<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2592 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  CT961056.6	132908	AAGCTTGGAGTACCTTTATTTGCAAGGAAATTCCTTCCATGGAGTCATAC	132859
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT962508.5	32050	AAGCTTGGAGTACCTTTATTTGCAAGGAAATTCCTTCCATGGAGTCATAC	32099

C  CT961056.6	132858	CAACCTCTCTAGCTTCACTGAAAGGCCTTCAACATTTAGACCTATCACGA	132809
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT962508.5	32100	CAACCTCTCTAGCTTCACTGAAAGGCCTTCAACATTTAGACCTATCACGA	32149

C  CT961056.6	132808	AACCACTTGTCTGGATCAATTCCTAAAGGTCTACAAAATATTTCTTTCCT	132759
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT962508.5	32150	AACCACTTGTCTGGATCAATTCCTAAAGGTCTACAAAATATTTCTTTCCT	32199

C  CT961056.6	132758	ACAATACTTCAATGTATCTTTTAACATGTTGGAAGGCGAGGTACCAACGG	132709
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT962508.5	32200	ACAATACTTCAATGTATCTTTTAACATGTTGGAAGGCGAGGTACCAACGG	32249

C  CT961056.6	132708	AAGGTGTCTTTCAAAATTCAAGTGAGGTGGCGGTAACAGGCAACAATAAC	132659
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT962508.5	32250	AAGGTGTCTTTCAAAATTCAAGTGAGGTGGCGGTAACAGGCAACAATAAC	32299

C  CT961056.6	132658	CTTTGTGGAGGTGTTTCAAAATTGCACCTACCTCCATGCCCTTTAAAAGG	132609
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT962508.5	32300	CTTTGTGGAGGTGTTTCAAAATTGCACCTACCTCCATGCCCTTTAAAAGG	32349

C  CT961056.6	132608	AGAGAAACATTCAAAACATCGTGATTTCAAGTTGATAGCAGTGATAGTTA	132559
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT962508.5	32350	AGAGAAACATTCAAAACATCGTGATTTCAAGTTGATAGCAGTGATAGTTA	32399

C  CT961056.6	132558	GTGTGGTTTCTTTTCTTCTTATACTTCTATTTATCCTAACTATCTATTGC	132509
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT962508.5	32400	GTGTGGTTTCTTTTCTTCTTATACTTCTATTTATCCTAACTATCTATTGC	32449

C  CT961056.6	132508	AGAAGGAAAAGAAACAAGAAACCTTATTCCGATTCACCAACAATTGACCT	132459
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT962508.5	32450	AGAAGGAAAAGAAACAAGAAACCTTATTCCGATTCACCAACAATTGACCT	32499

C  CT961056.6	132458	TCTTGTTAAGATTTCATATGAAGACTTGTATAATGGAACCGATGGATTCT	132409
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT962508.5	32500	TCTTGTTAAGATTTCATATGAAGACTTGTATAATGGAACCGATGGATTCT	32549

C  CT961056.6	132408	CAACAAGAAATTTGATAGGATTTGGAAATTTTGGCTCTGTATACCTAGGA	132359
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT962508.5	32550	CAACAAGAAATTTGATAGGATTTGGAAATTTTGGCTCTGTATACCTAGGA	32599

C  CT961056.6	132358	ACTCTTGAGTTCGAGGATACAGTCGTAGCCATAAAGGTTTTGAAGCTTCA	132309
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT962508.5	32600	ACTCTTGAGTTCGAGGATACAGTCGTAGCCATAAAGGTTTTGAAGCTTCA	32649

C  CT961056.6	132308	TAAGAAAGGAGCTCACAAGAGTTTCCTTGCTGAATGCAATGCACTCAAAA	132259
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT962508.5	32650	TAAGAAAGGAGCTCACAAGAGTTTCCTTGCTGAATGCAATGCACTCAAAA	32699

C  CT961056.6	132258	ATATTAGACACCGAAATTTGGTTAAGATTTTAACAAGCTGTTCCAGTACA	132209
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT962508.5	32700	ATATTAGACACCGAAATTTGGTTAAGATTTTAACAAGCTGTTCCAGTACA	32749

C  CT961056.6	132208	GATTTCAAAGATCAAGAATTTAAAGCTCTTGTTTTCGAGTACATGAAAAA	132159
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT962508.5	32750	GATTTCAAAGATCAAGAATTTAAAGCTCTTGTTTTCGAGTACATGAAAAA	32799

C  CT961056.6	132158	CGGAAGCTTAGAAAGTTGGTTGCATCCAGCAAAAGAAATTGCAGGTCCAG	132109
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT962508.5	32800	CGGAAGCTTAGAAAGTTGGTTGCATCCAGCAAAAGAAATTGCAGGTCCAG	32849

C  CT961056.6	132108	AAAAAACATTGAATCTAGCACAAAGGTTAAATATTATTATTGACGTTGCT	132059
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT962508.5	32850	AAAAAACATTGAATCTAGCACAAAGGTTAAATATTATTATTGACGTTGCT	32899

C  CT961056.6	132058	TCGGCATTTCATTATCTTCATCATGAATGTCAGCAACCTGTCATTCATTG	132009
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT962508.5	32900	TCGGCATTTCATTATCTTCATCATGAATGTCAGCAACCTGTCATTCATTG	32949

C  CT961056.6	132008	TGATTTAAAGCCTAGCAACGTTCTTCTTGATGATTCTATGGTAGCTCATG	131959
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT962508.5	32950	TGATTTAAAGCCTAGCAACGTTCTTCTTGATGATTCTATGGTAGCTCATG	32999

C  CT961056.6	131958	TGAGTGATTTTGGCATAGCAAAGTTGCTTCCAAGTATTGGAGTCTCACTG	131909
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT962508.5	33000	TGAGTGATTTTGGCATAGCAAAGTTGCTTCCAAGTATTGGAGTCTCACTG	33049

C  CT961056.6	131908	ATGCAAAATAGTACTGTTGGAATACAAGGGACAATTGGTTATGCTCCTCC	131859
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT962508.5	33050	ATGCAAAATAGTACTGTTGGAATACAAGGGACAATTGGTTATGCTCCTCC	33099

C  CT961056.6	131858	AGGTATATTATAGTTATATTTGTTGGTTAAGCTGTGAAATGTTTTTATTT	131809
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT962508.5	33100	AGGTATATTATAGTTATATTTGTTGGTTAAGCTGTGAAATGTTTTTATTT	33149

C  CT961056.6	131808	TTAATTCAAGTTTCTGGTACTTTTACTTGCTTAAAAATTATGAAAACTTC	131759
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT962508.5	33150	TTAATTCAAGTTTCTGGTACTTTTACTTGCTTAAAAATTATGAAAACTTC	33199

C  CT961056.6	131758	AAGGGTATTAACTGTTTTTTATTTCACTTCAGAGTATGGAATGGGTTCTA	131709
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT962508.5	33200	AAGGGTATTAACTGTTTTTTATTTCACTTCAGAGTATGGAATGGGTTCTA	33249

C  CT961056.6	131708	AGCTTTCAGTTGAAGGCGACATGTATAGCTTCGGAATTCTAATTTTAGAA	131659
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT962508.5	33250	AGCTTTCAGTTGAAGGCGACATGTATAGCTTCGGAATTCTAATTTTAGAA	33299

C  CT961056.6	131658	ATGCTGACCGCAAGGAGACCTACAGATGAAATGTTTGAAGATAGTTATAG	131609
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT962508.5	33300	ATGCTGACCGCAAGGAGACCTACAGATGAAATGTTTGAAGATAGTTATAG	33349

C  CT961056.6	131608	TCTCCATAATTTTGTTAAAATTTCAATTTCGAACGATCTTTTGCAGATTG	131559
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT962508.5	33350	TCTCCATAATTTTGTTAAAATTTCAATTTCGAACGATCTTTTGCAGATTG	33399

C  CT961056.6	131558	TGGATCCAGCCATTATTCGCAACGAATTGGAAGGGGCTACTGGCAGTGGT	131509
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT962508.5	33400	TGGATCCAGCCATTATTCGCAACGAATTGGAAGGGGCTACTGGCAGTGGT	33449

C  CT961056.6	131508	TTTATGCATTCTAATGTAGAGAAATGTTTAATTTCACTTTTTAGTATTGC	131459
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT962508.5	33450	TTTATGCATTCTAATGTAGAGAAATGTTTAATTTCACTTTTTAGTATTGC	33499

C  CT961056.6	131458	ACTTGGTTGTTCAATGGAATCACCAAAAGAAAGGATGAGTATGGTTGAAG	131409
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT962508.5	33500	ACTTGGTTGTTCAATGGAATCACCAAAAGAAAGGATGAGTATGGTTGAAG	33549

C  CT961056.6	131408	TCATTAGAGAGCTTAATATAATTAAAAGTTTCTTTCCTACTGGGGATCAA	131359
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT962508.5	33550	TCATTAGAGAGCTTAATATAATTAAAAGTTTCTTTCCTACTGGGGATCAA	33599

C  CT961056.6	131358	GCTGAATTACAACCACAAAAAAGTATGATGTAATGGTGCCACCATAGTAT	131309
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT962508.5	33600	GCTGAATTACAACCACAAAAAAGTATGATGTAATGGTGCCACCATAGTAT	33649

C  CT961056.6	131308	ATTTTTTTTCTTTCCAGTAATGCTTATCATTTTCATGTTTTACTTTTTTC	131259
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT962508.5	33650	ATTTTTTTTCTTTCCAGTAATGCTTATCATTTTCATGTTTTACTTTTTTC	33699

C  CT961056.6	131258	TTCAGTAAGGTATGACTGTAATGTATGCATGATATGGAGATTTATCAAGG	131209
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT962508.5	33700	TTCAGTAAGGTATGACTGTAATGTATGCATGATATGGAGATTTATCAAGG	33749

C  CT961056.6	131208	ATTGCTTAAAGAATTCTCCTGCAATATTCTAAGAAGTATGCTTAAGGCAA	131159
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT962508.5	33750	ATTGCTTAAAGAATTCTCCTGCAATATTCTAAGAAGTATGCTTAAGGCAA	33799

C  CT961056.6	131158	AATATTCAATATAAAGGACTATAAGAGACTTTCAAAGTGGAAATTTCAAT	131109
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT962508.5	33800	AATATTCAATATAAAGGACTATAAGAGACTTTCAAAGTGGAAATTTCAAT	33849

C  CT961056.6	131108	GTGTTAGACAGAACCACATAATGTTTGCCAGAAATTAACTTGAACAAGAA	131059
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT962508.5	33850	GTGTTAGACAGAACCACATAATGTTTGCCAGAAATTAACTTGAACAAGAA	33899

C  CT961056.6	131058	CAGACTTTTGGTACTCAAAACCTTGGATAATTTTCTTTTGCTTTTCTAAA	131009
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT962508.5	33900	CAGACTTTTGGTACTCAAAACCTTGGATAATTTTCTTTTGCTTTTCTAAA	33949

C  CT961056.6	131008	CACCTATGTTGTTTTATCATTCGCTATTGTTTATAAGCTTGCACGACTAA	130959
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT962508.5	33950	CACCTATGTTGTTTTATCATTCGCTATTGTTTATAAGCTTGCACGACTAA	33999

C  CT961056.6	130958	AAAAATTTGTTTGATAAACGTTATTTACTCACGGACTTATATCTTATTTT	130909
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT962508.5	34000	AAAAATTTGTTTGATAAACGTTATTTACTCACGGACTTATATCTTATTTT	34049

C  CT961056.6	130908	TACTAGCTTATAGTGTTTTTTGATAATTTAATTCAAGTAGATTATAGCTT	130859
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT962508.5	34050	TACTAGCTTATAGTGTTTTTTGATAATTTAATTCAAGTAGATTATAGCTT	34099

C  CT961056.6	130858	GGAGTTTTTTTATCTCAATTTTATCCCAGTAATCTCAATTGAAAAATCAA	130809
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT962508.5	34100	GGAGTTTTTTTATCTCAATTTTATCCCAGTAATCTCAATTGAAAAATCAA	34149

C  CT961056.6	130808	ATATTACACACACATAATTTCATATTTATTAACTAATTTAGCCGTTAATT	130759
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT962508.5	34150	ATATTACACACACATAATTTCATATTTATTAACTAATTTAGCCGTTAATT	34199

C  CT961056.6	130758	TTATCAAACACCGCAAAATTTATCAAATAGTTTATCCGCTATCAGTTATA	130709
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT962508.5	34200	TTATCAAACACCGCAAAATTTATCAAATAGTTTATCCGCTATCAGTTATA	34249

C  CT961056.6	130708	AACTAGCTTGTCAACTTCTTCTATAACTTCATTTGCTATAACATGTGAAG	130659
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT962508.5	34250	AACTAGCTTGTCAACTTCTTCTATAACTTCATTTGCTATAACATGTGAAG	34299

C  CT961056.6	130658	GTGTGTGGTACTTTTTCATCCAATCAACATCAACAGTTGGGAAATCGAAA	130609
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT962508.5	34300	GTGTGTGGTACTTTTTCATCCAATCAACATCAACAGTTGGGAAATCGAAA	34349

C  CT961056.6	130608	CGTGACCAGTTTCACAAGTACATAGATGAAGTTGTTGTGTTGCATCTTCA	130559
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT962508.5	34350	CGTGACCAGTTTCACAAGTACATAGATGAAGTTGTTGTGTTGCATCTTCA	34399

C  CT961056.6	130558	AGAGTTAAATCGCTTGAACCTAATGATTGGTCTCAAGTGATTAATGAGAT	130509
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT962508.5	34400	AGAGTTAAATCGCTTGAACCTAATGATTGGTCTCAAGTGATTAATGAGAT	34449

C  CT961056.6	130508	TTAACAAATAAAGAATCATTTAAGAGAATCCGAGTTTAATTTTTAGATAT	130459
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT962508.5	34450	TTAACAAATAAAGAATCATTTAAGAGAATCCGAGTTTAATTTTTAGATAT	34499

C  CT961056.6	130458	AGCAAACCTTAACCGAATTATTACGATCAAACTTGGGATTATCAAGACTC	130409
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT962508.5	34500	AGCAAACCTTAACCGAATTATTACGATCAAACTTGGGATTATCAAGACTC	34549

C  CT961056.6	130408	TCTTCTTTTAGGAAAGAGAGTGTTAACACCGAGAAAAGAAAAAAAACTAA	130359
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT962508.5	34550	TCTTCTTTTAGGAAAGAGAGTGTTAACACCGAGAAAAGAAAAAAAACTAA	34599

C  CT961056.6	130358	AGCACTTATGGGAATATAAAGCATACGTTTGGTTTCACGTTA	130317
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT962508.5	34600	AGCACTTATGGGAATATAAAGCATACGTTTGGTTTCACGTTA	34641

Overview

Query
CT961056.6 - 132908 bps
Hit
CT962508.5 - 34641 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2592 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
110024822592130317132908-132050346411
Short-link