<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CT967304.5	1	AAGCTTTGAAGTGGGTGTTAAGGTACTTGAATGGATCTTTGAAGGGCGGT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT962506.16	83704	AAGCTTTGAAGTGGGTGTTAAGGTACTTGAATGGATCTTTGAAGGGCGGT	83753

CT967304.5	51	TTGAAGTACACAAGAGCAGATCGAGATGAAGACGCTTTGGAGGGGTATGT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT962506.16	83754	TTGAAGTACACAAGAGCAGATCGAGATGAAGACGCTTTGGAGGGGTATGT	83803

CT967304.5	101	AGATGCGGACTATGCGGGCAATGTGGACACAAGAAAATCCTTATCGGGTT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT962506.16	83804	AGATGCGGACTATGCGGGCAATGTGGACACAAGAAAATCCTTATCGGGTT	83853

CT967304.5	151	TTGTGTTTACTCTTTATGACAAGGCTATTAGTTGGAAGGCAAATCAACAA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT962506.16	83854	TTGTGTTTACTCTTTATGACAAGGCTATTAGTTGGAAGGCAAATCAACAA	83903

CT967304.5	201	TCCGTGGTGGCATTATCTACCACTCAAGCGAAGTACATTGCACTTGTTGA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT962506.16	83904	TCCGTGGTGGCATTATCTACCACTCAAGCGAAGTACATTGCACTTGTTGA	83953

CT967304.5	251	AGGAGTGAAAGAGGCCATATTGTTGAAAGGGATGATTGGTGAGTTAGGAA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT962506.16	83954	AGGAGTGAAAGAGGCCATATTGTTGAAAGGGATGATTGGTGAGTTAGGAA	84003

CT967304.5	301	TTACTTAAGAATGTGTGAAGATACATTGTGATAGTCAAAGTGTCATTCAC	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT962506.16	84004	TTACTTAAGAATGTGTGAAGATACATTGTGATAGTCAAAGTGTCATTCAC	84053

CT967304.5	351	TTGGCGAATCATAAAGTGTATCATGAGAGGACAAAGCACATTGACATTCG	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT962506.16	84054	TTGGCGAATCATAAAGTGTATCATGAGAGGACAAAGCACATTGACATTCG	84103

CT967304.5	401	CTTGCACTTTGTTAGAGACATGATTGAATCAAAAGAGATTGTGGTGGAAA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT962506.16	84104	CTTGCACTTTGTTAGAGACATGATTGAATCAAAAGAGATTGTGGTGGAAA	84153

CT967304.5	451	AAGTGGCATCGGAAGAGAATCCGGCGAATGTGTTTACCAAGTCATTGCCT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT962506.16	84154	AAGTGGCATCGGAAGAGAATCCGGCGAATGTGTTTACCAAGTCATTGCCT	84203

CT967304.5	501	AGATCAAGGTTCAAGCATTGCTTGGACTTGATCAAGTTTGTTGAAGAGTA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT962506.16	84204	AGATCAAGGTTCAAGCATTGCTTGGACTTGATCAAGTTTGTTGAAGAGTA	84253

CT967304.5	551	ATTCCCTTTTGGAGAGAGCAGCATGGTGGTTGATGGTTAAACTGACATCA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT962506.16	84254	ATTCCCTTTTGGAGAGAGCAGCATGGTGGTTGATGGTTAAACTGACATCA	84303

CT967304.5	601	TCACCACATTAGAAGTCAAGGTGGAGAAATGTTGTAATTGACTTTAAATT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT962506.16	84304	TCACCACATTAGAAGTCAAGGTGGAGAAATGTTGTAATTGACTTTAAATT	84353

CT967304.5	651	AGTGATTCTGCAAAAACCAAAATCATGGCGCGATTTTGGGAGCCGTGACG	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT962506.16	84354	AGTGATTCTGCAAAAACCAAAATCATGGCGCGATTTTGGGAGCCGTGACG	84403

CT967304.5	701	CGATTTTTCTTGGCAGAATGGATGTTTTTACTGAAGGAAAATCGTGGCGC	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT962506.16	84404	CGATTTTTCTTGGCAGAATGGATGTTTTTACTGAAGGAAAATCGTGGCGC	84453

CT967304.5	751	GATTTTTGGATAAGGTCATTGTACCTTGGGTCGTACATTTAAATCGTGGC	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT962506.16	84454	GATTTTTGGATAAGGTCATTGTACCTTGGGTCGTACATTTAAATCGTGGC	84503

CT967304.5	801	ATGATTTTAACAGGCGTGACGCGATTTTGTCTGTCACTGTGTACTATATA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT962506.16	84504	ATGATTTTAACAGGCGTGACGCGATTTTGTCTGTCACTGTGTACTATATA	84553

CT967304.5	851	AGTGTTTCTTTGCAGATTTTGAAGGAGAGGTTTTAGAGAGAGAAACTTGG	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT962506.16	84554	AGTGTTTCTTTGCAGATTTTGAAGGAGAGGTTTTAGAGAGAGAAACTTGG	84603

CT967304.5	901	ATTACAAAGGAGGTAACTTTAGGGTTGAGTGTCATTGTAGTGAGGTTCTC	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT962506.16	84604	ATTACAAAGGAGGTAACTTTAGGGTTGAGTGTCATTGTAGTGAGGTTCTC	84653

CT967304.5	951	TTGAGTTGGGAAACATTGTAAACACCTTGGGTAGTGAGATTTCACCATTG	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT962506.16	84654	TTGAGTTGGGAAACATTGTAAACACCTTGGGTAGTGAGATTTCACCATTG	84703

CT967304.5	1001	GAATGAACAAAAGCTTCCTTTTGTATTTTCTCTTAGGGTTCATATTGTGA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT962506.16	84704	GAATGAACAAAAGCTTCCTTTTGTATTTTCTCTTAGGGTTCATATTGTGA	84753

CT967304.5	1051	GAGTGGGTGACACAAATGGGTAGAAATTAGGACTTGTTCTTGTGTAAGCT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT962506.16	84754	GAGTGGGTGACACAAATGGGTAGAAATTAGGACTTGTTCTTGTGTAAGCT	84803

CT967304.5	1101	TGCAAGCTAATTTTCTTGTAACTCTTTGTAACACTTTCATCATAGTGGAT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT962506.16	84804	TGCAAGCTAATTTTCTTGTAACTCTTTGTAACACTTTCATCATAGTGGAT	84853

CT967304.5	1151	TGGAGAGCTGCTCTCTCCCCCATATTAGGTCATATTGGACCTAACCGGGT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT962506.16	84854	TGGAGAGCTGCTCTCTCCCCCATATTAGGTCATATTGGACCTAACCGGGT	84903

CT967304.5	1201	CAACAATCTTGGTGTGTTTGTTCCTTTCTTTCATTGCTTATCTCTATTGC	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT962506.16	84904	CAACAATCTTGGTGTGTTTGTTCCTTTCTTTCATTGCTTATCTCTATTGC	84953

CT967304.5	1251	TTTGATTATGCTTGTGATGCTACTCTACACTTAGATTTAGGTCTGTTTTG	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT962506.16	84954	TTTGATTATGCTTGTGATGCTACTCTACACTTAGATTTAGGTCTGTTTTG	85003

CT967304.5	1301	TTGTTGTTGCTTGGAGACACTTTTTCTATTGATTACCACTTCCTTTGCTC	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT962506.16	85004	TTGTTGTTGCTTGGAGACACTTTTTCTATTGATTACCACTTCCTTTGCTC	85053

CT967304.5	1351	CACACATCGTTGTTTTTCATTGGTGTGATTTTGTCCGAATTCACAACAAT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT962506.16	85054	CACACATCGTTGTTTTTCATTGGTGTGATTTTGTCCGAATTCACAACAAT	85103

CT967304.5	1401	AAGTGTATAGTCATGCATGATCTTGTCAATGATTTGGCAAAATCAGTGTC	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT962506.16	85104	AAGTGTATAGTCATGCATGATCTTGTCAATGATTTGGCAAAATCAGTGTC	85153

CT967304.5	1451	CCATGAGTTTTGCTTACAAATTGAGGGTGATAGTCTGCAAGATATAATTG	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT962506.16	85154	CCATGAGTTTTGCTTACAAATTGAGGGTGATAGTCTGCAAGATATAATTG	85203

CT967304.5	1501	AAAGAACACGTCATATTTGTTGCTATCTTGATTGGGAAGATGGTGCGAGA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT962506.16	85204	AAAGAACACGTCATATTTGTTGCTATCTTGATTGGGAAGATGGTGCGAGA	85253

CT967304.5	1551	GTATTGAATCACATTTCTAATATTAAGGGATTACGCAGCTTCTTGGTAGT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT962506.16	85254	GTATTGAATCACATTTCTAATATTAAGGGATTACGCAGCTTCTTGGTAGT	85303

CT967304.5	1601	ACCGCTACCACGAGGCTATCATTACAAATGCTTCATGATAAGCAACAATT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT962506.16	85304	ACCGCTACCACGAGGCTATCATTACAAATGCTTCATGATAAGCAACAATT	85353

CT967304.5	1651	TGCAAAGTGATCTATTTTCGAAACTAAAATATTTGCGGATGTTGTCGTTA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT962506.16	85354	TGCAAAGTGATCTATTTTCGAAACTAAAATATTTGCGGATGTTGTCGTTA	85403

CT967304.5	1701	TGTGGTTGTGAACTCAGAGAGCTATCAAGTGAGATAGGAAATCTAAAGCT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT962506.16	85404	TGTGGTTGTGAACTCAGAGAGCTATCAAGTGAGATAGGAAATCTAAAGCT	85453

CT967304.5	1751	TTTGCGCTATCTAAACCTGGCTGGAACATTAACTCAAAGGTTTCCTGACT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT962506.16	85454	TTTGCGCTATCTAAACCTGGCTGGAACATTAACTCAAAGGTTTCCTGACT	85503

CT967304.5	1801	CAATTTGTAAGCTGTACAAATTAGAGACACTGATACTGGAAGGCTGTTAT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT962506.16	85504	CAATTTGTAAGCTGTACAAATTAGAGACACTGATACTGGAAGGCTGTTAT	85553

CT967304.5	1851	TATTTGACTACACTCCCTTCAAAGTTTTACAAACTTGTTAGTTTACGCCA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT962506.16	85554	TATTTGACTACACTCCCTTCAAAGTTTTACAAACTTGTTAGTTTACGCCA	85603

CT967304.5	1901	TCTTAATCTTAAAGGCTGTCATATAAAGAAAATGCCAAAGCAGATGGGGA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT962506.16	85604	TCTTAATCTTAAAGGCTGTCATATAAAGAAAATGCCAAAGCAGATGGGGA	85653

CT967304.5	1951	GTCTAAACCATCTTCAAACACTGAGTCATTTTGTTGTGGGAGAGGAGAAG	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT962506.16	85654	GTCTAAACCATCTTCAAACACTGAGTCATTTTGTTGTGGGAGAGGAGAAG	85703

Overview

Query
CT967304.5 - 89946 bps
Hit
CT962506.16 - 85703 bps
Total alignments
22
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001949200012000183704857031
293.867389673535036316-119771
395.95717868160291689611129771
496.1724875218512272511129831
585.63163930428656389604-111543145841
6885739225673557656113236141601
774.991479024744748348113649145521
892.861642105765157860114375145841
992.471381995830558503115028152261
1088.915318516490765757115851166981
1173.4220714068661588020-119774211761
1280.152917854744548229120297210871
1384.7157811604719948358-123443246131
1482.691683874692647312-124221246131
1580.821433854706347447-124221246111
1673.7920512624455045811-125638268961
1782.691683874692647312171276716681
1884.2250510314719948229171276723211
1980.821433854706347447171278716681
2082.912224874786048346172324728031
2185.062415105448254991178652791731
2283.882725774570446280185114856961
Short-link