<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  CU393928.2	2000	AAGCTTTGACTACCATCCTGTTCTGGCTCCCACCACGGGGTCTGAAGCAT	1951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573284.1	1	AAGCTTTGACTACCATCCTGTTCTGGCTCCCACCACGGGGTCTGAAGCAT	50

C  CU393928.2	1950	CACTCGACAATGGTCTATCCCCATCAGAGTCCACTGCTCATGCCCGACTC	1901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573284.1	51	CACTCGACAATGGTCTATCCCCATCAGAGTCCACTGCTCATGCCCGACTC	100

C  CU393928.2	1900	CCCATCCACCATTTCCCTGTCCCCCTCAGCCTCCCACCCACCTCTAGGGG	1851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573284.1	101	CCCATCCACCATTTCCCTGTCCCCCTCAGCCTCCCACCCACCTCTAGGGG	150

C  CU393928.2	1850	TTATTCTCCGGGAGGGTCAGAGGTCAGTTCAGCCTAGAGGACCATTCTCC	1801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573284.1	151	TTATTCTCCGGGAGGGTCAGAGGTCAGTTCAGCCTAGAGGACCATTCTCC	200

C  CU393928.2	1800	AGCCCCTGGGGAGGAATAGGAAGAGACATGGGGAGAGGGCATAGCCTCTG	1751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573284.1	201	AGCCCCTGGGGAGGAATAGGAAGAGACATGGGGAGAGGGCATAGCCTCTG	250

C  CU393928.2	1750	CTTGTCCCTGCCCACCCTACCTGGGGTGGGGGCTAGGCCCTCTTTGTCCC	1701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573284.1	251	CTTGTCCCTGCCCACCCTACCTGGGGTGGGGGCTAGGCCCTCTTTGTCCC	300

C  CU393928.2	1700	CGCCCATCACCCCTCCCTGTGAGGGAGTGGTGGGGCGTGGCTTCCACTCG	1651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573284.1	301	CGCCCATCACCCCTCCCTGTGAGGGAGTGGTGGGGCGTGGCTTCCACTCG	350

C  CU393928.2	1650	CTCCACACATAGTAATACTACTAATTATTATTATGGTATTTGTTAAGCAC	1601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573284.1	351	CTCCACACATAGTAATACTACTAATTATTATTATGGTATTTGTTAAGCAC	400

C  CU393928.2	1600	TTACTATGTGCCAGGCACTGTACCAAGCGCTGGGGTGGATACAAGCAAAT	1551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573284.1	401	TTACTATGTGCCAGGCACTGTACCAAGCGCTGGGGTGGATACAAGCAAAT	450

C  CU393928.2	1550	CGGGTTGGACACAGTCCCTGTGCCATGTTGGGTTCACAGTCTCAATCCCC	1501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573284.1	451	CGGGTTGGACACAGTCCCTGTGCCATGTTGGGTTCACAGTCTCAATCCCC	500

C  CU393928.2	1500	ATTTTCCAGATGAGGTAACTGAGGCCCAGAGAAGGAAAGCAACTTGTCCA	1451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573284.1	501	ATTTTCCAGATGAGGTAACTGAGGCCCAGAGAAGGAAAGCAACTTGTCCA	550

C  CU393928.2	1450	AGGTCACACGGCAGACAAGTGGCGGGGGCGCGATTAGAACCCATGACCTT	1401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573284.1	551	AGGTCACACGGCAGACAAGTGGCGGGGGCGCGATTAGAACCCATGACCTT	600

C  CU393928.2	1400	CTGACTCCCAAGTCCGTGCTCTATCCACTAGGCCTTGCTGATGCCCACAC	1351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573284.1	601	CTGACTCCCAAGTCCGTGCTCTATCCACTAGGCCTTGCTGATGCCCACAC	650

C  CU393928.2	1350	CAATGCCCATCCTTCTTACCCTTGGGTGGGTGTAGCCGGGGGTGTGGTCT	1301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573284.1	651	CAATGCCCATCCTTCTTACCCTTGGGTGGGTGTAGCCGGGGGTGTGGTCT	700

C  CU393928.2	1300	CTGCTTACCCCCACGCTCCCTGTGGCCCTGCGTGGATGGGGCGTCGCTGC	1251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573284.1	701	CTGCTTACCCCCACGCTCCCTGTGGCCCTGCGTGGATGGGGCGTCGCTGC	750

C  CU393928.2	1250	CTGCTCTCACTGCCATGGCTATCGTGTCGCCGTCCAGGGTCTTCTCGTCA	1201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573284.1	751	CTGCTCTCACTGCCATGGCTATCGTGTCGCCGTCCAGGGTCTTCTCGTCA	800

C  CU393928.2	1200	TCTTGCCCGCGCTGGGCTCTTGGGGTCTGGCTCAGGTCGCTCCCCGCCCC	1151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573284.1	801	TCTTGCCCGCGCTGGGCTCTTGGGGTCTGGCTCAGGTCGCTCCCCGCCCC	850

C  CU393928.2	1150	CACCGCCGCTGCCACCGCCCGCCGCCGCGCTCCTGTCTCCACAATAAAGG	1101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573284.1	851	CACCGCCGCTGCCACCGCCCGCCGCCGCGCTCCTGTCTCCACAATAAAGG	900

C  CU393928.2	1100	ATCTTTATCTCTGGACTGGCAAGAGAGAACAGACTCTGTGTCTTCCACTC	1051
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573284.1	901	ATCTTTATCTCTGGACTGGCAAGAGAGAACAGACTCTGTGTCTTCCACTC	950

C  CU393928.2	1050	TCCCCGGGGACCCAAGCCACGTGGCTTTGGGCAAACCGAGGCGGTGCGAA	1001
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573284.1	951	TCCCCGGGGACCCAAGCCACGTGGCTTTGGGCAAACCGAGGCGGTGCGAA	1000

C  CU393928.2	1000	CGATCCCTCGAGGGTCACCGTCAAAGCCACATGGCCTGGTCCTGCTGCCC	951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573284.1	1001	CGATCCCTCGAGGGTCACCGTCAAAGCCACATGGCCTGGTCCTGCTGCCC	1050

C  CU393928.2	950	CTCACCCTGGCCCAGGCCCAGGCCTCGCCTCAGGTCATTTCCATCTCCTC	901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573284.1	1051	CTCACCCTGGCCCAGGCCCAGGCCTCGCCTCAGGTCATTTCCATCTCCTC	1100

C  CU393928.2	900	CTCCTCATCCTCCTGATCCTTCTGGTCCTCGTCCTCCTCCTCCTGGTCCT	851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573284.1	1101	CTCCTCATCCTCCTGATCCTTCTGGTCCTCGTCCTCCTCCTCCTGGTCCT	1150

C  CU393928.2	850	CTTCTTCCTCATCCTCATCTTCCTTCTCCTCCCTTCTGCTCCTCACATCC	801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573284.1	1151	CTTCTTCCTCATCCTCATCTTCCTTCTCCTCCCTTCTGCTCCTCACATCC	1200

C  CU393928.2	800	TTCTCTATCTTCTCTTTTCCTCCTCATCCTCCTCCTCATCCTTCTCCTCA	751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573284.1	1201	TTCTCTATCTTCTCTTTTCCTCCTCATCCTCCTCCTCATCCTTCTCCTCA	1250

C  CU393928.2	750	TCCTCATCCTAGTCGTCGTCCTCCTCCCCTCTGCTCTCCCCGACTACCTC	701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573284.1	1251	TCCTCATCCTAGTCGTCGTCCTCCTCCCCTCTGCTCTCCCCGACTACCTC	1300

C  CU393928.2	700	CTCCTCTTTCTCCTCTTTCTCCTCTTCCTCCTCTTCCTCCTTCTTCTTTT	651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573284.1	1301	CTCCTCTTTCTCCTCTTTCTCCTCTTCCTCCTCTTCCTCCTTCTTCTTTT	1350

C  CU393928.2	650	TCTCCTCCTCCTCCTCCTCTTTCTCCTTGCTCTCCTTCTCCTCCTCCTCT	601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573284.1	1351	TCTCCTCCTCCTCCTCCTCTTTCTCCTTGCTCTCCTTCTCCTCCTCCTCT	1400

C  CU393928.2	600	CCTCTGCTCCCCCATCCTCCTCCTCCTCCATCTACTCCTCCTCCACTTTG	551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573284.1	1401	CCTCTGCTCCCCCATCCTCCTCCTCCTCCATCTACTCCTCCTCCACTTTG	1450

C  CU393928.2	550	CTCCCCCATCCTCCCCCTTCTCCATCTTCTCCTCTTCCTCCCCATCCTCC	501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573284.1	1451	CTCCCCCATCCTCCCCCTTCTCCATCTTCTCCTCTTCCTCCCCATCCTCC	1500

C  CU393928.2	500	TCCTCCTTCATCTCCTCATCCTCGATCTCCTTTCATTCTTTCAATCAATC	451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573284.1	1501	TCCTCCTTCATCTCCTCATCCTCGATCTCCTTTCATTCTTTCAATCAATC	1550

C  CU393928.2	450	ATATTCATTGAGCGCTTACTGTGTGCAGAGCACTGTACTAAGCGCTTGGA	401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573284.1	1551	ATATTCATTGAGCGCTTACTGTGTGCAGAGCACTGTACTAAGCGCTTGGA	1600

C  CU393928.2	400	AAGTACAATTCAGCAACAAATAGAATCCCTACCCAACAACAGGCTCAGAG	351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573284.1	1601	AAGTACAATTCAGCAACAAATAGAATCCCTACCCAACAACAGGCTCAGAG	1650

C  CU393928.2	350	TTTAGAAAAGGGGAGATAGACAATAAAACAAAACAAAACAGGTTGACAGG	301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573284.1	1651	TTTAGAAAAGGGGAGATAGACAATAAAACAAAACAAAACAGGTTGACAGG	1700

C  CU393928.2	300	CATCAATAGCATCAATATAAATAAATGGAACTATATATACACATCATTAA	251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573284.1	1701	CATCAATAGCATCAATATAAATAAATGGAACTATATATACACATCATTAA	1750

C  CU393928.2	250	TAAAATAAATAGAATAATAAATATGTACATGTATACTCAGTGCTGTGGGG	201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573284.1	1751	TAAAATAAATAGAATAATAAATATGTACATGTATACTCAGTGCTGTGGGG	1800

C  CU393928.2	200	CAGGACGGGGTAGAGCAGAGGGAGGGAGTGGGGCAATGGGCTTTCCACCT	151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573284.1	1801	CAGGACGGGGTAGAGCAGAGGGAGGGAGTGGGGCAATGGGCTTTCCACCT	1850

C  CU393928.2	150	CCTCCTCTCCTTGCTCTTCATTCTCATTCTCCTCCTCCTCCTCCTTTTCC	101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573284.1	1851	CCTCCTCTCCTTGCTCTTCATTCTCATTCTCCTCCTCCTCCTCCTTTTCC	1900

C  CU393928.2	100	TTCTCCTCCCCATCCTCCTTCTCCCCTTCCATCTTCTCCTCCTCCTCTTC	51
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573284.1	1901	TTCTCCTCCCCATCCTCCTTCTCCCCTTCCATCTTCTCCTCCTCCTCTTC	1950

C  CU393928.2	50	CTCCTCCTTTTAATAATGTTGGTATTTGTTAAGCGCTTACTAAGTGCCGA	1
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573284.1	1951	CTCCTCCTTTTAATAATGTTGGTATTTGTTAAGCGCTTACTAAGTGCCGA	2000

Overview

Query
CU393928.2 - 30446 bps
Hit
CT573284.1 - 151975 bps
Total alignments
29
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001939200012000-1120001
298.1320221486038816-1196121741
393.2520125285578808-1218924401
493.6923230230129304301734476441
592.712403303009030419118398187261
694.6622026285708831-120065203261
792.371982602731827577120068203291
892.5519825585598813123575238291
992.581962562732527580133782340371
1093.7520825637704025-133782340371
1192.371972612731827578138260385211
1293.8520926337664028162382626411
1392.041972622732127582176533767961
1497.3824626785598825-176533767991
1591.7319726437654028-176534767991
1696.8923325785648820-191692919481
1793.73205254226802293311014081016621
1892.612002573771402711014091016651
1992.992002572732327579-11014091016651
2093.5421226385608822-11061631064251
2196.82262508559880811107001109491
2296.1422625785588814-11140801143381
2392.1924533185658895-11193241196691
2492.3419625837714028-11194091196691
2593.8220925837674024-11306311308891
2692.13199269273162758411401831404491
2793.052022573765402111421181423761
2891.791992663763402811465781468451
2993.332162708559882811465801468491
Short-link