTTTAAACATCAAA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963076.3	17449	GATTGTTATGTTTTGGCATTTTTAAAGAGAATGGGAGTTTAAACATCAAA	17498

CT030243.8	201	AGAGACATAAACTTAGAAAGAAATTAGGGTTTCTTTATGATTTCTCACTC	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963076.3	17499	AGAGACATAAACTTAGAAAGAAATTAGGGTTTCTTTATGATTTCTCACTC	17548

CT030243.8	251	AAAATGAGAGTTTCAATAGAAATTTGGGGGTTTTCAAATTTTGAAGCATA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963076.3	17549	AAAATGAGAGTTTCAATAGAAATTTGGGGGTTTTCAAATTTTGAAGCATA	17598

CT030243.8	301	ACAGACGAATTTAAGGAAGAACAAGACTTACCCTTGAAACTGAAGATTAA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963076.3	17599	ACAGACGAATTTAAGGAAGAACAAGACTTACCCTTGAAACTGAAGATTAA	17648

CT030243.8	351	CGCGGCGGCGGTATGGTATACGACACGGTGGCTCTGCTCCGAGCAATGGA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963076.3	17649	CGCGGCGGCGGTATGGTATACGACACGGTGGCTCTGCTCCGAGCAATGGA	17698

CT030243.8	401	ACAAAACCTTCTCTGTTGTAAAGAGAGCAAAATGCGTGACAGTATTTTGT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963076.3	17699	ACAAAACCTTCTCTGTTGTAAAGAGAGCAAAATGCGTGACAGTATTTTGT	17748

CT030243.8	451	TTTAACACCTCTTTTAATTAAATCATTTCTTTTTTAGTATTAACATTTGT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963076.3	17749	TTTAACACCTCTTTTAATTAAATCATTTCTTTTTTAGTATTAACATTTGT	17798

CT030243.8	501	TAATTATTATTTAGATAGTTTAAACCAAATATTACTTTTCCCGTTTTTAT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963076.3	17799	TAATTATTATTTAGATAGTTTAAACCAAATATTACTTTTCCCGTTTTTAT	17848

CT030243.8	551	TTTATTGATATTTTAGCTCTTGGCAGAAGTTTAAGAAGTAATTAAGACTG	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963076.3	17849	TTTATTGATATTTTAGCTCTTGGCAGAAGTTTAAGAAGTAATTAAGACTG	17898

CT030243.8	601	CCGCGGATCTGCGTGTCTGGTGCTCGTCTACATACCAGGTAAAGAACATA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963076.3	17899	CCGCGGATCTGCGTGTCTGGTGCTCGTCTACATACCAGGTAAAGAACATA	17948

CT030243.8	651	ATATCACATATTCCATCCGGTCACATTTATAAGTAAAAAATCACTTTTTA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963076.3	17949	ATATCACATATTCCATCCGGTCACATTTATAAGTAAAAAATCACTTTTTA	17998

CT030243.8	701	GATTCATTCAACACCTAATGTATTTGGTCTATAATATATATCAAATACCT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963076.3	17999	GATTCATTCAACACCTAATGTATTTGGTCTATAATATATATCAAATACCT	18048

CT030243.8	751	ACACCTTGCCATAAACTAAAAAATCTACAACAAAACACATTGCCATCATG	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963076.3	18049	ACACCTTGCCATAAACTAAAAAATCTACAACAAAACACATTGCCATCATG	18098

CT030243.8	801	ATAACATTAAACCATCCAACAAAGTTTTTATTATTTTCACAAGACATTCA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963076.3	18099	ATAACATTAAACCATCCAACAAAGTTTTTATTATTTTCACAAGACATTCA	18148

CT030243.8	851	AGAAAATGGAAAAAGATGGGACTAAATTCTGCATCATTTATATTACAAGC	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963076.3	18149	AGAAAATGGAAAAAGATGGGACTAAATTCTGCATCATTTATATTACAAGC	18198

CT030243.8	901	TGCTTAATTTACAACTCCGACATGGTTCCTATGATACCTAGACTCCAATC	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963076.3	18199	TGCTTAATTTACAACTCCGACATGGTTCCTATGATACCTAGACTCCAATC	18248

CT030243.8	951	AGTAAATCCATCATAAAAGCAAAAACATCACCACATGATAGCCAACATTG	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963076.3	18249	AGTAAATCCATCATAAAAGCAAAAACATCACCACATGATAGCCAACATTG	18298

CT030243.8	1001	TAGGATCATATTGCATAGATTCATTGTTGGACACTACATAAACAGATGTT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963076.3	18299	TAGGATCATATTGCATAGATTCATTGTTGGACACTACATAAACAGATGTT	18348

CT030243.8	1051	CAACACTTCCATTTTGGTAGTTATTTCTAGTTTAGAAATAATCTTCCCAT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963076.3	18349	CAACACTTCCATTTTGGTAGTTATTTCTAGTTTAGAAATAATCTTCCCAT	18398

CT030243.8	1101	GTCTGCAACACACCCAGCCTGATTCTAAAAATCTAATTTCTTTGATCACT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963076.3	18399	GTCTGCAACACACCCAGCCTGATTCTAAAAATCTAATTTCTTTGATCACT	18448

CT030243.8	1151	TTATTTTTCCTACAGAATGTTACGTCTGATATTATTTACGTTGAATCTGC	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963076.3	18449	TTATTTTTCCTACAGAATGTTACGTCTGATATTATTTACGTTGAATCTGC	18498

CT030243.8	1201	TTTTCCAAACTACACATCAAAGAGGATACAATATATCTCACGTGTTGCAA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963076.3	18499	TTTTCCAAACTACACATCAAAGAGGATACAATATATCTCACGTGTTGCAA	18548

CT030243.8	1251	CTCCCAATCAACTGAGTCGAACTCCTCTAAGAATTTTTTACTCATATTTA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963076.3	18549	CTCCCAATCAACTGAGTCGAACTCCTCTAAGAATTTTTTACTCATATTTA	18598

CT030243.8	1301	TGACTGTGAGATTCAGGTTAAAGTGTAAATTTCTGGTCATTAAATCATCA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963076.3	18599	TGACTGTGAGATTCAGGTTAAAGTGTAAATTTCTGGTCATTAAATCATCA	18648

CT030243.8	1351	CTGCATACAATTATGAGTGTGAACTGATTAAGCATCTCACAAAAGTGATT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963076.3	18649	CTGCATACAATTATGAGTGTGAACTGATTAAGCATCTCACAAAAGTGATT	18698

CT030243.8	1401	CTACAAAACCTCACGCTTTAAGAATATCTAATGGCAATTAGGGATAGGAA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963076.3	18699	CTACAAAACCTCACGCTTTAAGAATATCTAATGGCAATTAGGGATAGGAA	18748

CT030243.8	1451	TAGGTTAGGCCGAGTTAGGCTTTGCAAGGCCTAAGCCTGGCCTGCCATAT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963076.3	18749	TAGGTTAGGCCGAGTTAGGCTTTGCAAGGCCTAAGCCTGGCCTGCCATAT	18798

CT030243.8	1501	TTTTTAAAAGCCTAAGTCTGACCTGTTGCCTGTCATAGACCTACTTTTAA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963076.3	18799	TTTTTAAAAGCCTAAGTCTGACCTGTTGCCTGTCATAGACCTACTTTTAA	18848

CT030243.8	1551	GGCTTGAGTCTGACCTTTTGAAAGTCTGATATGACCTGCTAGCCTGTTTA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963076.3	18849	GGCTTGAGTCTGACCTTTTGAAAGTCTGATATGACCTGCTAGCCTGTTTA	18898

CT030243.8	1601	AAAGCCTATATCTTATGAACATCTTTAAATAAGCAATGTGATCTAAGTTT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963076.3	18899	AAAGCCTATATCTTATGAACATCTTTAAATAAGCAATGTGATCTAAGTTT	18948

CT030243.8	1651	AAATGGACTAGCGAACTAATAATTCAATTAGATTAAACTCTCTTTAGATA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963076.3	18949	AAATGGACTAGCGAACTAATAATTCAATTAGATTAAACTCTCTTTAGATA	18998

CT030243.8	1701	ATCAACATGAGGTTTTAGGAAATTCGACTATATATTGTATCATATTTCTA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963076.3	18999	ATCAACATGAGGTTTTAGGAAATTCGACTATATATTGTATCATATTTCTA	19048

CT030243.8	1751	TTCTAGTTTATAATAATACATTTATATATGCAAAAAATTAATGTATACTA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963076.3	19049	TTCTAGTTTATAATAATACATTTATATATGCAAAAAATTAATGTATACTA	19098

CT030243.8	1801	ATAAAGATTAAATTATTGAAAAAGTTTACATATTTATACTTTAATTCAAA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963076.3	19099	ATAAAGATTAAATTATTGAAAAAGTTTACATATTTATACTTTAATTCAAA	19148

CT030243.8	1851	GTACAAAATATAATATAATAATAAATAATATTATTCATATTACTTAAATA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963076.3	19149	GTACAAAATATAATATAATAATAAATAATATTATTCATATTACTTAAATA	19198

CT030243.8	1901	GGCCGGCCTAACAGGCTTAAGAGGCTTTTTGAGAGGCTTGTGGCCTGGCC	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963076.3	19199	GGCCGGCCTAACAGGCTTAAGAGGCTTTTTGAGAGGCTTGTGGCCTGGCC	19248

CT030243.8	1951	TTTTAAGCTAAATAGGCTTAAAAAAAAAAGCCTAGACCTTCTCTATTTAA	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963076.3	19249	TTTTAAGCTAAATAGGCTTAAAAAAAAAAGCCTAGACCTTCTCTATTTAA	19298

Overview

Query
CT030243.8 - 111036 bps
Hit
CT963076.3 - 19298 bps
Total alignments
3
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001905200012000117299192981
273.36433621064711068321908994561
380.0610634610723110757619837101921
Short-link