<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CT010481.8	1	AAGCTTAGGAAAACAGGCTCCGAAAGTCGACTAGTTTGGAGTTTCTTAAA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT961057.10	48332	AAGCTTAGGAAAACAGGCTCCGAAAGTCGACTAGTTTGGAGTTTCTTAAA	48381

CT010481.8	51	ATTTGTTGAGTAAATTTAAACAAAATTACGTTTTTCCCTTTCTTAACTGT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT961057.10	48382	ATTTGTTGAGTAAATTTAAACAAAATTACGTTTTTCCCTTTCTTAACTGT	48431

CT010481.8	101	ACTTACCAAATCAATTTTTAAGAAATTATGGAGGGATTAACGAAATTATG	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT961057.10	48432	ACTTACCAAATCAATTTTTAAGAAATTATGGAGGGATTAACGAAATTATG	48481

CT010481.8	151	ATATGACAATTGTTTTTTAGGTCTTCCGTGTTGCTATGAAGCCGCTCCAA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT961057.10	48482	ATATGACAATTGTTTTTTAGGTCTTCCGTGTTGCTATGAAGCCGCTCCAA	48531

CT010481.8	201	TTTTACCATAATTCAGAAGATATTTTTTGATAATGCATTTTGTCAATTTT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT961057.10	48532	TTTTACCATAATTCAGAAGATATTTTTTGATAATGCATTTTGTCAATTTT	48581

CT010481.8	251	GAGCAACACATCGGCCTAAACCATCCTATCATAGTATTAATGTATTGAAA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT961057.10	48582	GAGCAACACATCGGCCTAAACCATCCTATCATAGTATTAATGTATTGAAA	48631

CT010481.8	301	CTTATGTAATCAATTCTTTAAAAGTCTCAAAAGTGGATCTTTCAATACAA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT961057.10	48632	CTTATGTAATCAATTCTTTAAAAGTCTCAAAAGTGGATCTTTCAATACAA	48681

CT010481.8	351	ACATTCATCTTATAGGTTCTTTAATAAGTGTGTTGAGGACACTTGTTAGT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT961057.10	48682	ACATTCATCTTATAGGTTCTTTAATAAGTGTGTTGAGGACACTTGTTAGT	48731

CT010481.8	401	TTAACCTCTAATTTAAATAATTTTGAAAGGAAAGTCATCATAGAAAATGA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT961057.10	48732	TTAACCTCTAATTTAAATAATTTTGAAAGGAAAGTCATCATAGAAAATGA	48781

CT010481.8	451	ACAATTACGTACGTACTTAGTTATAACTAAGATGCTCTTTCTGAATTAGT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT961057.10	48782	ACAATTACGTACGTACTTAGTTATAACTAAGATGCTCTTTCTGAATTAGT	48831

CT010481.8	501	GAAACATATAGGTGAAAATGTCAACAACAGCCATCATAATAAAGTAGGAG	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT961057.10	48832	GAAACATATAGGTGAAAATGTCAACAACAGCCATCATAATAAAGTAGGAG	48881

CT010481.8	551	TTGAGAAAAATGTCACAATAATTAGAAATTTGATAAGGCATCGGTTGTTC	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT961057.10	48882	TTGAGAAAAATGTCACAATAATTAGAAATTTGATAAGGCATCGGTTGTTC	48931

CT010481.8	601	TATTGGCCTAAAGATAAAGGTAATATTGTTGCCCAACTAAGGCACATAAA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT961057.10	48932	TATTGGCCTAAAGATAAAGGTAATATTGTTGCCCAACTAAGGCACATAAA	48981

CT010481.8	651	GGATAAAGTTATGCTTGTTTAAATGTACCGCAGGTACTGCCACTAATTGA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT961057.10	48982	GGATAAAGTTATGCTTGTTTAAATGTACCGCAGGTACTGCCACTAATTGA	49031

CT010481.8	701	AGATTTTCAATTCTAGTTCTAGCAAAAGAATATTCTTTCTTTATGCAAAA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT961057.10	49032	AGATTTTCAATTCTAGTTCTAGCAAAAGAATATTCTTTCTTTATGCAAAA	49081

CT010481.8	751	AAAAAAAGAGAGTATTATTTCTTCTTTCCGTCACATTTGCAAAAAAAAAA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT961057.10	49082	AAAAAAAGAGAGTATTATTTCTTCTTTCCGTCACATTTGCAAAAAAAAAA	49131

CT010481.8	801	AAAAAAAAAAAAACACTTAAAATAGATGTTATGTACAAAAATTTGTAGAA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT961057.10	49132	AAAAAAAAAAAAACACTTAAAATAGATGTTATGTACAAAAATTTGTAGAA	49181

CT010481.8	851	TAGTCTGACCAAAATTTTACCTCTCTTAATTAAAGTGAATAAATAGCGAA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT961057.10	49182	TAGTCTGACCAAAATTTTACCTCTCTTAATTAAAGTGAATAAATAGCGAA	49231

CT010481.8	901	TTTAGGTTCGAACATCAACACATATATTTTTAATACAATATTCATACTAA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT961057.10	49232	TTTAGGTTCGAACATCAACACATATATTTTTAATACAATATTCATACTAA	49281

CT010481.8	951	CTGAGTTATATTCACGGAGACATATGTTATTTTAAATTGTTAATGAATGT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT961057.10	49282	CTGAGTTATATTCACGGAGACATATGTTATTTTAAATTGTTAATGAATGT	49331

CT010481.8	1001	AATATTATTTATTATTTTTTCAATTATACTTCTTAATTAATAATATATAC	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT961057.10	49332	AATATTATTTATTATTTTTTCAATTATACTTCTTAATTAATAATATATAC	49381

CT010481.8	1051	ATCACTCACAAGTTAATATTTTCATTTTGTATTTATGTTAATGATGAATA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT961057.10	49382	ATCACTCACAAGTTAATATTTTCATTTTGTATTTATGTTAATGATGAATA	49431

CT010481.8	1101	CATCATTAATTGATAAGGTTAGTTTGGGCGTGTGAAAGAGGGGGGTCGGG	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT961057.10	49432	CATCATTAATTGATAAGGTTAGTTTGGGCGTGTGAAAGAGGGGGGTCGGG	49481

CT010481.8	1151	AGAGTCGAGTTGGTGGAAGGAGATGGTACGGATTGACGATGGAGTTGGGT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT961057.10	49482	AGAGTCGAGTTGGTGGAAGGAGATGGTACGGATTGACGATGGAGTTGGGT	49531

CT010481.8	1201	TTGAGAGAGGGGAGTTGACTTGAGGATAATGTTACTTTGGTGGAAGGAGT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT961057.10	49532	TTGAGAGAGGGGAGTTGACTTGAGGATAATGTTACTTTGGTGGAAGGAGT	49581

CT010481.8	1251	TGGTTTAAGGACACTTTTTTTTGGCCGGATAGATGGATAGAGGATATTCC	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT961057.10	49582	TGGTTTAAGGACACTTTTTTTTGGCCGGATAGATGGATAGAGGATATTCC	49631

CT010481.8	1301	GTTATGTGAGAGGTTTATGCGGATGTTTGAATTGATAGATGATAAACGTG	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT961057.10	49632	GTTATGTGAGAGGTTTATGCGGATGTTTGAATTGATAGATGATAAACGTG	49681

CT010481.8	1351	TTTCAGTGGCGGACATGTTTGCATTAGGATAGAATTAGGGTGGCGAGACT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT961057.10	49682	TTTCAGTGGCGGACATGTTTGCATTAGGATAGAATTAGGGTGGCGAGACT	49731

CT010481.8	1401	TGGAAGTGGAGGAGGAGGTTATTAACGTAGGGGAAGGAGTTGGTTGGGGA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT961057.10	49732	TGGAAGTGGAGGAGGAGGTTATTAACGTAGGGGAAGGAGTTGGTTGGGGA	49781

CT010481.8	1451	GTGTGCGACTTTTTTTGCAGGTCGATACTTATGATCAATGGTGGCGGCAG	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT961057.10	49782	GTGTGCGACTTTTTTTGCAGGTCGATACTTATGATCAATGGTGGCGGCAG	49831

CT010481.8	1501	TTAAGCCGGGATGGTGTCTATTCAGTTATACCTCTTATAATAAAATTAAA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT961057.10	49832	TTAAGCCGGGATGGTGTCTATTCAGTTATACCTCTTATAATAAAATTAAA	49881

CT010481.8	1551	CTTTTTGGAAGCCTTTTTCACTACTACATATATAAGATTTAGTAACACTT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT961057.10	49882	CTTTTTGGAAGCCTTTTTCACTACTACATATATAAGATTTAGTAACACTT	49931

CT010481.8	1601	CAAAATTGTAATTAAATCAAAAACAACTGTTACTATTTAGATCTTGTAAC	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT961057.10	49932	CAAAATTGTAATTAAATCAAAAACAACTGTTACTATTTAGATCTTGTAAC	49981

CT010481.8	1651	ATTTGACAAATGTTAGGTAAAGTCCGTGTTACTAAATGATTTCAGTAACA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT961057.10	49982	ATTTGACAAATGTTAGGTAAAGTCCGTGTTACTAAATGATTTCAGTAACA	50031

CT010481.8	1701	TTTGAGAGTAAAACTTGCAACACTTAAAAATTGTTACTCATTTAGTAGCT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT961057.10	50032	TTTGAGAGTAAAACTTGCAACACTTAAAAATTGTTACTCATTTAGTAGCT	50081

CT010481.8	1751	AATTAGTAGCAAATTTGTAGCCAATCTATAGCTAACAGTTTAGGTTGCAA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT961057.10	50082	AATTAGTAGCAAATTTGTAGCCAATCTATAGCTAACAGTTTAGGTTGCAA	50131

CT010481.8	1801	TTGCAGAAATTCTGTTACATAAATGTTACTAATTTGAAGCTAATTAGTAG	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT961057.10	50132	TTGCAGAAATTCTGTTACATAAATGTTACTAATTTGAAGCTAATTAGTAG	50181

CT010481.8	1851	CCAATCTGTAGCTAACAATTTTAATTGGAATTGCAGAAAATTCTGTTGCA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT961057.10	50182	CCAATCTGTAGCTAACAATTTTAATTGGAATTGCAGAAAATTCTGTTGCA	50231

CT010481.8	1901	TAAATGTTACTGAATAGTGAAGACTGGGTAGATCAATCAGTAAAACACAA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT961057.10	50232	TAAATGTTACTGAATAGTGAAGACTGGGTAGATCAATCAGTAAAACACAA	50281

CT010481.8	1951	ACAATTGATTCAATCTCAAATTCTTATTAATATTAAGATCACTACACAAA	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT961057.10	50282	ACAATTGATTCAATCTCAAATTCTTATTAATATTAAGATCACTACACAAA	50331

Overview

Query
CT010481.8 - 113400 bps
Hit
CT961057.10 - 50331 bps
Total alignments
3
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001882200012000148332503311
290.5446752039820472133225332981
391.3627839254995890143502438951
Short-link