<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU179745.9	1	AATAATAATATTATAAAAGAAGTAAAGTTCTGCATTTTTGCCCTTGCTAT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT868736.5	125546	AATAATAATATTATAAAAGAAGTAAAGTTCTGCATTTTTGCCCTTGCTAT	125595

CU179745.9	51	CCCTTTAAAAACTCTTCAAATTTGTACTGCTATGTCTCAGGCGGGAAAAT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT868736.5	125596	CCCTTTAAAAACTCTTCAAATTTGTACTGCTATGTCTCAGGCGGGAAAAT	125645

CU179745.9	101	ACTAGGGTTTGTAATTTGGGACATAATTTACTTATTTACCCTTCACATTA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT868736.5	125646	ACTAGGGTTTGTAATTTGGGACATAATTTACTTATTTACCCTTCACATTA	125695

CU179745.9	151	GTCAAGTGATGCCACCACAATAAACCATTAGAGACAACTTCTTTTCTTTT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT868736.5	125696	GTCAAGTGATGCCACCACAATAAACCATTAGAGACAACTTCTTTTCTTTT	125745

CU179745.9	201	CTCCCTCACACGTTGCTCTTCTTCTCTGAAACAACATCTTTTCTTCTCCC	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT868736.5	125746	CTCCCTCACACGTTGCTCTTCTTCTCTGAAACAACATCTTTTCTTCTCCC	125795

CU179745.9	251	TCTTCACAACTCCAAAATCTATCTCTCTCTCCCACACACCAAACCTCTCT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT868736.5	125796	TCTTCACAACTCCAAAATCTATCTCTCTCTCCCACACACCAAACCTCTCT	125845

CU179745.9	301	TTCTTTCTCGTCCTCCTTCTCCCATTCTTTCACTCTCCCTCTCTCTTTCC	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT868736.5	125846	TTCTTTCTCGTCCTCCTTCTCCCATTCTTTCACTCTCCCTCTCTCTTTCC	125895

CU179745.9	351	ATCTCAAACCCTCCACCCTCTCCTCTACCGCAAGCCAGCATCCTCCTATC	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT868736.5	125896	ATCTCAAACCCTCCACCCTCTCCTCTACCGCAAGCCAGCATCCTCCTATC	125945

CU179745.9	401	ACCACCATCGCCATTCTCCTCCTCTCATTCCTTCACTCTCTCTTTCTCTG	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT868736.5	125946	ACCACCATCGCCATTCTCCTCCTCTCATTCCTTCACTCTCTCTTTCTCTG	125995

CU179745.9	451	TCTTCTCCATCTCCTCTCAAACCCTCCACCGCCCTCCCATCACCACCATC	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT868736.5	125996	TCTTCTCCATCTCCTCTCAAACCCTCCACCGCCCTCCCATCACCACCATC	126045

CU179745.9	501	ATCGGCCACCTCGCCACGGTAACCCACCACCTCCTTTTTTTATGTTGATT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT868736.5	126046	ATCGGCCACCTCGCCACGGTAACCCACCACCTCCTTTTTTTATGTTGATT	126095

CU179745.9	551	TTTTTTTTTTGTATTCTTGAATTTGTGTGAATTGATAGGGTTTTTGTTTG	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT868736.5	126096	TTTTTTTTTTGTATTCTTGAATTTGTGTGAATTGATAGGGTTTTTGTTTG	126145

CU179745.9	601	TTTTATTCATTTGCAGGTTGGTTCTTACTCTCTGGGATAGTACTATCAGG	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT868736.5	126146	TTTTATTCATTTGCAGGTTGGTTCTTACTCTCTGGGATAGTACTATCAGG	126195

CU179745.9	651	TTCTTCGTCAACAACCTGATCATGTTCATCAGTTTTATTCCGATTCGGAT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT868736.5	126196	TTCTTCGTCAACAACCTGATCATGTTCATCAGTTTTATTCCGATTCGGAT	126245

CU179745.9	701	TCGAGTTCGACGATTCGTGTTGACGGTGATTATACTGAGACTGCATCTGA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT868736.5	126246	TCGAGTTCGACGATTCGTGTTGACGGTGATTATACTGAGACTGCATCTGA	126295

CU179745.9	751	TAGTTTGATAATCACAAAAATTGCTGGTAATTATTATTATTATTATTAAC	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT868736.5	126296	TAGTTTGATAATCACAAAAATTGCTGGTAATTATTATTATTATTATTAAC	126345

CU179745.9	801	TTAAATAATTAATTTCATTCATTATTTTTGTTGTAGAAGTAATTTCATTC	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT868736.5	126346	TTAAATAATTAATTTCATTCATTATTTTTGTTGTAGAAGTAATTTCATTC	126395

CU179745.9	851	TATGTCAAAAAACATACTTCATATTATATATGCATTTGCTTTGTAAACAT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT868736.5	126396	TATGTCAAAAAACATACTTCATATTATATATGCATTTGCTTTGTAAACAT	126445

CU179745.9	901	AGGAAGATAGATACTAAGTCCCAACTATGCAAGCTTCCATAGCCAAATTA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT868736.5	126446	AGGAAGATAGATACTAAGTCCCAACTATGCAAGCTTCCATAGCCAAATTA	126495

CU179745.9	951	CAATATAAACGAGTGTACAAATTTAGGCTTAAGTAGAACGATGATCCTTA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT868736.5	126496	CAATATAAACGAGTGTACAAATTTAGGCTTAAGTAGAACGATGATCCTTA	126545

CU179745.9	1001	TGATCCCCTGCACATTAGTAATTGTTTGAACGACTAATTTAAAGTGGAGT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT868736.5	126546	TGATCCCCTGCACATTAGTAATTGTTTGAACGACTAATTTAAAGTGGAGT	126595

CU179745.9	1051	ATCCGGGTTTCATTAGCTATATATCATATGATTATTGTAAGTGGGAAAAA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT868736.5	126596	ATCCGGGTTTCATTAGCTATATATCATATGATTATTGTAAGTGGGAAAAA	126645

CU179745.9	1101	ATTATGAGAGAAATAAGGTCAATTAACACAGCAAGCTCGTAATCATTTAA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT868736.5	126646	ATTATGAGAGAAATAAGGTCAATTAACACAGCAAGCTCGTAATCATTTAA	126695

CU179745.9	1151	TTAAGATTCCACCTAGATTAGGGAAGAAAATCGTACTTTATTTTCAACTA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT868736.5	126696	TTAAGATTCCACCTAGATTAGGGAAGAAAATCGTACTTTATTTTCAACTA	126745

CU179745.9	1201	ACACAAAACACGGAGGAGGAAGTTTATATACGAGTATGACTGATTTAGAA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT868736.5	126746	ACACAAAACACGGAGGAGGAAGTTTATATACGAGTATGACTGATTTAGAA	126795

CU179745.9	1251	GCTTCCTCGCCTTACTCTTCCCTTCCACACCACGCACAAAACCCATTGCT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT868736.5	126796	GCTTCCTCGCCTTACTCTTCCCTTCCACACCACGCACAAAACCCATTGCT	126845

CU179745.9	1301	CAATAAAGCACCGTTTTCTTTTTCACTACCCAGAATCCCCAAAATCTAAT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT868736.5	126846	CAATAAAGCACCGTTTTCTTTTTCACTACCCAGAATCCCCAAAATCTAAT	126895

CU179745.9	1351	CCATTTGTATTTTCGATTCCACCCTATTGCACAATACTGAGCCTCGCATT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT868736.5	126896	CCATTTGTATTTTCGATTCCACCCTATTGCACAATACTGAGCCTCGCATT	126945

CU179745.9	1401	TCTCACAACCACAAAACAACTCACAATGTCTCAAGCAATATCTTTTCTTT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT868736.5	126946	TCTCACAACCACAAAACAACTCACAATGTCTCAAGCAATATCTTTTCTTT	126995

CU179745.9	1451	CTCCAAAACTTCGGGAAATCCGCGCAAAATTCATAGTAAATGGATTCAAT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT868736.5	126996	CTCCAAAACTTCGGGAAATCCGCGCAAAATTCATAGTAAATGGATTCAAT	127045

CU179745.9	1501	GCTTCTTACGGGTTCATGAAGCGACTAGTAAGCAAAATGTGCAAAGAATT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT868736.5	127046	GCTTCTTACGGGTTCATGAAGCGACTAGTAAGCAAAATGTGCAAAGAATT	127095

CU179745.9	1551	GAAAGCTCCAAATGTTACACCGGAATTTGAAGTTCTTGCTGGTGACATGT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT868736.5	127096	GAAAGCTCCAAATGTTACACCGGAATTTGAAGTTCTTGCTGGTGACATGT	127145

CU179745.9	1601	TTGTGGAAACGCGTCAATTGAGGCAGAAGGGAGAGATTTTAGGATGATAT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT868736.5	127146	TTGTGGAAACGCGTCAATTGAGGCAGAAGGGAGAGATTTTAGGATGATAT	127195

CU179745.9	1651	CTCCTCGTACGTATGAAACAATGTTCAATTGCTGCGAGAAGAATCGTTTT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT868736.5	127196	CTCCTCGTACGTATGAAACAATGTTCAATTGCTGCGAGAAGAATCGTTTT	127245

CU179745.9	1701	TACCGTTTGTGAAATTTGATTCACGGCAAAACAGTGGAGTTATGTCTGTT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT868736.5	127246	TACCGTTTGTGAAATTTGATTCACGGCAAAACAGTGGAGTTATGTCTGTT	127295

CU179745.9	1751	TAAAGACAGACAAATCTTTGATTCTTTTAGTTTCTATAATTGGCTTAATT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT868736.5	127296	TAAAGACAGACAAATCTTTGATTCTTTTAGTTTCTATAATTGGCTTAATT	127345

CU179745.9	1801	ATAACACTGCTTCTCAACTAGCTTTTGATGAGATTGTCAAATTCTCAAAA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT868736.5	127346	ATAACACTGCTTCTCAACTAGCTTTTGATGAGATTGTCAAATTCTCAAAA	127395

CU179745.9	1851	GAGAAGAATGTTGGGTCTGCCACGGAGGTGTTTGATAAACTTTTTGTCAA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT868736.5	127396	GAGAAGAATGTTGGGTCTGCCACGGAGGTGTTTGATAAACTTTTTGTCAA	127445

CU179745.9	1901	AGAAATGAATATCTAAAAAAGCATGTTTGACGGTTATGTTGGTGCACACA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT868736.5	127446	AGAAATGAATATCTAAAAAAGCATGTTTGACGGTTATGTTGGTGCACACA	127495

CU179745.9	1951	AGTATGACGAGGTTAAGCTTCTTTTTCTTTCAATGTTGAATGACAAGCTT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT868736.5	127496	AGTATGACGAGGTTAAGCTTCTTTTTCTTTCAATGTTGAATGACAAGCTT	127545

Overview

Query
CU179745.9 - 20162 bps
Hit
CT868736.5 - 127545 bps
Total alignments
2
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100193620001200011255461275451
295.661025123939865224-11263021275451
Short-link