<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU104689.9	1	TATTTTTCTCTAAAATTTATGTAGCACAAATAAATCTCGGATTTACTCAA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT954229.11	124390	TATTTTTCTCTAAAATTTATGTAGCACAAATAAATCTCGGATTTACTCAA	124439

CU104689.9	51	AACCTTTTTCGGTTCCTATTTATTTTATCACTTCCACGTATATATAACCC	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT954229.11	124440	AACCTTTTTCGGTTCCTATTTATTTTATCACTTCCACGTATATATAACCC	124489

CU104689.9	101	CCTCTCTAAAAAGTATAAAATCACACTCTCTCTTACTCACACTCACACTC	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT954229.11	124490	CCTCTCTAAAAAGTATAAAATCACACTCTCTCTTACTCACACTCACACTC	124539

CU104689.9	151	ACACCCTACAAGGCTTCCTAAAACCGTAGAGTTTTTGTGCTAGGAAGAAA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT954229.11	124540	ACACCCTACAAGGCTTCCTAAAACCGTAGAGTTTTTGTGCTAGGAAGAAA	124589

CU104689.9	201	AACATTTAAGGCAAGAGCTTTTCTATACAAGTCAAAATTAGACTTGATTT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT954229.11	124590	AACATTTAAGGCAAGAGCTTTTCTATACAAGTCAAAATTAGACTTGATTT	124639

CU104689.9	251	AGGTGTTGTTTATGCATGTTTGGTGTTTATAGTAAAATAAAAATAAAAAG	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT954229.11	124640	AGGTGTTGTTTATGCATGTTTGGTGTTTATAGTAAAATAAAAATAAAAAG	124689

CU104689.9	301	GCTTAATTTTTATGATAATAGAATGTTGTGCTTGAAAACCTCTTTGATTT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT954229.11	124690	GCTTAATTTTTATGATAATAGAATGTTGTGCTTGAAAACCTCTTTGATTT	124739

CU104689.9	351	TTTTTTTGGTTACGAAAACCTCTTTGATTAATCAAGAGAGAATAATTTTA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT954229.11	124740	TTTTTTTGGTTACGAAAACCTCTTTGATTAATCAAGAGAGAATAATTTTA	124789

CU104689.9	401	ATGCAACATATATTCTTGGCTGTACTTTTCTTAAGAGATGACAGTTTGGA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT954229.11	124790	ATGCAACATATATTCTTGGCTGTACTTTTCTTAAGAGATGACAGTTTGGA	124839

CU104689.9	451	TTATTATTATTATATGATATGATGATATATGGTTTTGGGTTGAACGTAAG	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT954229.11	124840	TTATTATTATTATATGATATGATGATATATGGTTTTGGGTTGAACGTAAG	124889

CU104689.9	501	TATGAAATAATAAAAATGAAAATTTTATAATAAGATTGTCTTTGGGGTCA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT954229.11	124890	TATGAAATAATAAAAATGAAAATTTTATAATAAGATTGTCTTTGGGGTCA	124939

CU104689.9	551	TGTGTATAATATCATTTTAATTTTGTGGGTGTGTAAGTGACAGGATTGTA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT954229.11	124940	TGTGTATAATATCATTTTAATTTTGTGGGTGTGTAAGTGACAGGATTGTA	124989

CU104689.9	601	TTTTTGTTGTTAACCTCTTAGTACAACATATGCATCTCTTTGACTTAGTT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT954229.11	124990	TTTTTGTTGTTAACCTCTTAGTACAACATATGCATCTCTTTGACTTAGTT	125039

CU104689.9	651	GCAGTTGAATTTTACTGATGGGTAATTATATCCGGATCACCCTAGTCTTA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT954229.11	125040	GCAGTTGAATTTTACTGATGGGTAATTATATCCGGATCACCCTAGTCTTA	125089

CU104689.9	701	CAAGCATACACATTTTAATTTATTTATTTTTATCGTCAAACTGAATTAAG	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT954229.11	125090	CAAGCATACACATTTTAATTTATTTATTTTTATCGTCAAACTGAATTAAG	125139

CU104689.9	751	GACTAATAGAAAATAAATAACTTTTTGTGATTGAAATTATGGCAAACTTT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT954229.11	125140	GACTAATAGAAAATAAATAACTTTTTGTGATTGAAATTATGGCAAACTTT	125189

CU104689.9	801	CTTTAAATACACATATTTATTTATTTACTACTTTTAGGAAAACCACTAAC	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT954229.11	125190	CTTTAAATACACATATTTATTTATTTACTACTTTTAGGAAAACCACTAAC	125239

CU104689.9	851	ACAAACTAATTAAACTATGCAACTTTAATTTATCTATGCAGGATTCACAT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT954229.11	125240	ACAAACTAATTAAACTATGCAACTTTAATTTATCTATGCAGGATTCACAT	125289

CU104689.9	901	GTCCAAGTCCCATATTGTACTAGCTGATACTTGAAGTGTTTGGTGCACCC	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT954229.11	125290	GTCCAAGTCCCATATTGTACTAGCTGATACTTGAAGTGTTTGGTGCACCC	125339

CU104689.9	951	TTAGCCACAGTCTTTACTTTTGTCCCATTGTTACAAGTCTCTGACAATTT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT954229.11	125340	TTAGCCACAGTCTTTACTTTTGTCCCATTGTTACAAGTCTCTGACAATTT	125389

CU104689.9	1001	ATATTCACGTGTGTGAAACTTGCATCCTGTGTATTATTCAGCACTATATA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT954229.11	125390	ATATTCACGTGTGTGAAACTTGCATCCTGTGTATTATTCAGCACTATATA	125439

CU104689.9	1051	GTACACCCTCTCTGTGTAATTTCTACACAAACTAACATGGATGCTAGAAA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT954229.11	125440	GTACACCCTCTCTGTGTAATTTCTACACAAACTAACATGGATGCTAGAAA	125489

CU104689.9	1101	TTTGTTGAAGTTCCTGGTTTTTTCATTTGGTATAGCACTAGTTATACTTG	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT954229.11	125490	TTTGTTGAAGTTCCTGGTTTTTTCATTTGGTATAGCACTAGTTATACTTG	125539

CU104689.9	1151	CTACCTGGTTTCACCTTCCTTCATCATTCAACAAAGAAGCTCTAGACTGC	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT954229.11	125540	CTACCTGGTTTCACCTTCCTTCATCATTCAACAAAGAAGCTCTAGACTGC	125589

CU104689.9	1201	AACATCTTCTCTGGATGGTGCACCTCAAAGAACCGTTTTCAATCTTCAAA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT954229.11	125590	AACATCTTCTCTGGATGGTGCACCTCAAAGAACCGTTTTCAATCTTCAAA	125639

CU104689.9	1251	TCCAATCCACAAACCATCCTTCTCCACTCGCCGTCAACAACCAAACCATG	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT954229.11	125640	TCCAATCCACAAACCATCCTTCTCCACTCGCCGTCAACAACCAAACCATG	125689

CU104689.9	1301	AATCCGATGAACCTCGCCACCCTTTAGACCCTCTAACCATCCAAGAATTC	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT954229.11	125690	AATCCGATGAACCTCGCCACCCTTTAGACCCTCTAACCATCCAAGAATTC	125739

CU104689.9	1351	AACAAAGTTCGTGCGATCCTCTCGACACACCCTCTTTTTAAGTCCTCAAA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT954229.11	125740	AACAAAGTTCGTGCGATCCTCTCGACACACCCTCTTTTTAAGTCCTCAAA	125789

CU104689.9	1401	CAGTTACACTCTCAATTCCATTGTTCTAGAAGAACCAGACAAAGAACTTG	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT954229.11	125790	CAGTTACACTCTCAATTCCATTGTTCTAGAAGAACCAGACAAAGAACTTG	125839

CU104689.9	1451	TCCTCAAATGGAAAAATGGTCAACCATTACTTCCTAGGAAAGCCTCTGTG	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT954229.11	125840	TCCTCAAATGGAAAAATGGTCAACCATTACTTCCTAGGAAAGCCTCTGTG	125889

CU104689.9	1501	GTTGCACTTGATAAACGTGTCACTCACACTCTCACTGTTGATCTTAGCAC	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT954229.11	125890	GTTGCACTTGATAAACGTGTCACTCACACTCTCACTGTTGATCTTAGCAC	125939

CU104689.9	1551	AAGTGAAATAACCAACCATGAAACAAGGCCAGGTTCTTCTGGATACCCTA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT954229.11	125940	AAGTGAAATAACCAACCATGAAACAAGGCCAGGTTCTTCTGGATACCCTA	125989

CU104689.9	1601	CAATGACACTTGAGGAAATGGTTGCTGTACTCGATGTTCCATTGAAGAGT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT954229.11	125990	CAATGACACTTGAGGAAATGGTTGCTGTACTCGATGTTCCATTGAAGAGT	126039

CU104689.9	1651	GGCGAGTTTAACAGCACGATTAGAAAACGCGGTGTGAATTTAGCAGACCT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT954229.11	126040	GGCGAGTTTAACAGCACGATTAGAAAACGCGGTGTGAATTTAGCAGACCT	126089

CU104689.9	1701	TGCATGCCTTCCAGTCGCTTCAGGGTGGTATGGAACACCGGTTGAAGAGA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT954229.11	126090	TGCATGCCTTCCAGTCGCTTCAGGGTGGTATGGAACACCGGTTGAAGAGA	126139

CU104689.9	1751	ATAGAAGATTGATTAAGGTGCAGTGTTATTCAAGCAAAGGCACTGTCAAT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT954229.11	126140	ATAGAAGATTGATTAAGGTGCAGTGTTATTCAAGCAAAGGCACTGTCAAT	126189

CU104689.9	1801	TTCTACATGAAACCGATAGAAGGTTTAACTGTGTTGGTTGATATGGATAA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT954229.11	126190	TTCTACATGAAACCGATAGAAGGTTTAACTGTGTTGGTTGATATGGATAA	126239

CU104689.9	1851	GAGAGAGGTTGTGTCCATTACAGATAATGGACTAAACATTCCTGTCGCAA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT954229.11	126240	GAGAGAGGTTGTGTCCATTACAGATAATGGACTAAACATTCCTGTCGCAA	126289

CU104689.9	1901	ATGGTATCGACACTGATTACCGTTACTCAGTTCAGAAACTCAACGGAGAG	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT954229.11	126290	ATGGTATCGACACTGATTACCGTTACTCAGTTCAGAAACTCAACGGAGAG	126339

CU104689.9	1951	TTGAACTTGATAAATCCAATTTCCTTGGAACAACCAAAAGGTCCAAGCTT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT954229.11	126340	TTGAACTTGATAAATCCAATTTCCTTGGAACAACCAAAAGGTCCAAGCTT	126389

Overview

Query
CU104689.9 - 86440 bps
Hit
CT954229.11 - 126389 bps
Total alignments
2
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100193420001200011243901263891
294.8763782006020137176670767471
Short-link