<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR933822.8	1	AAGCTTCCTCCATTTGGCCTCTTTACTTTCTCTTTACTTAACTTTTACTC	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573199.4	1995	AAGCTTCCTCCATTTGGCCTCTTTACTTTCTCTTTACTTAACTTTTACTC	2044

CR933822.8	51	TTTACTCCTTTACATTCGTTAATAAGGAAACAGTGTTGTACACACTCCAC	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573199.4	2045	TTTACTCCTTTACATTCGTTAATAAGGAAACAGTGTTGTACACACTCCAC	2094

CR933822.8	101	TGAAGACATCCATTAGCCTACATATTTAACTTTGTTTGTTAAGTGCAAAT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573199.4	2095	TGAAGACATCCATTAGCCTACATATTTAACTTTGTTTGTTAAGTGCAAAT	2144

CR933822.8	151	ATTTGTTTCAAAACTATTTCTAAATTCAGTTCTAATTTCCAGCAAATGGA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573199.4	2145	ATTTGTTTCAAAACTATTTCTAAATTCAGTTCTAATTTCCAGCAAATGGA	2194

CR933822.8	201	TAAATGAATAATCATAACAAAGTGTGGTCAAATTTATTCAAATACACGTC	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573199.4	2195	TAAATGAATAATCATAACAAAGTGTGGTCAAATTTATTCAAATACACGTC	2244

CR933822.8	251	CTATTCTTATGCCCCATATGGTGATTCATACAGTACTTCACCAAAACCTG	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573199.4	2245	CTATTCTTATGCCCCATATGGTGATTCATACAGTACTTCACCAAAACCTG	2294

CR933822.8	301	ACAGGTGGACAAATCTAAACTTGTTTATATTAAAACAAAATTATAAAAAA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573199.4	2295	ACAGGTGGACAAATCTAAACTTGTTTATATTAAAACAAAATTATAAAAAA	2344

CR933822.8	351	TAATATGCTAATAATAATAATAAATAATAAATTTGCTATTTAAACAATGT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573199.4	2345	TAATATGCTAATAATAATAATAAATAATAAATTTGCTATTTAAACAATGT	2394

CR933822.8	401	GGTACAAAACGTAAAAATTAGGGTTGCGCTGGTCTGAAAATAGCAACAAA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573199.4	2395	GGTACAAAACGTAAAAATTAGGGTTGCGCTGGTCTGAAAATAGCAACAAA	2444

CR933822.8	451	TCGCGCCAAATATGTCTTGCACCTTATTGCGCTGAGTGTATAATAGGGCC	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573199.4	2445	TCGCGCCAAATATGTCTTGCACCTTATTGCGCTGAGTGTATAATAGGGCC	2494

CR933822.8	501	CGAGGTGTGACACTCTAAACCAGCTTAATAGAGTACAACTAAGTCAAACC	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573199.4	2495	CGAGGTGTGACACTCTAAACCAGCTTAATAGAGTACAACTAAGTCAAACC	2544

CR933822.8	551	CATGTCGTTATCCACCTTCGTGCCCCTGTAAACCACATAAACCTGTACAC	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573199.4	2545	CATGTCGTTATCCACCTTCGTGCCCCTGTAAACCACATAAACCTGTACAC	2594

CR933822.8	601	ACACACATGTATATAATTCAGGAGTGTTCGTTGTTAATTTTCTTATTCAC	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573199.4	2595	ACACACATGTATATAATTCAGGAGTGTTCGTTGTTAATTTTCTTATTCAC	2644

CR933822.8	651	TATTATGCAATTTTTTATCATATGTATGTACTAATTAAAACTGGTTTTGT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573199.4	2645	TATTATGCAATTTTTTATCATATGTATGTACTAATTAAAACTGGTTTTGT	2694

CR933822.8	701	AAATACAGTCATTGTTAACTTGATTATAGTGTTGAAACAAAATGTATTGT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573199.4	2695	AAATACAGTCATTGTTAACTTGATTATAGTGTTGAAACAAAATGTATTGT	2744

CR933822.8	751	ATTTTTATGCAATGGTGCTCAAACTTTAGAAAAGTTAGCCAATCAGATTG	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573199.4	2745	ATTTTTATGCAATGGTGCTCAAACTTTAGAAAAGTTAGCCAATCAGATTG	2794

CR933822.8	801	TCAGAAAAATTGATAATTTTAGCTGAATTGTGCCATTATTTTTTTGCGAT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573199.4	2795	TCAGAAAAATTGATAATTTTAGCTGAATTGTGCCATTATTTTTTTGCGAT	2844

CR933822.8	851	ATGCATCATACACTCTGTGTCTGTTCGCAGGGACTAACCCTAATTTAAAC	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573199.4	2845	ATGCATCATACACTCTGTGTCTGTTCGCAGGGACTAACCCTAATTTAAAC	2894

CR933822.8	901	TCTTATACTAAAAATGCTGACATATATATTTATAAACCGCTATATACTCT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573199.4	2895	TCTTATACTAAAAATGCTGACATATATATTTATAAACCGCTATATACTCT	2944

CR933822.8	951	TTGGATGTCACCAAAGTATAGTACGTAGACATGCATCCTCACACACATGC	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573199.4	2945	TTGGATGTCACCAAAGTATAGTACGTAGACATGCATCCTCACACACATGC	2994

CR933822.8	1001	GCTCTGCTTATCTGTGTCTCACCACACCCTTTTATCTGACAGATCGGGCT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573199.4	2995	GCTCTGCTTATCTGTGTCTCACCACACCCTTTTATCTGACAGATCGGGCT	3044

CR933822.8	1051	CTCGAATTGGGTCTGGCTCTCATTCAGTCTGTCTGTACCCGATGGTGTTC	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573199.4	3045	CTCGAATTGGGTCTGGCTCTCATTCAGTCTGTCTGTACCCGATGGTGTTC	3094

CR933822.8	1101	CCCACAGAGCACCAATTTCATCCCATCACAATCATTCCGGCCTTTCATTT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573199.4	3095	CCCACAGAGCACCAATTTCATCCCATCACAATCATTCCGGCCTTTCATTT	3144

CR933822.8	1151	ACATCAAAGAGAGACGCTCCTGCTCCTTCGCTCTCATCTGCCTTTCCGCT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573199.4	3145	ACATCAAAGAGAGACGCTCCTGCTCCTTCGCTCTCATCTGCCTTTCCGCT	3194

CR933822.8	1201	TGCTATTTTCATTCCTAACGGCGCTCTTTTTTGGTGGAGTTCAGTTTAGG	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573199.4	3195	TGCTATTTTCATTCCTAACGGCGCTCTTTTTTGGTGGAGTTCAGTTTAGG	3244

CR933822.8	1251	GCATCCTCACACCATTTGACTTCTACAAGAACTACAGCGGTGCAAGCTAA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573199.4	3245	GCATCCTCACACCATTTGACTTCTACAAGAACTACAGCGGTGCAAGCTAA	3294

CR933822.8	1301	ACAAGGATAGGCCAACTGCACAGTAGCTTGAAATCATTAGAGCATTAGTT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573199.4	3295	ACAAGGATAGGCCAACTGCACAGTAGCTTGAAATCATTAGAGCATTAGTT	3344

CR933822.8	1351	CACCCAAAAATGAAAATTTTGTTATTAATTACTAATTAATTACACTTATT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573199.4	3345	CACCCAAAAATGAAAATTTTGTTATTAATTACTAATTAATTACACTTATT	3394

CR933822.8	1401	ACAATGCCCAAAGTGAGACCTTCATTCATCAATATATATATATATATATA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573199.4	3395	ACAATGCCCAAAGTGAGACCTTCATTCATCAATATATATATATATATATA	3444

CR933822.8	1451	TATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573199.4	3445	TATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATA	3494

CR933822.8	1501	TATTATTTTTTTATTTATTTATTTTTTTTTATGACAAGGTTGCCATACAG	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573199.4	3495	TATTATTTTTTTATTTATTTATTTTTTTTTATGACAAGGTTGCCATACAG	3544

CR933822.8	1551	TGTGAAATTGGTGTTAAGATTTTGGTTCCAAGAAGCGTATCTTCTGGAGC	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573199.4	3545	TGTGAAATTGGTGTTAAGATTTTGGTTCCAAGAAGCGTATCTTCTGGAGC	3594

CR933822.8	1601	TGAATGGTTAACGGTTTCTAACATTGATTAAAACATATTGTTTTGTGTTT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573199.4	3595	TGAATGGTTAACGGTTTCTAACATTGATTAAAACATATTGTTTTGTGTTT	3644

CR933822.8	1651	AGCAACAATAACTGTAATGCACATCTTAGTTTCAGTTTCAGTCTTATTTG	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573199.4	3645	AGCAACAATAACTGTAATGCACATCTTAGTTTCAGTTTCAGTCTTATTTG	3694

CR933822.8	1701	CTTCATGTTCAATAAAGAAATCTATGTAGTCCGTTTCTCGTCAGATGTCG	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573199.4	3695	CTTCATGTTCAATAAAGAAATCTATGTAGTCCGTTTCTCGTCAGATGTCG	3744

CR933822.8	1751	TCTTTTAATCTCCAGTTACAGATACATAAACCAATAAAAATAAAGTAAAC	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573199.4	3745	TCTTTTAATCTCCAGTTACAGATACATAAACCAATAAAAATAAAGTAAAC	3794

CR933822.8	1801	AAAATATAATCTCAAATTTCAAACATCACGGATGTGGTCAAGAAAACTGA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573199.4	3795	AAAATATAATCTCAAATTTCAAACATCACGGATGTGGTCAAGAAAACTGA	3844

CR933822.8	1851	GTGACTCCGCTGTCTTCTAAAGAATGCACAGTCAGACTTAACAGACGCAA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573199.4	3845	GTGACTCCGCTGTCTTCTAAAGAATGCACAGTCAGACTTAACAGACGCAA	3894

CR933822.8	1901	TTCTTAAAGAGCCAGCACAATATTTTTTACATGGTACATATTTTCAATGC	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573199.4	3895	TTCTTAAAGAGCCAGCACAATATTTTTTACATGGTACATATTTTCAATGC	3944

CR933822.8	1951	AATGCACAGAATATTTATTTAAACACCACATTTGAATATTGTAAATTCAC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573199.4	3945	AATGCACAGAATATTTATTTAAACACCACATTTGAATATTGTAAATTCAC	3994

Overview

Query
CR933822.8 - 187377 bps
Hit
CT573199.4 - 3994 bps
Total alignments
13
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
110019082000120001199539941
296.256980180709180788-1131013891
392.988811443635437481131014231
490.2778113132217132329-1131214241
593.69891111254991256091131414241
689.136193112585112677-1133314241
792.7493124109697109820-1142615491
8100367414311504-1342534981
996.33081138376138456-1342635061
1098.51306759471595371342634921
1110034701130671131361342734961
1210033681383901384571342734941
1398.5130675947159537-1343134971
Short-link