<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CT010521.4	1	AAGCTTTTCCCAATTGAAATTGTTTCAGGGTTTCAGAAATAAACTAAAAA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT954252.6	131102	AAGCTTTTCCCAATTGAAATTGTTTCAGGGTTTCAGAAATAAACTAAAAA	131151

CT010521.4	51	TATAAAACGCATCATAAGAATGTCATTAGATTCTGTTAACTGCAGCTGAC	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT954252.6	131152	TATAAAACGCATCATAAGAATGTCATTAGATTCTGTTAACTGCAGCTGAC	131201

CT010521.4	101	ATAGTTTGATGAAAAAGGTATTTTCCGATGAACTAAAACAGTAAAACCCG	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT954252.6	131202	ATAGTTTGATGAAAAAGGTATTTTCCGATGAACTAAAACAGTAAAACCCG	131251

CT010521.4	151	AGACTAAAATAATAAATTCGATGTTTGGGGTTTGGAAAGAGTGTGATCAA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT954252.6	131252	AGACTAAAATAATAAATTCGATGTTTGGGGTTTGGAAAGAGTGTGATCAA	131301

CT010521.4	201	GGATAGAGACAGAGGTTAATACAACAAACCTTTCTCAAAGAAGAGGCTTG	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT954252.6	131302	GGATAGAGACAGAGGTTAATACAACAAACCTTTCTCAAAGAAGAGGCTTG	131351

CT010521.4	251	CTCTTCCAATTTCTCAATTTCAGCTTCGTCCATAGGGCTGTCAGCTGAAC	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT954252.6	131352	CTCTTCCAATTTCTCAATTTCAGCTTCGTCCATAGGGCTGTCAGCTGAAC	131401

CT010521.4	301	CACCGTCAAATGTGTTTGCCTATAATACTAACCAAGTTAGTTTAACAGGA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT954252.6	131402	CACCGTCAAATGTGTTTGCCTATAATACTAACCAAGTTAGTTTAACAGGA	131451

CT010521.4	351	AAACAAAAGCTTTGCTAGCTAATATGATGGTCATACAGCTCGCAATAAGA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT954252.6	131452	AAACAAAAGCTTTGCTAGCTAATATGATGGTCATACAGCTCGCAATAAGA	131501

CT010521.4	401	TGCACGTTTGTGAGTCAATAACCCCGATCATTTAACAGAATATGGAGTCT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT954252.6	131502	TGCACGTTTGTGAGTCAATAACCCCGATCATTTAACAGAATATGGAGTCT	131551

CT010521.4	451	TAAGTCTATGTAAGGAAGACACTGATTTCTGAATAGAATTTTCTTTTAAT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT954252.6	131552	TAAGTCTATGTAAGGAAGACACTGATTTCTGAATAGAATTTTCTTTTAAT	131601

CT010521.4	501	GCAGCATCTTTTTCCTAGCAGTATAATAGAGGTGCAATAATATAAAAATA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT954252.6	131602	GCAGCATCTTTTTCCTAGCAGTATAATAGAGGTGCAATAATATAAAAATA	131651

CT010521.4	551	GTGAGTTCGGAATTTATTTAGTAATTTACCACAGTCTCATGAAGTTTTTC	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT954252.6	131652	GTGAGTTCGGAATTTATTTAGTAATTTACCACAGTCTCATGAAGTTTTTC	131701

CT010521.4	601	ATTTAGTCGCTGTTAAGATTTTCAACCCCATTTTAAAAAGACATCAAACC	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT954252.6	131702	ATTTAGTCGCTGTTAAGATTTTCAACCCCATTTTAAAAAGACATCAAACC	131751

CT010521.4	651	AAACCTTGGTGTAAAGAGATTTTTATTGTCTCTTACCAAGCCAGAAAGAT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT954252.6	131752	AAACCTTGGTGTAAAGAGATTTTTATTGTCTCTTACCAAGCCAGAAAGAT	131801

CT010521.4	701	ATCTAAAGGAATTGAAACTCACAATTCATTAGCTAAAAATTCAGAGAACA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT954252.6	131802	ATCTAAAGGAATTGAAACTCACAATTCATTAGCTAAAAATTCAGAGAACA	131851

CT010521.4	751	AAACTATAGCTAGTTACTTATTGAATTTAAGCAGTTTAAGTAATAAAACA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT954252.6	131852	AAACTATAGCTAGTTACTTATTGAATTTAAGCAGTTTAAGTAATAAAACA	131901

CT010521.4	801	TAGTCAAAGTCAAAAAGCAAAATTCATTCGTTAGCCCACTCAATGCTCCA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT954252.6	131902	TAGTCAAAGTCAAAAAGCAAAATTCATTCGTTAGCCCACTCAATGCTCCA	131951

CT010521.4	851	ATCGGTGCTGCAACATTATAAGGTTCTATAAATAGGAGTTTTCAAATTTT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT954252.6	131952	ATCGGTGCTGCAACATTATAAGGTTCTATAAATAGGAGTTTTCAAATTTT	132001

CT010521.4	901	TCATCATGTTACGCTATTACCGGAATATCATGTGTTAAACTTATCTGTGG	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT954252.6	132002	TCATCATGTTACGCTATTACCGGAATATCATGTGTTAAACTTATCTGTGG	132051

CT010521.4	951	TATAAATTTAAAGCCCTTGTGCATATGTAGAAAAAAATACCATCATGTAG	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT954252.6	132052	TATAAATTTAAAGCCCTTGTGCATATGTAGAAAAAAATACCATCATGTAG	132101

CT010521.4	1001	TCGTACTTCATTTCTAAGATTTCAATTTATATCTCCGAACTCTGAAACTG	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT954252.6	132102	TCGTACTTCATTTCTAAGATTTCAATTTATATCTCCGAACTCTGAAACTG	132151

CT010521.4	1051	AAGTATTTTCAGATTTCCTCTCAAGGTGATGAACTCTGAATCTGAAGTAT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT954252.6	132152	AAGTATTTTCAGATTTCCTCTCAAGGTGATGAACTCTGAATCTGAAGTAT	132201

CT010521.4	1101	TTTCAGATTTTCACTCAAGGTGAAGAAACTCATCCTAATACCTCCTGCTG	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT954252.6	132202	TTTCAGATTTTCACTCAAGGTGAAGAAACTCATCCTAATACCTCCTGCTG	132251

CT010521.4	1151	TCCTTTTCTATTAGCTCATCCTAATATCGTACGGAAAGCCAGATTTGAAG	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT954252.6	132252	TCCTTTTCTATTAGCTCATCCTAATATCGTACGGAAAGCCAGATTTGAAG	132301

CT010521.4	1201	CAATATGAGGTGTTGGTAGATCATCACAGATTAATGTTGGAAATTCCGCC	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT954252.6	132302	CAATATGAGGTGTTGGTAGATCATCACAGATTAATGTTGGAAATTCCGCC	132351

CT010521.4	1251	TTAATTGCGGTCCGCCCCTAGTCGCCTAAATTGCGACCTTTGGTTAGCCT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT954252.6	132352	TTAATTGCGGTCCGCCCCTAGTCGCCTAAATTGCGACCTTTGGTTAGCCT	132401

CT010521.4	1301	TCATTGCAGCCTCCAACACCTTCATTGTGTTGGCTTTGAGGGGGTGGATT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT954252.6	132402	TCATTGCAGCCTCCAACACCTTCATTGTGTTGGCTTTGAGGGGGTGGATT	132451

CT010521.4	1351	TAGTCCCACATTGGATAGATAGCCCTCTTGAGAAGAGTTTATAAAGAGGA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT954252.6	132452	TAGTCCCACATTGGATAGATAGCCCTCTTGAGAAGAGTTTATAAAGAGGA	132501

CT010521.4	1401	GGCACTCTTCACCTTACAAGCCGGTTTTTTAAGGATGAGTTAGGCCCCAA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT954252.6	132502	GGCACTCTTCACCTTACAAGCCGGTTTTTTAAGGATGAGTTAGGCCCCAA	132551

CT010521.4	1451	ATTTCAACAATTAACATAAATCACATTTCATATTGGAGTTGTTCTATTTA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT954252.6	132552	ATTTCAACAATTAACATAAATCACATTTCATATTGGAGTTGTTCTATTTA	132601

CT010521.4	1501	TAAAAGTTCAAACGTAGAGCGAGTTATGACTCAATACTCCAGTTGAGCAC	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT954252.6	132602	TAAAAGTTCAAACGTAGAGCGAGTTATGACTCAATACTCCAGTTGAGCAC	132651

CT010521.4	1551	ATGAGTTGGCAACTATGTTCTACTTGATTGGGAGATCCATCCCAGTCAAC	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT954252.6	132652	ATGAGTTGGCAACTATGTTCTACTTGATTGGGAGATCCATCCCAGTCAAC	132701

CT010521.4	1601	AACGTTATACACGACTGTAATTTTATGAACATTGCCTGTGATATATACTA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT954252.6	132702	AACGTTATACACGACTGTAATTTTATGAACATTGCCTGTGATATATACTA	132751

CT010521.4	1651	ATACTAATACAAGCCGGTTTTTTAAGGATGAGTTAGGCCCCAAATTTCAA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT954252.6	132752	ATACTAATACAAGCCGGTTTTTTAAGGATGAGTTAGGCCCCAAATTTCAA	132801

CT010521.4	1701	CAATTAACATAAATCACATTTCATATTGGAGTTGTTCTATTTATAAAAGT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT954252.6	132802	CAATTAACATAAATCACATTTCATATTGGAGTTGTTCTATTTATAAAAGT	132851

CT010521.4	1751	TCTAACGTAGAGCGAGTTATGACTCAATACTCCAGTTCACCACATGAGTT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT954252.6	132852	TCTAACGTAGAGCGAGTTATGACTCAATACTCCAGTTCACCACATGAGTT	132901

CT010521.4	1801	GGCAACTATGTTCTACTTGATTGGGAGATCCATCCCAGTCAACAACGTTA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT954252.6	132902	GGCAACTATGTTCTACTTGATTGGGAGATCCATCCCAGTCAACAACGTTA	132951

CT010521.4	1851	TACACGACTGTAATTTTATGAACATTGCCTGTGATATACTAATACTAAAT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT954252.6	132952	TACACGACTGTAATTTTATGAACATTGCCTGTGATATACTAATACTAAAT	133001

CT010521.4	1901	CCTTCCTGGGAGAGACCTTAAAGTATCACAAAATTCAGATAATTGCATCC	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT954252.6	133002	CCTTCCTGGGAGAGACCTTAAAGTATCACAAAATTCAGATAATTGCATCC	133051

CT010521.4	1951	CAGATATCACCACTAGGAGAGTTATGAACTTATGAAACTGACTCACAACA	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT954252.6	133052	CAGATATCACCACTAGGAGAGTTATGAACTTATGAAACTGACTCACAACA	133101

Overview

Query
CT010521.4 - 104085 bps
Hit
CT954252.6 - 133101 bps
Total alignments
9
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100193620001200011311021331011
291.061201887989980086-110102102911
392.551832847169871981113195134761
488.362584983276433261128178286751
588.34791631212712289132998331601
691.162354081248412891-133037334551
7901492559035490608-137072373311
897.952172411658189811325161327581
997.932172431415165711327591329991
Short-link