<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2153 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

AC123572.15	2	TGATACAATAATAAGGGGGTTATTGAAGTACTGGCCGATAACAAATAGTT	51
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573421.5	121517	TGATACAATAATAAGGGGGTTATTGAAGTACTGGCCGATAACAAATAGTT	121566

AC123572.15	52	CAAAGGAAGTTATGTTCCTAGGTGAGTTGGAAGAAGTCTTGGAAGCAACT	101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573421.5	121567	CAAAGGAAGTTATGTTCCTAGGTGAGTTGGAAGAAGTCTTGGAAGCAACT	121616

AC123572.15	102	CAACCTCCAGAATTCCAGCGATGTATGGTGCTATTGTTTCGCCGTGTTTC	151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573421.5	121617	CAACCTCCAGAATTCCAGCGATGTATGGTGCTATTGTTTCGCCGTGTTTC	121666

AC123572.15	152	TCATTGTTTGAATAGCCCCCATTTTCAGGTATTAAATTTTCAATGCTTTC	201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573421.5	121667	TCATTGTTTGAATAGCCCCCATTTTCAGGTATTAAATTTTCAATGCTTTC	121716

AC123572.15	202	CTGAAGCTCATTTTCTTTTACCACTCTTCCTTCGTTGGAAAAAAAAACAT	251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573421.5	121717	CTGAAGCTCATTTTCTTTTACCACTCTTCCTTCGTTGGAAAAAAAAACAT	121766

AC123572.15	252	TATTTTAAAGTTAGGTTTCAGAAACAACTGAATACTACACCATATGACTG	301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573421.5	121767	TATTTTAAAGTTAGGTTTCAGAAACAACTGAATACTACACCATATGACTG	121816

AC123572.15	302	TTTTCCTCATAGTTGAGATGCAGTGTTAGTGCCAATAAAAGGATATACTT	351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573421.5	121817	TTTTCCTCATAGTTGAGATGCAGTGTTAGTGCCAATAAAAGGATATACTT	121866

AC123572.15	352	TAAAGTTTCATCATTTTCACATGCGAAGAACTAACACAAGAGTTGCCTTA	401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573421.5	121867	TAAAGTTTCATCATTTTCACATGCGAAGAACTAACACAAGAGTTGCCTTA	121916

AC123572.15	402	AGACACATACTTACAATTAAAGACATCAGACAAATCCTTCCTGAACTACG	451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573421.5	121917	AGACACATACTTACAATTAAAGACATCAGACAAATCCTTCCTGAACTACG	121966

AC123572.15	452	GATTTGCTCTAACATTATATCAACAACACATCTCCTGGATATTTGTTGTA	501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573421.5	121967	GATTTGCTCTAACATTATATCAACAACACATCTCCTGGATATTTGTTGTA	122016

AC123572.15	502	ATCCATAAGATGTCATATGAAGAATAACCATATATGCATAACTAATTAAG	551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573421.5	122017	ATCCATAAGATGTCATATGAAGAATAACCATATATGCATAACTAATTAAG	122066

AC123572.15	552	GAGTACAGCCAGATTCGAGTGAATATATGTCTTATATCAATTGTCGCTTC	601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573421.5	122067	GAGTACAGCCAGATTCGAGTGAATATATGTCTTATATCAATTGTCGCTTC	122116

AC123572.15	602	CCTTCACAGAAAGCTGCTAAACATGCTAGGATGATTAATTTTGAAATCAC	651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573421.5	122117	CCTTCACAGAAAGCTGCTAAACATGCTAGGATGATTAATTTTGAAATCAC	122166

AC123572.15	652	CTTTTACTCCAAACCCTGCCTGCAAAAGGTGTTTGAAAAATAAAAAACAA	701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573421.5	122167	CTTTTACTCCAAACCCTGCCTGCAAAAGGTGTTTGAAAAATAAAAAACAA	122216

AC123572.15	702	TTTTTTTAATCTTGATGCAAGCTTTTTTTTTTTGAGGGAATCTTGATGCA	751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573421.5	122217	TTTTTTTAATCTTGATGCAAGCTTTTTTTTTTTGAGGGAATCTTGATGCA	122266

AC123572.15	752	AGCTTATAGAGGTGGGGAATCCCCCATCTCTCTTTTGCTGTTAATTTCAA	801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573421.5	122267	AGCTTATAGAGGTGGGGAATCCCCCATCTCTCTTTTGCTGTTAATTTCAA	122316

AC123572.15	802	TTTTGCCAATTAACTAAAAGCTTATGGTCTTAGGATATGGCCTAAGAATG	851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573421.5	122317	TTTTGCCAATTAACTAAAAGCTTATGGTCTTAGGATATGGCCTAAGAATG	122366

AC123572.15	852	CAACACCAACTAAACCTCTGAAACCACTCTTAATGGTTGTCATATATATA	901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573421.5	122367	CAACACCAACTAAACCTCTGAAACCACTCTTAATGGTTGTCATATATATA	122416

AC123572.15	902	GTGTTTCTTTGTCTTCTTTTACCTTTAACTATTGGGTTATTCTTCATCTG	951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573421.5	122417	GTGTTTCTTTGTCTTCTTTTACCTTTAACTATTGGGTTATTCTTCATCTG	122466

AC123572.15	952	ATCTGCACTCCTTATCAATGCTTCTATAGCTCTTTGTCATTTGTGCCCAG	1001
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573421.5	122467	ATCTGCACTCCTTATCAATGCTTCTATAGCTCTTTGTCATTTGTGCCCAG	122516

AC123572.15	1002	ACCGCATAGACAATATTCTATCTTCTCTATTGTGAATATTATCCCAATTT	1051
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573421.5	122517	ACCGCATAGACAATATTCTATCTTCTCTATTGTGAATATTATCCCAATTT	122566

AC123572.15	1052	TCTTTCTAATAACTGTATTTCCGATTCTATTTTTCCCGTAAAACCACCCA	1101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573421.5	122567	TCTTTCTAATAACTGTATTTCCGATTCTATTTTTCCCGTAAAACCACCCA	122616

AC123572.15	1102	TCCAACATAATATTCTTATATCTGTGACACCGAATTTACTCTCGTGTTGA	1151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573421.5	122617	TCCAACATAATATTCTTATATCTGTGACACCGAATTTACTCTCGTGTTGA	122666

AC123572.15	1152	CTTTTTATTGCCCAACATTCACTCGCGTACAACTTTGCATGTCTTGTAAT	1201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573421.5	122667	CTTTTTATTGCCCAACATTCACTCGCGTACAACTTTGCATGTCTTGTAAT	122716

AC123572.15	1202	TGTGTGATAAAATTTTCCTTCAAGCTTGAGATGTACTTTTCTATTGCATA	1251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573421.5	122717	TGTGTGATAAAATTTTCCTTCAAGCTTGAGATGTACTTTTCTATTGCATA	122766

AC123572.15	1252	TCACATTTGAAAAATTCCTTCATTTCATCTTTTCTACTTGAACCCTATGG	1301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573421.5	122767	TCACATTTGAAAAATTCCTTCATTTCATCTTTTCTACTTGAACCCTATGG	122816

AC123572.15	1302	TTTCCATTGTTGGGAATCACAAATGTAAAACCATTACAGCTGAAAACTTC	1351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573421.5	122817	TTTCCATTGTTGGGAATCACAAATGTAAAACCATTACAGCTGAAAACTTC	122866

AC123572.15	1352	CACCGTTGATGAAAGCGAATGTGCACAATTCTGAGATCTGAAATAATACA	1401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573421.5	122867	CACCGTTGATGAAAGCGAATGTGCACAATTCTGAGATCTGAAATAATACA	122916

AC123572.15	1402	TTTGTTGCATAAAAAACCAATTGAAATGGTGCTACAAATCACTATAGTTT	1451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573421.5	122917	TTTGTTGCATAAAAAACCAATTGAAATGGTGCTACAAATCACTATAGTTT	122966

AC123572.15	1452	TGGTCCTAAGAGGAAGCCTGTATGTTGTCTCTGTGAATAGACTTTCCTTG	1501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573421.5	122967	TGGTCCTAAGAGGAAGCCTGTATGTTGTCTCTGTGAATAGACTTTCCTTG	123016

AC123572.15	1502	GAGCAGTTTCGCTGTGGTAGCTGACGACACACTCCAGGTCAGGAAACAGC	1551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573421.5	123017	GAGCAGTTTCGCTGTGGTAGCTGACGACACACTCCAGGTCAGGAAACAGC	123066

AC123572.15	1552	CAAGACTTTCAGTGTATATTTAGACTCGCCTTTTTAAACAGATGCATGCA	1601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573421.5	123067	CAAGACTTTCAGTGTATATTTAGACTCGCCTTTTTAAACAGATGCATGCA	123116

AC123572.15	1602	ACCCTACTGATCTCTGACTTACGATTAACAAGCTCATACATTACGAGCCC	1651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573421.5	123117	ACCCTACTGATCTCTGACTTACGATTAACAAGCTCATACATTACGAGCCC	123166

AC123572.15	1652	AATCCGAGAAGTTACAGTTTATTCCTCGGTGACCAATAAGACACAAAATA	1701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573421.5	123167	AATCCGAGAAGTTACAGTTTATTCCTCGGTGACCAATAAGACACAAAATA	123216

AC123572.15	1702	GTAAATGAGTTCAATATCTCATATTGACTCATTTCAGCATGGTTGTGCAT	1751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573421.5	123217	GTAAATGAGTTCAATATCTCATATTGACTCATTTCAGCATGGTTGTGCAT	123266

AC123572.15	1752	TTTACCGTCTTACTCTATCGAGAGGGCTAAAGATATCACCTATGTATGAG	1801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573421.5	123267	TTTACCGTCTTACTCTATCGAGAGGGCTAAAGATATCACCTATGTATGAG	123316

AC123572.15	1802	GGATGAATCTCATTTAGATCACTCGCTCCTCTGCACGAATTTTCGCATGT	1851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573421.5	123317	GGATGAATCTCATTTAGATCACTCGCTCCTCTGCACGAATTTTCGCATGT	123366

AC123572.15	1852	CCAATTACAACATTTCTACACCCTGTTACCAGTTATGTTTGATTGTATTA	1901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573421.5	123367	CCAATTACAACATTTCTACACCCTGTTACCAGTTATGTTTGATTGTATTA	123416

AC123572.15	1902	AAACATACAACTCCCGTTGTAGGAATCCTAGTAACTTCACATTGAAGGAC	1951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573421.5	123417	AAACATACAACTCCCGTTGTAGGAATCCTAGTAACTTCACATTGAAGGAC	123466

AC123572.15	1952	TACAAACGCTATAGTCTCCTTGAGAAGAGTTGATGACACTCACATAATAC	2001
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573421.5	123467	TACAAACGCTATAGTCTCCTTGAGAAGAGTTGATGACACTCACATAATAC	123516

AC123572.15	2002	TATATAAAGCGTTTTATGGCGAGTCAATCTAGTACAAATAAATGATTTCT	2051
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573421.5	123517	TATATAAAGCGTTTTATGGCGAGTCAATCTAGTACAAATAAATGATTTCT	123566

AC123572.15	2052	ATTGATATGTCAAACAGGTCTAGAATCACCTCTACAAAGTTACTTTTACA	2101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573421.5	123567	ATTGATATGTCAAACAGGTCTAGAATCACCTCTACAAAGTTACTTTTACA	123616

AC123572.15	2102	TGTTCCTTCATAACTTAGGAAGGTTTATTCTGCTTTCTAGTGCTTGTAAG	2151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573421.5	123617	TGTTCCTTCATAACTTAGGAAGGTTTATTCTGCTTTCTAGTGCTTGTAAG	123666

AC123572.15	2152	CTT	2154
			|||
CT573421.5	123667	CTT	123669

Overview

Query
AC123572.15 - 119925 bps
Hit
CT573421.5 - 123669 bps
Total alignments
7
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2153 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100208121532215411215171236691
295.44195263158351609716129961559-1
386.253880158471592616141161490-1
492.29260402160681646916085261259-1
591.93084812076321243164425649001
693.911682302143121660164901651341
791.765985493834946712230222387-1
Short-link