<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU062497.13	1	TGTGTTAACTTTAATATATAAGAAGATTATAAGGATTTTTTTAAGGGTAA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT962502.11	107803	TGTGTTAACTTTAATATATAAGAAGATTATAAGGATTTTTTTAAGGGTAA	107852

CU062497.13	51	ATTGCACCCACCTCCCTTGAGGTTTATTCAAATGTAACTCACACCCCCTC	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT962502.11	107853	ATTGCACCCACCTCCCTTGAGGTTTATTCAAATGTAACTCACACCCCCTC	107902

CU062497.13	101	TAGTTTTAAAATAAACATTAAGCTCCCTTAAATTTTTCTAAAATGAACAA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT962502.11	107903	TAGTTTTAAAATAAACATTAAGCTCCCTTAAATTTTTCTAAAATGAACAA	107952

CU062497.13	151	ATACCTCCCTTCATCCCTTAACACTGTGTGCACCGTTAAACCCTATTTTT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT962502.11	107953	ATACCTCCCTTCATCCCTTAACACTGTGTGCACCGTTAAACCCTATTTTT	108002

CU062497.13	201	CTTAGGAAAACTGCTAAATTTCTTTGGTTCTCTTGCTAATCACACTTTCA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT962502.11	108003	CTTAGGAAAACTGCTAAATTTCTTTGGTTCTCTTGCTAATCACACTTTCA	108052

CU062497.13	251	TCTCAAAGTTCTTTCACGTGGCACCTCGCTTAGGGTGTCACGTCAACGTT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT962502.11	108053	TCTCAAAGTTCTTTCACGTGGCACCTCGCTTAGGGTGTCACGTCAACGTT	108102

CU062497.13	301	GATCGAGTCAACAATGGACTGGAGGTCCAAAATTGCCAAAGAATTAAAAC	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT962502.11	108103	GATCGAGTCAACAATGGACTGGAGGTCCAAAATTGCCAAAGAATTAAAAC	108152

CU062497.13	351	ATAGGGGGCTGTTTTGTATTTAAATTAGTTAGGGGTCCATAACCACAACT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT962502.11	108153	ATAGGGGGCTGTTTTGTATTTAAATTAGTTAGGGGTCCATAACCACAACT	108202

CU062497.13	401	TTTGGAGAGATAGGGGTCCAAAAGTGCAATTAAGCCAAAAAAAAAACTCA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT962502.11	108203	TTTGGAGAGATAGGGGTCCAAAAGTGCAATTAAGCCAAAAAAAAAACTCA	108252

CU062497.13	451	ACCTTATATATGTCCAAGTAAAATAAGTAAATATTTTTAAATAGAAAGAA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT962502.11	108253	ACCTTATATATGTCCAAGTAAAATAAGTAAATATTTTTAAATAGAAAGAA	108302

CU062497.13	501	AAACTGATATAAAATGAAATTATATCTATACCTTATATAAATATTTTTTT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT962502.11	108303	AAACTGATATAAAATGAAATTATATCTATACCTTATATAAATATTTTTTT	108352

CU062497.13	551	TTTTATTTTTATTAAAAAAAATATGTTGTTTGACAATTAAAATAGTTGTT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT962502.11	108353	TTTTATTTTTATTAAAAAAAATATGTTGTTTGACAATTAAAATAGTTGTT	108402

CU062497.13	601	AAATAACATTTCTCGTTGTCTTATAATAGACATAAGAGGACGTACTAATT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT962502.11	108403	AAATAACATTTCTCGTTGTCTTATAATAGACATAAGAGGACGTACTAATT	108452

CU062497.13	651	TGTCATTCATTATGATATATTTAGTGGCCAACAAGATTGATATACTCTTG	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT962502.11	108453	TGTCATTCATTATGATATATTTAGTGGCCAACAAGATTGATATACTCTTG	108502

CU062497.13	701	CTATATGATGTTTTGCATGCTCGTAATAGTATTGAATTCTTTACTCATTT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT962502.11	108503	CTATATGATGTTTTGCATGCTCGTAATAGTATTGAATTCTTTACTCATTT	108552

CU062497.13	751	TTTTAAGAAGTTAAAATGAAATATATTTGAGTCAACTAGAAGTCATATCC	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT962502.11	108553	TTTTAAGAAGTTAAAATGAAATATATTTGAGTCAACTAGAAGTCATATCC	108602

CU062497.13	801	AACACATGGAGTAAAGGATAGGATCCCAAACTAATTATGTACCTAATTCA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT962502.11	108603	AACACATGGAGTAAAGGATAGGATCCCAAACTAATTATGTACCTAATTCA	108652

CU062497.13	851	GGAAGTGTGTTTAGGTGTATTTAGAAGAGATTTCTCAAGATAATGGTGAG	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT962502.11	108653	GGAAGTGTGTTTAGGTGTATTTAGAAGAGATTTCTCAAGATAATGGTGAG	108702

CU062497.13	901	TCTGAAACGTCAATTAGATAAAGAAGTAAAAGGTGAAGCCAAGAGAGATA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT962502.11	108703	TCTGAAACGTCAATTAGATAAAGAAGTAAAAGGTGAAGCCAAGAGAGATA	108752

CU062497.13	951	TAAATGAATAGTACATGAAAAATTGACAAAGACGAGAGTAATTTCTGAGG	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT962502.11	108753	TAAATGAATAGTACATGAAAAATTGACAAAGACGAGAGTAATTTCTGAGG	108802

CU062497.13	1001	GTAATTAAAGAGTTTAACGTTGTAAGTTAATGAAGAGGGTATAAACAAGA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT962502.11	108803	GTAATTAAAGAGTTTAACGTTGTAAGTTAATGAAGAGGGTATAAACAAGA	108852

CU062497.13	1051	ATAAACTAAGAATACAGTAATAATAGTTTACGATGATTGATGGTATTAAA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT962502.11	108853	ATAAACTAAGAATACAGTAATAATAGTTTACGATGATTGATGGTATTAAA	108902

CU062497.13	1101	GGTGATTGAAAGTATGAAGATAGCCTTAAAATATAAAGAAGTCTTAGTTA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT962502.11	108903	GGTGATTGAAAGTATGAAGATAGCCTTAAAATATAAAGAAGTCTTAGTTA	108952

CU062497.13	1151	TAGAAACAGAGGATATTATATGTAATGATAATTGTGAGGTAAAAACCTTA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT962502.11	108953	TAGAAACAGAGGATATTATATGTAATGATAATTGTGAGGTAAAAACCTTA	109002

CU062497.13	1201	AGCTAGGAACGAAGAATAGGGAATGCCGTTCGAATAAAGGATGTAAATAA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT962502.11	109003	AGCTAGGAACGAAGAATAGGGAATGCCGTTCGAATAAAGGATGTAAATAA	109052

CU062497.13	1251	GAACAGGGAGATGCGAGTTAAAGCAATGGGTAAGGTTAGAGAGGGTAATA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT962502.11	109053	GAACAGGGAGATGCGAGTTAAAGCAATGGGTAAGGTTAGAGAGGGTAATA	109102

CU062497.13	1301	CCGGTGAGGAAAAATATCAAGATACTTAAGGTTAATGAGATGAGACTTTA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT962502.11	109103	CCGGTGAGGAAAAATATCAAGATACTTAAGGTTAATGAGATGAGACTTTA	109152

CU062497.13	1351	ATGGAGTAAATAGTATGGTCACATGATGAGTCTAAAAACATGGGTTAGCT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT962502.11	109153	ATGGAGTAAATAGTATGGTCACATGATGAGTCTAAAAACATGGGTTAGCT	109202

CU062497.13	1401	AAAGGAGTATAAGATGATTATAAGAGAAATTATAGTGGGGGTTGAAGTAA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT962502.11	109203	AAAGGAGTATAAGATGATTATAAGAGAAATTATAGTGGGGGTTGAAGTAA	109252

CU062497.13	1451	TTGACCATAACCAAAGTAATTTCCTTAAGGTAATAAAACTTATGTGATGT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT962502.11	109253	TTGACCATAACCAAAGTAATTTCCTTAAGGTAATAAAACTTATGTGATGT	109302

CU062497.13	1501	GCTTGAATAATACTGTTGTATATGAAATTGATTATTAGTCTGTTTCATAT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT962502.11	109303	GCTTGAATAATACTGTTGTATATGAAATTGATTATTAGTCTGTTTCATAT	109352

CU062497.13	1551	TTCTAATCAACAACTATTGTAATGAGAGAAATCATCAACTTTATTTTCAT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT962502.11	109353	TTCTAATCAACAACTATTGTAATGAGAGAAATCATCAACTTTATTTTCAT	109402

CU062497.13	1601	TAATACCCTTGTTGTTATCTTGCAAATTTCTTCTAAGCTTCTCTTTTACT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT962502.11	109403	TAATACCCTTGTTGTTATCTTGCAAATTTCTTCTAAGCTTCTCTTTTACT	109452

CU062497.13	1651	TCTACTTCTTGTATGTATGATAGAACACTATGACGTCATTTGATTCATGT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT962502.11	109453	TCTACTTCTTGTATGTATGATAGAACACTATGACGTCATTTGATTCATGT	109502

CU062497.13	1701	AGCCGATCCTACTTAGTGGGATAAAGCTTGGTTGTTGTTTCTCTTTTGCT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT962502.11	109503	AGCCGATCCTACTTAGTGGGATAAAGCTTGGTTGTTGTTTCTCTTTTGCT	109552

CU062497.13	1751	TCTTGTAAGAACTTGAATTTTGGAGAGGTGATGACTTTAATCTATGGAAC	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT962502.11	109553	TCTTGTAAGAACTTGAATTTTGGAGAGGTGATGACTTTAATCTATGGAAC	109602

CU062497.13	1801	TCTGCATCAGTTGTCGATTCAAAGCCTTGTTTCCCTGTCTGCTTCTCTAA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT962502.11	109603	TCTGCATCAGTTGTCGATTCAAAGCCTTGTTTCCCTGTCTGCTTCTCTAA	109652

CU062497.13	1851	TATAATTCATCCCAAGCCTTGTTTTATATATTCCCTTTTTTTTTGCTTCC	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT962502.11	109653	TATAATTCATCCCAAGCCTTGTTTTATATATTCCCTTTTTTTTTGCTTCC	109702

CU062497.13	1901	TGTCTTCGTTTTACTGGATTTGTTTTATTGTAAAATCACTGAATTTTGAT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT962502.11	109703	TGTCTTCGTTTTACTGGATTTGTTTTATTGTAAAATCACTGAATTTTGAT	109752

CU062497.13	1951	TGATTTAAGTCACGATTCAGGGAAAGCAGAAAATACGGTGCATGAAGCTT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT962502.11	109753	TGATTTAAGTCACGATTCAGGGAAAGCAGAAAATACGGTGCATGAAGCTT	109802

Overview

Query
CU062497.13 - 54318 bps
Hit
CT962502.11 - 109802 bps
Total alignments
23
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100188820001200011078031098021
296.4950572416324219148215482711
391.433535322226222793157908584321
487.2148912279422884158458585431
584.771843585091151268158850592101
681.831142755200952283159964602381
789.199614855255672-164777649241
874.731046751933920013-166605672691
980792391243312671167030672691
1082.72381111889119001-167624677331
1174.731046751933920013-176552772161
1280792391243312671176977772161
1382.58381101889219001-177571776791
1489.7533355556626216-177736782911
1589.1815329252375528-178272785671
1683.3812332087249043-179191795151
1785.03802012017320373179309795151
1894.03506781778243-179992800581
1987.525048423372820-180110805891
2086.735379674124242208-180822818011
2191.261041671760917775-11078461080051
2296.2341531756717619-11080161080681
2392.96108755662653611084031092751
Short-link