<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CT485992.1	1	AAGCTTTCATATTCTCATCAATGGAGGTTTTCAATCATCTTCAACATTAA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573298.1	9682	AAGCTTTCATATTCTCATCAATGGAGGTTTTCAATCATCTTCAACATTAA	9731

CT485992.1	51	CATGGTATCAGAGTGAGGACGTTTCTGATCTTTCCTGCTTCTTTCTTTTT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573298.1	9732	CATGGTATCAGAGTGAGGACGTTTCTGATCTTTCCTGCTTCTTTCTTTTT	9781

CT485992.1	101	CAATTTTCGCATCAGATCTTCATATTTCATTCTCTGTAAACCTTCGAATT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573298.1	9782	CAATTTTCGCATCAGATCTTCATATTTCATTCTCTGTAAACCTTCGAATT	9831

CT485992.1	151	TTCTTTGTGATAAAAATGGTAGATCCTACTTCTACGAGCACTGGTTCAGC	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573298.1	9832	TTCTTTGTGATAAAAATGGTAGATCCTACTTCTACGAGCACTGGTTCAGC	9881

CT485992.1	201	CAGTATTCCTTCATCTGGGACTGATACAGGGAGTCATTTCTACAGTCATC	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573298.1	9882	CAGTATTCCTTCATCTGGGACTGATACAGGGAGTCATTTCTACAGTCATC	9931

CT485992.1	251	CTCAGATAATCTTGGAGCAGTACTTGTACCAGTTCCTTTTAATAGTACTG	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573298.1	9932	CTCAGATAATCTTGGAGCAGTACTTGTACCAGTTCCTTTTAATAGTACTG	9981

CT485992.1	301	GTTTTCATTCATGGCGTCGTAGTGTACTTCATTCTTTGTCAGTGAAGAAC	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573298.1	9982	GTTTTCATTCATGGCGTCGTAGTGTACTTCATTCTTTGTCAGTGAAGAAC	10031

CT485992.1	351	AAACTAGTGTTCATCAATGGTGAGTGTAAGAGACCAGAGGTGAATCATTC	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573298.1	10032	AAACTAGTGTTCATCAATGGTGAGTGTAAGAGACCAGAGGTGAATCATTC	10081

CT485992.1	401	CACTTATCATCAATGGGTGAGGTGTGATGATATGGTTACTTCCTGGATTC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573298.1	10082	CACTTATCATCAATGGGTGAGGTGTGATGATATGGTTACTTCCTGGATTC	10131

CT485992.1	451	TCAACTCTCTGTATCGAGATATTGTTGATAGTGTTGAATATGTCAATGAT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573298.1	10132	TCAACTCTCTGTATCGAGATATTGTTGATAGTGTTGAATATGTCAATGAT	10181

CT485992.1	501	GCTCTGGAATTGTGGACAGAACTGGAGGATCGATATGATCAGACAAATGG	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573298.1	10182	GCTCTGGAATTGTGGACAGAACTGGAGGATCGATATGATCAGACAAATGG	10231

CT485992.1	551	AGCAAAATTTTACCAAACTCAGAAGGAAATAAATGATCTTAATCAAGGTA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573298.1	10232	AGCAAAATTTTACCAAACTCAGAAGGAAATAAATGATCTTAATCAAGGTA	10281

CT485992.1	601	TTCTCGATATCACAATATATTACACTCCTATGAAGAAACTTTGGGAGGAA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573298.1	10282	TTCTCGATATCACAATATATTACACTCCTATGAAGAAACTTTGGGAGGAA	10331

CT485992.1	651	TTCAACAGTATATGTGTTTTAAGTTAGTGTAATTGTGTGTGTGTGTGGAG	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573298.1	10332	TTCAACAGTATATGTGTTTTAAGTTAGTGTAATTGTGTGTGTGTGTGGAG	10381

CT485992.1	701	CTAAAACTAATGTTCAGAAGGCGGAGAAAGATAGGCGTTTGATTCAGTTT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573298.1	10382	CTAAAACTAATGTTCAGAAGGCGGAGAAAGATAGGCGTTTGATTCAGTTT	10431

CT485992.1	751	TTGATGGGCTTAAATGTGGTATATACTATTATTAGGGGAAGTATTTTGAT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573298.1	10432	TTGATGGGCTTAAATGTGGTATATACTATTATTAGGGGAAGTATTTTGAT	10481

CT485992.1	801	GATGAATCCCTTACCATCTTTGGCACAAGCTTTTGCTTTACTAGTACAAG	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573298.1	10482	GATGAATCCCTTACCATCTTTGGCACAAGCTTTTGCTTTACTAGTACAAG	10531

CT485992.1	851	AGGAAAAGCAACGAGAATTCAAACCCAATAATCAACTGTTTACTGAAAGT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573298.1	10532	AGGAAAAGCAACGAGAATTCAAACCCAATAATCAACTGTTTACTGAAAGT	10581

CT485992.1	901	AGTTCTCTATCTGCAGTTTCATCAAGTTCAGGAGGTAGAAATTTTCAAAC	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573298.1	10582	AGTTCTCTATCTGCAGTTTCATCAAGTTCAGGAGGTAGAAATTTTCAAAC	10631

CT485992.1	951	AAATTATTCTACCTCCAACACAAAACCAAGAGGAAGGCCTTTTTGTGATT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573298.1	10632	AAATTATTCTACCTCCAACACAAAACCAAGAGGAAGGCCTTTTTGTGATT	10681

CT485992.1	1001	TTTGTAGAAGGCCAGGACATTTTAGAGCAAAGTGTTATAAGTTGCATGGT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573298.1	10682	TTTGTAGAAGGCCAGGACATTTTAGAGCAAAGTGTTATAAGTTGCATGGT	10731

CT485992.1	1051	TATCCATCTAATGACACAAATAGTTATAATACAAATCAGCATCAAAATGG	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573298.1	10732	TATCCATCTAATGACACAAATAGTTATAATACAAATCAGCATCAAAATGG	10781

CT485992.1	1101	TTATATTCGTGATCAGCATAATCCAAGGAACACAGTTCAAAATACTTATC	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573298.1	10782	TTATATTCGTGATCAGCATAATCCAAGGAACACAGTTCAAAATACTTATC	10831

CT485992.1	1151	CAAATCCAAGGCATAACAATAAGGGAAAGGGTGCATCAGCAAATTCTGTA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573298.1	10832	CAAATCCAAGGCATAACAATAAGGGAAAGGGTGCATCAGCAAATTCTGTA	10881

CT485992.1	1201	AGAATATCCTGTGATGGAGGTGTTAGTGGGCAGACAAAGGAATCAGGTTC	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573298.1	10882	AGAATATCCTGTGATGGAGGTGTTAGTGGGCAGACAAAGGAATCAGGTTC	10931

CT485992.1	1251	AACCTTTTGTAATGATCCTCAAGGAAATGAGAATATCAGTATCACCAAGG	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573298.1	10932	AACCTTTTGTAATGATCCTCAAGGAAATGAGAATATCAGTATCACCAAGG	10981

CT485992.1	1301	AGCAATATGATCAAGTTTCTCACTTGCTAAATCAGTTCCAAGATTGTAAC	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573298.1	10982	AGCAATATGATCAAGTTTCTCACTTGCTAAATCAGTTCCAAGATTGTAAC	11031

CT485992.1	1351	ACTATGGTCAATCAAAATGATGGAGTATGTGGAGCTGTGAACTTTGCAGG	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573298.1	11032	ACTATGGTCAATCAAAATGATGGAGTATGTGGAGCTGTGAACTTTGCAGG	11081

CT485992.1	1401	TGCCTTTGCTTGTTCCTTCTCTCTTGATTATATTAAACTTTCATGTGAAT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573298.1	11082	TGCCTTTGCTTGTTCCTTCTCTCTTGATTATATTAAACTTTCATGTGAAT	11131

CT485992.1	1451	GTTTCAAAACAAGGACTGATCTATGGATTCTAGACTCAGGAGCTGCTCAT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573298.1	11132	GTTTCAAAACAAGGACTGATCTATGGATTCTAGACTCAGGAGCTGCTCAT	11181

CT485992.1	1501	CACATGACTTTTAACAAAAATAACCTTGTGAATATAGTAAATCTACCTTG	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573298.1	11182	CACATGACTTTTAACAAAAATAACCTTGTGAATATAGTAAATCTACCTTG	11231

CT485992.1	1551	TCCTATGTTAGTCAGATTACCAAATGGATATAGAGTCAAAATCACAATGG	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573298.1	11232	TCCTATGTTAGTCAGATTACCAAATGGATATAGAGTCAAAATCACAATGG	11281

CT485992.1	1601	TTGGTAATGTACATCTTACACCTAAAATCATTCTGTCCGAGTATTGTATG	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573298.1	11282	TTGGTAATGTACATCTTACACCTAAAATCATTCTGTCCGAGTATTGTATG	11331

CT485992.1	1651	CCCCTTCTTCCAAATACAATTTAATCTCCATCAACTCTCTTGTAAACCAC	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573298.1	11332	CCCCTTCTTCCAAATACAATTTAATCTCCATCAACTCTCTTGTAAACCAC	11381

CT485992.1	1701	CTTAAATGCACTGTCTCTTTTTCTAACACTTCTTGTCTGCTGCAGCCCCT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573298.1	11382	CTTAAATGCACTGTCTCTTTTTCTAACACTTCTTGTCTGCTGCAGCCCCT	11431

CT485992.1	1751	TCACTGAAGAGGCCTCTGGAGATTGGTAAGATGCATGATGGTCTTTACTT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573298.1	11432	TCACTGAAGAGGCCTCTGGAGATTGGTAAGATGCATGATGGTCTTTACTT	11481

CT485992.1	1801	CCTTTGCTCAAATTGCTTACAAAAGAACTCACATGATCAACAACAATACC	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573298.1	11482	CCTTTGCTCAAATTGCTTACAAAAGAACTCACATGATCAACAACAATACC	11531

CT485992.1	1851	ATTCTTCTTCTTTTTTTATTTTATCCAGTAATAAAGTACAATGTACATCC	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573298.1	11532	ATTCTTCTTCTTTTTTTATTTTATCCAGTAATAAAGTACAATGTACATCC	11581

CT485992.1	1901	CTTACATGTAACTCTCATTCAAATGCAATAAACTTTTCTTTTGTTGGTAA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573298.1	11582	CTTACATGTAACTCTCATTCAAATGCAATAAACTTTTCTTTTGTTGGTAA	11631

CT485992.1	1951	TAAAGATAATGTTGCTGAACAGTTCTTTCAGTTCTAATTCCTTTCCTAAT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573298.1	11632	TAAAGATAATGTTGCTGAACAGTTCTTTCAGTTCTAATTCCTTTCCTAAT	11681

Overview

Query
CT485992.1 - 164164 bps
Hit
CT573298.1 - 11681 bps
Total alignments
2
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100194120001200019682116811
298.05221257479150471947997351
Short-link