<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU104794.7	1	GTGCACTTCAACTACTCTTACCTTTTCTTAAGGAAAATAACATCAAAATC	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963073.12	134315	GTGCACTTCAACTACTCTTACCTTTTCTTAAGGAAAATAACATCAAAATC	134364

CU104794.7	51	AGGTGTAAGGTCTTGAATTTGCTATACACACTCTCTAAAGATATGACCGA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963073.12	134365	AGGTGTAAGGTCTTGAATTTGCTATACACACTCTCTAAAGATATGACCGA	134414

CU104794.7	101	TGAGTTGACCGAATATCTTGATGAAAGTCATATTTTCAACATTGTTAATA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963073.12	134415	TGAGTTGACCGAATATCTTGATGAAAGTCATATTTTCAACATTGTTAATA	134464

CU104794.7	151	TCGTCTCGTCATCCACATCAGATAGTGAAAAAGCGGCTGCGGTTGGCATA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963073.12	134465	TCGTCTCGTCATCCACATCAGATAGTGAAAAAGCGGCTGCGGTTGGCATA	134514

CU104794.7	201	CTGAGTAATCTTCCCGCTAGCGATAAAAAAGTAACCGATATACTCAAGAG	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963073.12	134515	CTGAGTAATCTTCCCGCTAGCGATAAAAAAGTAACCGATATACTCAAGAG	134564

CU104794.7	251	GGCAAGTTTGCTCCAGCTTTTGATATCTATTTTGTATTCCAGCAATGCTA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963073.12	134565	GGCAAGTTTGCTCCAGCTTTTGATATCTATTTTGTATTCCAGCAATGCTA	134614

CU104794.7	301	GTAAATCGCCATCAACAAACAACTTAATCGAGAATGCTACCGGTGTTATA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963073.12	134615	GTAAATCGCCATCAACAAACAACTTAATCGAGAATGCTACCGGTGTTATA	134664

CU104794.7	351	AACCGCTTCACGAATTCATCTGACAAGAAACTACAACTTGTTTCAGTACA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963073.12	134665	AACCGCTTCACGAATTCATCTGACAAGAAACTACAACTTGTTTCAGTACA	134714

CU104794.7	401	ACACGGGGTGATTCCTTTGCTTGTAAAATTGCTCTCAACAAGTTCACCAA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963073.12	134715	ACACGGGGTGATTCCTTTGCTTGTAAAATTGCTCTCAACAAGTTCACCAA	134764

CU104794.7	451	TCACAAAATCAAGGGCTGCAAACTCTTTAGCACAGCTATCTCAAAATTCA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963073.12	134765	TCACAAAATCAAGGGCTGCAAACTCTTTAGCACAGCTATCTCAAAATTCA	134814

CU104794.7	501	CTTTCTCTTAGGAAATGTAGAAAGTCAAGATGGTTATGTGTTCAACCTTC	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963073.12	134815	CTTTCTCTTAGGAAATGTAGAAAGTCAAGATGGTTATGTGTTCAACCTTC	134864

CU104794.7	551	AACAAACGCATATTGTGAAGTTCATGATGGATATTGCTTTGTCAATAGCA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963073.12	134865	AACAAACGCATATTGTGAAGTTCATGATGGATATTGCTTTGTCAATAGCA	134914

CU104794.7	601	CATTTTGTTTAGTCAAAGCTGGTGCGGTTTCTCAACTTATCGAAATGTTG	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963073.12	134915	CATTTTGTTTAGTCAAAGCTGGTGCGGTTTCTCAACTTATCGAAATGTTG	134964

CU104794.7	651	GAAGATAAAGAGAAGGAAGCAGTTGAAGCTTCTCTTGTTGCACTTTCAAC	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963073.12	134965	GAAGATAAAGAGAAGGAAGCAGTTGAAGCTTCTCTTGTTGCACTTTCAAC	135014

CU104794.7	701	TCTCTTGCAAGATGAAATTTGGGAAAATGGTGTGAATTTCATTGCGAAAT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963073.12	135015	TCTCTTGCAAGATGAAATTTGGGAAAATGGTGTGAATTTCATTGCGAAAT	135064

CU104794.7	751	TATCAGGTGTGCAAGCTATTATAAAAAGTCTAGAAGTTGGTGATGCAAAG	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963073.12	135065	TATCAGGTGTGCAAGCTATTATAAAAAGTCTAGAAGTTGGTGATGCAAAG	135114

CU104794.7	801	GTTCAAGAAAAAGCATTATGGATGTTGGAGAAAATATTTAAGGTTGAAGA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963073.12	135115	GTTCAAGAAAAAGCATTATGGATGTTGGAGAAAATATTTAAGGTTGAAGA	135164

CU104794.7	851	ACATAGAGTGAAATATGGAGAATCTGCTCAAGTGGTTCTTATTGATTTGG	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963073.12	135165	ACATAGAGTGAAATATGGAGAATCTGCTCAAGTGGTTCTTATTGATTTGG	135214

CU104794.7	901	CACAAAAAAGTGATTCAAGATTGAAATCAACAGTTGCAAAAGTATTAGCA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963073.12	135215	CACAAAAAAGTGATTCAAGATTGAAATCAACAGTTGCAAAAGTATTAGCA	135264

CU104794.7	951	GAGTTAGAGCTTCTACAAGCTCAATCAAGTTATTTTTGAAACAAGCCTTT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963073.12	135265	GAGTTAGAGCTTCTACAAGCTCAATCAAGTTATTTTTGAAACAAGCCTTT	135314

CU104794.7	1001	CTCTCTGAGAATTTATATTATGGCAGTGATTTTTGTTTTGCATTACATTC	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963073.12	135315	CTCTCTGAGAATTTATATTATGGCAGTGATTTTTGTTTTGCATTACATTC	135364

CU104794.7	1051	ATTTACGTGCATGTTTGGATTGACAGTTAGTTTGGCGGAATCACAGTGAA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963073.12	135365	ATTTACGTGCATGTTTGGATTGACAGTTAGTTTGGCGGAATCACAGTGAA	135414

CU104794.7	1101	CGGTCATAATTTTGGTAAAAGTTACACTTCGAAGCTTCAACAAAATCATA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963073.12	135415	CGGTCATAATTTTGGTAAAAGTTACACTTCGAAGCTTCAACAAAATCATA	135464

CU104794.7	1151	GCGACATTGTGATTTTATCAAACTCATATGATTCTAAGCATGCACTTCAT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963073.12	135465	GCGACATTGTGATTTTATCAAACTCATATGATTCTAAGCATGCACTTCAT	135514

CU104794.7	1201	TTTTTTGGTGTACATGCTTCCTGTTTGTAATTGATCTTGTTTTGCCTGAA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963073.12	135515	TTTTTTGGTGTACATGCTTCCTGTTTGTAATTGATCTTGTTTTGCCTGAA	135564

CU104794.7	1251	ACACATAAAGCCATTCTAAAATATGTAATAAATAATTTAGTACAAAGGAA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963073.12	135565	ACACATAAAGCCATTCTAAAATATGTAATAAATAATTTAGTACAAAGGAA	135614

CU104794.7	1301	GGTTGTAAAGAAAAAATCAGGTTGACTATATTTATAATAATACTTGCTAT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963073.12	135615	GGTTGTAAAGAAAAAATCAGGTTGACTATATTTATAATAATACTTGCTAT	135664

CU104794.7	1351	TGGATCAGATGGATTTTAAAAAAACTTGCATGTGTTGGATAAAGATTTTT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963073.12	135665	TGGATCAGATGGATTTTAAAAAAACTTGCATGTGTTGGATAAAGATTTTT	135714

CU104794.7	1401	TTTGCAGAAAATATATATTTTTTAGTGTTAATTACTGTTGTCAATTCCAA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963073.12	135715	TTTGCAGAAAATATATATTTTTTAGTGTTAATTACTGTTGTCAATTCCAA	135764

CU104794.7	1451	CCCTAACATCAAAATTTAGATTCGTGGAGCAAGTATCAATGACAACCAAT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963073.12	135765	CCCTAACATCAAAATTTAGATTCGTGGAGCAAGTATCAATGACAACCAAT	135814

CU104794.7	1501	AACCAAAATAACCACAAGCAACAACAACAATCTAGTCCTAATCATATAAG	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963073.12	135815	AACCAAAATAACCACAAGCAACAACAACAATCTAGTCCTAATCATATAAG	135864

CU104794.7	1551	TCAAATGTATAGCAAAACCACAATCGAACCAAAGAATAAACAATGACCTA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963073.12	135865	TCAAATGTATAGCAAAACCACAATCGAACCAAAGAATAAACAATGACCTA	135914

CU104794.7	1601	CTATGGAGGAGAGATTGATCTCTCCAATCCACCGGTTCTTTACAAAGAGA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963073.12	135915	CTATGGAGGAGAGATTGATCTCTCCAATCCACCGGTTCTTTACAAAGAGA	135964

CU104794.7	1651	TATAAAAGGGTTACAAGAAATTAGCTTTAACAAGCTCACAAAGAACAAAC	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963073.12	135965	TATAAAAGGGTTACAAGAAATTAGCTTTAACAAGCTCACAAAGAACAAAC	136014

CU104794.7	1701	CCTAATTTCTACCATTTTCTCCCAATCTCACCAATGAACAAGACACTCAA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963073.12	136015	CCTAATTTCTACCATTTTCTCCCAATCTCACCAATGAACAAGACACTCAA	136064

CU104794.7	1751	TGATTTTCACTCACCAAGGTGTTTACAATTGTTTCCCAACTCTATAATCT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963073.12	136065	TGATTTTCACTCACCAAGGTGTTTACAATTGTTTCCCAACTCTATAATCT	136114

CU104794.7	1801	AACCCCCAAAAGAGAATCAATCTTTAGTCTTTGATTACATAAGGATCTTC	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963073.12	136115	AACCCCCAAAAGAGAATCAATCTTTAGTCTTTGATTACATAAGGATCTTC	136164

CU104794.7	1851	TCTTTTGGTTTCCCAAGACTCACCCAACTTGCTCACAAAAGACTCTCCAC	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963073.12	136165	TCTTTTGGTTTCCCAAGACTCACCCAACTTGCTCACAAAAGACTCTCCAC	136214

CU104794.7	1901	TCATGTGTTTCCTAACCCCATGAATCTCTCCCTAAAAAACACTAACCCTT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963073.12	136215	TCATGTGTTTCCTAACCCCATGAATCTCTCCCTAAAAAACACTAACCCTT	136264

CU104794.7	1951	TTCCCAAGAGCCCCCTCTTTTGGTTCTATAAGATTTACATCTTGAAGCTT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT963073.12	136265	TTCCCAAGAGCCCCCTCTTTTGGTTCTATAAGATTTACATCTTGAAGCTT	136314

Overview

Query
CU104794.7 - 15083 bps
Hit
CT963073.12 - 136314 bps
Total alignments
2
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100193120001200011343151363141
290.6243648733879611092631093261
Short-link