<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU104773.4	1	TTCTGAAGTTTTCCTTATTGCTTCAAGTTTACCTGAGTATGTTCCTGGGT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963075.5	73164	TTCTGAAGTTTTCCTTATTGCTTCAAGTTTACCTGAGTATGTTCCTGGGT	73213

CU104773.4	51	TTGATTCTGATTTTTTATTAGGGTTTGGCTTAGTTTTTCGGTTGCGCTGT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963075.5	73214	TTGATTCTGATTTTTTATTAGGGTTTGGCTTAGTTTTTCGGTTGCGCTGT	73263

CU104773.4	101	TGATCTCTGGCTGTTTATCATGGTTTGCCCTTGGCCATTTATGGCTTCAC	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963075.5	73264	TGATCTCTGGCTGTTTATCATGGTTTGCCCTTGGCCATTTATGGCTTCAC	73313

CU104773.4	151	TGGATTCTGCGGTGGTTCAGGCGAAGCCACCGGAATCTGGAAAATCATTT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963075.5	73314	TGGATTCTGCGGTGGTTCAGGCGAAGCCACCGGAATCTGGAAAATCATTT	73363

CU104773.4	201	TCTCAGGTATTGTCTTCTCAGGTATTGGCTGGTCCGAAAGATTATCAGCT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963075.5	73364	TCTCAGGTATTGTCTTCTCAGGTATTGGCTGGTCCGAAAGATTATCAGCT	73413

CU104773.4	251	TACTCAACTTCCTCCGAAAGTTGTGATGGGGAAAACCATTCGCGTTAAAA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963075.5	73414	TACTCAACTTCCTCCGAAAGTTGTGATGGGGAAAACCATTCGCGTTAAAA	73463

CU104773.4	301	TCATACAATCTGAATACGCAGCTGGGCACGTTGATTGCAGCAGCAATATC	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963075.5	73464	TCATACAATCTGAATACGCAGCTGGGCACGTTGATTGCAGCAGCAATATC	73513

CU104773.4	351	CATGGCGGTTGACGCTGCACAAAGGTGATACCCCTTTATCTACTATGGCT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963075.5	73514	CATGGCGGTTGACGCTGCACAAAGGTGATACCCCTTTATCTACTATGGCT	73563

CU104773.4	401	TTGAAGTTAAAATTGAGTAATTTGTGGCCAAACATACATAATTGGGATAT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963075.5	73564	TTGAAGTTAAAATTGAGTAATTTGTGGCCAAACATACATAATTGGGATAT	73613

CU104773.4	451	AACTCCACTAGGAAAGGGCTTTTTTGAATTTCATTTCAATACTGTTGAGG	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963075.5	73614	AACTCCACTAGGAAAGGGCTTTTTTGAATTTCATTTCAATACTGTTGAGG	73663

CU104773.4	501	ATATGCGAAGAGTTTGGGCAATGGGGGTTGTGAACTTGAACCCCGGTTTG	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963075.5	73664	ATATGCGAAGAGTTTGGGCAATGGGGGTTGTGAACTTGAACCCCGGTTTG	73713

CU104773.4	551	ATGCTATTCTATTGTTGGTCTAGTGATTTTTCTACACAGGCACAGGCTCA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963075.5	73714	ATGCTATTCTATTGTTGGTCTAGTGATTTTTCTACACAGGCACAGGCTCA	73763

CU104773.4	601	AACACACGCCCAAATATGGGTCTGTTTCTTACACTTGCCCCATGAGTATT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963075.5	73764	AACACACGCCCAAATATGGGTCTGTTTCTTACACTTGCCCCATGAGTATT	73813

CU104773.4	651	GGCGTAAGCAGACTTTATTGGAAATAGCATCCGGACTCGGCACACCTTTG	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963075.5	73814	GGCGTAAGCAGACTTTATTGGAAATAGCATCCGGACTCGGCACACCTTTG	73863

CU104773.4	701	ATAATTGATGATGCAACTTTACACAGGCGATTAGGGATATATGCTCGAGT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963075.5	73864	ATAATTGATGATGCAACTTTACACAGGCGATTAGGGATATATGCTCGAGT	73913

CU104773.4	751	TTTGATTGATGTTGATCTCTCCGAAAAACTGTTTGAATCCGTTATTGTGG	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963075.5	73914	TTTGATTGATGTTGATCTCTCCGAAAAACTGTTTGAATCCGTTATTGTGG	73963

CU104773.4	801	AAAGAGAGGGACATGCTTTGTCCGTTATGGTGCAATATGAAAGACAACCC	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963075.5	73964	AAAGAGAGGGACATGCTTTGTCCGTTATGGTGCAATATGAAAGACAACCC	74013

CU104773.4	851	TCATTTTGCACTCACTGTAAAATGTTGGGACATGAAGTTCACAATTGCAT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963075.5	74014	TCATTTTGCACTCACTGTAAAATGTTGGGACATGAAGTTCACAATTGCAT	74063

CU104773.4	901	AAAACTGAGCACTCTTAACATGGAAGAAGGTACATCACAGGTTCTGAAGG	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963075.5	74064	AAAACTGAGCACTCTTAACATGGAAGAAGGTACATCACAGGTTCTGAAGG	74113

CU104773.4	951	CACCAACAGGTCCACACCCAATCAAGAAGCTACCTGCACACAATGGGAAA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963075.5	74114	CACCAACAGGTCCACACCCAATCAAGAAGCTACCTGCACACAATGGGAAA	74163

CU104773.4	1001	GGCAAGAAACCTGTTGTGACATCTGCTAACAGGCCTGCTGCCACTGTTAC	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963075.5	74164	GGCAAGAAACCTGTTGTGACATCTGCTAACAGGCCTGCTGCCACTGTTAC	74213

CU104773.4	1051	CAAACCGGCCTACAAGTCTGCAGCCAGTCTTAATCAGCACCCAGACACAG	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963075.5	74214	CAAACCGGCCTACAAGTCTGCAGCCAGTCTTAATCAGCACCCAGACACAG	74263

CU104773.4	1101	TGGATTTAGACACTTCTGATCAAGAAGAGACTGCTAAGGAAGGAGATAGG	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963075.5	74264	TGGATTTAGACACTTCTGATCAAGAAGAGACTGCTAAGGAAGGAGATAGG	74313

CU104773.4	1151	GGGGATGTGGATGAGATTGCAGCAATCCCGAAGATTGGAACATCTTCAAC	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963075.5	74314	GGGGATGTGGATGAGATTGCAGCAATCCCGAAGATTGGAACATCTTCAAC	74363

CU104773.4	1201	ACTATCTCTTCACAATTCATTTGATATTTTAAATGAAGATGGTGAACTCC	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963075.5	74364	ACTATCTCTTCACAATTCATTTGATATTTTAAATGAAGATGGTGAACTCC	74413

CU104773.4	1251	CTATAGGGGAGGCTAGGCAAGCTGAATTAGAGGCTAATCACATTCCTAAT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963075.5	74414	CTATAGGGGAGGCTAGGCAAGCTGAATTAGAGGCTAATCACATTCCTAAT	74463

CU104773.4	1301	GGTGAGTTAATTGAAAAACCTGTAATGTTTGATATAGGCCCCAAGGAGTT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963075.5	74464	GGTGAGTTAATTGAAAAACCTGTAATGTTTGATATAGGCCCCAAGGAGTT	74513

CU104773.4	1351	AGCTAATTCGACTCAAGTGGTTCACTCTAAGCTTCTTGTTGATTTGGAAA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963075.5	74514	AGCTAATTCGACTCAAGTGGTTCACTCTAAGCTTCTTGTTGATTTGGAAA	74563

CU104773.4	1401	ATAAGCTTCAGACTGAAACATTAAGTTCAAACTTAACAACTCCAGTTCAA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963075.5	74564	ATAAGCTTCAGACTGAAACATTAAGTTCAAACTTAACAACTCCAGTTCAA	74613

CU104773.4	1451	TGTAGCAAAGCAGGGAAGCTGATAGGCTCCTTCGCAGCATCTGACTCAGC	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963075.5	74614	TGTAGCAAAGCAGGGAAGCTGATAGGCTCCTTCGCAGCATCTGACTCAGC	74663

CU104773.4	1501	TAGCCATGCTTTGGACCCAACTCTTGACTTGCACTCTCTTTCTGCTGAGC	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963075.5	74664	TAGCCATGCTTTGGACCCAACTCTTGACTTGCACTCTCTTTCTGCTGAGC	74713

CU104773.4	1551	ATATTGGCGAACCTGGTATGACAGATAAAGGCTCTAATAATCCAGTTAAT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963075.5	74714	ATATTGGCGAACCTGGTATGACAGATAAAGGCTCTAATAATCCAGTTAAT	74763

CU104773.4	1601	GTGCCTCTAATTGGACATACTGTCTTAGTAAAAGATCCTCAGTTTACTAT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963075.5	74764	GTGCCTCTAATTGGACATACTGTCTTAGTAAAAGATCCTCAGTTTACTAT	74813

CU104773.4	1651	ATTGAGATCAAAGAACACTGTACCTTTAAAACCACCAGACCCCTGCAGTA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963075.5	74814	ATTGAGATCAAAGAACACTGTACCTTTAAAACCACCAGACCCCTGCAGTA	74863

CU104773.4	1701	CTAGGAAACTGCAACACTCAGATAATATTTCTGTTGCAGATAATCAGGCT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963075.5	74864	CTAGGAAACTGCAACACTCAGATAATATTTCTGTTGCAGATAATCAGGCT	74913

CU104773.4	1751	CTGATCATTACTTCTGCAAAGACTGTTGGCTGCAAAGCTACTCCTGAAAA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963075.5	74914	CTGATCATTACTTCTGCAAAGACTGTTGGCTGCAAAGCTACTCCTGAAAA	74963

CU104773.4	1801	GACTGACTGCATTGCCACTTCTGTTTCTGTGTCAGCTATCTTTGCTGGGG	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963075.5	74964	GACTGACTGCATTGCCACTTCTGTTTCTGTGTCAGCTATCTTTGCTGGGG	75013

CU104773.4	1851	ATCCAAATCTAAGCAAGCAAGCTACCTCATCTAAAATCGCTACTTATGAT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963075.5	75014	ATCCAAATCTAAGCAAGCAAGCTACCTCATCTAAAATCGCTACTTATGAT	75063

CU104773.4	1901	GCTACTATTATCACTCCCATTACCACTTATGATGAGAATCTTGGACCTGA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963075.5	75064	GCTACTATTATCACTCCCATTACCACTTATGATGAGAATCTTGGACCTGA	75113

CU104773.4	1951	CAAAGGCAGGATATCTCAACCTGCCAACTCTAAAAATACTTCTGAAGCTT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963075.5	75114	CAAAGGCAGGATATCTCAACCTGCCAACTCTAAAAATACTTCTGAAGCTT	75163

Overview

Query
CU104773.4 - 26233 bps
Hit
CT963075.5 - 75163 bps
Total alignments
2
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001982200012000173164751631
293.918211526272741172560726741
Short-link