<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  BX247907.8	169530	GAATTCAGAAATGGTTGTGGGTTTCTGTGGGCCCCTAGAATTATTCTCAG	169481
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT583703.4	42573	GAATTCAGAAATGGTTGTGGGTTTCTGTGGGCCCCTAGAATTATTCTCAG	42622

C  BX247907.8	169480	CGCACTAGATATGATCTTTTATACATTTCGACAATTGATTGAACTAGTAT	169431
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT583703.4	42623	CGCACTAGATATGATCTTTTATACATTTCGACAATTGATTGAACTAGTAT	42672

C  BX247907.8	169430	ACAATGACATTTTGACAAACAGCAGAATAGGTCTGTGAAACATATTTAGA	169381
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT583703.4	42673	ACAATGACATTTTGACAAACAGCAGAATAGGTCTGTGAAACATATTTAGA	42722

C  BX247907.8	169380	CATTATAAATATTTTTTAACTCACTATTTAAATCTGTATTTTTCTTTACC	169331
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT583703.4	42723	CATTATAAATATTTTTTAACTCACTATTTAAATCTGTATTTTTCTTTACC	42772

C  BX247907.8	169330	TGAATAAATATTTAAACATTATTAAATCGCTACATTTACGGTACCTTAGA	169281
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT583703.4	42773	TGAATAAATATTTAAACATTATTAAATCGCTACATTTACGGTACCTTAGA	42822

C  BX247907.8	169280	AGCTAATTATATTATACAAGTTGAGCTGTGGCTGTTCATTCCGCTGTGGA	169231
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT583703.4	42823	AGCTAATTATATTATACAAGTTGAGCTGTGGCTGTTCATTCCGCTGTGGA	42872

C  BX247907.8	169230	TTAATAAAGGGACTAAGCCAACAAGAAAATGAATGAATGAATGAATGAAG	169181
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT583703.4	42873	TTAATAAAGGGACTAAGCCAACAAGAAAATGAATGAATGAATGAATGAAG	42922

C  BX247907.8	169180	ATAGAGTTGCACAATGTAACGTTTGAGCATTGATATAGCAATGTATGCAT	169131
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT583703.4	42923	ATAGAGTTGCACAATGTAACGTTTGAGCATTGATATAGCAATGTATGCAT	42972

C  BX247907.8	169130	CTGCAATAGTCACATCGCAAGATCTGCAATGTTGAGTCTGAATAATGGTT	169081
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT583703.4	42973	CTGCAATAGTCACATCGCAAGATCTGCAATGTTGAGTCTGAATAATGGTT	43022

C  BX247907.8	169080	GACCAGGAGCTGCAGAATTGTTTTTAATGACTTAATTTATATGGAATTTA	169031
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT583703.4	43023	GACCAGGAGCTGCAGAATTGTTTTTAATGACTTAATTTATATGGAATTTA	43072

C  BX247907.8	169030	TACAAAAAAAAATTTTTTCTTACTTCAAATTTTAGCTTTTAGTCTAAATA	168981
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT583703.4	43073	TACAAAAAAAAATTTTTTCTTACTTCAAATTTTAGCTTTTAGTCTAAATA	43122

C  BX247907.8	168980	TCTACATTTTAAAGCAGAAACAACATTATTTTACTTTCCCCACTGACAGA	168931
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT583703.4	43123	TCTACATTTTAAAGCAGAAACAACATTATTTTACTTTCCCCACTGACAGA	43172

C  BX247907.8	168930	TAGTTTTGTTTGTTTTAAGAAAAAACTTGAAAAGGAAAAGTTGAAAGAAA	168881
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT583703.4	43173	TAGTTTTGTTTGTTTTAAGAAAAAACTTGAAAAGGAAAAGTTGAAAGAAA	43222

C  BX247907.8	168880	AGCTGAAAACAAAACAATATTTTGACTTGAGCTAAAAGTTTTTAAATATT	168831
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT583703.4	43223	AGCTGAAAACAAAACAATATTTTGACTTGAGCTAAAAGTTTTTAAATATT	43272

C  BX247907.8	168830	TGGGCTAGAAACGAGAGAAAACAACGTAAGAAAAGCATTTTTTGCATTGT	168781
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT583703.4	43273	TGGGCTAGAAACGAGAGAAAACAACGTAAGAAAAGCATTTTTTGCATTGT	43322

C  BX247907.8	168780	GTTTATTCAATTTCTGTACCCGAATGCAGTTAGACTCCATAGAAAACCAT	168731
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT583703.4	43323	GTTTATTCAATTTCTGTACCCGAATGCAGTTAGACTCCATAGAAAACCAT	43372

C  BX247907.8	168730	CAAATAATACTATTCAAATTATCATATGAAAATACTCTGTATCACAATAT	168681
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT583703.4	43373	CAAATAATACTATTCAAATTATCATATGAAAATACTCTGTATCACAATAT	43422

C  BX247907.8	168680	TAAATCGCAGAATTCCAATATTCTGCCTGATGTCTTCTTTTTTTTTAAAT	168631
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT583703.4	43423	TAAATCGCAGAATTCCAATATTCTGCCTGATGTCTTCTTTTTTTTTAAAT	43472

C  BX247907.8	168630	TGTCTAAAATGTAAGTTATTAAAAGTTTGTCTGATGGGTTACTTTATAAA	168581
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT583703.4	43473	TGTCTAAAATGTAAGTTATTAAAAGTTTGTCTGATGGGTTACTTTATAAA	43522

C  BX247907.8	168580	TTAATATATTTATCTGTTCAATGAACTGAAGCTTGAAGCTCAAGACTGTT	168531
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT583703.4	43523	TTAATATATTTATCTGTTCAATGAACTGAAGCTTGAAGCTCAAGACTGTT	43572

C  BX247907.8	168530	TGTTGAAGCTTTAGTTTAAATGCAAAGATATATCTTTTCTATCATATCAA	168481
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT583703.4	43573	TGTTGAAGCTTTAGTTTAAATGCAAAGATATATCTTTTCTATCATATCAA	43622

C  BX247907.8	168480	GCAAGAATACATTTGTAGGTTTTATTTTTCACTTTTTAATTGCTGGTAGC	168431
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT583703.4	43623	GCAAGAATACATTTGTAGGTTTTATTTTTCACTTTTTAATTGCTGGTAGC	43672

C  BX247907.8	168430	CACTGTTTTACATTTTATGAAACACCATGGACCAGTTTCAGGTCTTCTTA	168381
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT583703.4	43673	CACTGTTTTACATTTTATGAAACACCATGGACCAGTTTCAGGTCTTCTTA	43722

C  BX247907.8	168380	GTTTCTACTGAAGAAGGTAAAGAAAATACCAAAATAGGGTATAGCTCGAG	168331
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT583703.4	43723	GTTTCTACTGAAGAAGGTAAAGAAAATACCAAAATAGGGTATAGCTCGAG	43772

C  BX247907.8	168330	TAAATTAACCAAAATAATAATAAAAAAAAACTGTACTACCCAATGTACTT	168281
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT583703.4	43773	TAAATTAACCAAAATAATAATAAAAAAAAACTGTACTACCCAATGTACTT	43822

C  BX247907.8	168280	TTTTATTATCAATGTTTGTTGTTTCTGTACTGTTCAAATATTTAGAGTTG	168231
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT583703.4	43823	TTTTATTATCAATGTTTGTTGTTTCTGTACTGTTCAAATATTTAGAGTTG	43872

C  BX247907.8	168230	TAAATAAGACAAAAATATGTAAGAAAATTACGATCTGCAGTTAAATATTA	168181
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT583703.4	43873	TAAATAAGACAAAAATATGTAAGAAAATTACGATCTGCAGTTAAATATTA	43922

C  BX247907.8	168180	TTCTTAAATGACAATCCCACTGTCCCACACTAATTCTAATACATAATGAA	168131
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT583703.4	43923	TTCTTAAATGACAATCCCACTGTCCCACACTAATTCTAATACATAATGAA	43972

C  BX247907.8	168130	GAGACCAAGACAAATTCAAACAAACTCACTGCTTGGCTTTTGTCATCCTC	168081
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT583703.4	43973	GAGACCAAGACAAATTCAAACAAACTCACTGCTTGGCTTTTGTCATCCTC	44022

C  BX247907.8	168080	TCATGTCCATCATGGTCAATATTTCCTTTATGTAAATTAGAAATTGAACT	168031
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT583703.4	44023	TCATGTCCATCATGGTCAATATTTCCTTTATGTAAATTAGAAATTGAACT	44072

C  BX247907.8	168030	GCTTTCAACTTGAAGAAAAGCTGATGGTTTAGACTTTGTATTTGTAGTAT	167981
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT583703.4	44073	GCTTTCAACTTGAAGAAAAGCTGATGGTTTAGACTTTGTATTTGTAGTAT	44122

C  BX247907.8	167980	TGAAGCCATTAGTCCAGTTTGATGCTTGCCTGCAATCCTCAATTGTTTCT	167931
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT583703.4	44123	TGAAGCCATTAGTCCAGTTTGATGCTTGCCTGCAATCCTCAATTGTTTCT	44172

C  BX247907.8	167930	ATGACAGATGGAGGTGTTTTTCGTGTTGGACGTCTTCTGTTACTTTCCTA	167881
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT583703.4	44173	ATGACAGATGGAGGTGTTTTTCGTGTTGGACGTCTTCTGTTACTTTCCTA	44222

C  BX247907.8	167880	TGAAAAATGGAATGAAAAAAATTACGTAAAACCAAAACTCAAATACTGAA	167831
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT583703.4	44223	TGAAAAATGGAATGAAAAAAATTACGTAAAACCAAAACTCAAATACTGAA	44272

C  BX247907.8	167830	ATTAATTACAACGTATAATGTCACTTAAATGCAGGATTTGAATTTTGAAT	167781
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT583703.4	44273	ATTAATTACAACGTATAATGTCACTTAAATGCAGGATTTGAATTTTGAAT	44322

C  BX247907.8	167780	GAATTTATTTAAATTTAATAAACCATAATTCATCACCTGTGAGGAACTGC	167731
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT583703.4	44323	GAATTTATTTAAATTTAATAAACCATAATTCATCACCTGTGAGGAACTGC	44372

C  BX247907.8	167730	AAATAGGACCTGCCATAATCCCTCGTCTTATCCTGCTGCCTCTGTTCTTC	167681
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT583703.4	44373	AAATAGGACCTGCCATAATCCCTCGTCTTATCCTGCTGCCTCTGTTCTTC	44422

C  BX247907.8	167680	TGGCTGTCAGTATCTACAACCTTTGTCTCAGAGAGAAATCCCTCTTTTGA	167631
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT583703.4	44423	TGGCTGTCAGTATCTACAACCTTTGTCTCAGAGAGAAATCCCTCTTTTGA	44472

C  BX247907.8	167630	CATGGTTAAGAGACTATCCCGGCTAGATGATGAAAGGTCCAAACTTGTCT	167581
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT583703.4	44473	CATGGTTAAGAGACTATCCCGGCTAGATGATGAAAGGTCCAAACTTGTCT	44522

C  BX247907.8	167580	TTGCCTTGTCTTGTCTCTTTTCAGAAGGTGTTTGGGGAGACACAATAACC	167531
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT583703.4	44523	TTGCCTTGTCTTGTCTCTTTTCAGAAGGTGTTTGGGGAGACACAATAACC	44572

Overview

Query
BX247907.8 - 169530 bps
Hit
CT583703.4 - 44572 bps
Total alignments
11
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
110018922000167531169530-142573445721
294.961091371079901081261331734551
389.53591031346511347531773378371
482.761132641348911351541798382431
594.541271641079661081291905492181
685.35172315164976165290111868121811
799.01751013647336573-113854139541
875.6765339158618158956122232225681
974.28623351953819872122252225661
1010036759249892572-137776378501
1183.411032397602376261-140516407621
Short-link