<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CT963131.5	1	AAGCTTGTGAAAGCCTCGCATGCCAATTTATATTCATACTAGCAAACGAA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT962501.4	30606	AAGCTTGTGAAAGCCTCGCATGCCAATTTATATTCATACTAGCAAACGAA	30655

CT963131.5	51	ATACAAATCATAATAACTAGACTTTCCACCCGTGCTGCCGCACGGGTCAT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT962501.4	30656	ATACAAATCATAATAACTAGACTTTCCACCCGTGCTGCCGCACGGGTCAT	30705

CT963131.5	101	ATACATTGTAGATATAGTAGACAAAAACAAATCTCAATGCATATCAAAGA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT962501.4	30706	ATACATTGTAGATATAGTAGACAAAAACAAATCTCAATGCATATCAAAGA	30755

CT963131.5	151	GAATGAAATATGTGGTCCCAAATATATGCAGATGTTGGAATTCGAACCTC	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT962501.4	30756	GAATGAAATATGTGGTCCCAAATATATGCAGATGTTGGAATTCGAACCTC	30805

CT963131.5	201	AGACACCACGCTTATTCACCAAAAAAATATTAATTTTTATCAATCGTGTG	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT962501.4	30806	AGACACCACGCTTATTCACCAAAAAAATATTAATTTTTATCAATCGTGTG	30855

CT963131.5	251	TTACTTCATTCTTTTGTTAAAATTATATGTCAATATTATATTATTGGTAT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT962501.4	30856	TTACTTCATTCTTTTGTTAAAATTATATGTCAATATTATATTATTGGTAT	30905

CT963131.5	301	GTTACTTCATATTTTTCTTTTTTTTTTTTGAAAAAATGTTACTTCATTCT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT962501.4	30906	GTTACTTCATATTTTTCTTTTTTTTTTTTGAAAAAATGTTACTTCATTCT	30955

CT963131.5	351	TTTGTAAAAATTATATGTTAATGTTATATTATGTACCTAAAAATAGTTCA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT962501.4	30956	TTTGTAAAAATTATATGTTAATGTTATATTATGTACCTAAAAATAGTTCA	31005

CT963131.5	401	TTCTTAACCTGAACATGTAAAATGTTTTATTTAAATAATTTTCCTTTTAT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT962501.4	31006	TTCTTAACCTGAACATGTAAAATGTTTTATTTAAATAATTTTCCTTTTAT	31055

CT963131.5	451	CGAATATTTGGCCTTTACCGTAAATGATACCCTTTAACTGTTTGTTGAAA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT962501.4	31056	CGAATATTTGGCCTTTACCGTAAATGATACCCTTTAACTGTTTGTTGAAA	31105

CT963131.5	501	TGTTTCTTCCACCTGTTTATATAGATTGCAAAATTCAGGTGCATTTTGTG	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT962501.4	31106	TGTTTCTTCCACCTGTTTATATAGATTGCAAAATTCAGGTGCATTTTGTG	31155

CT963131.5	551	GTAAATGTTTAACAAAGAGAGTTCAGTTCTAATTTGGATGAAAAGTGTAA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT962501.4	31156	GTAAATGTTTAACAAAGAGAGTTCAGTTCTAATTTGGATGAAAAGTGTAA	31205

CT963131.5	601	TATTAACAAAAAAAAAATGTTGCTATAATCTTTCAAAACCTTTTATTCCA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT962501.4	31206	TATTAACAAAAAAAAAATGTTGCTATAATCTTTCAAAACCTTTTATTCCA	31255

CT963131.5	651	ATAGGGCGATTTGTTTTGTTGAAGAAATAGGGCGATTTGTTTTGAAGAAA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT962501.4	31256	ATAGGGCGATTTGTTTTGTTGAAGAAATAGGGCGATTTGTTTTGAAGAAA	31305

CT963131.5	701	TAGGGGAAATAAAGCGATGCCGATTTGCTTTGTTCATGAAAATAGGAGAT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT962501.4	31306	TAGGGGAAATAAAGCGATGCCGATTTGCTTTGTTCATGAAAATAGGAGAT	31355

CT963131.5	751	TAGGTGTGAGCATTAGCGTTGTTCATGAAAATAGAAGATTAGGTGTGAGC	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT962501.4	31356	TAGGTGTGAGCATTAGCGTTGTTCATGAAAATAGAAGATTAGGTGTGAGC	31405

CT963131.5	801	ATTAGGGTTAAAATGGTAAAATTATGCAACAGGGTTTAGGTTAAAATTAG	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT962501.4	31406	ATTAGGGTTAAAATGGTAAAATTATGCAACAGGGTTTAGGTTAAAATTAG	31455

CT963131.5	851	GGCTCATGAAAATATGAGATTAGGTGTGAGCATTAGGGTTGTTCATGAAA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT962501.4	31456	GGCTCATGAAAATATGAGATTAGGTGTGAGCATTAGGGTTGTTCATGAAA	31505

CT963131.5	901	ATATAAGATTAGGTGTGCGCATTAGGGTTAAAACGGTAAAATTATGCAAC	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT962501.4	31506	ATATAAGATTAGGTGTGCGCATTAGGGTTAAAACGGTAAAATTATGCAAC	31555

CT963131.5	951	AGGGTTTAGGTTAAAATTAGGGCTCATGAAAATATGAGATTAGGTGTGAG	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT962501.4	31556	AGGGTTTAGGTTAAAATTAGGGCTCATGAAAATATGAGATTAGGTGTGAG	31605

CT963131.5	1001	CATTAGGGTTGTTCATGAAAATATAAGATTAGGTGTGAGCATTAGGGTTA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT962501.4	31606	CATTAGGGTTGTTCATGAAAATATAAGATTAGGTGTGAGCATTAGGGTTA	31655

CT963131.5	1051	AAACGGTAAAATTATGCAATAGGATTTAGGTTAAAATTAGGGCTTACGGG	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT962501.4	31656	AAACGGTAAAATTATGCAATAGGATTTAGGTTAAAATTAGGGCTTACGGG	31705

CT963131.5	1101	TTACCTTTAATATATAAGAAGATTAGGTGAGAGCAATAGGATTGTTCATG	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT962501.4	31706	TTACCTTTAATATATAAGAAGATTAGGTGAGAGCAATAGGATTGTTCATG	31755

CT963131.5	1151	AAAATAGGAGATTAGGTGTGAACATTAGGGTTAAAACAGTAAAATTATGC	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT962501.4	31756	AAAATAGGAGATTAGGTGTGAACATTAGGGTTAAAACAGTAAAATTATGC	31805

CT963131.5	1201	AATAGGGTTTAGGTTAAAATTAGGGCTTACTTGTTAACTTTAATATATAA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT962501.4	31806	AATAGGGTTTAGGTTAAAATTAGGGCTTACTTGTTAACTTTAATATATAA	31855

CT963131.5	1251	GAAGATTAGGAGAGAGCATTAGGATTGTTCATGAAAATAGGAGATTAGGT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT962501.4	31856	GAAGATTAGGAGAGAGCATTAGGATTGTTCATGAAAATAGGAGATTAGGT	31905

CT963131.5	1301	GTGAACATTAGGGTTAAAACAGTAAAATTATGCAATAGGGTTTAGGTTAA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT962501.4	31906	GTGAACATTAGGGTTAAAACAGTAAAATTATGCAATAGGGTTTAGGTTAA	31955

CT963131.5	1351	AATTAGGGCTTACATGTTAACTTTAATATATAAGAAGATTGTTCATGAAA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT962501.4	31956	AATTAGGGCTTACATGTTAACTTTAATATATAAGAAGATTGTTCATGAAA	32005

CT963131.5	1401	ATAGGAGATTAGGTGTGAACATTAGGGTTAAAACAGTAAAATTATGCAAT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT962501.4	32006	ATAGGAGATTAGGTGTGAACATTAGGGTTAAAACAGTAAAATTATGCAAT	32055

CT963131.5	1451	AGGGTTTAGGTTAAAATTAGGGCTTACTTGTTAACTTTAATATATAAGAA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT962501.4	32056	AGGGTTTAGGTTAAAATTAGGGCTTACTTGTTAACTTTAATATATAAGAA	32105

CT963131.5	1501	GATTAGGAGAGAGCATTAGGATTGTTCATGAAAATAGGAGATTAGGTGTG	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT962501.4	32106	GATTAGGAGAGAGCATTAGGATTGTTCATGAAAATAGGAGATTAGGTGTG	32155

CT963131.5	1551	AACATTAGGGTTAAAACAGTAAAATTATGCAATAGGGTTTAGGTTAAAAT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT962501.4	32156	AACATTAGGGTTAAAACAGTAAAATTATGCAATAGGGTTTAGGTTAAAAT	32205

CT963131.5	1601	TAAGGCTTACATGTTAACTTTAATATATAAGAAGATTGTTCATGAAAATA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT962501.4	32206	TAAGGCTTACATGTTAACTTTAATATATAAGAAGATTGTTCATGAAAATA	32255

CT963131.5	1651	GGAGATTAGGTGTGAACATTAGGGTTAAAACAGTAAAATTATGCAATAGG	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT962501.4	32256	GGAGATTAGGTGTGAACATTAGGGTTAAAACAGTAAAATTATGCAATAGG	32305

CT963131.5	1701	ATTTAGGTTAAAATTAGGGCTTACTTGTTAACTTTAATATATAAGAAGAT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT962501.4	32306	ATTTAGGTTAAAATTAGGGCTTACTTGTTAACTTTAATATATAAGAAGAT	32355

CT963131.5	1751	AGGGTTTAGGTTAAAATTAGGGCTTACTTGTTAACTTTAATATACTAGAC	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT962501.4	32356	AGGGTTTAGGTTAAAATTAGGGCTTACTTGTTAACTTTAATATACTAGAC	32405

CT963131.5	1801	CATTGACCCGTGCTAACGCACGTGTCATTTAAAAAAATATAATAATCACT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT962501.4	32406	CATTGACCCGTGCTAACGCACGTGTCATTTAAAAAAATATAATAATCACT	32455

CT963131.5	1851	AAAAAAATAAGACACTGTAGTTCGCGTGAATCTAAAAATTGTCGTGAATC	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT962501.4	32456	AAAAAAATAAGACACTGTAGTTCGCGTGAATCTAAAAATTGTCGTGAATC	32505

CT963131.5	1901	AAAGAAAAATGTCAATACCAAAGACTTTGTTATTGTTCCATAATTCTAGT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT962501.4	32506	AAAGAAAAATGTCAATACCAAAGACTTTGTTATTGTTCCATAATTCTAGT	32555

CT963131.5	1951	ACGTAGTTCCTGTTACTTTAAAATAACATATAATTTTGAAAGGGAAATTG	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT962501.4	32556	ACGTAGTTCCTGTTACTTTAAAATAACATATAATTTTGAAAGGGAAATTG	32605

Overview

Query
CT963131.5 - 86480 bps
Hit
CT962501.4 - 32605 bps
Total alignments
32
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001852200012000130606326051
291.673348723770131367314141
395.123241730770131880319201
488.934719037341636131459323551
585.063147707341503131579323551
687.092946437471389131725323551
777.26695107471256131858323551
891.673248762809131328313751
984.791403557691123131994323551
1088.854668978541750131339322411
1185.073087779741750131339321081
1297.331379741010131618316541
1397.3313710131049131579316151
1486.8428663111201750131352319941
15100414612021247132354323991
1676.56349812531750131352318611
1795.12314112751315131335313751
1885.0913436213891750131374317281
19100414614491494132354323991
2097.83384616961741132354323991
21100414617491794131807318521
22100414617491794132054320991
2397.83384617491794132301323461
2490.2815125784538709131719319941
2599.2222125784538709131852321081
2610022725784538709132099323551
2786.0510925184598709131472317281
2889.6113223184798709131992322411
2997.449511784798595132239323551
3099.1510111785938709131745318611
3197.83384686558700132354323991
3291.091853032856528867163286628-1
Short-link