<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CT868738.21	1	ACTCATTAAAATTGAATTGGTGGTCAAATGAGTAAGACCTCTATACTGTT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT962503.6	114152	ACTCATTAAAATTGAATTGGTGGTCAAATGAGTAAGACCTCTATACTGTT	114201

CT868738.21	51	ATTTAATTATTCAATCGATTGAATTATCTTTATCTTTATTATAGACATTT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT962503.6	114202	ATTTAATTATTCAATCGATTGAATTATCTTTATCTTTATTATAGACATTT	114251

CT868738.21	101	ACTTTGCAAGAAATGAAAAGTACAAGTGGTGGATCATTTACCTTGCAAGA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT962503.6	114252	ACTTTGCAAGAAATGAAAAGTACAAGTGGTGGATCATTTACCTTGCAAGA	114301

CT868738.21	151	AAATGAAAAATACGCGTGGCAGGACATTTGCTTACTATCATGAATTGCTT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT962503.6	114302	AAATGAAAAATACGCGTGGCAGGACATTTGCTTACTATCATGAATTGCTT	114351

CT868738.21	201	AAATTAATTAAAAGTGTTCATGTGAAAATTTGCATTTTGAAACTTACTAA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT962503.6	114352	AAATTAATTAAAAGTGTTCATGTGAAAATTTGCATTTTGAAACTTACTAA	114401

CT868738.21	251	CAACACAATCAGACTATAACAAAAGCGTATTTCAATGAATTAAATTAAAC	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT962503.6	114402	CAACACAATCAGACTATAACAAAAGCGTATTTCAATGAATTAAATTAAAC	114451

CT868738.21	301	AGATTAAATTTATGAGTTTCTTTTTAAATTCAAAAAAATAATATAAACGA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT962503.6	114452	AGATTAAATTTATGAGTTTCTTTTTAAATTCAAAAAAATAATATAAACGA	114501

CT868738.21	351	CCACATATATCATTAATCAATAGCATGTCTACTACAATTCTTATGCTATG	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT962503.6	114502	CCACATATATCATTAATCAATAGCATGTCTACTACAATTCTTATGCTATG	114551

CT868738.21	401	TTTTTCTATAGATGCTAAATATATTATATATACTAATATGTTTTAACTAT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT962503.6	114552	TTTTTCTATAGATGCTAAATATATTATATATACTAATATGTTTTAACTAT	114601

CT868738.21	451	TCTTTCACTCAATATTTCATTCTTTATGGGTGACAACTAGGGTACTCATG	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT962503.6	114602	TCTTTCACTCAATATTTCATTCTTTATGGGTGACAACTAGGGTACTCATG	114651

CT868738.21	501	GAAGAATGGTGGATAATTTACCCCAACCAATAGACATTATAGTCACATAA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT962503.6	114652	GAAGAATGGTGGATAATTTACCCCAACCAATAGACATTATAGTCACATAA	114701

CT868738.21	551	GCATATTTTTAAGTGGTATCCATGAACTATCTTGACCCCACAAACAAATT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT962503.6	114702	GCATATTTTTAAGTGGTATCCATGAACTATCTTGACCCCACAAACAAATT	114751

CT868738.21	601	GCTCATTTAATTTTCATTGGTTGGTGGGTAAATTACCCACCATTCTTCAA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT962503.6	114752	GCTCATTTAATTTTCATTGGTTGGTGGGTAAATTACCCACCATTCTTCAA	114801

CT868738.21	651	AGGTAATCTAGAAAAAACCTTATTCATGTCATTATGGAAGAAATTATATT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT962503.6	114802	AGGTAATCTAGAAAAAACCTTATTCATGTCATTATGGAAGAAATTATATT	114851

CT868738.21	701	CGGGCTAAAATGAGTTGAATTAATCTAGGGATGTCAATGGGTTTCCATGG	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT962503.6	114852	CGGGCTAAAATGAGTTGAATTAATCTAGGGATGTCAATGGGTTTCCATGG	114901

CT868738.21	751	ATACGGGTAGTATGATATCCTTCCCCGTCCCCGTACCCGTGTGGCTATAT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT962503.6	114902	ATACGGGTAGTATGATATCCTTCCCCGTCCCCGTACCCGTGTGGCTATAT	114951

CT868738.21	801	CTATACGGATAATCCATGGGTATTTAGATACCCTCGGATATTCACGGGTA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT962503.6	114952	CTATACGGATAATCCATGGGTATTTAGATACCCTCGGATATTCACGGGTA	115001

CT868738.21	851	ACCATTGATTTTTGAATTTTTTTATTTTTTTTTACAAAGAAAAATACCTT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT962503.6	115002	ACCATTGATTTTTGAATTTTTTTATTTTTTTTTACAAAGAAAAATACCTT	115051

CT868738.21	901	TTTAATTACCTACAAACTTCACCTTTTAAAGATCCATACATAACATATGC	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT962503.6	115052	TTTAATTACCTACAAACTTCACCTTTTAAAGATCCATACATAACATATGC	115101

CT868738.21	951	TATTCAAATTTCATAATCTATACCATAATCCAACAAAATTCATGATTCTT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT962503.6	115102	TATTCAAATTTCATAATCTATACCATAATCCAACAAAATTCATGATTCTT	115151

CT868738.21	1001	ACATAATCCCAAGCAAATTCATCATACCATCATGCATACGATTCTTACAA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT962503.6	115152	ACATAATCCCAAGCAAATTCATCATACCATCATGCATACGATTCTTACAA	115201

CT868738.21	1051	AATCCATACAAATTCTTGAAGTAAAATAAAAGGATAAAAACATCCACATC	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT962503.6	115202	AATCCATACAAATTCTTGAAGTAAAATAAAAGGATAAAAACATCCACATC	115251

CT868738.21	1101	CAAATAAACAACTAAAAAGCATTAAAACCTCCAAATAAAAGCTAAAAAAG	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT962503.6	115252	CAAATAAACAACTAAAAAGCATTAAAACCTCCAAATAAAAGCTAAAAAAG	115301

CT868738.21	1151	ACTAAAATCAAAATAAACATCCAATCAGAGGGATACCCGCGGGAATCAGA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT962503.6	115302	ACTAAAATCAAAATAAACATCCAATCAGAGGGATACCCGCGGGAATCAGA	115351

CT868738.21	1201	TTGCATCTTCAACCCAAACAAACAAGGGAAATTTGGTTCAATTATATAAA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT962503.6	115352	TTGCATCTTCAACCCAAACAAACAAGGGAAATTTGGTTCAATTATATAAA	115401

CT868738.21	1251	ATACAATATACAAAATATACGATACGTTGTGGCAAAATTGGTGTTTTATA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT962503.6	115402	ATACAATATACAAAATATACGATACGTTGTGGCAAAATTGGTGTTTTATA	115451

CT868738.21	1301	CAAATTAAATCATTGTAATCCTTATATCTAATCCTAGCTAACCTCCAAAC	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT962503.6	115452	CAAATTAAATCATTGTAATCCTTATATCTAATCCTAGCTAACCTCCAAAC	115501

CT868738.21	1351	CCTAATTCCAACCCTAAACCTAAAAACAATTGGCGCCCCCCATTTGAAGT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT962503.6	115502	CCTAATTCCAACCCTAAACCTAAAAACAATTGGCGCCCCCCATTTGAAGT	115551

CT868738.21	1401	TCAAATTTGAAATCTCTTTCTATCTTTCGTGCACATCTAATGATGTTTTA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT962503.6	115552	TCAAATTTGAAATCTCTTTCTATCTTTCGTGCACATCTAATGATGTTTTA	115601

CT868738.21	1451	TTTCCTATGCATCCCACGACCTATCATCTTCTTTTGGTTAATCTCTCTTC	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT962503.6	115602	TTTCCTATGCATCCCACGACCTATCATCTTCTTTTGGTTAATCTCTCTTC	115651

CT868738.21	1501	CCTCATTTCCTCTAATTTCCCGTCGGCCTTTTTTTTTTTTGGTTCATCTC	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT962503.6	115652	CCTCATTTCCTCTAATTTCCCGTCGGCCTTTTTTTTTTTTGGTTCATCTC	115701

CT868738.21	1551	TCTTCTTTTCCAGCACTGCTTTCTCTCTTCACCCCTCTCTCTATCTCCCT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT962503.6	115702	TCTTCTTTTCCAGCACTGCTTTCTCTCTTCACCCCTCTCTCTATCTCCCT	115751

CT868738.21	1601	CCCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCATGAATCAGAAAT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT962503.6	115752	CCCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCATGAATCAGAAAT	115801

CT868738.21	1651	CAACCACCTCCTTCCCTCATCTCACCATCTCCTCTATCTTGTTGAGTGAA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT962503.6	115802	CAACCACCTCCTTCCCTCATCTCACCATCTCCTCTATCTTGTTGAGTGAA	115851

CT868738.21	1701	CATGAAATTTTGATTCGAAAACTTTTGCGCTGGCAGATTCAGCGGTGTGT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT962503.6	115852	CATGAAATTTTGATTCGAAAACTTTTGCGCTGGCAGATTCAGCGGTGTGT	115901

CT868738.21	1751	GCGTATTCATGGAATCATTTTTAGATGAATGTATGCCATGGCTAAGGTTA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT962503.6	115902	GCGTATTCATGGAATCATTTTTAGATGAATGTATGCCATGGCTAAGGTTA	115951

CT868738.21	1801	CCTTCATTTCCTAATTGATGTTGGGATTTCGTCGAATTCGACTTATAGAG	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT962503.6	115952	CCTTCATTTCCTAATTGATGTTGGGATTTCGTCGAATTCGACTTATAGAG	116001

CT868738.21	1851	AATGTCAGGTGTGTACTTGAATTGAATTGTGTGGCCTCTTCATACCTTCT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT962503.6	116002	AATGTCAGGTGTGTACTTGAATTGAATTGTGTGGCCTCTTCATACCTTCT	116051

CT868738.21	1901	TTACTTCATCTCTCTTTCTTTGTATTCAACACTGATTGTGATAGGTTGGT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT962503.6	116052	TTACTTCATCTCTCTTTCTTTGTATTCAACACTGATTGTGATAGGTTGGT	116101

CT868738.21	1951	TTTGTTCTTCCTTAATTTTTAAATTTTAGGGTTTCTTGATTTACAAGCTT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT962503.6	116102	TTTGTTCTTCCTTAATTTTTAAATTTTAGGGTTTCTTGATTTACAAGCTT	116151

Overview

Query
CT868738.21 - 85231 bps
Hit
CT962503.6 - 116151 bps
Total alignments
22
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100189620001200011141521161511
294.424475884151942106-114499150901
394.424475885676057347-114499150901
492.139136123184244954766-116851291471
592.62234331425734860489-116935200911
693.68725291622942138582-120086292631
788.1778613192858429902-128671299881
890.0990813914151942909-128794301961
994.254445885676057347-129605301961
1097.25112712901963020919-164704659751
1196.16519361206318369302-164705707821
1298.888308942453225425-170777716701
1393.84856594144842106173243739031
1493.84856595668957347173243739031
1597.6201822641963021893-173904761531
1696.78110712896801469302-174879761531
1798.97540457961963025425191187969641
1896.69110412896801469302191187924571
1996.35210609963183692811969591030181
2096.810911268196302089711017711030171
2192.366999768389936411045551055211
2292.647009628403936411131291140801
Short-link