<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

BX544871.4	1	AAGCTTTATTAGGATATATTTTTTTATGTCTGTGAAGCAAGTATCTGTTG	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573340.5	28344	AAGCTTTATTAGGATATATTTTTTTATGTCTGTGAAGCAAGTATCTGTTG	28393

BX544871.4	51	AGATTCCAGTGCGTTTGTTGACCACCAAACTGTCGTAAAAGCACACATCT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573340.5	28394	AGATTCCAGTGCGTTTGTTGACCACCAAACTGTCGTAAAAGCACACATCT	28443

BX544871.4	101	AGTCTAAGCCTCTCTCCGGAGAAACGTTAGTCTTTGGCGATCCCTGATTG	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573340.5	28444	AGTCTAAGCCTCTCTCCGGAGAAACGTTAGTCTTTGGCGATCCCTGATTG	28493

BX544871.4	151	GCTCCTGTACTAGCAGGCAGGCCCTTACACGGCACAAGCCATTAAAATGA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573340.5	28494	GCTCCTGTACTAGCAGGCAGGCCCTTACACGGCACAAGCCATTAAAATGA	28543

BX544871.4	201	ATGGGTGTCAGGAGGAACTTAAAATTATTGTATATAAGCATTACAAATAA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573340.5	28544	ATGGGTGTCAGGAGGAACTTAAAATTATTGTATATAAGCATTACAAATAA	28593

BX544871.4	251	AACTTGAACTTTTTTACATCTGGTGTAAAAACTGCTTCACACCGCGCAGT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573340.5	28594	AACTTGAACTTTTTTACATCTGGTGTAAAAACTGCTTCACACCGCGCAGT	28643

BX544871.4	301	GACAGTGTCTGGATGGAAAGTGAAACCAGTGCACTGAACACACCTGAGCA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573340.5	28644	GACAGTGTCTGGATGGAAAGTGAAACCAGTGCACTGAACACACCTGAGCA	28693

BX544871.4	351	GTGTGGCACAGTATAGCCTTGCTCCCATTTACATTTTCAGCCAAATGTCA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573340.5	28694	GTGTGGCACAGTATAGCCTTGCTCCCATTTACATTTTCAGCCAAATGTCA	28743

BX544871.4	401	AACAACTGGTTTTGGTAGCCAAAATTTACTGTTCTGCAGATGAAGACTTG	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573340.5	28744	AACAACTGGTTTTGGTAGCCAAAATTTACTGTTCTGCAGATGAAGACTTG	28793

BX544871.4	451	ATTTAAGTACTGAAAAAGCATTGTATTGTGTCCAGTTACTGCCACAATGT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573340.5	28794	ATTTAAGTACTGAAAAAGCATTGTATTGTGTCCAGTTACTGCCACAATGT	28843

BX544871.4	501	AGTCAGTCAAATTAAAGCAGTCGAGCTGGAATTTAAGAAAAGGTTAAATG	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573340.5	28844	AGTCAGTCAAATTAAAGCAGTCGAGCTGGAATTTAAGAAAAGGTTAAATG	28893

BX544871.4	551	GAAAGGATTGTCAGAATATAAGTTTACAACAATAAATCCTTGCCATTTAA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573340.5	28894	GAAAGGATTGTCAGAATATAAGTTTACAACAATAAATCCTTGCCATTTAA	28943

BX544871.4	601	AAGACTGTTATTTAACAAAAAACATTTACTTCTTGCATTAACTTAAATGA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573340.5	28944	AAGACTGTTATTTAACAAAAAACATTTACTTCTTGCATTAACTTAAATGA	28993

BX544871.4	651	GAAAGTCATGGGTTTGGAACAACCTAAGGTTGAATAAATAACAGCACATC	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573340.5	28994	GAAAGTCATGGGTTTGGAACAACCTAAGGTTGAATAAATAACAGCACATC	29043

BX544871.4	701	TGACTCATCTTTTCAGTAAGAAAATAACATATTCACTTAGATAAATGTAG	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573340.5	29044	TGACTCATCTTTTCAGTAAGAAAATAACATATTCACTTAGATAAATGTAG	29093

BX544871.4	751	GCAGAGACTGGACTTATGTATTGGGAACTAATTGGATATTTTAAATTGGG	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573340.5	29094	GCAGAGACTGGACTTATGTATTGGGAACTAATTGGATATTTTAAATTGGG	29143

BX544871.4	801	TGTCAAAATGTAGTCAATTAGTTTAAAAAGTCAAATATCAGATGTCACTT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573340.5	29144	TGTCAAAATGTAGTCAATTAGTTTAAAAAGTCAAATATCAGATGTCACTT	29193

BX544871.4	851	TTAAAGTTTATGATGGCAAACTCTTCATTTAGAATAATAATAAGACTAGA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573340.5	29194	TTAAAGTTTATGATGGCAAACTCTTCATTTAGAATAATAATAAGACTAGA	29243

BX544871.4	901	AACTACTTGCTTTACCACAAGCCGGATTTGAATCACATAGCTGGTCTCCA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573340.5	29244	AACTACTTGCTTTACCACAAGCCGGATTTGAATCACATAGCTGGTCTCCA	29293

BX544871.4	951	TTACAAGTTTGAGTCAAAGCTTTGATCTCATTTGAACTTTAAATCAGACA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573340.5	29294	TTACAAGTTTGAGTCAAAGCTTTGATCTCATTTGAACTTTAAATCAGACA	29343

BX544871.4	1001	AGACGCTTGTGATAGAGTGTAGTCACCAAGAAGACCGTAATAGAGCGGCT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573340.5	29344	AGACGCTTGTGATAGAGTGTAGTCACCAAGAAGACCGTAATAGAGCGGCT	29393

BX544871.4	1051	GTTTAAAGTGGGCACAGAGCTGCTGTACCTCAGAGCCTCGGAGAGAGTGA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573340.5	29394	GTTTAAAGTGGGCACAGAGCTGCTGTACCTCAGAGCCTCGGAGAGAGTGA	29443

BX544871.4	1101	TATGGAAAGCTCCTCCTTTCTGTGTCACTAATCTAGCCTGCTCTGCATTG	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573340.5	29444	TATGGAAAGCTCCTCCTTTCTGTGTCACTAATCTAGCCTGCTCTGCATTG	29493

BX544871.4	1151	TCAAAGCCCTGTGTTTGAACAATGGAGCTGTCTTCTTGTCTGCTAATTTG	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573340.5	29494	TCAAAGCCCTGTGTTTGAACAATGGAGCTGTCTTCTTGTCTGCTAATTTG	29543

BX544871.4	1201	GGAACAAACATTTGCCTGCGTGGCAAACAAGCTCTCCCAGGAAGTGCTAT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573340.5	29544	GGAACAAACATTTGCCTGCGTGGCAAACAAGCTCTCCCAGGAAGTGCTAT	29593

BX544871.4	1251	TAATAGGATAATTAGGCAGACGGTAATGAGCTGGATTACTGCTAATTATG	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573340.5	29594	TAATAGGATAATTAGGCAGACGGTAATGAGCTGGATTACTGCTAATTATG	29643

BX544871.4	1301	ATAAGATTTGTTTTGGCATTTGCCTGAGAGGCAGCAGAGAGTTCGAGTTG	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573340.5	29644	ATAAGATTTGTTTTGGCATTTGCCTGAGAGGCAGCAGAGAGTTCGAGTTG	29693

BX544871.4	1351	GCCCAGGAGTTTAGAGCTGAGCGGCAGAGTGCGGTGCACCTGAATCAACA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573340.5	29694	GCCCAGGAGTTTAGAGCTGAGCGGCAGAGTGCGGTGCACCTGAATCAACA	29743

BX544871.4	1401	CACAGACAGTCACCGCGTGTGTGACGCGAGATAACACCAAAAGCAGTTTG	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573340.5	29744	CACAGACAGTCACCGCGTGTGTGACGCGAGATAACACCAAAAGCAGTTTG	29793

BX544871.4	1451	GCTCTCCCTAGAGCCCTCGCTGTCATTTTGGCCAGACTCCCGCCAGCTAT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573340.5	29794	GCTCTCCCTAGAGCCCTCGCTGTCATTTTGGCCAGACTCCCGCCAGCTAT	29843

BX544871.4	1501	GCGCAACCTCAGGCACTGGAGCGCCACATGGGCCGGGTTGTTGTTGTGTG	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573340.5	29844	GCGCAACCTCAGGCACTGGAGCGCCACATGGGCCGGGTTGTTGTTGTGTG	29893

BX544871.4	1551	ACTGAGCTATGGGACCTTATTAGTGTCAGGCCAAGGATGCTAGAGTTGTG	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573340.5	29894	ACTGAGCTATGGGACCTTATTAGTGTCAGGCCAAGGATGCTAGAGTTGTG	29943

BX544871.4	1601	CTAAGCCTTCAGTACACACTAAGCCCACTATGTCAGGTCAAGGGTAACGT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573340.5	29944	CTAAGCCTTCAGTACACACTAAGCCCACTATGTCAGGTCAAGGGTAACGT	29993

BX544871.4	1651	AAGCTAGGCCTACAAGCTAATTACCTGATGAGACAAGGCTGATAACACAA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573340.5	29994	AAGCTAGGCCTACAAGCTAATTACCTGATGAGACAAGGCTGATAACACAA	30043

BX544871.4	1701	GGTTTCAGAACTGGAACTAAGCAGAGCTTTGCTCTAGATGCTTCCCTAAA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573340.5	30044	GGTTTCAGAACTGGAACTAAGCAGAGCTTTGCTCTAGATGCTTCCCTAAA	30093

BX544871.4	1751	CGAGAACTAGTAGTAAAAGGTGTAAACATGCGCATCTAAGTGTTTGCACA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573340.5	30094	CGAGAACTAGTAGTAAAAGGTGTAAACATGCGCATCTAAGTGTTTGCACA	30143

BX544871.4	1801	TCTAGTTTGATTCAAGCATTTCTGCTGTGTTTGACTTATGTAAGAATATA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573340.5	30144	TCTAGTTTGATTCAAGCATTTCTGCTGTGTTTGACTTATGTAAGAATATA	30193

BX544871.4	1851	TAGACTAATTACCAACCTACGTCACACATGACGTCACACGGGTCCCCGGT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573340.5	30194	TAGACTAATTACCAACCTACGTCACACATGACGTCACACGGGTCCCCGGT	30243

BX544871.4	1901	TGTAAAAAACAGACAGGCTACAATGGGAAAGATGTCGTGTTTTGCGGTAG	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573340.5	30244	TGTAAAAAACAGACAGGCTACAATGGGAAAGATGTCGTGTTTTGCGGTAG	30293

BX544871.4	1951	GATGCCGAATTCGAGTCCAAAAATGGAAAACTTAACTTTTACCATACACC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573340.5	30294	GATGCCGAATTCGAGTCCAAAAATGGAAAACTTAACTTTTACCATACACC	30343

Overview

Query
BX544871.4 - 203436 bps
Hit
CT573340.5 - 30343 bps
Total alignments
21
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001976200012000128344303431
298.413163841248418616346961
310036679781397879-16357011
497.13169125116125184-16367041
582.1316250018355188541131418111
686.931402821836918650-113818141001
783.1156151113870114020-113964141171
896.923565125117125181-120258203221
991.6741849628296365120258203411
1095.5935689598396050-120259203261
1195.593568119044119111-120259203261
1297.063868125899125966-120259203261
1395.5235675740057466-120260203261
1494.2546879626096346-120261203471
1598.3131595740857466120261203191
1696.1545789598396060120261203381
1795.653569119044119112120261203291
1897.564980125125125204120261203421
1993.243474125897125970120261203341
2090.27781153079530909-120453205651
2179.653151143708143858-130192303431
Short-link