<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 50 bps

Full alignment

CT867978.2	38653	TTTAATGAATAAGTATTTACGCTATTAATATTTATAATATTGGTGCTATT	38702
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT867977.4	1	TTTAATGAATAAGTATTTACGCTATTAATATTTATAATATTGGTGCTATT	50

CT867978.2	38703	ATTTCACAAAATAAAAAAGCTGTATTACAGCCTTTAAAAGCAAATAATAG	38752
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT867977.4	51	ATTTCACAAAATAAAAAAGCTGTATTACAGCCTTTAAAAGCAAATAATAG	100

CT867978.2	38753	CCTTACATTTCTAAATAAAGAAAAAATATAAATTTTATGAAATATGGTTA	38802
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT867977.4	101	CCTTACATTTCTAAATAAAGAAAAAATATAAATTTTATGAAATATGGTTA	150

CT867978.2	38803	AGAGTAATTGATAAAACAAAAATTGTGACATAAATTATATCATAGTTTGG	38852
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT867977.4	151	AGAGTAATTGATAAAACAAAAATTGTGACATAAATTATATCATAGTTTGG	200

CT867978.2	38853	ATAGAGGTTGAAGAAAGTGGATGAAAATTTTAATGAGCCCTTTTTGTGTG	38902
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT867977.4	201	ATAGAGGTTGAAGAAAGTGGATGAAAATTTTAATGAGCCCTTTTTGTGTG	250

CT867978.2	38903	CACTAAACTTAATCTTATAGGTGAACATTATAATATATAAAGGTACCTAC	38952
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT867977.4	251	CACTAAACTTAATCTTATAGGTGAACATTATAATATATAAAGGTACCTAC	300

CT867978.2	38953	TAGCTATCTAATTTACCTTTTACACAATGTATAAATCCTAGCCTATTGGT	39002
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT867977.4	301	TAGCTATCTAATTTACCTTTTACACAATGTATAAATCCTAGCCTATTGGT	350

CT867978.2	39003	CTTAATATTTGAACCTAAAATAACACACAAACATACAAGAGAACAAAATA	39052
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT867977.4	351	CTTAATATTTGAACCTAAAATAACACACAAACATACAAGAGAACAAAATA	400

CT867978.2	39053	AGGAAGAAATGTATGGAGACAGTGATATTATCAAGATGGTGGAATAGGGG	39102
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT867977.4	401	AGGAAGAAATGTATGGAGACAGTGATATTATCAAGATGGTGGAATAGGGG	450

CT867978.2	39103	GTCCCTACTTTTGTATTCCCCTGCAGTAATAAAAACTAGTCAGCCATCCA	39152
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT867977.4	451	GTCCCTACTTTTGTATTCCCCTGCAGTAATAAAAACTAGTCAGCCATCCA	500

CT867978.2	39153	TCAACCAAAGTAACTTAATGAGAGATCCAGGCACAATGGCTCATGACAGT	39202
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT867977.4	501	TCAACCAAAGTAACTTAATGAGAGATCCAGGCACAATGGCTCATGACAGT	550

CT867978.2	39203	AATCTCCTCCATTCAGGAACCTGAGTCAGGAGGACTGCTCCAGGCCAGGC	39252
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT867977.4	551	AATCTCCTCCATTCAGGAACCTGAGTCAGGAGGACTGCTCCAGGCCAGGC	600

CT867978.2	39253	GTTCAAGAACAGCCTGGGCAATATAGTGAATTTGCGATACAGGGCATTAT	39302
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT867977.4	601	GTTCAAGAACAGCCTGGGCAATATAGTGAATTTGCGATACAGGGCATTAT	650

CT867978.2	39303	GAAACCTCGCTAAAACCCAAGATCGAAAAGAGTCATTTTGAGAAGCAGGC	39352
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT867977.4	651	GAAACCTCGCTAAAACCCAAGATCGAAAAGAGTCATTTTGAGAAGCAGGC	700

CT867978.2	39353	CCTTTGGTTAATAAGGTGTCATATTATCCAAAACAATCCGTAAGTTAACT	39402
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT867977.4	701	CCTTTGGTTAATAAGGTGTCATATTATCCAAAACAATCCGTAAGTTAACT	750

CT867978.2	39403	CAAATCCCTATCAAAATCCCTGTCCCACTTTTTATAGTAATGGAAAATGC	39452
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT867977.4	751	CAAATCCCTATCAAAATCCCTGTCCCACTTTTTATAGTAATGGAAAATGC	800

CT867978.2	39453	AAGCCTACAATGTAGGCTGAATGGCCAAGCCAATCATGAGGAATAAGAAA	39502
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT867977.4	801	AAGCCTACAATGTAGGCTGAATGGCCAAGCCAATCATGAGGAATAAGAAA	850

CT867978.2	39503	AAAGCTGGGGACATCATACTCGTGACTCACACAAAACAGCTCAAAAGTCA	39552
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT867977.4	851	AAAGCTGGGGACATCATACTCGTGACTCACACAAAACAGCTCAAAAGTCA	900

CT867978.2	39553	CTGTTTGTAGATAACCTGGGGAACACCTGCTAGGTACACAGTGGGAGCCA	39602
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT867977.4	901	CTGTTTGTAGATAACCTGGGGAACACCTGCTAGGTACACAGTGGGAGCCA	950

CT867978.2	39603	CACTCACCCACACATCTGCTATTAGGCCCAGCATATAGCAGAACCTGCCC	39652
			|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT867977.4	951	CAATCACCCACACATCTGCTATTAGGCCCAGCATATAGCAGAACCTGCCC	1000

CT867978.2	39653	TAGTGCCTGCTTCACAAAACAAAGCCCTGAAGACAATCCAGCCTGCCCAA	39702
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT867977.4	1001	TAGTGCCTGCTTCACAAAACAAAGCCCTGAAGACAATCCAGCCTGCCCAA	1050

CT867978.2	39703	AAACCTAACAGAACTCACAACCACATGTGCTCCTGGTAACAAGCCCACTA	39752
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT867977.4	1051	AAACCTAACAGAACTCACAACCACATGTGCTCCTGGTAACAAGCCCACTA	1100

CT867978.2	39753	AAGGTAAAACCCACTTCAGATTCGGCAGCCACCTTGTGATGCAGCTACAA	39802
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT867977.4	1101	AAGGTAAAACCCACTTCAGATTCGGCAGCCACCTTGTGATGCAGCTACAA	1150

CT867978.2	39803	GCCTTTTTACTGCAAACCCAGTAAAGATCTCATCAGCCTTGAGACCTAAC	39852
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT867977.4	1151	GCCTTTTTACTGCAAACCCAGTAAAGATCTCATCAGCCTTGAGACCTAAC	1200

CT867978.2	39853	AGATGAAGATCTTTACCTACTAAAACCAGTTTATAAAAATGAAAAGAGCT	39902
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT867977.4	1201	AGATGAAGATCTTTACCTACTAAAACCAGTTTATAAAAATGAAAAGAGCT	1250

CT867978.2	39903	GGCTGGGCACGGTGGCTCACACCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGACGA	39952
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT867977.4	1251	GGCTGGGCACGGTGGCTCACACCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGACGA	1300

CT867978.2	39953	GGTGGGTGGATCACGAGGTCAGGAGTTCAAGACCAGCCTGGCCAAGATGG	40002
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT867977.4	1301	GGTGGGTGGATCACGAGGTCAGGAGTTCAAGACCAGCCTGGCCAAGATGG	1350

CT867978.2	40003	TGAAACACTGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCGGGCATGGTGGTT	40052
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT867977.4	1351	TGAAACACTGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCGGGCATGGTGGTT	1400

CT867978.2	40053	GGCACTTGTAATCCCAGCTACTCAGGATGCTGAGGCAGAGAATTGCTTGA	40102
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT867977.4	1401	GGCACTTGTAATCCCAGCTACTCAGGATGCTGAGGCAGAGAATTGCTTGA	1450

CT867978.2	40103	ACCCAGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCAAGATCGTGCCACAGCACTCCA	40152
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT867977.4	1451	ACCCAGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCAAGATCGTGCCACAGCACTCCA	1500

CT867978.2	40153	GCCTGGGTGACAGAGCGAGTCTCCGTCTCAAAAACAAAACAACAACAACA	40202
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT867977.4	1501	GCCTGGGTGACAGAGCGAGTCTCCGTCTCAAAAACAAAACAACAACAACA	1550

CT867978.2	40203	ACAACGACAAATGAAAAGAGGTGTTTGCTCCTTCAAATGCACAAACACCA	40252
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT867977.4	1551	ACAACGACAAATGAAAAGAGGTGTTTGCTCCTTCAAATGCACAAACACCA	1600

CT867978.2	40253	ATGCAAGTCTATATTATGCCTGTTCTAACGGTTCTATTTTAACATAGAAT	40302
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT867977.4	1601	ATGCAAGTCTATATTATGCCTGTTCTAACGGTTCTATTTTAACATAGAAT	1650

CT867978.2	40303	AGGAAGTGCTACATAGAATAATTAAGTCCTACGTCAAATAATTAAGCAAG	40352
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT867977.4	1651	AGGAAGTGCTACATAGAATAATTAAGTCCTACGTCAAATAATTAAGCAAG	1700

CT867978.2	40353	AAAAGCTAAAAGATCCAAATTGAAAAGAAGAAATAACGTCACTGTTTGTA	40402
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT867977.4	1701	AAAAGCTAAAAGATCCAAATTGAAAAGAAGAAATAACGTCACTGTTTGTA	1750

CT867978.2	40403	GATGACATAATGTTATATATAAAAAACATAAATAGTACATTTAAATACTG	40452
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT867977.4	1751	GATGACATAATGTTATATATAAAAAACATAAATAGTACATTTAAATACTG	1800

CT867978.2	40453	CATTTAATGCATCTATATATAAACAGTGCATCTAATAAATGCACTCAGTA	40502
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT867977.4	1801	CATTTAATGCATCTATATATAAACAGTGCATCTAATAAATGCACTCAGTA	1850

CT867978.2	40503	AAGAAGCAGCATATACAATTAACATACAAATATCAGTTTTGTTTCTATAT	40552
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT867977.4	1851	AAGAAGCAGCATATACAATTAACATACAAATATCAGTTTTGTTTCTATAT	1900

CT867978.2	40553	GCTAGCAACAAACCAGTAAAAAAGAAAAAAAATCTCATTTACAATAGCAA	40602
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT867977.4	1901	GCTAGCAACAAACCAGTAAAAAAGAAAAAAAATCTCATTTACAATAGCAA	1950

CT867978.2	40603	CAAAATAATAGATTTCTTAGCAATAAATTTAACAAATGAGGTGAAAGATC	40652
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT867977.4	1951	CAAAATAATAGATTTCTTAGCAATAAATTTAACAAATGAGGTGAAAGATC	2000

Compact alignment

skip 950 bps 100% identity alignment

CT867978.2	39603	CACTCACCCACACATCTGCTATTAGGCCCAGCATATAGCAGAACCTGCCC	39652
			|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT867977.4	951	CAATCACCCACACATCTGCTATTAGGCCCAGCATATAGCAGAACCTGCCC	1000

skip 1000 bps 100% identity alignment

Overview

Query
CT867978.2 - 40652 bps
Hit
CT867977.4 - 27386 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link