<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 50 bps

Full alignment

CU329673.1	1	GGACATGACAGAAGGACCCAGGGTCAGGGGAGTGACTCAAAAAGGCTCTG	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573151.3	118607	GGACATGACAGAAGGACCCAGGGTCAGGGGAGTGACTCAAAAAGGCTCTG	118656

CU329673.1	51	AATATTGGTCCTTATTTAGTTATTCAAGCTAGAATCTTTAAAACTAATCC	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573151.3	118657	AATATTGGTCCTTATTTAGTTATTCAAGCTAGAATCTTTAAAACTAATCC	118706

CU329673.1	101	TGTTTTCCTTTCAGAGGAATGCTTACAAAGCATCCAACGCTTCTTTGTGG	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573151.3	118707	TGTTTTCCTTTCAGAGGAATGCTTACAAAGCATCCAACGCTTCTTTGTGG	118756

CU329673.1	151	GTAAAACTTCAGCCCTTTGGGCTTATTTCAAATGGATGCTCCCATGACCT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573151.3	118757	GTAAAACTTCAGCCCTTTGGGCTTATTTCAAATGGATGCTCCCATGACCT	118806

CU329673.1	201	CTGTCCAGATCAAAAACAATAACAGAATAATCTTACCGACAATAAATAAA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573151.3	118807	CTGTCCAGATCAAAAACAATAACAGAATAATCTTACCGACAATAAATAAA	118856

CU329673.1	251	GTTTGGTACTGGGCTGAATTGGCTGAGGTCTTCTGGGATTAAATCTCGAC	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573151.3	118857	GTTTGGTACTGGGCTGAATTGGCTGAGGTCTTCTGGGATTAAATCTCGAC	118906

CU329673.1	301	TTATCTCTACATTATCTCCTGCCTGCATTCTTACAGAAGCTTTGTTCTCA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573151.3	118907	TTATCTCTACATTATCTCCTGCCTGCATTCTTACAGAAGCTTTGTTCTCA	118956

CU329673.1	351	TCTTCAAACACTTGCCACTGCAGAGAGGTATACAGCAGGAGTAAAAAATC	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573151.3	118957	TCTTCAAACACTTGCCACTGCAGAGAGGTATACAGCAGGAGTAAAAAATC	119006

CU329673.1	401	ATCTGGGAGGAGACAAAGGAAAGAAACAGGCTATTTACAGAGTGCTGCTT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573151.3	119007	ATCTGGGAGGAGACAAAGGAAAGAAACAGGCTATTTACAGAGTGCTGCTT	119056

CU329673.1	451	TCCACCTGCTTTTAGGCAAACAGATGAAAAAGAAAGGTTAATGTTACTGA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573151.3	119057	TCCACCTGCTTTTAGGCAAACAGATGAAAAAGAAAGGTTAATGTTACTGA	119106

CU329673.1	501	AATACTGTAAATTTCCATTCCATTCATTTTTCAAAATCTGTATATTTGAA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573151.3	119107	AATACTGTAAATTTCCATTCCATTCATTTTTCAAAATCTGTATATTTGAA	119156

CU329673.1	551	GATATTACATTAATCTTTCTCTAGAAACCATTTTATCATTTTATTAAACT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573151.3	119157	GATATTACATTAATCTTTCTCTAGAAACCATTTTATCATTTTATTAAACT	119206

CU329673.1	601	GAAAAATAAAAAGACACTTGCAACTTTCCAGGAATTGTAAAGGAAGCATT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573151.3	119207	GAAAAATAAAAAGACACTTGCAACTTTCCAGGAATTGTAAAGGAAGCATT	119256

CU329673.1	651	AGCAGATCAGCCACGAATCTCTATATCAAGGACATTTGGCTCTCTGCTCT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573151.3	119257	AGCAGATCAGCCACGAATCTCTATATCAAGGACATTTGGCTCTCTGCTCT	119306

CU329673.1	701	GCATTTTAGAAATGGAGACTGCTTTGGATTTAAAACAAGATTTTAGATTT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573151.3	119307	GCATTTTAGAAATGGAGACTGCTTTGGATTTAAAACAAGATTTTAGATTT	119356

CU329673.1	751	AATACCTCTGTTTTTCAGATTTGAGATACCTTTGAAGAACTGCAGAGATC	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573151.3	119357	AATACCTCTGTTTTTCAGATTTGAGATACCTTTGAAGAACTGCAGAGATC	119406

CU329673.1	801	ACAAGAAGGAAAGGTTATCTATCAGCTGGCAAGGGCTCAGAGGGGAACAA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573151.3	119407	ACAAGAAGGAAAGGTTATCTATCAGCTGGCAAGGGCTCAGAGGGGAACAA	119456

CU329673.1	851	CTCCAATTCCTGAAATGCCTTTTCACCTTACCAGGATTTATTATGTGCCA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573151.3	119457	CTCCAATTCCTGAAATGCCTTTTCACCTTACCAGGATTTATTATGTGCCA	119506

CU329673.1	901	AAAGACTTGAAATTCCAATTATTTTTAAAGGAGATGAGGGGAGCACTCAG	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573151.3	119507	AAAGACTTGAAATTCCAATTATTTTTAAAGGAGATGAGGGGAGCACTCAG	119556

CU329673.1	951	GATGTTCATATACTTACAAATCAGAAGGTTGGCATCTGGTTTCTTGGCAA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573151.3	119557	GATGTTCATATACTTACAAATCAGAAGGTTGGCATCTGGTTTCTTGGCAA	119606

CU329673.1	1001	AATCTGGAAGATACAACCACTTAATAAGATTTGAATGTATTGCTGCACTT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573151.3	119607	AATCTGGAAGATACAACCACTTAATAAGATTTGAATGTATTGCTGCACTT	119656

CU329673.1	1051	GAGGTTCTCCATGGGTAGTCTGTAAAACAAAAATTCATTTCATTTTTTTC	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573151.3	119657	GAGGTTCTCCATGGGTAGTCTGTAAAACAAAAATTCATTTCATTTTTTTC	119706

CU329673.1	1101	ATTTAAAACGAGGCTCAGTAGGTCTATAGTTTAGCAATAGTGTTTTCAAT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573151.3	119707	ATTTAAAACGAGGCTCAGTAGGTCTATAGTTTAGCAATAGTGTTTTCAAT	119756

CU329673.1	1151	ATTCAGTAGAATGGCTGAAATGTTGCATGAAATATATAACCTTTTAAAAT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573151.3	119757	ATTCAGTAGAATGGCTGAAATGTTGCATGAAATATATAACCTTTTAAAAT	119806

CU329673.1	1201	AATGTGTCAAAACTTTATGATTGTATTTTATTACTTTGAGAAGCAATATG	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573151.3	119807	AATGTGTCAAAACTTTATGATTGTATTTTATTACTTTGAGAAGCAATATG	119856

CU329673.1	1251	GTCTAGTGGAGGGAAGACAAGGCTGGGAGTCATGAGCCCTGGGTTCTTAT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573151.3	119857	GTCTAGTGGAGGGAAGACAAGGCTGGGAGTCATGAGCCCTGGGTTCTTAT	119906

CU329673.1	1301	CACAGCTCCACCACTGGACTGCTGGGTGACCTTGGCAAATCACTTAACCT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573151.3	119907	CACAGCTCCACCACTGGACTGCTGGGTGACCTTGGCAAATCACTTAACCT	119956

CU329673.1	1351	CTCTGTACCTCACTTTCCTTATTTGTTAAATGGGAAATTAAATATCTGTT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573151.3	119957	CTCTGTACCTCACTTTCCTTATTTGTTAAATGGGAAATTAAATATCTGTT	120006

CU329673.1	1401	CTCCATCCTCCTAAGATTGTGAGTCCCAGTTGGGACAGGACACTTGTCTT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573151.3	120007	CTCCATCCTCCTAAGATTGTGAGTCCCAGTTGGGACAGGACACTTGTCTT	120056

CU329673.1	1451	ATCCGATTAGATTACATCTACACCCGTACTAAACACAATGCATGGCAAAT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573151.3	120057	ATCCGATTAGATTACATCTACACCCGTACTAAACACAATGCATGGCAAAT	120106

CU329673.1	1501	AGCAAGCATTGTGACCTATGGAAAGAACATGGGCCTGAGCGTCAGAGGAC	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573151.3	120107	AGCAAGCATTGTGACCTATGGAAAGAACATGGGCCTGAGCGTCAGAGGAC	120156

CU329673.1	1551	CTGGGTTCTAATCCTGGCTCTGACAAATTCTAGCTGTGTGACCTTGGGTA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573151.3	120157	CTGGGTTCTAATCCTGGCTCTGACAAATTCTAGCTGTGTGACCTTGGGTA	120206

CU329673.1	1601	AGTCACTTAACTTTTATGGGCCTCAGTTTCTTCAACTGTGAAATGGGGAT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573151.3	120207	AGTCACTTAACTTTTATGGGCCTCAGTTTCTTCAACTGTGAAATGGGGAT	120256

CU329673.1	1651	TCCGTGCCCATTCCCCCTCCTACTTAGGCTGTGAGCCCCATGTGGGACAG	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573151.3	120257	TCCGTGCCCATTCCCCCTCCTACTTAGGCTGTGAGCCCCATGTGGGACAG	120306

CU329673.1	1701	GGACTGTTTCCAACCTGATTAACTTGTATCTACCCCAGTGCTAAGAACTG	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573151.3	120307	GGACTGTTTCCAACCTGATTAACTTGTATCTACCCCAGTGCTAAGAACTG	120356

CU329673.1	1751	TGCTTGACAAATAGTAAGCACTTAACAAATGCCATAATAATATAATAGTA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573151.3	120357	TGCTTGACAAATAGTAAGCACTTAACAAATGCCATAATAATATAATAGTA	120406

CU329673.1	1801	ATAATAATAGCAAGCATTTATCAAATGCTATTACTATAATCATTATAACA	1850
			|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
CT573151.3	120407	ATAATAATAGCAAGCATTTAACAAATGCTATTACTATAATCATTATAACA	120456

CU329673.1	1851	TGACAGCATGTTCAATATCAGCCTTCTTCACTACATTTTGGAACAGTTCA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573151.3	120457	TGACAGCATGTTCAATATCAGCCTTCTTCACTACATTTTGGAACAGTTCA	120506

CU329673.1	1901	AAGTTCTGGGGAGCAGTGAAAATGTATAGAGTAGAAAATCCATCTCTACA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573151.3	120507	AAGTTCTGGGGAGCAGTGAAAATGTATAGAGTAGAAAATCCATCTCTACA	120556

CU329673.1	1951	AAGTGAATTCATCTCCATCTCACATAACTTCTCGATAGGGCATAAAGCTT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CT573151.3	120557	AAGTGAATTCATCTCCATCTCACATAACTTCTCGATAGGGCATAAAGCTT	120606

Compact alignment

skip 1800 bps 100% identity alignment

CU329673.1	1801	ATAATAATAGCAAGCATTTATCAAATGCTATTACTATAATCATTATAACA	1850
			|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
CT573151.3	120407	ATAATAATAGCAAGCATTTAACAAATGCTATTACTATAATCATTATAACA	120456

skip 150 bps 100% identity alignment

Overview

Query
CU329673.1 - 117652 bps
Hit
CT573151.3 - 120606 bps
Total alignments
23
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
199.95195520001200011186071206061
290.1118526364546716-125602258641
390.881822544663146884125602258531
492.551982554663146885-132375326291
592.9119725264656716132376326291
692.131942549161191864132376326291
793.62022501375214001-132378326271
893.3120325464666719-154539547921
992.061872502354423793154540547911
1091.851922594663046888154541547981
1192.651902471375213998154544547881
1292.8919625164706720-161543617951
1393.652042524663046881161546617971
1495.622182519161491864-161547617971
1593.572012491375214000161549617971
1690.111852634964649908-167899681611
1789.961812599160691864-167903681611
1893.2120826364596721-169756700201
1994.122102554663046884169760700141
2098.462482609160591864-169761700201
2194.42082501375214001169763700121
2290.631822554663046884177842780971
2396.671892109161691825-196721969301
Short-link