<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CT963129.16	1	TTTGAATAATCATGTTTATTTTAAAATAATTGATCAATAGATCTGAAAGG	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963074.7	115071	TTTGAATAATCATGTTTATTTTAAAATAATTGATCAATAGATCTGAAAGG	115120

CT963129.16	51	AAAACATTATAATATTCCTCAATTATAGCCAATTTATAGGAAAACAAATA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963074.7	115121	AAAACATTATAATATTCCTCAATTATAGCCAATTTATAGGAAAACAAATA	115170

CT963129.16	101	TTTGATCAATTGATCACTTTAAGTACTATGTCTTAGGAGATTTCCATCTC	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963074.7	115171	TTTGATCAATTGATCACTTTAAGTACTATGTCTTAGGAGATTTCCATCTC	115220

CT963129.16	151	CATAATATTCCTCAATCATAAGATAGATCACATTTTAATACAAGTATTTA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963074.7	115221	CATAATATTCCTCAATCATAAGATAGATCACATTTTAATACAAGTATTTA	115270

CT963129.16	201	AAAATAGTACAAAAAAAACTAACACAATGGAGCTAGTTTACAACAGATGT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963074.7	115271	AAAATAGTACAAAAAAAACTAACACAATGGAGCTAGTTTACAACAGATGT	115320

CT963129.16	251	CTCAGGATTTATCTCATAGAATTGCAATGAAAGCTTAGAGAACTAAATAG	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963074.7	115321	CTCAGGATTTATCTCATAGAATTGCAATGAAAGCTTAGAGAACTAAATAG	115370

CT963129.16	301	ATGGAGAAAATGATTATTAGGCTTATGTGGAACATGATTTAATAACTCAA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963074.7	115371	ATGGAGAAAATGATTATTAGGCTTATGTGGAACATGATTTAATAACTCAA	115420

CT963129.16	351	ATAAATCTTAATATGAGCACACTCAACATAAAAGTTTGCATAACAACAAG	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963074.7	115421	ATAAATCTTAATATGAGCACACTCAACATAAAAGTTTGCATAACAACAAG	115470

CT963129.16	401	CACTCAATCATGCTAAGTTCACTCTTTATATGACTGTTCTTAAAGTTCTC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963074.7	115471	CACTCAATCATGCTAAGTTCACTCTTTATATGACTGTTCTTAAAGTTCTC	115520

CT963129.16	451	AAACACTCGTGAGAATATAAGTCCCTACTAGATTTAGAGCATGAATATTG	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963074.7	115521	AAACACTCGTGAGAATATAAGTCCCTACTAGATTTAGAGCATGAATATTG	115570

CT963129.16	501	CATGTAGGGGTCTATATGAAACCGTAGCTGGAACATGTCTTACTTTGTTA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963074.7	115571	CATGTAGGGGTCTATATGAAACCGTAGCTGGAACATGTCTTACTTTGTTA	115620

CT963129.16	551	GGTGTGTCGTGAGTATAAACATTAAATAGTCTTTGATCCAGGAACATAAG	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963074.7	115621	GGTGTGTCGTGAGTATAAACATTAAATAGTCTTTGATCCAGGAACATAAG	115670

CT963129.16	601	ATATCCAATAAGGATGTATAAGAGCTATTCAAATAATCTAATTAATCGTC	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963074.7	115671	ATATCCAATAAGGATGTATAAGAGCTATTCAAATAATCTAATTAATCGTC	115720

CT963129.16	651	TTCATCAATATGTTTCAAACCATTATTTTTTATTTGCAAAAAACCAATCT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963074.7	115721	TTCATCAATATGTTTCAAACCATTATTTTTTATTTGCAAAAAACCAATCT	115770

CT963129.16	701	TTTAAAAAACCTCCAATTTATTTCTTTTATTATAAGTTTAGCTAATTACC	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963074.7	115771	TTTAAAAAACCTCCAATTTATTTCTTTTATTATAAGTTTAGCTAATTACC	115820

CT963129.16	751	TAGTTGAAAACAATAATCCATGTGGAGAGGATAACTTACAATTTTATTAC	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963074.7	115821	TAGTTGAAAACAATAATCCATGTGGAGAGGATAACTTACAATTTTATTAC	115870

CT963129.16	801	TTGAAAATATTTGGTGCACTTTCCAAATTTATCATCATATATAATAACAA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963074.7	115871	TTGAAAATATTTGGTGCACTTTCCAAATTTATCATCATATATAATAACAA	115920

CT963129.16	851	TACTTAAATTTTGTATTTGATTAGGGATACTTAGCTCTTTAGTCTTTACT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963074.7	115921	TACTTAAATTTTGTATTTGATTAGGGATACTTAGCTCTTTAGTCTTTACT	115970

CT963129.16	901	ATAGTTTTTTAACAAATACTGGTATATATAAATTTTACATCACAAGTAAT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963074.7	115971	ATAGTTTTTTAACAAATACTGGTATATATAAATTTTACATCACAAGTAAT	116020

CT963129.16	951	TTTTTAACACAAGGAAAACTGGGCTTGGTTCATAGAGTCATAGATAAACA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963074.7	116021	TTTTTAACACAAGGAAAACTGGGCTTGGTTCATAGAGTCATAGATAAACA	116070

CT963129.16	1001	TTCTAATTTAATTTGAATACAATATACAAAAATAAACATATAATTAAGAT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963074.7	116071	TTCTAATTTAATTTGAATACAATATACAAAAATAAACATATAATTAAGAT	116120

CT963129.16	1051	ATGTACAATTATTGCAATAGCCAATTATAATTTTGTATTGACATTTTAGT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963074.7	116121	ATGTACAATTATTGCAATAGCCAATTATAATTTTGTATTGACATTTTAGT	116170

CT963129.16	1101	TTTTCATATCTTTTAGAAGCAAGCAAACACTCCGAGCTTCTTAAAAATAA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963074.7	116171	TTTTCATATCTTTTAGAAGCAAGCAAACACTCCGAGCTTCTTAAAAATAA	116220

CT963129.16	1151	TAAAATGTAAGAGAAATATAAATGATGCTTGAGAACAATTACAAGTATCA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963074.7	116221	TAAAATGTAAGAGAAATATAAATGATGCTTGAGAACAATTACAAGTATCA	116270

CT963129.16	1201	AAACATTATGACATGAATATAAATGTATAGGATTGTTGGTAAGGTAAAAA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963074.7	116271	AAACATTATGACATGAATATAAATGTATAGGATTGTTGGTAAGGTAAAAA	116320

CT963129.16	1251	ATATTGTTCAACTTACCTATTAAACATATCTTGATACGTGGTAAAGTTGG	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963074.7	116321	ATATTGTTCAACTTACCTATTAAACATATCTTGATACGTGGTAAAGTTGG	116370

CT963129.16	1301	AAAGAAAAAGGCGATATTGAAGGTGAGAAAAACACAAGAAGGGAGGTTGA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963074.7	116371	AAAGAAAAAGGCGATATTGAAGGTGAGAAAAACACAAGAAGGGAGGTTGA	116420

CT963129.16	1351	ATTGTGTTAGCTTTTTCATCGTTTTCTCCTAAGCTGAAAACACTGATCAG	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963074.7	116421	ATTGTGTTAGCTTTTTCATCGTTTTCTCCTAAGCTGAAAACACTGATCAG	116470

CT963129.16	1401	AAGCAGATAGAGTTCTACTTCTGAAGTGATGTTCGGGACTAACTTGCAGC	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963074.7	116471	AAGCAGATAGAGTTCTACTTCTGAAGTGATGTTCGGGACTAACTTGCAGC	116520

CT963129.16	1451	GGATAAAAACAGAGAGAGAAAGAAGAAAGACACAAAGCCATTATACAGGT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963074.7	116521	GGATAAAAACAGAGAGAGAAAGAAGAAAGACACAAAGCCATTATACAGGT	116570

CT963129.16	1501	TCCTTCCACAAACCGGAAGTAGTCATGTCCCCCTTGCACTTCCAAGGAGA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963074.7	116571	TCCTTCCACAAACCGGAAGTAGTCATGTCCCCCTTGCACTTCCAAGGAGA	116620

CT963129.16	1551	GCTCACTAAAAATGTAGTATCTGATTACAACTTCTCACTGCTAAACTTAG	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963074.7	116621	GCTCACTAAAAATGTAGTATCTGATTACAACTTCTCACTGCTAAACTTAG	116670

CT963129.16	1601	CAAGAGACTTCAAATTGCTCAAGTACAACTGCAAGAGACTTCCTACGCTC	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963074.7	116671	CAAGAGACTTCAAATTGCTCAAGTACAACTGCAAGAGACTTCCTACGCTC	116720

CT963129.16	1651	CTGAACACAATCAAGAGACTTCTAATGCTCAAGCACAACTACAAGAGACT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963074.7	116721	CTGAACACAATCAAGAGACTTCTAATGCTCAAGCACAACTACAAGAGACT	116770

CT963129.16	1701	TCTAAATTCAAACAGAATTACAAAGAAAAATGTTTGAGGTTGAACACTTC	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963074.7	116771	TCTAAATTCAAACAGAATTACAAAGAAAAATGTTTGAGGTTGAACACTTC	116820

CT963129.16	1751	ATATACAATCAATGGTGTTCACAATACAAATCAGATACATACTCTTAAAA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963074.7	116821	ATATACAATCAATGGTGTTCACAATACAAATCAGATACATACTCTTAAAA	116870

CT963129.16	1801	CTCTAGAATTTCTAAGATATGAACTTTGATAAGAAATTCTAAGTGAACTT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963074.7	116871	CTCTAGAATTTCTAAGATATGAACTTTGATAAGAAATTCTAAGTGAACTT	116920

CT963129.16	1851	TTGATGCAGAACAATTTTGACAGAGTTTAGACGCTTTCAAATTGTTGTTG	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963074.7	116921	TTGATGCAGAACAATTTTGACAGAGTTTAGACGCTTTCAAATTGTTGTTG	116970

CT963129.16	1901	AGTCTATTTTGTTCTCTGAGTATTCACTCCTTTATATAGAGATGTAGAAA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963074.7	116971	AGTCTATTTTGTTCTCTGAGTATTCACTCCTTTATATAGAGATGTAGAAA	117020

CT963129.16	1951	AGAGACATTGTCATATTGCCAGCACATCAAAATAGAGTCGTTCGAAGCTT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963074.7	117021	AGAGACATTGTCATATTGCCAGCACATCAAAATAGAGTCGTTCGAAGCTT	117070

Overview

Query
CT963129.16 - 19395 bps
Hit
CT963074.7 - 117070 bps
Total alignments
4
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100187320001200011150711170701
287.4138972312184311029401036651
387.713967402629336819488395636-1
485.972795992785338311067841073791
Short-link