<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  CT009677.9	183118	GAATTCAAGGCCAGCCTGGGTTAATGAACCCCAATCTCAGAAACACAAAA	183069
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573099.7	80474	GAATTCAAGGCCAGCCTGGGTTAATGAACCCCAATCTCAGAAACACAAAA	80523

C  CT009677.9	183068	GCAACAAAACATCACAAAAGGGGGACATTGTCTGAGCTGCGAGGCTGCTT	183019
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573099.7	80524	GCAACAAAACATCACAAAAGGGGGACATTGTCTGAGCTGCGAGGCTGCTT	80573

C  CT009677.9	183018	GTGCCTGGCATGCTTCGGTTCGGTGCAGCCTGTGCCAAGCACTGGAGAGG	182969
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573099.7	80574	GTGCCTGGCATGCTTCGGTTCGGTGCAGCCTGTGCCAAGCACTGGAGAGG	80623

C  CT009677.9	182968	CTTGCCTTAGGTCCTTGTGACCATGGCAGAATAAGTCCGTACCATCCTTT	182919
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573099.7	80624	CTTGCCTTAGGTCCTTGTGACCATGGCAGAATAAGTCCGTACCATCCTTT	80673

C  CT009677.9	182918	TAGGACACATGCTCATGGGGCGGGGGGGGGGGGGTAGAATTTAATATTTC	182869
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573099.7	80674	TAGGACACATGCTCATGGGGCGGGGGGGGGGGGGTAGAATTTAATATTTC	80723

C  CT009677.9	182868	TTTCTCTGTCTCTCTCTGTCTCTCTCATTTTATTTATTTATTTAAAAGAT	182819
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573099.7	80724	TTTCTCTGTCTCTCTCTGTCTCTCTCATTTTATTTATTTATTTAAAAGAT	80773

C  CT009677.9	182818	TTATTTATTATTATACATAAGTACACTGTCGCTGTCTTCAGACACACCAG	182769
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573099.7	80774	TTATTTATTATTATACATAAGTACACTGTCGCTGTCTTCAGACACACCAG	80823

C  CT009677.9	182768	AAGAGGGCATCAGATCTCATTACAGATGGTTGTGAGCCACCATGTGGTTG	182719
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573099.7	80824	AAGAGGGCATCAGATCTCATTACAGATGGTTGTGAGCCACCATGTGGTTG	80873

C  CT009677.9	182718	CTGGGAATTGAACTCAGGACCTCTGAAGAGCAGTCAGTGCTCTTAACCTC	182669
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573099.7	80874	CTGGGAATTGAACTCAGGACCTCTGAAGAGCAGTCAGTGCTCTTAACCTC	80923

C  CT009677.9	182668	TGAGCCATCTCTCCAGCCCCCTCTTGTTATTATTATTATTTTTAAACCTT	182619
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573099.7	80924	TGAGCCATCTCTCCAGCCCCCTCTTGTTATTATTATTATTTTTAAACCTT	80973

C  CT009677.9	182618	CTTTTGGTGGCTGTTTCTTTGAGACAGGGCCTTGCTAGGTGCCTGGGGCT	182569
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573099.7	80974	CTTTTGGTGGCTGTTTCTTTGAGACAGGGCCTTGCTAGGTGCCTGGGGCT	81023

C  CT009677.9	182568	TGCGTGTTGGGATGACGCCCTTGAGTCACCATGCTCCGGCCTTCTTAGGT	182519
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573099.7	81024	TGCGTGTTGGGATGACGCCCTTGAGTCACCATGCTCCGGCCTTCTTAGGT	81073

C  CT009677.9	182518	TTGTCACCAGGTTCAGTAGCACAATGAACCCCACTTCCAACCCAGTCTAA	182469
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573099.7	81074	TTGTCACCAGGTTCAGTAGCACAATGAACCCCACTTCCAACCCAGTCTAA	81123

C  CT009677.9	182468	AGGTCATCTCATGCAACACTGCGTGTTAGTGCCCCTGCTGCCCACGTGAC	182419
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573099.7	81124	AGGTCATCTCATGCAACACTGCGTGTTAGTGCCCCTGCTGCCCACGTGAC	81173

C  CT009677.9	182418	TCCTCTGGTCGGCTACAAATGGTGCCAGTGGCACGGATGTAGGAATGGAA	182369
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573099.7	81174	TCCTCTGGTCGGCTACAAATGGTGCCAGTGGCACGGATGTAGGAATGGAA	81223

C  CT009677.9	182368	ACCCATCACCTGGAGGCTTCAGCATCCTTGTCCATGGGTAACGCTGGCAA	182319
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573099.7	81224	ACCCATCACCTGGAGGCTTCAGCATCCTTGTCCATGGGTAACGCTGGCAA	81273

C  CT009677.9	182318	CACCGGGGAGATTCCCCCTTTCCTAGGCAATGGTGTCACCGCACAAACTT	182269
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573099.7	81274	CACCGGGGAGATTCCCCCTTTCCTAGGCAATGGTGTCACCGCACAAACTT	81323

C  CT009677.9	182268	AGGGAGGCCCTGGCTAAGTTCTGTGACTTAGGGGTCTGAGCCACATGCTC	182219
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573099.7	81324	AGGGAGGCCCTGGCTAAGTTCTGTGACTTAGGGGTCTGAGCCACATGCTC	81373

C  CT009677.9	182218	AGTCTCTCAACCCCATGGTCATCCCTCTCATGCAGGGGCCATGACCTACA	182169
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573099.7	81374	AGTCTCTCAACCCCATGGTCATCCCTCTCATGCAGGGGCCATGACCTACA	81423

C  CT009677.9	182168	GCCCTCCACCAGGGGGCTCATGGATTATACCCTGGATCCCCTCAGTGCAA	182119
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573099.7	81424	GCCCTCCACCAGGGGGCTCATGGATTATACCCTGGATCCCCTCAGTGCAA	81473

C  CT009677.9	182118	GACACAAACAGTGAGGCACCCCATCCACTGTCCAGTGAAGAAAAGGAGGG	182069
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573099.7	81474	GACACAAACAGTGAGGCACCCCATCCACTGTCCAGTGAAGAAAAGGAGGG	81523

C  CT009677.9	182068	CACAAGGCTGCATGGTAGAACGCTTGCTTAGCATGCTTGAGGCCACGAGG	182019
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573099.7	81524	CACAAGGCTGCATGGTAGAACGCTTGCTTAGCATGCTTGAGGCCACGAGG	81573

C  CT009677.9	182018	CCATGTATGTGATCCGCTGCATCACAGGAGAAAAGCAAGAGCCGGCGGTT	181969
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573099.7	81574	CCATGTATGTGATCCGCTGCATCACAGGAGAAAAGCAAGAGCCGGCGGTT	81623

C  CT009677.9	181968	TGTGCTGGATTCGGTGACGTACCTGTAGTCTCAGACATCACTCTCCATGT	181919
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573099.7	81624	TGTGCTGGATTCGGTGACGTACCTGTAGTCTCAGACATCACTCTCCATGT	81673

C  CT009677.9	181918	TCTCTTGAATCTGTCTGCAGCACCTGACGCAGACAACAAATCAAAGAGCC	181869
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573099.7	81674	TCTCTTGAATCTGTCTGCAGCACCTGACGCAGACAACAAATCAAAGAGCC	81723

C  CT009677.9	181868	TTCTAGATCCCACCATTCTCTGGACATTGATAACCACACACAGTATATGG	181819
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573099.7	81724	TTCTAGATCCCACCATTCTCTGGACATTGATAACCACACACAGTATATGG	81773

C  CT009677.9	181818	TTCTCCCGGCCTGTCTACCTGAGGCCAGGAGCCCATGGAGATGGGCTGTG	181769
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573099.7	81774	TTCTCCCGGCCTGTCTACCTGAGGCCAGGAGCCCATGGAGATGGGCTGTG	81823

C  CT009677.9	181768	TGTCACAGTTGCCTTAGGCTCAGGGTGACCTGGCAAAAGATGAGGAGAAT	181719
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573099.7	81824	TGTCACAGTTGCCTTAGGCTCAGGGTGACCTGGCAAAAGATGAGGAGAAT	81873

C  CT009677.9	181718	GGATGGGTGTGTTCTTATGAGGGAGGCTGGATGGCATGTGGAGTGGGTGG	181669
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573099.7	81874	GGATGGGTGTGTTCTTATGAGGGAGGCTGGATGGCATGTGGAGTGGGTGG	81923

C  CT009677.9	181668	GTGGATGAGGGGTGAGAGGGTAGACGTAGATGAGTGAATGTGAATCTGTA	181619
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573099.7	81924	GTGGATGAGGGGTGAGAGGGTAGACGTAGATGAGTGAATGTGAATCTGTA	81973

C  CT009677.9	181618	GATGGATTGCTAGGAATGGTAGGTGGGTCCATGGGTCCATGGGTAGGTGG	181569
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573099.7	81974	GATGGATTGCTAGGAATGGTAGGTGGGTCCATGGGTCCATGGGTAGGTGG	82023

C  CT009677.9	181568	ATACTTGGGTAGGTGAGTAGATGGGCTGATGGACAGGTAGATGGCTGAGT	181519
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573099.7	82024	ATACTTGGGTAGGTGAGTAGATGGGCTGATGGACAGGTAGATGGCTGAGT	82073

C  CT009677.9	181518	CAAGGAATGAGTGGGTGGATGGATAAGGGATGGGAGGAGCAGTGGATGGG	181469
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573099.7	82074	CAAGGAATGAGTGGGTGGATGGATAAGGGATGGGAGGAGCAGTGGATGGG	82123

C  CT009677.9	181468	CAGCAGTGGGTAGTGGGTGTGAATGAGCGGAGGCTGGCTGGATGATACGT	181419
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573099.7	82124	CAGCAGTGGGTAGTGGGTGTGAATGAGCGGAGGCTGGCTGGATGATACGT	82173

C  CT009677.9	181418	AGGCATGAATGACTGGCTGAGCCAGGGGCTGGGTGGATAGTAGTGGATTG	181369
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573099.7	82174	AGGCATGAATGACTGGCTGAGCCAGGGGCTGGGTGGATAGTAGTGGATTG	82223

C  CT009677.9	181368	GCTGGAAGGACAGGATTGGGCAGTGGGAAAGGGGAGGGTAGTAGAGCTGA	181319
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573099.7	82224	GCTGGAAGGACAGGATTGGGCAGTGGGAAAGGGGAGGGTAGTAGAGCTGA	82273

C  CT009677.9	181318	GGCAGGTGTAGGCTTTCCTCTGGATGGACAGACAGGGTTATGGGGTGAGA	181269
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573099.7	82274	GGCAGGTGTAGGCTTTCCTCTGGATGGACAGACAGGGTTATGGGGTGAGA	82323

C  CT009677.9	181268	CCTGACTGTGTGGCCAGGGCCATGGGTGTGTGGGAAGAGGAGGGTCAGGG	181219
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573099.7	82324	CCTGACTGTGTGGCCAGGGCCATGGGTGTGTGGGAAGAGGAGGGTCAGGG	82373

C  CT009677.9	181218	CACGGTGACAGGAATAGGAGCTGCTTCCTGGTGTGGGGTTCTCACCTCTC	181169
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573099.7	82374	CACGGTGACAGGAATAGGAGCTGCTTCCTGGTGTGGGGTTCTCACCTCTC	82423

C  CT009677.9	181168	ACCACACCCTGGGGCTCCCCAGAAGTGACTCAAGTCCTATCAGGTGTAGG	181119
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CT573099.7	82424	ACCACACCCTGGGGCTCCCCAGAAGTGACTCAAGTCCTATCAGGTGTAGG	82473

Overview

Query
CT009677.9 - 183118 bps
Hit
CT573099.7 - 82473 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
110002000181119183118-180474824731
Short-link