<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CT009484.8	1	AAGCTTTAGATCTCATAACTCAAAATGGACACCTACCTATTATTGTAGGA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT868738.21	83232	AAGCTTTAGATCTCATAACTCAAAATGGACACCTACCTATTATTGTAGGA	83281

CT009484.8	51	GGGTCAAATTCTTACCTTAAAAAACTACTCGAGGACCCAACTAATGCATT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT868738.21	83282	GGGTCAAATTCTTACCTTAAAAAACTACTCGAGGACCCAACTAATGCATT	83331

CT009484.8	101	TCATTCAAAATACGATTGCTGTTTTATTTGGCTCGATGTGTCTTTACCTA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT868738.21	83332	TCATTCAAAATACGATTGCTGTTTTATTTGGCTCGATGTGTCTTTACCTA	83381

CT009484.8	151	TTTTGTTTCCATATTTGGACAAAAGAGTTGATGAAATGGTTGCGGCAGGG	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT868738.21	83382	TTTTGTTTCCATATTTGGACAAAAGAGTTGATGAAATGGTTGCGGCAGGG	83431

CT009484.8	201	ATGGTAGATGAGATAAGAGACTTTTTTGTACTTGGAGCAGATAACACAAA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT868738.21	83432	ATGGTAGATGAGATAAGAGACTTTTTTGTACTTGGAGCAGATAACACAAA	83481

CT009484.8	251	AGGAATAAGAAGGGCAATTGGGGTTCCTGAGCTCGACTCTTATTTTGAAA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT868738.21	83482	AGGAATAAGAAGGGCAATTGGGGTTCCTGAGCTCGACTCTTATTTTGAAA	83531

CT009484.8	301	TGGAAATGAAAAAAGGTATAGATGATGCTGAAAAGGAAAAGATATTAAAG	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT868738.21	83532	TGGAAATGAAAAAAGGTATAGATGATGCTGAAAAGGAAAAGATATTAAAG	83581

CT009484.8	351	GAATCGATTAGAAAAACCAAACAAAACACCTTCATATTGGCTGAAAATCA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT868738.21	83582	GAATCGATTAGAAAAACCAAACAAAACACCTTCATATTGGCTGAAAATCA	83631

CT009484.8	401	ATTGTCGAAGATCCAAAATATGGCTGATACCCTTGGATCGATGATAATCA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT868738.21	83632	ATTGTCGAAGATCCAAAATATGGCTGATACCCTTGGATCGATGATAATCA	83681

CT009484.8	451	AAATTGATTCTACAGAAGTCTTTAAAGCCATTTTAAGGGGTGAAGATTAT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT868738.21	83682	AAATTGATTCTACAGAAGTCTTTAAAGCCATTTTAAGGGGTGAAGATTAT	83731

CT009484.8	501	CAAAAATTGCATCATGAGATTGTGATTAAGCCAAGCATGAAAATAGTGAA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT868738.21	83732	CAAAAATTGCATCATGAGATTGTGATTAAGCCAAGCATGAAAATAGTGAA	83781

CT009484.8	551	GAGATTTCTAGAGGGGACAAGCTATGGATTCAGAAATGCAAAATATTCAA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT868738.21	83782	GAGATTTCTAGAGGGGACAAGCTATGGATTCAGAAATGCAAAATATTCAA	83831

CT009484.8	601	ATGAAAATGGGAAACACACACTGAATGGTGTTTGAAACATTTGAACAAAA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT868738.21	83832	ATGAAAATGGGAAACACACACTGAATGGTGTTTGAAACATTTGAACAAAA	83881

CT009484.8	651	ATTACATTTTTATTCTTGATTATTTTCATTTGGGTATAAGAAATGCATGA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT868738.21	83882	ATTACATTTTTATTCTTGATTATTTTCATTTGGGTATAAGAAATGCATGA	83931

CT009484.8	701	TCTTTTTGTCTTATTTTTCTCTCGGAATAAATTTTAGGTGGGTGGGTTTT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT868738.21	83932	TCTTTTTGTCTTATTTTTCTCTCGGAATAAATTTTAGGTGGGTGGGTTTT	83981

CT009484.8	751	TCGGATTTCATCATCTTATTGTAATAAGTAATGCATAAAATTAACCAAAA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT868738.21	83982	TCGGATTTCATCATCTTATTGTAATAAGTAATGCATAAAATTAACCAAAA	84031

CT009484.8	801	AAATTATGCAAAATTAGTTCATTGCTTTTTGACACAAATTTAAGAGTTGT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT868738.21	84032	AAATTATGCAAAATTAGTTCATTGCTTTTTGACACAAATTTAAGAGTTGT	84081

CT009484.8	851	TGACAAGAATCAAATTATACGACGTATGTAAATTTTTGTCTTGTAATTAA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT868738.21	84082	TGACAAGAATCAAATTATACGACGTATGTAAATTTTTGTCTTGTAATTAA	84131

CT009484.8	901	TTGTAGTTTTATGAATAATAATAATATTATAAAATTGAACTAGCGTCAAT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT868738.21	84132	TTGTAGTTTTATGAATAATAATAATATTATAAAATTGAACTAGCGTCAAT	84181

CT009484.8	951	TATTCCAAACAGTAAGACTTAAAAGCTTAATACCCTTCCAAGTGAGAAAC	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT868738.21	84182	TATTCCAAACAGTAAGACTTAAAAGCTTAATACCCTTCCAAGTGAGAAAC	84231

CT009484.8	1001	TTCACCAACTAGAACAAGAGCTGGAGGTGAATTTCAGATACTGGTTCTGA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT868738.21	84232	TTCACCAACTAGAACAAGAGCTGGAGGTGAATTTCAGATACTGGTTCTGA	84281

CT009484.8	1051	TAATTCTTGGTTTTCTACACGTGAGATGGAGGTTAAGGTGTGAAGGAAAT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT868738.21	84282	TAATTCTTGGTTTTCTACACGTGAGATGGAGGTTAAGGTGTGAAGGAAAT	84331

CT009484.8	1101	TAAACAATTTCTAATTGTTTAATATCTTATCTGGTCCATTATCATTAAGA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT868738.21	84332	TAAACAATTTCTAATTGTTTAATATCTTATCTGGTCCATTATCATTAAGA	84381

CT009484.8	1151	CATTAAACTTGCCTAGATTTATTTCTGATTTTTGAGCAAGTTAAGTGTGA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT868738.21	84382	CATTAAACTTGCCTAGATTTATTTCTGATTTTTGAGCAAGTTAAGTGTGA	84431

CT009484.8	1201	ATTCTTATATTTTTTTTTTTTCACTTTGTAGTTTTTGAATAATAATACTA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT868738.21	84432	ATTCTTATATTTTTTTTTTTTCACTTTGTAGTTTTTGAATAATAATACTA	84481

CT009484.8	1251	TAAAATTGAACTAGCGTCAATTAATTCAAACACAAGACATAAAAGCTGAA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT868738.21	84482	TAAAATTGAACTAGCGTCAATTAATTCAAACACAAGACATAAAAGCTGAA	84531

CT009484.8	1301	TATGTTACTCACGCTGCACTGCCACTTCAAGCTACGCCTGTTGAGCAAGA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT868738.21	84532	TATGTTACTCACGCTGCACTGCCACTTCAAGCTACGCCTGTTGAGCAAGA	84581

CT009484.8	1351	TGATGCTTGACGAGAAGATAAAGACTTTTATTGCGGGCTTTATCTCGTAA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT868738.21	84582	TGATGCTTGACGAGAAGATAAAGACTTTTATTGCGGGCTTTATCTCGTAA	84631

CT009484.8	1401	AGCCAAAGATGTCCGGGGTAGGGGACATAATCAATAGAACCTAGCTGGGG	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT868738.21	84632	AGCCAAAGATGTCCGGGGTAGGGGACATAATCAATAGAACCTAGCTGGGG	84681

CT009484.8	1451	TATAGTGAGGGTCATTTATAATCAGAACCTAGACTTGGGATTGTAACAAG	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT868738.21	84682	TATAGTGAGGGTCATTTATAATCAGAACCTAGACTTGGGATTGTAACAAG	84731

CT009484.8	1501	ATTTTGATTTTCTAAATTAGTTATTATACTCAGAGTTCAAAATTCTATGC	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT868738.21	84732	ATTTTGATTTTCTAAATTAGTTATTATACTCAGAGTTCAAAATTCTATGC	84781

CT009484.8	1551	CATTAAAATAATTTTATTCATACCTTCTCCATCACTTTAACTGAGATGCA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT868738.21	84782	CATTAAAATAATTTTATTCATACCTTCTCCATCACTTTAACTGAGATGCA	84831

CT009484.8	1601	ATGAAGAATTATGAAATATAGTGGAAATCACATGTTAATCTTTATCACAT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT868738.21	84832	ATGAAGAATTATGAAATATAGTGGAAATCACATGTTAATCTTTATCACAT	84881

CT009484.8	1651	AAATATTTGCAATATTAACACCACACTTGACATGAAAGTAGGAAAAGAGA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT868738.21	84882	AAATATTTGCAATATTAACACCACACTTGACATGAAAGTAGGAAAAGAGA	84931

CT009484.8	1701	AAAAGTTAACTATGAAAAAAATTCATAACTTCTACCTTCTATAATTTTAC	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT868738.21	84932	AAAAGTTAACTATGAAAAAAATTCATAACTTCTACCTTCTATAATTTTAC	84981

CT009484.8	1751	TATCTTTTGATGGATTTGTTTCTTATCTCAATTTCAATCATTTCTCAGTG	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT868738.21	84982	TATCTTTTGATGGATTTGTTTCTTATCTCAATTTCAATCATTTCTCAGTG	85031

CT009484.8	1801	CTACAATAAAAGATCATTCATTTATCAAGTTATGTATCATTTATCATTTC	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT868738.21	85032	CTACAATAAAAGATCATTCATTTATCAAGTTATGTATCATTTATCATTTC	85081

CT009484.8	1851	TTAGATAGCATACTATCTATGCCTGATCCAATCTGCAAAAATGTCTGTTG	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT868738.21	85082	TTAGATAGCATACTATCTATGCCTGATCCAATCTGCAAAAATGTCTGTTG	85131

CT009484.8	1901	TACCCTGATTTTGGACCTAAAAATACTCGTTCAAATTTCTTTTCTAACAC	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT868738.21	85132	TACCCTGATTTTGGACCTAAAAATACTCGTTCAAATTTCTTTTCTAACAC	85181

CT009484.8	1951	TGATATTTGTCAATTCTCTGTTATTTTACTCTGAATCTTTACTCTCTTTT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT868738.21	85182	TGATATTTGTCAATTCTCTGTTATTTTACTCTGAATCTTTACTCTCTTTT	85231

Overview

Query
CT009484.8 - 109089 bps
Hit
CT868738.21 - 85231 bps
Total alignments
21
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001890200012000183232852311
283.61445480497159679644-125426337711
383.47442280428250690547-125426337711
483.65234839781384817825-128421325801
593.6681210091079611804-132575335831
674.8188634426529368734-138582421101
785.3475180497159679644-138582467281
885.32474080428250690547-138582467281
985.02230440101384817857-141506455371
1093.9581810091079611804-145532465401
1185.09923170447416444-152558542531
1277.96145641196529769415-153157573471
1377.93145341197620780325-153157573471
1474.7888234388711090547-153823573471
1585.69897162348226444-158378599911
1675.4118941196529769415-158977631831
1775.4118941197620780325-158977631831
1891.37214129002934432243182207851261
1991.29214329013884241742182207851261
2087.2910061713105832107544182481842271
2189.2103915805975261331182550841701
Short-link