<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

  CT030245.8	1	AAGCTTCTATCTCATGCAAAATCACCCGAACTCAACCAAAATTACATAAA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT962507.6	2000	AAGCTTCTATCTCATGCAAAATCACCCGAACTCAACCAAAATTACATAAA	1951

  CT030245.8	51	AACTATAACAAAAGTGATATATGACCTAGTGTCATCACCTCTCTTGGTTC	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT962507.6	1950	AACTATAACAAAAGTGATATATGACCTAGTGTCATCACCTCTCTTGGTTC	1901

  CT030245.8	101	TTCTCTTCTCTTCTCTTACTTCTCACTTTCTCCCTTTTTCTCTCAAAAGC	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT962507.6	1900	TTCTCTTCTCTTCTCTTACTTCTCACTTTCTCCCTTTTTCTCTCAAAAGC	1851

  CT030245.8	151	AGTTTGCACCAAATCCTTATTTTCTAATTCTAACTCTCCCCTTTTATAAA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT962507.6	1850	AGTTTGCACCAAATCCTTATTTTCTAATTCTAACTCTCCCCTTTTATAAA	1801

  CT030245.8	201	TATCTTTAACCTACTTATTTTTCTCTTATATTCAAATCTCCCTAAAATCT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT962507.6	1800	TATCTTTAACCTACTTATTTTTCTCTTATATTCAAATCTCCCTAAAATCT	1751

  CT030245.8	251	CAATATTCTATTGTAATATATAAAATATAAAATATAAAATATTTCTATAA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT962507.6	1750	CAATATTCTATTGTAATATATAAAATATAAAATATAAAATATTTCTATAA	1701

  CT030245.8	301	CAATTATCAAATATATCTTTATAACAAATATATTTCTAATATATATATAT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT962507.6	1700	CAATTATCAAATATATCTTTATAACAAATATATTTCTAATATATATATAT	1651

  CT030245.8	351	ATATATATATATATATATATATATATATATATATATTTCTAAACCAAATA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT962507.6	1650	ATATATATATATATATATATATATATATATATATATTTCTAAACCAAATA	1601

  CT030245.8	401	ACATATATATTTCTAAACCAAATAATATATATATTTCTAAACAAAATAAC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT962507.6	1600	ACATATATATTTCTAAACCAAATAATATATATATTTCTAAACAAAATAAC	1551

  CT030245.8	451	ATATATATTATACTAATAAATACCAACATATAACATAACAAAATATCACT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT962507.6	1550	ATATATATTATACTAATAAATACCAACATATAACATAACAAAATATCACT	1501

  CT030245.8	501	ATCAAAATAAATCATATAAATCACACAAATCATAGAATTATATTCTAAAC	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT962507.6	1500	ATCAAAATAAATCATATAAATCACACAAATCATAGAATTATATTCTAAAC	1451

  CT030245.8	551	TCATTAAAATAATCAAATAATTAAAGAGGGCGTTACACTGACTTAATTAT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT962507.6	1450	TCATTAAAATAATCAAATAATTAAAGAGGGCGTTACACTGACTTAATTAT	1401

  CT030245.8	601	TATTAGTTCCCTTGAAGATCGAAACTATATGTCTCAAAGATTGCAAAGAC	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT962507.6	1400	TATTAGTTCCCTTGAAGATCGAAACTATATGTCTCAAAGATTGCAAAGAC	1351

  CT030245.8	651	TATTTCGCTACCATTGCAATCCTTGTCTAAATTCACTTGTTCGAATATCA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT962507.6	1350	TATTTCGCTACCATTGCAATCCTTGTCTAAATTCACTTGTTCGAATATCA	1301

  CT030245.8	701	AACCTCCACTTTCGTTTTATGAATTGATATTTGAGATGATGGATAAACAA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT962507.6	1300	AACCTCCACTTTCGTTTTATGAATTGATATTTGAGATGATGGATAAACAA	1251

  CT030245.8	751	TTATCAAACCCTCCACTTTCATTTCCACAGTTTGATAATGGTTGATCCAT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT962507.6	1250	TTATCAAACCCTCCACTTTCATTTCCACAGTTTGATAATGGTTGATCCAT	1201

  CT030245.8	801	GTTAAAGCGGTGAATTTAGATAAGCAATTAGGGTTACATAAGATTAAGGC	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT962507.6	1200	GTTAAAGCGGTGAATTTAGATAAGCAATTAGGGTTACATAAGATTAAGGC	1151

  CT030245.8	851	TTAGAGCTTGGCTTGATTAGGATTATGTCATTTAGACTTATCCAACAATC	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT962507.6	1150	TTAGAGCTTGGCTTGATTAGGATTATGTCATTTAGACTTATCCAACAATC	1101

  CT030245.8	901	CCAAGACAAGGAGAAGTCTACTCACTCATGTTCATCGTAGACATGGGGAA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT962507.6	1100	CCAAGACAAGGAGAAGTCTACTCACTCATGTTCATCGTAGACATGGGGAA	1051

  CT030245.8	951	GAAGAGAGAAAGCATAAAAGTAAATGACAAGAAAGTAAAGGAAAAGAAAA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT962507.6	1050	GAAGAGAGAAAGCATAAAAGTAAATGACAAGAAAGTAAAGGAAAAGAAAA	1001

  CT030245.8	1001	GAACTTTTATTAGAAAAGCAATTGTCACTTATTGAATTCCAAGAAAAGAT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT962507.6	1000	GAACTTTTATTAGAAAAGCAATTGTCACTTATTGAATTCCAAGAAAAGAT	951

  CT030245.8	1051	GAATATTCGTGATGGCTAGCTACTCTATTTATAGTTTACATTCGACTTAA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT962507.6	950	GAATATTCGTGATGGCTAGCTACTCTATTTATAGTTTACATTCGACTTAA	901

  CT030245.8	1101	AATCTAAGCAATCACTAGAATGTTCCACAAGTAAACTAAAACAGAGTAGC	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT962507.6	900	AATCTAAGCAATCACTAGAATGTTCCACAAGTAAACTAAAACAGAGTAGC	851

  CT030245.8	1151	TTAAAATCTAAGCAAAAGCAGCAAAAGCGATTCTGGAGGGTGGCACGGCC	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT962507.6	850	TTAAAATCTAAGCAAAAGCAGCAAAAGCGATTCTGGAGGGTGGCACGGCC	801

  CT030245.8	1201	GTGCCAATGCTGGCACGGGCCGTGCCAAGCTTCTGACTTTGGGGAGACAT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT962507.6	800	GTGCCAATGCTGGCACGGGCCGTGCCAAGCTTCTGACTTTGGGGAGACAT	751

  CT030245.8	1251	ATTTTGTCTCCAAATCTTCCTATTTTTGTACCGAATCAGCTCCAAATCCC	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT962507.6	750	ATTTTGTCTCCAAATCTTCCTATTTTTGTACCGAATCAGCTCCAAATCCC	701

  CT030245.8	1301	TTTCTTTTGCTCCAAGACTCAATCCATCAAATATTCTTTCCTGAAATATA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT962507.6	700	TTTCTTTTGCTCCAAGACTCAATCCATCAAATATTCTTTCCTGAAATATA	651

  CT030245.8	1351	ATAAAATGCAATTTGTAGTAAACTATCTTAAAAAGGAAATAATACTAATA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT962507.6	650	ATAAAATGCAATTTGTAGTAAACTATCTTAAAAAGGAAATAATACTAATA	601

  CT030245.8	1401	TAAAATAAAATAAAATCTAATTAAAACTAAACTAAATAGCATATAAAAAT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT962507.6	600	TAAAATAAAATAAAATCTAATTAAAACTAAACTAAATAGCATATAAAAAT	551

  CT030245.8	1451	AGGTATTAAATGACTCATCAGGTGCGTTCATGAAATACATGGTTAGCTGC	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT962507.6	550	AGGTATTAAATGACTCATCAGGTGCGTTCATGAAATACATGGTTAGCTGC	501

  CT030245.8	1501	TATATGTAAAGCGCTTTCAAATATCTCAAAACCCTTAAGGCAGCAACATG	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT962507.6	500	TATATGTAAAGCGCTTTCAAATATCTCAAAACCCTTAAGGCAGCAACATG	451

  CT030245.8	1551	ATGAGTATGAGTAGGAGCAGATAGAAATTGACTCAATTGTTGTGTGATAT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT962507.6	450	ATGAGTATGAGTAGGAGCAGATAGAAATTGACTCAATTGTTGTGTGATAT	401

  CT030245.8	1601	AGGTGATGTCTGGTCTGGTGATATTTAGGTAGAGTAATCTACCAATCAGC	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT962507.6	400	AGGTGATGTCTGGTCTGGTGATATTTAGGTAGAGTAATCTACCAATCAGC	351

  CT030245.8	1651	CTTCTATAGGAAGAAATGTCTTCATAGGGTAAGGCACCATCCTTGTGTAA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT962507.6	350	CTTCTATAGGAAGAAATGTCTTCATAGGGTAAGGCACCATCCTTGTGTAA	301

  CT030245.8	1701	CTTGATAGAGGGGTCAGAAGGAAAGGATGCAGGTTTAGAACCAATGGCAC	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT962507.6	300	CTTGATAGAGGGGTCAGAAGGAAAGGATGCAGGTTTAGAACCAATGGCAC	251

  CT030245.8	1751	CTGAATATGCAAGCAAATCTAAGTAGTATGCAAGCAAATCTAAGCAGTAT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT962507.6	250	CTGAATATGCAAGCAAATCTAAGTAGTATGCAAGCAAATCTAAGCAGTAT	201

  CT030245.8	1801	TTCTTCTGACAAAGAGAGATACCAAGATGGGAATGTGAAACTTTTTATCG	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT962507.6	200	TTCTTCTGACAAAGAGAGATACCAAGATGGGAATGTGAAACTTTTTATCG	151

  CT030245.8	1851	AGAAAATTTTTGGTTCAATTTTTTTAAGTATTACACAATATATAATGGCC	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT962507.6	150	AGAAAATTTTTGGTTCAATTTTTTTAAGTATTACACAATATATAATGGCC	101

  CT030245.8	1901	AGACAATTAAACGTAGTAGAACAGTGGACACACGAACACTAACATGTTAT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT962507.6	100	AGACAATTAAACGTAGTAGAACAGTGGACACACGAACACTAACATGTTAT	51

  CT030245.8	1951	CTTTCCACTAGTAGTAAGAGAGTCAATAAAATGATCTTCTGAATGTTATA	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT962507.6	50	CTTTCCACTAGTAGTAAGAGAGTCAATAAAATGATCTTCTGAATGTTATA	1

Overview

Query
CT030245.8 - 128436 bps
Hit
CT962507.6 - 59684 bps
Total alignments
54
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001880200012000112000-1
295.69704883588147011393614797-1
391.9112317336013773117806179811
487.4725043942544692118786192241
576.779296210962139113385234147-1
678.26102299210962139414372044018-1
782.816011379215492292713232933718-1
885.6114382675215492422314090443592-1
981.847851867223532421915781159684-1
1086.27272481242222470214032740807-1
1180.75277691242252491515701957707-1
1285.29158306246492495414014840449-1
1387.98159258246602491712888729142-1
1487.56381691339293461914831049037-1
1595.568471125347253584914720048308-1
1691.04511826349933581815039851213-1
1795.0481121358863600614708647205-1
1886.698681675423654403911349415142-1
1989.04534885427174360115311413-1
2089.064364440514411411340213465-1
2188.63358598440514464811295413553-1
2285.925941236486784991311393615141-1
2388.71526886490294991415301413-1
2482.898022250166503871713773541
2592.1131190544155460414971749905-1
2681.381945216805168571131475320051
2778.8428010879615397239131262323281
2887.91394769984559922314407944817-1
2990.66233407992539965915005650456-1
3094.22224329993299965714686547194-1
3195.3780108997749988114671246817-1
3290.1137563710284510348114927849885-1
3393.0637151910304910356714586746387-1
34100303510356210359614440144435-1
3594.339914110359710373714424944382-1
3672.295343310387210430413385234296-1
3785.811201219310459510678714124943468-1
3886.91614106210478310584413232833386-1
3981.51622151910526910678715815159684-1
4086.1447785910679710765514032741185-1
4179.44393109410680110789415699258083-1
4278.418327810737910765612903029307-1
4389.9618426910760310787114018040448-1
4483.34399010761210770115725357342-1
4584.9213627210761310788412887229142-1
4693.811166163210818110981213840340059-1
4796.81769411000811010113813938232-1
4897.7155161211325211386313246233073-1
4982.9326257411325211382514237342946-1
5084.9521341211342511383615927359684-1
5197.8613014011961711975613232832467-1
5289.021989325811975112300812779731040-1
5376.5117367712072112139714057841250-1
5497.531764197812300812498512170223683-1
Short-link