<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CT009528.9	1	AAGCTTCCCTCTTCTCTCGCCTCTCTCTAACCCTCACCGCCGGTGAGGAT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT954272.24	96640	AAGCTTCCCTCTTCTCTCGCCTCTCTCTAACCCTCACCGCCGGTGAGGAT	96689

CT009528.9	51	GAAGCCACGGCGGAGACCTTGAAGGTCCGCCGGAAGCTTCATCTTCTCCG	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT954272.24	96690	GAAGCCACGGCGGAGACCTTGAAGGTCCGCCGGAAGCTTCATCTTCTCCG	96739

CT009528.9	101	GCGAGTCCTGTGCACTTTCCGGCGAAAAATTTCCAGAACTTAAAGATTTT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT954272.24	96740	GCGAGTCCTGTGCACTTTCCGGCGAAAAATTTCCAGAACTTAAAGATTTT	96789

CT009528.9	151	CACATCAAACGATTCGTCCTTTAACCCTAAACACGAATCCAGCAATTATT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT954272.24	96790	CACATCAAACGATTCGTCCTTTAACCCTAAACACGAATCCAGCAATTATT	96839

CT009528.9	201	TTCTCGAACACGGCTTGATACGATGTAGATCTGAATTTTTCGTACGGTTT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT954272.24	96840	TTCTCGAACACGGCTTGATACGATGTAGATCTGAATTTTTCGTACGGTTT	96889

CT009528.9	251	TGAAATGAATTTTCTTTGATCTTTTTTGAAGGAAAAGGTTTAGATCTTTA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT954272.24	96890	TGAAATGAATTTTCTTTGATCTTTTTTGAAGGAAAAGGTTTAGATCTTTA	96939

CT009528.9	301	CGGATCTACATCGTTTCATAGTTTAACTCTTTTCCGGTGCTTGTTCTTGC	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT954272.24	96940	CGGATCTACATCGTTTCATAGTTTAACTCTTTTCCGGTGCTTGTTCTTGC	96989

CT009528.9	351	TTTCAACACTTAGATCCTTATGGATCTAGGTTTTGTGTTTACGGTTACAG	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT954272.24	96990	TTTCAACACTTAGATCCTTATGGATCTAGGTTTTGTGTTTACGGTTACAG	97039

CT009528.9	401	TCTTATCTTTGAATTCTGGAAATTTTTAGATCTGTTGCTTGCGTGATTTT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT954272.24	97040	TCTTATCTTTGAATTCTGGAAATTTTTAGATCTGTTGCTTGCGTGATTTT	97089

CT009528.9	451	TTTTTTACAGGTTTAAACCGTGATTAATACTTTCTAAGAGAAGAAAATGA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT954272.24	97090	TTTTTTACAGGTTTAAACCGTGATTAATACTTTCTAAGAGAAGAAAATGA	97139

CT009528.9	501	GTTTTACCTGAAGTTTTGGTTGAAACTTTTAATGGAGGAAAATCTTTGGA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT954272.24	97140	GTTTTACCTGAAGTTTTGGTTGAAACTTTTAATGGAGGAAAATCTTTGGA	97189

CT009528.9	551	AAAAAACTTGAATGTTCTTGACGGTTTTGATGGTTTTGCTTGCTTTTGGA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT954272.24	97190	AAAAAACTTGAATGTTCTTGACGGTTTTGATGGTTTTGCTTGCTTTTGGA	97239

CT009528.9	601	CCGAAAATAAATCGGTTTACCGGTTCATCTTCATCTTCTCTGATTCTTTC	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT954272.24	97240	CCGAAAATAAATCGGTTTACCGGTTCATCTTCATCTTCTCTGATTCTTTC	97289

CT009528.9	651	TCTGCTTCTCTGTGATTACGTGCTTGAGCTTGCTTCAACGTTTTTTTGAA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT954272.24	97290	TCTGCTTCTCTGTGATTACGTGCTTGAGCTTGCTTCAACGTTTTTTTGAA	97339

CT009528.9	701	TCTGTATGAAAAATCCCTATGATCAGTGCTTGAGCTTGCTTCAATGTGAG	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT954272.24	97340	TCTGTATGAAAAATCCCTATGATCAGTGCTTGAGCTTGCTTCAATGTGAG	97389

CT009528.9	751	CTCGCACTTTGAATTGTAGGAGAATTCTTCAATCCGGTGATGAAGATTCA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT954272.24	97390	CTCGCACTTTGAATTGTAGGAGAATTCTTCAATCCGGTGATGAAGATTCA	97439

CT009528.9	801	CACGAATCTCTGAGGATTAGTGTGAAAATCAATGAATTTGTGTATGAATT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT954272.24	97440	CACGAATCTCTGAGGATTAGTGTGAAAATCAATGAATTTGTGTATGAATT	97489

CT009528.9	851	TGGTTCTGGAAATCTTAGGGTTCTTGTGTTCTTGGTGATTTCTCTCTGAT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT954272.24	97490	TGGTTCTGGAAATCTTAGGGTTCTTGTGTTCTTGGTGATTTCTCTCTGAT	97539

CT009528.9	901	TTTTTGGTTTGATCTAACTGACAAGAAAGAGAAAGATTGATTCTGTTTTT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT954272.24	97540	TTTTTGGTTTGATCTAACTGACAAGAAAGAGAAAGATTGATTCTGTTTTT	97589

CT009528.9	951	GGTGAAGTGGCGTGTGATTAATGGCTTTGAGTGGCACTGTGCACTATTTA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT954272.24	97590	GGTGAAGTGGCGTGTGATTAATGGCTTTGAGTGGCACTGTGCACTATTTA	97639

CT009528.9	1001	TAATCTGACATGTGTACTTGAGATCCAATGAAAATGTGACACCTGGATTT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT954272.24	97640	TAATCTGACATGTGTACTTGAGATCCAATGAAAATGTGACACCTGGATTT	97689

CT009528.9	1051	GTATGAAAATGGCACGGCTTGGACCTGAAAAATGAACTTTGGACTTTTCT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT954272.24	97690	GTATGAAAATGGCACGGCTTGGACCTGAAAAATGAACTTTGGACTTTTCT	97739

CT009528.9	1101	GCAAAAATAAGAACTTGAGGACTAAACTGCAATTTGACAAAAAGGACTGA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT954272.24	97740	GCAAAAATAAGAACTTGAGGACTAAACTGCAATTTGACAAAAAGGACTGA	97789

CT009528.9	1151	AATGAAAATTGGAAAAGAAACTGGACTGAACTGCAATTTTGGAACTCTTT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT954272.24	97790	AATGAAAATTGGAAAAGAAACTGGACTGAACTGCAATTTTGGAACTCTTT	97839

CT009528.9	1201	GAGGACCAAAAATGCAAAAATAATAAAAACAATAAAAATAAAAATAAAAT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT954272.24	97840	GAGGACCAAAAATGCAAAAATAATAAAAACAATAAAAATAAAAATAAAAT	97889

CT009528.9	1251	TGGTAATTTGACCAAACGTAAAGCGAAACACAAATAAAATTGACAAAACG	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT954272.24	97890	TGGTAATTTGACCAAACGTAAAGCGAAACACAAATAAAATTGACAAAACG	97939

CT009528.9	1301	GACTAAAACGAACCAATGGCCTAAATGAGGTACTTCAAAGTAACCTCCCC	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT954272.24	97940	GACTAAAACGAACCAATGGCCTAAATGAGGTACTTCAAAGTAACCTCCCC	97989

CT009528.9	1351	ATGCCAAAATTTTATGTGAAATGACCAAAATGCCCCTAGGGCTAAAAATG	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT954272.24	97990	ATGCCAAAATTTTATGTGAAATGACCAAAATGCCCCTAGGGCTAAAAATG	98039

CT009528.9	1401	ACCTAAACAGAATCAAATTAACTCGACACTGACTCAGATGCAAGTTTGAA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT954272.24	98040	ACCTAAACAGAATCAAATTAACTCGACACTGACTCAGATGCAAGTTTGAA	98089

CT009528.9	1451	ATGAACTTAACAAGGTTTACTGATGAAATGTAAAAAAAAAAAAAAACAAT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT954272.24	98090	ATGAACTTAACAAGGTTTACTGATGAAATGTAAAAAAAAAAAAAAACAAT	98139

CT009528.9	1501	CTGAAAAGACTCCGAGACAGTCACAAGGATGAAAATGGGTCCCACTGCAG	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT954272.24	98140	CTGAAAAGACTCCGAGACAGTCACAAGGATGAAAATGGGTCCCACTGCAG	98189

CT009528.9	1551	GAAATGACCAAAATACCCTTCTGTATGACTTCTTTGCAAATTTTGAAATA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT954272.24	98190	GAAATGACCAAAATACCCTTCTGTATGACTTCTTTGCAAATTTTGAAATA	98239

CT009528.9	1601	AACTGTAGAAAAAGCAATGTAATGATTCAGAGACACTTTTGAATGACTTA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT954272.24	98240	AACTGTAGAAAAAGCAATGTAATGATTCAGAGACACTTTTGAATGACTTA	98289

CT009528.9	1651	CAAGACAAGTAAAGACATTTCGAAAGGTTTTATGCAAGAAAAACATAGGT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT954272.24	98290	CAAGACAAGTAAAGACATTTCGAAAGGTTTTATGCAAGAAAAACATAGGT	98339

CT009528.9	1701	AAAATTGTGATTGAAAATACTGCGAGGCAGAGACAATTTGAACTGTGCAG	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT954272.24	98340	AAAATTGTGATTGAAAATACTGCGAGGCAGAGACAATTTGAACTGTGCAG	98389

CT009528.9	1751	TTGAAATTTGATAATTGACAAAGTTTGAAATGAAATTGGGCCCAGTATTT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT954272.24	98390	TTGAAATTTGATAATTGACAAAGTTTGAAATGAAATTGGGCCCAGTATTT	98439

CT009528.9	1801	TTAGGTCCAAAAACAGGGTATAACAGCTGCCCCTATTTAAGTTTCTTTGT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT954272.24	98440	TTAGGTCCAAAAACAGGGTATAACAGCTGCCCCTATTTAAGTTTCTTTGT	98489

CT009528.9	1851	CTGGAGAGTCAAGAGACGGAGTCTTTGGCTTGACAGGACGAAGATACTTA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT954272.24	98490	CTGGAGAGTCAAGAGACGGAGTCTTTGGCTTGACAGGACGAAGATACTTA	98539

CT009528.9	1901	AATATTAGCATTTGCACTGTGTTTGGACGTAAAAATACGCCTACCCATTT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT954272.24	98540	AATATTAGCATTTGCACTGTGTTTGGACGTAAAAATACGCCTACCCATTT	98589

CT009528.9	1951	TCAAATAATATACATGCCATGCATCATTTGGATTATGAATGCAAGACCTC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT954272.24	98590	TCAAATAATATACATGCCATGCATCATTTGGATTATGAATGCAAGACCTC	98639

Overview

Query
CT009528.9 - 129215 bps
Hit
CT954272.24 - 98639 bps
Total alignments
22
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001943200012000196640986391
288.018007131705771374619364224711
389.498012120861924631331110481225291
481.722908205771396124461252701
581.332888313478035610124461252801
688.0711299188421576134602-133857526931
780.62591182241825-133858356421
880.03107135331576119293-133858373921
984.147211093492336031-133858349701
1091.411028314407414410-136512509431
1188.0711301188411576134601-149159679941
1284.147211093492336031-149159502711
1391.381027414407414410-151813662441
1488.157077115972300534601-164459760681
1584.0346811093492336031-164459655721
1692.8368648951546014410-167114760681
1799.96215422261353615761194818970431
1889.084938391576116599194818956681
1989.084938393106931907194818956681
2090.7131219841748519468196628986391
2189.98114918093279334601196628984641
2299.65135314303460236031197038984641
Short-link