<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CT030168.3	1	AAGCTTGTCTAATGACATAGATCCAACGGCCTGGATTGTTTGGCGCCTAA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT868735.12	87665	AAGCTTGTCTAATGACATAGATCCAACGGCCTGGATTGTTTGGCGCCTAA	87714

CT030168.3	51	AAAAGTAGGATTAGGGTTTGGAGTGTTAATTGGAGTGTTAACTAGGATTA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT868735.12	87715	AAAAGTAGGATTAGGGTTTGGAGTGTTAATTGGAGTGTTAACTAGGATTA	87764

CT030168.3	101	GAAATAAGTTAGATTAGATGTGATGATTAAACAATATCAAGGATTTCATT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT868735.12	87765	GAAATAAGTTAGATTAGATGTGATGATTAAACAATATCAAGGATTTCATT	87814

CT030168.3	151	TCATTGGAGCTATGCTGTAATTTCAGATCAGCTACTGATATCATCTTATT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT868735.12	87815	TCATTGGAGCTATGCTGTAATTTCAGATCAGCTACTGATATCATCTTATT	87864

CT030168.3	201	TTCGACGTTGCAAAATGAAGCGTTTCACTTGGAATACTATTACTAGAGGA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT868735.12	87865	TTCGACGTTGCAAAATGAAGCGTTTCACTTGGAATACTATTACTAGAGGA	87914

CT030168.3	251	ACTGTAATATTGTTCACTTAAACCTAGGAAAATTAAAATATGATATCACA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT868735.12	87915	ACTGTAATATTGTTCACTTAAACCTAGGAAAATTAAAATATGATATCACA	87964

CT030168.3	301	AAAATGAAAATTAAACCTAGGAAAACACGATGATGTTGGTGTATCTTTCC	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT868735.12	87965	AAAATGAAAATTAAACCTAGGAAAACACGATGATGTTGGTGTATCTTTCC	88014

CT030168.3	351	TAAAGATTTAACTAGGTAAACATTGGCATGGGGCGAGGCTGAATTTGACA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT868735.12	88015	TAAAGATTTAACTAGGTAAACATTGGCATGGGGCGAGGCTGAATTTGACA	88064

CT030168.3	401	TGATTTTCACCAAGTTCAGTACCATCTGGATGCACCCTATTTTGTAAGCT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT868735.12	88065	TGATTTTCACCAAGTTCAGTACCATCTGGATGCACCCTATTTTGTAAGCT	88114

CT030168.3	451	TGGACCTTATAATCATGACTATTCTTATGTATACAGGAAAAATTGTGGAG	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT868735.12	88115	TGGACCTTATAATCATGACTATTCTTATGTATACAGGAAAAATTGTGGAG	88164

CT030168.3	501	CATGTTTGTGAAAACTCCAACATTGCAACTTAAGAGTCTGGAGGAGGCAT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT868735.12	88165	CATGTTTGTGAAAACTCCAACATTGCAACTTAAGAGTCTGGAGGAGGCAT	88214

CT030168.3	551	CAACATTCAACATGTGCATTTATAAATGACTTTTATGCTTTAGAATATCA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT868735.12	88215	CAACATTCAACATGTGCATTTATAAATGACTTTTATGCTTTAGAATATCA	88264

CT030168.3	601	GGTACATTTTGTAGATTAGATTGGAGTAGGATATATGCTACTAACCAAAC	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT868735.12	88265	GGTACATTTTGTAGATTAGATTGGAGTAGGATATATGCTACTAACCAAAC	88314

CT030168.3	651	ACTAATTTTTCAGCTCAATGAAAAAAGATACCATCTATTATAAGAGACAA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT868735.12	88315	ACTAATTTTTCAGCTCAATGAAAAAAGATACCATCTATTATAAGAGACAA	88364

CT030168.3	701	TGCGTAGAGGCAAAAGGTATGTAACCAAGGACAAAAAGTATTGGACTATT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT868735.12	88365	TGCGTAGAGGCAAAAGGTATGTAACCAAGGACAAAAAGTATTGGACTATT	88414

CT030168.3	751	TATTACATCAAAGTATTTCAAAATTCACAAAATATGCTGAAAACTAATCA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT868735.12	88415	TATTACATCAAAGTATTTCAAAATTCACAAAATATGCTGAAAACTAATCA	88464

CT030168.3	801	GCCAAGGCAGAAATATTTTGATTGATTCATTCCATTATTCTATTAAGTTG	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT868735.12	88465	GCCAAGGCAGAAATATTTTGATTGATTCATTCCATTATTCTATTAAGTTG	88514

CT030168.3	851	GAAATTGTTGACTTTTTCATACCAAAACTCACCTCTTCTTGTTCTTTCTG	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT868735.12	88515	GAAATTGTTGACTTTTTCATACCAAAACTCACCTCTTCTTGTTCTTTCTG	88564

CT030168.3	901	TTCATAGGTGGGTTGTTTACGTGAACCATATGGTGGTGGTTTGGAATCTG	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT868735.12	88565	TTCATAGGTGGGTTGTTTACGTGAACCATATGGTGGTGGTTTGGAATCTG	88614

CT030168.3	951	AGGTTTTACGACCTAACGACTGCCCAGTCTCAAAGGAAGTCCTTTTCAAT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT868735.12	88615	AGGTTTTACGACCTAACGACTGCCCAGTCTCAAAGGAAGTCCTTTTCAAT	88664

CT030168.3	1001	CCAAGACTCACCTCTTCTTTTTCTTTCTGTTTATCTGCATAGCTCGGTTT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT868735.12	88665	CCAAGACTCACCTCTTCTTTTTCTTTCTGTTTATCTGCATAGCTCGGTTT	88714

CT030168.3	1051	ACGTGAACCTGAGACCGAGGGAGAACGTGGTGGAGTATGGTGTGGTAATC	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT868735.12	88715	ACGTGAACCTGAGACCGAGGGAGAACGTGGTGGAGTATGGTGTGGTAATC	88764

CT030168.3	1101	TTGAAGTTGAGGTTGACCGGGTTGAAACAGAGTTAGCAACAACCAAAATT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT868735.12	88765	TTGAAGTTGAGGTTGACCGGGTTGAAACAGAGTTAGCAACAACCAAAATT	88814

CT030168.3	1151	GGGGATGAAAAGGACCTTCTCAAGCGCAAGCCTAGAGAGATTTCTTAACT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT868735.12	88815	GGGGATGAAAAGGACCTTCTCAAGCGCAAGCCTAGAGAGATTTCTTAACT	88864

CT030168.3	1201	TTCTTTTGAAGAAGAATTGTTGTCTGATACTTCCATTTATCTTGCAATGT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT868735.12	88865	TTCTTTTGAAGAAGAATTGTTGTCTGATACTTCCATTTATCTTGCAATGT	88914

CT030168.3	1251	GTACTTTCCGCTAACCAATAAAGCTTGTAATGTCTTTTTTCCTGTGATCG	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT868735.12	88915	GTACTTTCCGCTAACCAATAAAGCTTGTAATGTCTTTTTTCCTGTGATCG	88964

CT030168.3	1301	CTTTGTTTGGCATTCACCAAACTGTGCCGCTTTGAAGGCCTTTTCTATTG	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT868735.12	88965	CTTTGTTTGGCATTCACCAAACTGTGCCGCTTTGAAGGCCTTTTCTATTG	89014

CT030168.3	1351	AAAGTGTTATCGCTGTTCAACAGTTTTTGTTGCACCACACAATTGAAAAA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT868735.12	89015	AAAGTGTTATCGCTGTTCAACAGTTTTTGTTGCACCACACAATTGAAAAA	89064

CT030168.3	1401	AAGCACATGTATGTTTGTAATAAATATAAATTACAAACATACATGTATTT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT868735.12	89065	AAGCACATGTATGTTTGTAATAAATATAAATTACAAACATACATGTATTT	89114

CT030168.3	1451	TTCTTCAATTGTGTGGTGCAACAAAAACTGTTGAACACCAATAACAATTT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT868735.12	89115	TTCTTCAATTGTGTGGTGCAACAAAAACTGTTGAACACCAATAACAATTT	89164

CT030168.3	1501	CAATAGAAAAGGCCTTTAAAGCGGCACGGTTTGGTAAATGCCAAACAAAA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT868735.12	89165	CAATAGAAAAGGCCTTTAAAGCGGCACGGTTTGGTAAATGCCAAACAAAA	89214

CT030168.3	1551	CGATCACAGGGGAAAAAGACAAACTTTATTGGTTAGCAGGAAGTACACAT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT868735.12	89215	CGATCACAGGGGAAAAAGACAAACTTTATTGGTTAGCAGGAAGTACACAT	89264

CT030168.3	1601	TGCAGGATAAATGGAAGTTGATAAATGGAAGTATCAGACAACAATTTTCA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT868735.12	89265	TGCAGGATAAATGGAAGTTGATAAATGGAAGTATCAGACAACAATTTTCA	89314

CT030168.3	1651	CTCAAACACTTTCAATATTATCTTCTGTTGCCACCAACTCTTCACTATGA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT868735.12	89315	CTCAAACACTTTCAATATTATCTTCTGTTGCCACCAACTCTTCACTATGA	89364

CT030168.3	1701	AGAATTTCAAGCAAGTGAAAGAGCAAATTCATTTTTGCTTTTCCCTGCAT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT868735.12	89365	AGAATTTCAAGCAAGTGAAAGAGCAAATTCATTTTTGCTTTTCCCTGCAT	89414

CT030168.3	1751	CATCTCTCCCTTGGGACACAAAAGTTGTAGAGTTAAAAACACAATGTATA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT868735.12	89415	CATCTCTCCCTTGGGACACAAAAGTTGTAGAGTTAAAAACACAATGTATA	89464

CT030168.3	1801	AGTTAAATGTAAGCACTGTCAATAAATCTTGAAAAGTTTAGGAGTATTAA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT868735.12	89465	AGTTAAATGTAAGCACTGTCAATAAATCTTGAAAAGTTTAGGAGTATTAA	89514

CT030168.3	1851	TGCAATGTGCCATCTATAAATCTTACAGTAGAGAAGTCTCCGATATTACC	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT868735.12	89515	TGCAATGTGCCATCTATAAATCTTACAGTAGAGAAGTCTCCGATATTACC	89564

CT030168.3	1901	GTGCGATACACTACCAGTGAATTGGGCTCTTCTCCAAACTCTGCTGGTCA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT868735.12	89565	GTGCGATACACTACCAGTGAATTGGGCTCTTCTCCAAACTCTGCTGGTCA	89614

CT030168.3	1951	TTTCAATGGTGGCAATATATCAAAAAAAGCAGCCAAGGTGTCACTGCAGT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT868735.12	89615	TTTCAATGGTGGCAATATATCAAAAAAAGCAGCCAAGGTGTCACTGCAGT	89664

Overview

Query
CT030168.3 - 125291 bps
Hit
CT868735.12 - 89664 bps
Total alignments
6
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001938200012000187665896641
291.1841689664096707-122607226741
382.44431434012540267-177873780031
493.14741033964839750-179868799691
588.7123439012291618-188893892821
696.764034781610416581189201896641
Short-link