<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  CR940307.5	115223	AAGCTTCCATTTGACATGTACTCATACACTAGACATCCATATTCCGGACA	115174
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT868696.4	22992	AAGCTTCCATTTGACATGTACTCATACACTAGACATCCATATTCCGGACA	23041

C  CR940307.5	115173	GGCTCCTAAGAGGAGAACCATGTTTGGATGCCGTATGCAGCTCAGTACCT	115124
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT868696.4	23042	GGCTCCTAAGAGGAGAACCATGTTTGGATGCCGTATGCAGCTCAGTACCT	23091

C  CR940307.5	115123	CAACCTGTGAGGAGATCGTGTCAACTAGGGTGTATTTGGATAAACAGATT	115074
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT868696.4	23092	CAACCTGTGAGGAGATCGTGTCAACTAGGGTGTATTTGGATAAACAGATT	23141

C  CR940307.5	115073	AATTAAAATTTTATTAAATACATTTTCTCATATAAGTGTTAAATGTATAA	115024
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT868696.4	23142	AATTAAAATTTTATTAAATACATTTTCTCATATAAGTGTTAAATGTATAA	23191

C  CR940307.5	115023	GTTATTTCTATAGTAAAATAGTGAATATGGTTAAACTGTTTTCGTATAAG	114974
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT868696.4	23192	GTTATTTCTATAGTAAAATAGTGAATATGGTTAAACTGTTTTCGTATAAG	23241

C  CR940307.5	114973	TTGTAACCTATGCTGGAGAGATTATTGCAATAAGATGAAACCAACTTAAA	114924
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT868696.4	23242	TTGTAACCTATGCTGGAGAGATTATTGCAATAAGATGAAACCAACTTAAA	23291

C  CR940307.5	114923	GACATCATAAGCTATTCTCATTAGCTATTGCAAATACTTCTGCAAGCGCT	114874
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT868696.4	23292	GACATCATAAGCTATTCTCATTAGCTATTGCAAATACTTCTGCAAGCGCT	23341

C  CR940307.5	114873	TAGACAAATGTCTTAGAATAATAAAATTTATAGAAATCGCTTAGACAACT	114824
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT868696.4	23342	TAGACAAATGTCTTAGAATAATAAAATTTATAGAAATCGCTTAGACAACT	23391

C  CR940307.5	114823	TAAGTTTTTGGTAATTGTTGTTATTTTATAGTTTAAAAGATATTTTTTTT	114774
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT868696.4	23392	TAAGTTTTTGGTAATTGTTGTTATTTTATAGTTTAAAAGATATTTTTTTT	23441

C  CR940307.5	114773	ATAGAATAATAAAATTTAATTTCAATAATGAAAAAGAAAGATAAAATTAT	114724
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT868696.4	23442	ATAGAATAATAAAATTTAATTTCAATAATGAAAAAGAAAGATAAAATTAT	23491

C  CR940307.5	114723	AAAAGGTCTTTTACTTAATTGGAGAAACTCCTCTCAACTACTTTTTAGAA	114674
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT868696.4	23492	AAAAGGTCTTTTACTTAATTGGAGAAACTCCTCTCAACTACTTTTTAGAA	23541

C  CR940307.5	114673	AGTTTCATATATCTAGTTTTTATACATAAAAGATAAGTTTTTTTTTTATT	114624
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT868696.4	23542	AGTTTCATATATCTAGTTTTTATACATAAAAGATAAGTTTTTTTTTTATT	23591

C  CR940307.5	114623	TATTTTTAATCATTTTAAAATTATTTTTTGAAAGAACTTGTATCTACTGT	114574
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT868696.4	23592	TATTTTTAATCATTTTAAAATTATTTTTTGAAAGAACTTGTATCTACTGT	23641

C  CR940307.5	114573	GTCTGTGTGCTTACCTCGCGTTGAAACTGCGATCGTCCTTGTGCTGCATC	114524
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT868696.4	23642	GTCTGTGTGCTTACCTCGCGTTGAAACTGCGATCGTCCTTGTGCTGCATC	23691

C  CR940307.5	114523	GGGGCGTAGAACCTTGACTGCAACAGGTGTATGGTCCAGAAGGCACTTAA	114474
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT868696.4	23692	GGGGCGTAGAACCTTGACTGCAACAGGTGTATGGTCCAGAAGGCACTTAA	23741

C  CR940307.5	114473	AAACTGGACCATATCCTCCTTCTCCAATCTTGAGGGATTGTGAAAAAAAA	114424
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT868696.4	23742	AAACTGGACCATATCCTCCTTCTCCAATCTTGAGGGATTGTGAAAAAAAA	23791

C  CR940307.5	114423	TTTGTTGCAGCTTCAATTTCCTCAATTGTATACTTTCTATACCTGACATC	114374
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT868696.4	23792	TTTGTTGCAGCTTCAATTTCCTCAATTGTATACTTTCTATACCTGACATC	23841

C  CR940307.5	114373	TACATTTACTAAAGCATCCATTACTTTTTTTTTCTCTTCTGCTTCTCTAA	114324
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT868696.4	23842	TACATTTACTAAAGCATCCATTACTTTTTTTTTCTCTTCTGCTTCTCTAA	23891

C  CR940307.5	114323	CTGCTTTCATCTCTGCATGAAGTCTCTTCTGTGCTTCTAGTTCTGCTATC	114274
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT868696.4	23892	CTGCTTTCATCTCTGCATGAAGTCTCTTCTGTGCTTCTAGTTCTGCTATC	23941

C  CR940307.5	114273	CTTTTTTGTGCTTCAGCGGCCTCAATGGCTGCTTTAGATTTTTCTTTCTC	114224
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT868696.4	23942	CTTTTTTGTGCTTCAGCGGCCTCAATGGCTGCTTTAGATTTTTCTTTCTC	23991

C  CR940307.5	114223	CTTTTCTGCAATTGCCAATGCAGATTCCTCGGCCATCCTTGCCTCTTCCA	114174
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT868696.4	23992	CTTTTCTGCAATTGCCAATGCAGATTCCTCGGCCATCCTTGCCTCTTCCA	24041

C  CR940307.5	114173	ATCTCCTTTCTTCTTCTAATTTCCATTTTTGAAGTTCTACTGCCTGTCAT	114124
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT868696.4	24042	ATCTCCTTTCTTCTTCTAATTTCCATTTTTGAAGTTCTACTGCCTGTCAT	24091

C  CR940307.5	114123	GCAAATTTCAAAGCATGTCTCAGATTTATATACTATTTAGCTCTTCCAGG	114074
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT868696.4	24092	GCAAATTTCAAAGCATGTCTCAGATTTATATACTATTTAGCTCTTCCAGG	24141

C  CR940307.5	114073	ATAAAGCCAGATATACAACGGGGGTCTAGCGCAAATGGTTGGTTGGTGCG	114024
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT868696.4	24142	ATAAAGCCAGATATACAACGGGGGTCTAGCGCAAATGGTTGGTTGGTGCG	24191

C  CR940307.5	114023	CAGGGTGCGAGAGTGCTTCTTAGTGATAAAAAAAATGATTCAAGCCAAAT	113974
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT868696.4	24192	CAGGGTGCGAGAGTGCTTCTTAGTGATAAAAAAAATGATTCAAGCCAAAT	24241

C  CR940307.5	113973	GTTTGATTCATACCTTCTGTTGTGCTGTGAGTGCTTCTTTACATGCTGTG	113924
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT868696.4	24242	GTTTGATTCATACCTTCTGTTGTGCTGTGAGTGCTTCTTTACATGCTGTG	24291

C  CR940307.5	113923	TTGTACATTTCCATTGTTTGCTTGAGCTCCAACTTTAATCTTCTCATTTC	113874
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT868696.4	24292	TTGTACATTTCCATTGTTTGCTTGAGCTCCAACTTTAATCTTCTCATTTC	24341

C  CR940307.5	113873	AGCCTCCATGTCATCCTATAATTGCAGCACAAGACTATATTATCAAAATG	113824
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT868696.4	24342	AGCCTCCATGTCATCCTATAATTGCAGCACAAGACTATATTATCAAAATG	24391

C  CR940307.5	113823	GTAATTAAATCTTGAATTTAAAAATTTCCCTTGAAAAGGGAAAATATAAC	113774
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT868696.4	24392	GTAATTAAATCTTGAATTTAAAAATTTCCCTTGAAAAGGGAAAATATAAC	24441

C  CR940307.5	113773	TAACTTAAGTCTACGAGATGTCAACTCAGTTTTAAGAGTTTGACCTTGTA	113724
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT868696.4	24442	TAACTTAAGTCTACGAGATGTCAACTCAGTTTTAAGAGTTTGACCTTGTA	24491

C  CR940307.5	113723	ACCTCAAGGGACAAAGTTTAAATTCTCCATAACAAATTGTAAAATGATCA	113674
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT868696.4	24492	ACCTCAAGGGACAAAGTTTAAATTCTCCATAACAAATTGTAAAATGATCA	24541

C  CR940307.5	113673	TTAGTACTACTACTAATACATGCACAGGTAATGCAAAACATATAAATTTT	113624
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT868696.4	24542	TTAGTACTACTACTAATACATGCACAGGTAATGCAAAACATATAAATTTT	24591

C  CR940307.5	113623	CAATGCAATGTTGGTTTCCTTACCACGGCCTGTGACGAAGAAGATGAAAG	113574
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT868696.4	24592	CAATGCAATGTTGGTTTCCTTACCACGGCCTGTGACGAAGAAGATGAAAG	24641

C  CR940307.5	113573	CCTTTCGCTATCAAATGAGAGTGATGTAAATTCGGTAGGGATGGTTGATT	113524
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT868696.4	24642	CCTTTCGCTATCAAATGAGAGTGATGTAAATTCGGTAGGGATGGTTGATT	24691

C  CR940307.5	113523	CCAAAGACATCCTTCCGTGAATGATAGACTCAAAGCTGTAGTTTACATCT	113474
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT868696.4	24692	CCAAAGACATCCTTCCGTGAATGATAGACTCAAAGCTGTAGTTTACATCT	24741

C  CR940307.5	113473	GATTCTGAGCTACATGATATCCAAGGGCCTGGCTCTGAGTTGTTATGCAA	113424
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT868696.4	24742	GATTCTGAGCTACATGATATCCAAGGGCCTGGCTCTGAGTTGTTATGCAA	24791

C  CR940307.5	113423	TGGAGGCAACATGCGGTCCGTACTCGACCTTCCAGAGCTTACAAAAGATA	113374
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT868696.4	24792	TGGAGGCAACATGCGGTCCGTACTCGACCTTCCAGAGCTTACAAAAGATA	24841

C  CR940307.5	113373	TGTCACCATCTGGCTTATAATTTTCCATATATTGTTTGGTATTGTAACCT	113324
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT868696.4	24842	TGTCACCATCTGGCTTATAATTTTCCATATATTGTTTGGTATTGTAACCT	24891

C  CR940307.5	113323	TTCCTAGTGAATGGTGACCTGCATTCAATAATTTTTTTTTTTTTGATTCA	113274
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT868696.4	24892	TTCCTAGTGAATGGTGACCTGCATTCAATAATTTTTTTTTTTTTGATTCA	24941

C  CR940307.5	113273	GATGACAATTACAAATTAATAGAAACTAATTAGTGCATCAAGAATAAAAC	113224
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT868696.4	24942	GATGACAATTACAAATTAATAGAAACTAATTAGTGCATCAAGAATAAAAC	24991

Overview

Query
CR940307.5 - 115223 bps
Hit
CT868696.4 - 24991 bps
Total alignments
3
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
110019222000113224115223-122992249911
289.682125107122107246-1601661401
392.862072943730637599-116483167761
Short-link