<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  CU234113.3	2000	AAGCTTTGTCAATGCCGCGATATAATGGTGTTACGTACGGCCTCCTACTA	1951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573365.4	1	AAGCTTTGTCAATGCCGCGATATAATGGTGTTACGTACGGCCTCCTACTA	50

C  CU234113.3	1950	CGTATTTCTTGATAATTAAACAATACCAATCGTAACATTCTTTGCAATAA	1901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573365.4	51	CGTATTTCTTGATAATTAAACAATACCAATCGTAACATTCTTTGCAATAA	100

C  CU234113.3	1900	TTAAACAAAAAGGGTATCAAAAGAATACGTATTTCTTGTCAAAAGAGAAA	1851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573365.4	101	TTAAACAAAAAGGGTATCAAAAGAATACGTATTTCTTGTCAAAAGAGAAA	150

C  CU234113.3	1850	GAAGTATTTAGCCATACTTTAATCAAGAAATGTATGTATTGTTCTATTTT	1801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573365.4	151	GAAGTATTTAGCCATACTTTAATCAAGAAATGTATGTATTGTTCTATTTT	200

C  CU234113.3	1800	ACGCTTTTTCATATCAGTTTGTTTAAATGTTTTATTACACCATGAAGAAC	1751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573365.4	201	ACGCTTTTTCATATCAGTTTGTTTAAATGTTTTATTACACCATGAAGAAC	250

C  CU234113.3	1750	AAGAAGAAGAAAAGGAAAATAAGCTTAACATTAGTGATAGCTTGCAGAAC	1701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573365.4	251	AAGAAGAAGAAAAGGAAAATAAGCTTAACATTAGTGATAGCTTGCAGAAC	300

C  CU234113.3	1700	AAGCAAGACAGTTAGAGGGCATTTAGGACTTTTATCATTTCTGTTTACGT	1651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573365.4	301	AAGCAAGACAGTTAGAGGGCATTTAGGACTTTTATCATTTCTGTTTACGT	350

C  CU234113.3	1650	AGAGTTTTGTATAAATACACCATGTACACATTGAATCAATAATGAGATTT	1601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573365.4	351	AGAGTTTTGTATAAATACACCATGTACACATTGAATCAATAATGAGATTT	400

C  CU234113.3	1600	TTCCCTCTTTTATTCTTTCATATTATGTTTATCGCATAAATGATGGCTAA	1551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573365.4	401	TTCCCTCTTTTATTCTTTCATATTATGTTTATCGCATAAATGATGGCTAA	450

C  CU234113.3	1550	GTTGATTTGTTTTGCAATTGACACCAAATCAAAGAATCTAAAAAAACGAA	1501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573365.4	451	GTTGATTTGTTTTGCAATTGACACCAAATCAAAGAATCTAAAAAAACGAA	500

C  CU234113.3	1500	ATTGGGTAGACAACAATCATGCGTGGTGATTATAGTTGAATAAAATGTTA	1451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573365.4	501	ATTGGGTAGACAACAATCATGCGTGGTGATTATAGTTGAATAAAATGTTA	550

C  CU234113.3	1450	AAGTGAGGCGTTGAATTAACCTTAGAGCATTTGCTTCTAGAGTAAATATA	1401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573365.4	551	AAGTGAGGCGTTGAATTAACCTTAGAGCATTTGCTTCTAGAGTAAATATA	600

C  CU234113.3	1400	TGGACCCTCCCTTAGGGACATGATAGAAATGAAAGACAATGATGAAATGT	1351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573365.4	601	TGGACCCTCCCTTAGGGACATGATAGAAATGAAAGACAATGATGAAATGT	650

C  CU234113.3	1350	GTTAAAGATAGATTCTCACCGTCATTGGGAATAATGAAGCATTAGGCCAA	1301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573365.4	651	GTTAAAGATAGATTCTCACCGTCATTGGGAATAATGAAGCATTAGGCCAA	700

C  CU234113.3	1300	ATTAAAACCTCTTAAACATGTACATAATTACAAGCCTAAGTCAGAAAGGT	1251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573365.4	701	ATTAAAACCTCTTAAACATGTACATAATTACAAGCCTAAGTCAGAAAGGT	750

C  CU234113.3	1250	AATTAACAATGATAATATAGGGTGCAATTGAGGAAAATATATTCCCTTTA	1201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573365.4	751	AATTAACAATGATAATATAGGGTGCAATTGAGGAAAATATATTCCCTTTA	800

C  CU234113.3	1200	GGATTTAGAATTATTGCAAAATAACTTTGTAAACGTTTGTGTTTGACATT	1151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573365.4	801	GGATTTAGAATTATTGCAAAATAACTTTGTAAACGTTTGTGTTTGACATT	850

C  CU234113.3	1150	TAGTGACTCGTTGATTACAGAATGAAAACAGCTTTTTTTAGCTTAAAAGT	1101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573365.4	851	TAGTGACTCGTTGATTACAGAATGAAAACAGCTTTTTTTAGCTTAAAAGT	900

C  CU234113.3	1100	GATTATATGACCTTATAATTCTTAAACAACTCAAAGGAAGCAGACTACTT	1051
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573365.4	901	GATTATATGACCTTATAATTCTTAAACAACTCAAAGGAAGCAGACTACTT	950

C  CU234113.3	1050	TTTGCGTTTGTTTTGCCGTTTCTATTTATGATATATGATTATGAGGGCTA	1001
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573365.4	951	TTTGCGTTTGTTTTGCCGTTTCTATTTATGATATATGATTATGAGGGCTA	1000

C  CU234113.3	1000	AGAAAGAAGATAAAACGACCAAGCTTTTCTTTTGAAGGAGAAAACAACCA	951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573365.4	1001	AGAAAGAAGATAAAACGACCAAGCTTTTCTTTTGAAGGAGAAAACAACCA	1050

C  CU234113.3	950	AGCTTTAAAGTACATAAAACATTCCTTAATGTCTCAATAATATATTCTCA	901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573365.4	1051	AGCTTTAAAGTACATAAAACATTCCTTAATGTCTCAATAATATATTCTCA	1100

C  CU234113.3	900	TAAAAAATAATGTACCTTGTCGACATCTCTTGCCATGTGTTTTTCACACC	851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573365.4	1101	TAAAAAATAATGTACCTTGTCGACATCTCTTGCCATGTGTTTTTCACACC	1150

C  CU234113.3	850	TAGGATGGTAAATGGTAATTGACCCAAGTTCGGTGGATCCACAAAAAATA	801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573365.4	1151	TAGGATGGTAAATGGTAATTGACCCAAGTTCGGTGGATCCACAAAAAATA	1200

C  CU234113.3	800	CCAACGATGTATGGGATGAGTACTCGGAGGAATCGAACCTAAGACTTTGG	751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573365.4	1201	CCAACGATGTATGGGATGAGTACTCGGAGGAATCGAACCTAAGACTTTGG	1250

C  CU234113.3	750	AGAGAAGCGCACTCTAAGATCTTAAATCAAAACCACCAAATCAATCCAAG	701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573365.4	1251	AGAGAAGCGCACTCTAAGATCTTAAATCAAAACCACCAAATCAATCCAAG	1300

C  CU234113.3	700	TAGGTTTTAATCTTTGATATTTATTGTAACATACATTTATTTTTACACTT	651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573365.4	1301	TAGGTTTTAATCTTTGATATTTATTGTAACATACATTTATTTTTACACTT	1350

C  CU234113.3	650	TAGACTTTTTTATTGGCTGCATACTACAATGAGTAATATTTATATGTTGA	601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573365.4	1351	TAGACTTTTTTATTGGCTGCATACTACAATGAGTAATATTTATATGTTGA	1400

C  CU234113.3	600	TTTAAAATATTTTAGATTGTATTTTAATTACCTTGTGATATATTTTTTTC	551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573365.4	1401	TTTAAAATATTTTAGATTGTATTTTAATTACCTTGTGATATATTTTTTTC	1450

C  CU234113.3	550	TTATTTATTGTCTTTTTGTTTTAGAATGCGGGTAATAAGCACGGTATGAG	501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573365.4	1451	TTATTTATTGTCTTTTTGTTTTAGAATGCGGGTAATAAGCACGGTATGAG	1500

C  CU234113.3	500	CGCTTAATGTCCAGGGGTACAGGGACGGACACCAAATTTATTATCTATGA	451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573365.4	1501	CGCTTAATGTCCAGGGGTACAGGGACGGACACCAAATTTATTATCTATGA	1550

C  CU234113.3	450	GGTACAAGGTCGGTCAAGGGGGCTGCCACTAAAGCAAGAACTTTAGGCCC	401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573365.4	1551	GGTACAAGGTCGGTCAAGGGGGCTGCCACTAAAGCAAGAACTTTAGGCCC	1600

C  CU234113.3	400	CCAAATATTGTACTCCCCGTATTAGGCTTCATATTTTTGTCTTTGAAAAT	351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573365.4	1601	CCAAATATTGTACTCCCCGTATTAGGCTTCATATTTTTGTCTTTGAAAAT	1650

C  CU234113.3	350	ATTTTCGTACATCAAATTTTGTAAACATGTTCACTCGAAGCTCAAGTGGT	301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573365.4	1651	ATTTTCGTACATCAAATTTTGTAAACATGTTCACTCGAAGCTCAAGTGGT	1700

C  CU234113.3	300	ATGTAAATGAGGAGTCATAATTCATGTTGCAAGTTCGATTTCAATGCTAG	251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573365.4	1701	ATGTAAATGAGGAGTCATAATTCATGTTGCAAGTTCGATTTCAATGCTAG	1750

C  CU234113.3	250	TTATTTGAACCATGCTTAAATTCTTTTTGCCTTCAAATTCCTATCAATCT	201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573365.4	1751	TTATTTGAACCATGCTTAAATTCTTTTTGCCTTCAAATTCCTATCAATCT	1800

C  CU234113.3	200	AATTTGATGTCGGTTGTTCTAAATATATATTAAGAAAAGTAGTGTGTAAT	151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573365.4	1801	AATTTGATGTCGGTTGTTCTAAATATATATTAAGAAAAGTAGTGTGTAAT	1850

C  CU234113.3	150	CAAAGTTTGTAAAAGTAAAAAATTAATTTATATTTCTATAATTTCAATAT	101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573365.4	1851	CAAAGTTTGTAAAAGTAAAAAATTAATTTATATTTCTATAATTTCAATAT	1900

C  CU234113.3	100	TATTTTGTTATTTTATGATCTCTAACAATTGGTAAATAATGTCTATATTA	51
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573365.4	1901	TATTTTGTTATTTTATGATCTCTAACAATTGGTAAATAATGTCTATATTA	1950

C  CU234113.3	50	AATATCTTTTTCAATACGCACGCACGCGCGCACACACACATATATATTTA	1
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573365.4	1951	AATATCTTTTTCAATACGCACGCACGCGCGCACACACACATATATATTTA	2000

Overview

Query
CU234113.3 - 71002 bps
Hit
CT573365.4 - 123679 bps
Total alignments
5
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001890200012000-1120001
295.742122585093851195-165261655181
389.231392336153661768-165262654931
487.63961951130911503199033992181
592.021081631130611468-199247994091
Short-link