<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  CR956399.4	142604	AAGCTTGTCTCTATTCAAATTATTACTAGCCAACCAACCACCACTCACTT	142555
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT954251.5	92342	AAGCTTGTCTCTATTCAAATTATTACTAGCCAACCAACCACCACTCACTT	92391

C  CR956399.4	142554	TGTTAACAACCTCAACAACCACTGAGCTTGTAAAATAACCAAATGCAACA	142505
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT954251.5	92392	TGTTAACAACCTCAACAACCACTGAGCTTGTAAAATAACCAAATGCAACA	92441

C  CR956399.4	142504	GAACACCAAGAAATTGCTGTACTAAGTGATTTCATTCCAGCTGAACTTTC	142455
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT954251.5	92442	GAACACCAAGAAATTGCTGTACTAAGTGATTTCATTCCAGCTGAACTTTC	92491

C  CR956399.4	142454	TGCATAGAAAAACTCTAGAAGTCCAATAAGTGTAAACATGTCTGCAGCTC	142405
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT954251.5	92492	TGCATAGAAAAACTCTAGAAGTCCAATAAGTGTAAACATGTCTGCAGCTC	92541

C  CR956399.4	142404	CAAAAATAGCATATTGAAAACCCAACCAAAAAACACTCATTGGTAAAGGC	142355
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT954251.5	92542	CAAAAATAGCATATTGAAAACCCAACCAAAAAACACTCATTGGTAAAGGC	92591

C  CR956399.4	142354	TCCGTGCTATCTACCATATTATGTTCTATGGCTACAGATTTTCGACGTGT	142305
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT954251.5	92592	TCCGTGCTATCTACCATATTATGTTCTATGGCTACAGATTTTCGACGTGT	92641

C  CR956399.4	142304	TTCGACAAAACCAGCAACTAACATTGATATAGCTGATAGAACCAATCCAA	142255
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT954251.5	92642	TTCGACAAAACCAGCAACTAACATTGATATAGCTGATAGAACCAATCCAA	92691

C  CR956399.4	142254	TTCCAATTCTTTGAAGGTGTCGGATTCCGGTTGGGATTCCTGTGATTCTT	142205
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT954251.5	92692	TTCCAATTCTTTGAAGGTGTCGGATTCCGGTTGGGATTCCTGTGATTCTT	92741

C  CR956399.4	142204	CGAATAAGCGGGACGAAAACTCGGTCGTATAGAGGAATTAGGACAAACAT	142155
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT954251.5	92742	CGAATAAGCGGGACGAAAACTCGGTCGTATAGAGGAATTAGGACAAACAT	92791

C  CR956399.4	142154	GAACAATAGAGGGATTACTGGGAGGGAGGGTCCTGGCATTTTGAATCCCA	142105
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT954251.5	92792	GAACAATAGAGGGATTACTGGGAGGGAGGGTCCTGGCATTTTGAATCCCA	92841

C  CR956399.4	142104	AGATGTTTGTGTCCAAGGTTGTGCTTTGTTGTATGCTGAAAGTTTGAAGC	142055
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT954251.5	92842	AGATGTTTGTGTCCAAGGTTGTGCTTTGTTGTATGCTGAAAGTTTGAAGC	92891

C  CR956399.4	142054	TGTGCTAAACATGTGTTCATAAATATTGTGCTTAATATGATTGGTAGCAT	142005
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT954251.5	92892	TGTGCTAAACATGTGTTCATAAATATTGTGCTTAATATGATTGGTAGCAT	92941

C  CR956399.4	142004	TCGGACTAGGATTTTTGTTTCTTCTACTTGTGTCACTGTGCAAAGATTCC	141955
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT954251.5	92942	TCGGACTAGGATTTTTGTTTCTTCTACTTGTGTCACTGTGCAAAGATTCC	92991

C  CR956399.4	141954	ATGATCCTGTACTGTTTCCCCCAACTGCTGCTCTGTCTAAGAATCTGAGA	141905
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT954251.5	92992	ATGATCCTGTACTGTTTCCCCCAACTGCTGCTCTGTCTAAGAATCTGAGA	93041

C  CR956399.4	141904	ATCCATTATTTTATTTTTTTTCAATAAGAAAGTAACGAATAATTAGTAAA	141855
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT954251.5	93042	ATCCATTATTTTATTTTTTTTCAATAAGAAAGTAACGAATAATTAGTAAA	93091

C  CR956399.4	141854	TACAATGATCATGTTGCATTAAATTTATTTAGATGAATTAAAAATCAAAT	141805
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT954251.5	93092	TACAATGATCATGTTGCATTAAATTTATTTAGATGAATTAAAAATCAAAT	93141

C  CR956399.4	141804	ATGTTTCGTTATATATTATAACCTGAATTGATCAGTCCTCTTAAGGATTT	141755
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT954251.5	93142	ATGTTTCGTTATATATTATAACCTGAATTGATCAGTCCTCTTAAGGATTT	93191

C  CR956399.4	141754	CATAACTGTCTCCTCTTTCTTTTTCATGGATCTCATGCATTTCTTCTGCA	141705
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT954251.5	93192	CATAACTGTCTCCTCTTTCTTTTTCATGGATCTCATGCATTTCTTCTGCA	93241

C  CR956399.4	141704	TTCTCAGGAATTTCGAGTTTTCTGTTTTTGAAGGCTGCCACAAACACCTG	141655
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT954251.5	93242	TTCTCAGGAATTTCGAGTTTTCTGTTTTTGAAGGCTGCCACAAACACCTG	93291

C  CR956399.4	141654	AAAGTTCAACAAATTTAAATATGCATCATAATTAAATTTCCCTATAAAGT	141605
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT954251.5	93292	AAAGTTCAACAAATTTAAATATGCATCATAATTAAATTTCCCTATAAAGT	93341

C  CR956399.4	141604	ACAATAACATTTTGAGGATAATGTTATTTACCTGTATGATTCTAATTAGA	141555
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT954251.5	93342	ACAATAACATTTTGAGGATAATGTTATTTACCTGTATGATTCTAATTAGA	93391

C  CR956399.4	141554	GGACTTCCCTTTGGAGTATTGTTTCTGTAGAATGACTTACCCATGCAAAT	141505
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT954251.5	93392	GGACTTCCCTTTGGAGTATTGTTTCTGTAGAATGACTTACCCATGCAAAT	93441

C  CR956399.4	141504	AGACAGAATTGATAGAAAGACTGCTATAGTGCATACAGTAAAACTCCAAT	141455
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT954251.5	93442	AGACAGAATTGATAGAAAGACTGCTATAGTGCATACAGTAAAACTCCAAT	93491

C  CR956399.4	141454	ACCATCCTTGGTTAGAACTAATCCAATTAATGAAAGTAACACCAAATATT	141405
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT954251.5	93492	ACCATCCTTGGTTAGAACTAATCCAATTAATGAAAGTAACACCAAATATT	93541

C  CR956399.4	141404	GCTCCTGTGGTAAGGCTAAGTAAGAACCAATTAAAAAAGCTTGAAAGTTG	141355
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT954251.5	93542	GCTCCTGTGGTAAGGCTAAGTAAGAACCAATTAAAAAAGCTTGAAAGTTG	93591

C  CR956399.4	141354	AGCTGCTTCTTTTGGATCTTTATCATCAAATTGGTCAGCTCCTAAGGCTG	141305
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT954251.5	93592	AGCTGCTTCTTTTGGATCTTTATCATCAAATTGGTCAGCTCCTAAGGCTG	93641

C  CR956399.4	141304	GTAAAGCTGCTTTAACACCACTTGTTCCTAATGCAAAAAGGTATAGTCCT	141255
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT954251.5	93642	GTAAAGCTGCTTTAACACCACTTGTTCCTAATGCAAAAAGGTATAGTCCT	93691

C  CR956399.4	141254	GTATAAAGTATAGCTGCTTGGCTTCCATTAGCAGGCTCACATTGGTTCAT	141205
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT954251.5	93692	GTATAAAGTATAGCTGCTTGGCTTCCATTAGCAGGCTCACATTGGTTCAT	93741

C  CR956399.4	141204	ATCAATTGGTGCTATATCTTTGCAAGGAATTGGTCTTAATTGTTGGAAAC	141155
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT954251.5	93742	ATCAATTGGTGCTATATCTTTGCAAGGAATTGGTCTTAATTGTTGGAAAC	93791

C  CR956399.4	141154	GTGCTTGAATTGTTAGGATACCATATCCCTGCAATTAAAAGACCATAGGA	141105
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT954251.5	93792	GTGCTTGAATTGTTAGGATACCATATCCCTGCAATTAAAAGACCATAGGA	93841

C  CR956399.4	141104	TTAATCATAGGATTGACCACGTCGTGATGCTGAAAGGACATATATAATCA	141055
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT954251.5	93842	TTAATCATAGGATTGACCACGTCGTGATGCTGAAAGGACATATATAATCA	93891

C  CR956399.4	141054	TCATTATTGAGCTATGCTATGTTCACACTCATTTTTCTTACACCCTAGCT	141005
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT954251.5	93892	TCATTATTGAGCTATGCTATGTTCACACTCATTTTTCTTACACCCTAGCT	93941

C  CR956399.4	141004	ATCCCTACATTACCAACCACAGGACCCCTCTTCACCTTGTTTGTTGTACC	140955
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT954251.5	93942	ATCCCTACATTACCAACCACAGGACCCCTCTTCACCTTGTTTGTTGTACC	93991

C  CR956399.4	140954	GTGAAATGCAAGTAAAGATAATAAAAATGAGAGCACTAGTTATTAATCAG	140905
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT954251.5	93992	GTGAAATGCAAGTAAAGATAATAAAAATGAGAGCACTAGTTATTAATCAG	94041

C  CR956399.4	140904	TTTTTAAAATTAACAAAGAATAACAAGTCACTTTGGTCGTCAAAACATCG	140855
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT954251.5	94042	TTTTTAAAATTAACAAAGAATAACAAGTCACTTTGGTCGTCAAAACATCG	94091

C  CR956399.4	140854	CCAAATGTATATTTTGAATGTCAATTTGATCCTTCGACACGTCTTTCATT	140805
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT954251.5	94092	CCAAATGTATATTTTGAATGTCAATTTGATCCTTCGACACGTCTTTCATT	94141

C  CR956399.4	140804	AGTTAATTTGATTCTCAAATGTGTTTTCAATTATACTACTAATAAAAGAT	140755
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT954251.5	94142	AGTTAATTTGATTCTCAAATGTGTTTTCAATTATACTACTAATAAAAGAT	94191

C  CR956399.4	140754	ACACTCTGATGATATTTTTGCATTATCGAAAAAATTGATAGCAAGAGAAA	140705
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT954251.5	94192	ACACTCTGATGATATTTTTGCATTATCGAAAAAATTGATAGCAAGAGAAA	94241

C  CR956399.4	140704	TTGATTAAACTTACCAACAATTCCATGCTTGCAAACAGAACACAAGTCTT	140655
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT954251.5	94242	TTGATTAAACTTACCAACAATTCCATGCTTGCAAACAGAACACAAGTCTT	94291

C  CR956399.4	140654	GAACCTAGACAAATATGTATCAGAAATTAATCCACCTAGGAGTGGTAGTA	140605
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT954251.5	94292	GAACCTAGACAAATATGTATCAGAAATTAATCCACCTAGGAGTGGTAGTA	94341

Overview

Query
CR956399.4 - 142604 bps
Hit
CT954251.5 - 94341 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
110019322000140605142604-192342943411
Short-link