<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

  CR940305.16	132590	TCGAAATTCTAATACTAACAACTTGTTTACACACTTATATTCCAAGGATA	132639
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT868739.5	54465	TCGAAATTCTAATACTAACAACTTGTTTACACACTTATATTCCAAGGATA	54416

  CR940305.16	132640	AAAGGCACCCATGGTTGACCAGAGGAGATTAATTATATGGATGACTATTA	132689
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT868739.5	54415	AAAGGCACCCATGGTTGACCAGAGGAGATTAATTATATGGATGACTATTA	54366

  CR940305.16	132690	GAGTTGAGATATATGTTTACTTATAGAATAATGATATTTAAACATTCAAA	132739
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT868739.5	54365	GAGTTGAGATATATGTTTACTTATAGAATAATGATATTTAAACATTCAAA	54316

  CR940305.16	132740	TCATCACATATATCTTGGATAAATCCTATATTTTAATCGATATTGTTTAT	132789
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT868739.5	54315	TCATCACATATATCTTGGATAAATCCTATATTTTAATCGATATTGTTTAT	54266

  CR940305.16	132790	ATTAAATTAAACAATTCATTTCTAATAAGTTAATCTCAACTCTTCGAAAT	132839
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT868739.5	54265	ATTAAATTAAACAATTCATTTCTAATAAGTTAATCTCAACTCTTCGAAAT	54216

  CR940305.16	132840	CCATAAACCATCCGATTGCAATTGCAGTAAAAAAAAATAAAAAAAATGAG	132889
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT868739.5	54215	CCATAAACCATCCGATTGCAATTGCAGTAAAAAAAAATAAAAAAAATGAG	54166

  CR940305.16	132890	TGCATGCAATCTATTTGCCCTCATTGGGATGATCTAACAAGGTTAAGTGG	132939
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT868739.5	54165	TGCATGCAATCTATTTGCCCTCATTGGGATGATCTAACAAGGTTAAGTGG	54116

  CR940305.16	132940	ATTATTTATTTTTATTAAAAAACAAAATTGGTTACGTGGAATATATGAGG	132989
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT868739.5	54115	ATTATTTATTTTTATTAAAAAACAAAATTGGTTACGTGGAATATATGAGG	54066

  CR940305.16	132990	ACTTGCGCGTGAAACATTAAAAATGGAAGAAACCCAACGTGAAAAACAAG	133039
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT868739.5	54065	ACTTGCGCGTGAAACATTAAAAATGGAAGAAACCCAACGTGAAAAACAAG	54016

  CR940305.16	133040	AGCTATGAAAGGCTCAATGACGGTATAAAAGAGAGCACTACCACTCGGTT	133089
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT868739.5	54015	AGCTATGAAAGGCTCAATGACGGTATAAAAGAGAGCACTACCACTCGGTT	53966

  CR940305.16	133090	TGGCTTAGAATTCAATCACCACTTCCACTACCTCAATTTCCTTCACTCCC	133139
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT868739.5	53965	TGGCTTAGAATTCAATCACCACTTCCACTACCTCAATTTCCTTCACTCCC	53916

  CR940305.16	133140	ATTTCCATTTAATTGACAAAACTTAGACTTCAATATTCCAAATTCCAAAT	133189
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT868739.5	53915	ATTTCCATTTAATTGACAAAACTTAGACTTCAATATTCCAAATTCCAAAT	53866

  CR940305.16	133190	TATTCAAACCTCATTTTCAATTCCAACATCAAAATCAACACTCTACAAAT	133239
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT868739.5	53865	TATTCAAACCTCATTTTCAATTCCAACATCAAAATCAACACTCTACAAAT	53816

  CR940305.16	133240	TCACACGCTTCTTTCCTTCACATCACTCGTTTTACCACCACACTTTATAT	133289
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT868739.5	53815	TCACACGCTTCTTTCCTTCACATCACTCGTTTTACCACCACACTTTATAT	53766

  CR940305.16	133290	TTGGCCTCTAGATTCCCCCAAATAACTAATTGGCTCTTCCAAAACTCATT	133339
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT868739.5	53765	TTGGCCTCTAGATTCCCCCAAATAACTAATTGGCTCTTCCAAAACTCATT	53716

  CR940305.16	133340	TTCCAATTAATCTATTCCAAGGCAACACCTAACATAAACCAAAACCACTC	133389
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT868739.5	53715	TTCCAATTAATCTATTCCAAGGCAACACCTAACATAAACCAAAACCACTC	53666

  CR940305.16	133390	TAATTGGTTCATTCCTATTCCTATTCCTATTCCTATTCCTATTCATACTT	133439
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT868739.5	53665	TAATTGGTTCATTCCTATTCCTATTCCTATTCCTATTCCTATTCATACTT	53616

  CR940305.16	133440	CTTCTTCGTACAATCTAACCCAAACCCATAAAAACAAAACCCCCTTCTTC	133489
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT868739.5	53615	CTTCTTCGTACAATCTAACCCAAACCCATAAAAACAAAACCCCCTTCTTC	53566

  CR940305.16	133490	TTATCTTCTTTCTACCCTTCATGTCTTAATCAAACCACCCCATATCTTTT	133539
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT868739.5	53565	TTATCTTCTTTCTACCCTTCATGTCTTAATCAAACCACCCCATATCTTTT	53516

  CR940305.16	133540	TGTCTTTCTCTTCCTCTTCCTCTTATTTTTCACCAATTTTGTCATCTTTT	133589
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT868739.5	53515	TGTCTTTCTCTTCCTCTTCCTCTTATTTTTCACCAATTTTGTCATCTTTT	53466

  CR940305.16	133590	TAATTTATTTCTCTAATTATTCTTCTCCTCAAATATTCCACAGCTCCTTC	133639
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT868739.5	53465	TAATTTATTTCTCTAATTATTCTTCTCCTCAAATATTCCACAGCTCCTTC	53416

  CR940305.16	133640	TTCAACCACATACCCCTTTTAACTTTTCCTTCTTAGTTTCCTCAGAACTC	133689
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT868739.5	53415	TTCAACCACATACCCCTTTTAACTTTTCCTTCTTAGTTTCCTCAGAACTC	53366

  CR940305.16	133690	ATTCTATAACAAAAAAAAAAAATCAAATTTTGAGGGTACCCTTTAGTTTG	133739
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT868739.5	53365	ATTCTATAACAAAAAAAAAAAATCAAATTTTGAGGGTACCCTTTAGTTTG	53316

  CR940305.16	133740	TTTCACCCTCTTAAAGGGTTTTGAAACTTTTTTTCCTCTTTTTTTGTTAC	133789
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT868739.5	53315	TTTCACCCTCTTAAAGGGTTTTGAAACTTTTTTTCCTCTTTTTTTGTTAC	53266

  CR940305.16	133790	AATGGAAAGCCCTGCAATTTGGGGTTTTTATGCAACGATGTTTATGAGTC	133839
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT868739.5	53265	AATGGAAAGCCCTGCAATTTGGGGTTTTTATGCAACGATGTTTATGAGTC	53216

  CR940305.16	133840	CTATGTTGTTAGTGTTTTTCTTAGGAATTATTGTTGGTTGGTTATGGAAA	133889
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT868739.5	53215	CTATGTTGTTAGTGTTTTTCTTAGGAATTATTGTTGGTTGGTTATGGAAA	53166

  CR940305.16	133890	CCGAAATGGATTAGTTCATTGGCTAAGTCATTTGATTTAGCTTCACCAAT	133939
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT868739.5	53165	CCGAAATGGATTAGTTCATTGGCTAAGTCATTTGATTTAGCTTCACCAAT	53116

  CR940305.16	133940	TTCGGATTCTCCTATATTTTCGCCATTGAAATTCTATTCTTCTTTGTCTC	133989
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT868739.5	53115	TTCGGATTCTCCTATATTTTCGCCATTGAAATTCTATTCTTCTTTGTCTC	53066

  CR940305.16	133990	CTTGTGTTAATTCTTCCATTACAATGCAAACTCCAAACCCTGATTCTTTG	134039
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT868739.5	53065	CTTGTGTTAATTCTTCCATTACAATGCAAACTCCAAACCCTGATTCTTTG	53016

  CR940305.16	134040	TGCATCAATAAAGAGATCAATAAAAAGGGTTCATCTTCTTCTTCACCCAC	134089
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT868739.5	53015	TGCATCAATAAAGAGATCAATAAAAAGGGTTCATCTTCTTCTTCACCCAC	52966

  CR940305.16	134090	CAATTTTGATAGTTCCACAAGGTAATTTTCCATTAATTGAATAAATAAGT	134139
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT868739.5	52965	CAATTTTGATAGTTCCACAAGGTAATTTTCCATTAATTGAATAAATAAGT	52916

  CR940305.16	134140	TAATTGTATATATTTAAAGTTTATGTTTTTCCTGTTATTGAGGAATTAGG	134189
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT868739.5	52915	TAATTGTATATATTTAAAGTTTATGTTTTTCCTGTTATTGAGGAATTAGG	52866

  CR940305.16	134190	TATATTATTTTTGATTTGTTAATTGTCGTCACCCTTTGGAATTTTATATG	134239
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT868739.5	52865	TATATTATTTTTGATTTGTTAATTGTCGTCACCCTTTGGAATTTTATATG	52816

  CR940305.16	134240	TTGAATAGTAGTTAATTTATGAAATAACGATTGAATTAATCCGTAATTGG	134289
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT868739.5	52815	TTGAATAGTAGTTAATTTATGAAATAACGATTGAATTAATCCGTAATTGG	52766

  CR940305.16	134290	TCTATGATGGTGCTTTATATTTGTTTTTTTATCCTTAACTACTAGTGAAA	134339
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT868739.5	52765	TCTATGATGGTGCTTTATATTTGTTTTTTTATCCTTAACTACTAGTGAAA	52716

  CR940305.16	134340	TTGGGAATTAAAGATAGTAGGATAAAGCTAATTTGGATATTTTGTTAACC	134389
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT868739.5	52715	TTGGGAATTAAAGATAGTAGGATAAAGCTAATTTGGATATTTTGTTAACC	52666

  CR940305.16	134390	AATTTTGGATAAGTTTGAAAATTTGGGTTGAATGGGTGGTGTCATAAGTA	134439
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT868739.5	52665	AATTTTGGATAAGTTTGAAAATTTGGGTTGAATGGGTGGTGTCATAAGTA	52616

  CR940305.16	134440	TGAAAATTTTAGTGTTGTTTGAATGTTTAATTCGCTATGATATGTTATTG	134489
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT868739.5	52615	TGAAAATTTTAGTGTTGTTTGAATGTTTAATTCGCTATGATATGTTATTG	52566

  CR940305.16	134490	ACTTATTTTTGACTTTGTTTAACTATGCAGTTCTAACAAATCTGGTGAAG	134539
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT868739.5	52565	ACTTATTTTTGACTTTGTTTAACTATGCAGTTCTAACAAATCTGGTGAAG	52516

  CR940305.16	134540	ATACTTCTAATGGTGTTACAATCGATGATTTACATCATTTATACAAGCTT	134589
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CT868739.5	52515	ATACTTCTAATGGTGTTACAATCGATGATTTACATCATTTATACAAGCTT	52466

Overview

Query
CR940305.16 - 134589 bps
Hit
CT868739.5 - 54465 bps
Total alignments
7
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001876200013259013458915246654465-1
288.054167253992546511189711965-1
382.683207628806988830137941386961
487.91302158939689610138479386961
587.0413630111775611805614272343026-1
689.347412211828511840614236742488-1
793.65466311840311846514021240274-1
Short-link